Isolation and characterization of Alicycliphilus denitrificans strain BC, which grows on benzene with chlorate as the electron acceptor

A bacterium, strain BC, was isolated from a benzene-degrading chlorate-reducing enrichment culture. Strain BC degrades benzene in conjunction with chlorate reduction. Cells of strain BC are short rods that are 0.6 microm wide and 1 to 2 microm long, are motile, and stain gram negative. Strain BC grows on benzene and some other aromatic compounds with oxygen or in the absence of oxygen with chlorate as the electron acceptor. Strain BC is a denitrifying bacterium, but it is not able to grow on benzene with nitrate. The closest cultured relative is Alicycliphilus denitrificans type strain K601, a cyclohexanol-degrading nitrate-reducing betaproteobacterium. Chlorate reductase (0.4 U/mg protein) and chlorite dismutase (5.7 U/mg protein) activities in cell extracts of strain BC were determined. Gene sequences encoding a known chlorite dismutase (cld) were not detected in strain BC by using the PCR primers described in previous studies. As physiological and biochemical data indicated that there was oxygenation of benzene during growth with chlorate, a strategy was developed to detect genes encoding monooxygenase and dioxygenase enzymes potentially involved in benzene degradation in strain BC. Using primer sets designed to amplify members of distinct evolutionary branches in the catabolic families involved in benzene biodegradation, two oxygenase genes putatively encoding the enzymes performing the initial successive monooxygenations (BC-BMOa) and the cleavage of catechol (BC-C23O) were detected. Our findings suggest that oxygen formed by dismutation of chlorite can be used to attack organic molecules by means of oxygenases, as exemplified with benzene. Thus, aerobic pathways can be employed under conditions in which no external oxygen is supplie

Landbouwschade door ander waterbeheer beter te bepalen

Er is een belangrijke basis gelegd voor een nieuwe (klimaatrobuuste) methode om te voorspellen welke gevolgen veranderingen in het waterbeheer hebben voor de landbouwopbrengsten

Actualisatie schadefuncties voor de landbouw, tussenfase 2a: plausibiliteitstoets SWAP en enkele verkennende berekeningen

Dit rapport bevat de resultaten van een onderzoek naar de plausibiliteit van de uitkomsten van een nieuw modelinstrumentarium om ingrepen in de waterhuishouding te vertalen naar effecten in landbouwopbrengsten. Doet het instrument wat je ervan verwacht en sluit het aan bij de praktijk? Hiervoor is een vergelijking gemaakt met bestaande modellen en met meetgegevens uit de praktijk. Voor het bepalen van de effecten van de ingrepen in de waterhuishouding op de landbouwopbrengsten zijn in Nederland drie methodes operationeel: de HELP-tabellen, de TCGB-tabellen en AGRICOM. In bijna elke berekening wordt gebruik gemaakt van deze methodes. De landbouwsector, de waterbeheerders en de waterleidingbedrijven dringen al langere tijd aan op een herziening van deze methodes. De aanleiding is dat de methodes toe zijn aan actualisatie en aan 'klimaatrobuustheid'. De huidige methoden zijn gebaseerd op verouderderde meteorologische gegevens. Daarnaast geven ze alleen langjarige gemiddelde schades. Een ander belangrijk punt is dat in de huidige methoden zout niet of beperkt wordt meegenomen. Met een droger klimaat gaat zout en het sturen met water op zout, juist een belangrijkere rol spelen in het waterbeheer. Daarnaast is er een nieuw concept ontwikkeld voor het duiden van natschade. Met de nieuwe insteek kan straks door het jaar heen gerekend worden, zodat waterbeheerders een beter beeld krijgen welke waterhuishoudkundige maatregelen ze kunnen nemen en kunnen ze beter inspelen op klimaatverandering. Recent is een belangrijke eerste stap gezet naar een breed gedragen methode voor het bepalen van de klimaatrobuuste relaties tussen waterhuishoudkundige condities en opbrengstdepressies. Deze nieuwe methode zal de huidige schadetabellen kunnen vervangen.Voor de aanpak is een traject voorzien van 2013 tot en met 2016. Het is de bedoeling dat de nieuwe methode in een aantal fasen wordt gerealiseerd. De eerste fase is afgerond. De conceptuele verbeteringen die zijn doorgevoerd, zijn vastgelegd in STOWA-rapport 2013-22 ‘Actualisatie schadefuncties landbouw: fase 1’. Voordat de bij de ontwikkeling betrokken partijen verder wilden gaan, was er behoefte om een toetsing uit te voeren naar de plausibiliteit van de uitkomsten van het nieuwe modelinstrumentarium. Doet het instrument wat je er van verwacht en sluit het aan bij de praktijk. Hiervoor is een vergelijking gemaakt met bestaande modellen en met meetgegevens van de locaties Zegveld, Cabouw en Roswinkel. Dit om uiteindelijk, in 2016, te komen tot een klimaatbestendig en geactualiseerd instrument om te sturen op waterstromen en opbrengsten, rekening houdend met droogte-, nat en zoutschade. Daarmee is er straks een instrument dat onmisbaar is bij het doorrekenen van o.a. peilbesluiten en inrichtingsplannen

Naar verbeterde schadefuncties voor de landbouw

Om veranderingen in het waterbeheer te vertalen naar landbouwopbrengsten zijn in Nederland drie methodes operationeel: de HELP-tabellen, de TCGB-tabellen en AGRICOM. Door de landbouw, de waterbeheerders en de waterleidingbedrijven is lang aangedrongen op een herziening van deze methodes (o.a. Van Bakel en Heijkers (2004)), omdat die verouderd zijn. Er is nu een eerste stap gezet naar een nieuwe, meer (klimaat)bestendige, methode. De agrohydrologische modelcode SWAP vormt in deze methode de kern voor het afleiden van schadefuncties. SWAP is daarbij uitgebreid met nieuwe of verbeterde modules voor de berekening van directe hydrologische effecten van natschade (zuurstofstress) en zoutschad

Immunotherapy in Medulloblastoma: Current State of Research, Challenges, and Future Perspectives.

Medulloblastoma (MB), a primary tumor of the central nervous system, is among the most prevalent pediatric neoplasms. The median age of diagnosis is six. Conventional therapies include surgical resection of the tumor with subsequent radiation and chemotherapy. However, these therapies often cause severe brain damage, and still, approximately 75% of pediatric patients relapse within a few years. Because the conventional therapies cause such severe damage, especially in the pediatric developing brain, there is an urgent need for better treatment strategies such as immunotherapy, which over the years has gained accumulating interest. Cancer immunotherapy aims to enhance the body's own immune response to tumors and is already widely used in the clinic, e.g., in the treatment of melanoma and lung cancer. However, little is known about the possible application of immunotherapy in brain cancer. In this review, we will provide an overview of the current consensus on MB classification and the state of in vitro, in vivo, and clinical research concerning immunotherapy in MB. Based on existing evidence, we will especially focus on immune checkpoint inhibition and CAR T-cell therapy. Additionally, we will discuss challenges associated with these immunotherapies and relevant strategies to overcome those

Bodemschematisatie; opschaling door aggregatie van bodeminformatie voor modelsimulaties op nationale en regionale schaal

Dit rapport beschrijft de ontwikkeling van geautomatiseerde methoden voor opschaling van bodeminformatie door ruimtelijke en gegevensaggregatie voor modeltoepassingen, bodemschematisatie genoemd. Ze bestaan uit de selectie van bodemgegevens, ruimtelijke aggregatie van kaarteenheden van de bodemkaart, gegevensaggregatie door definiëring van rekenprofielen met procesparameters en het genereren van bodemkundige modelinvoer. Met statistische analyse van twaalf verschillende modeluitvoervariabelen is nagegaan welke van de ontwikkelde methoden voor bodemschematisatie het geringste informatieverlies gaf uitgaand van de ruimtelijke structuur op de Bodemkaart van Nederland, schaal 1: 50 000. De voorspelfout binnen kaarteenheden bedroeg minimaal 45. Het algoritme voor de ruimtelijke aggregatiemethode waarbij het studiegebied Beerse-Reuzel van 203 naar 23 ruimtelijke eenheden werd teruggebracht, gaf het meest representatieve beeld van de variabiliteit tussen de oorspronkelijke kaarteenheden. De toename vande voorspelfout door gegevensaggregatie werd door twee van de vier hiervoor ontwikkelde methoden het kleinst gehouden

Declining detection rates for APC and biallelic MUTYH variants in polyposis patients, implications for DNA testing policy

This study aimed to determine the prevalence of APC-associated familial adenomatous polyposis (FAP) and MUTYH-associated polyposis (MAP) in a large cohort, taking into account factors as adenoma count and year of diagnosis. All application forms used to send patients in for APC and MUTYH variant analysis between 1992 and 2017 were collected (n = 2082). Using the data provided on the application form, the APC and biallelic MUTYH prevalence was determined and possible predictive factors were examined using multivariate multinomial logistic regression analysis in SPSS. The prevalence of disease causing variants in the APC gene significantly increases with adenoma count while MAP shows a peak prevalence in individuals with 50–99 adenomas. Logistic regression analysis shows significant odds ratios for adenoma count, age at diagnosis, and, interestingly, a decline in the chance of finding a variant in either gene over time. Moreover, in 22% (43/200) of patients with FAP-related extracolonic manifestations a variant was identified. The overall detection rates are above 10% for patients with >10 adenomas aged 20 adenomas aged T variant in the tumor or a first-degree relative with >10 adenomas. Therefore, APC and MUTYH testing in patients with >10 adenomas aged 20 adenomas aged <70 is advised. Almost all FAP and MAP patients not meeting these criteria showed other characteristics that can be used as an indication to prompt genetic testing

Emissions of transboundary air pollutants in the Netherlands 1990-2012 : Informative Inventory Report 2014

Emissies Nederland blijven in 2012 onder nationale plafonds De uitstoot van stikstofoxiden (NOx), ammoniak, zwaveldioxide en niet-methaan vluchtige organische stoffen (NMVOS) is in 2012 in Nederland licht gedaald. Daarmee bleef de uitstoot onder de maxima die de Europese Unie daaraan sinds 2010 stelt. Nederland voldoet daardoor, net als in 2011, aan de vier 'nationale emissieplafonds' (NEC) voor deze stoffen. Dit blijkt uit de Nederlandse emissiecijfers van grootschalige luchtverontreinigende stoffen. Het RIVM verzamelt en analyseert deze cijfers. Behalve bovengenoemde stoffen gaat het om de uitstoot van koolmonoxide, fijn stof (PM10), zware metalen en persistente organische stoffen (POP's). De uitstoot van al deze stoffen is tussen 1990 en 2012 gedaald. Dit komt vooral door schonere auto's en brandstoffen en door emissiebeperkende maatregelen van industriële sectoren. Meer kilometers door bromfietsen Door de jaren heen zijn de methoden om de emissies te berekenen verbeterd, wat nu resulteert in nauwkeurigere cijfers. De emissies van bromfietsen en motorfietsen zijn afhankelijk van het aantal gereden kilometers per jaar en daar is nu beter inzicht in. Het totale aantal gereden kilometers door bromfietsen blijkt in de afgelopen jaren bijna twee keer zo hoog is als werd gedacht. Daarmee is de uitstoot van schadelijke stoffen navenant hoger. Ten opzichte van andere typ voertuigen blijven bromfietsen echter een relatief kleine emissiebron en dragen ze beperkt bij aan de totale nationale emissies. In steden zijn ze wel een relevante bron. Het aantal gereden kilometers door motorfietsen, en daarmee de uitstoot, blijft in lijn met eerdere inzichten. Vrachtauto's zwaarder beladen De uitstoot van schadelijke stoffen door vrachtauto's is voor het eerst berekend op basis van recente inzichten in het gewicht van vrachtauto's. Trekker-opleggers blijken zwaarder beladen dan tot nu toe werd verondersteld. Ook rijden vrachtauto's vaker met een aanhanger dan tot nu toe werd aangenomen, waardoor ze zwaarder zijn. Een hoger gewicht betekent een hoger brandstofverbruik, en veelal ook een hogere uitstoot per gereden kilometer. De uitstoot van PM10 door vrachtauto's is hierdoor circa 5 procent hoger dan in de vorige IIR-rapportage. Hogere emissies ammoniak De uitstoot van ammoniak blijkt hoger dan eerder werd verondersteld vanwege enkele nieuwe inzichten; de cijfers zijn hierdoor vanaf 1997 bijgesteld. Zo worden luchtwassers, die voornamelijk op varkensstallen zitten, niet altijd gebruikt. Ook is vanaf 2002 in melkveestallen het leefoppervlak per dier toegenomen. Door het grotere contactoppervlak van mest met lucht wordt meer ammoniak uitgestoten. Door de aangepaste aannames is het nationale totaal met 6,6 kiloton verhoogd ten opzichte van 2011.Emissions the Netherlands in 2012 remain under national ceilings Emissions of nitrogen oxides (NOx), ammonia, sulphur dioxide and non-methane volatile organic compounds (NMVOC) in the Netherlands have slightly decreased in 2012. Consequently, the emissions stayed below the caps the European Union has set from 2010. Herewith, the Netherlands comply with all four so-called emission ceilings (NEC). This has become apparent from the emission data on air pollutants from the Netherlands. RIVM collects and reports these data. Besides above-mentioned substances, emissions of carbon monoxide, particulate matter (PM10), heavy metals and persistent organic pollutants (POPs) have been reported. The emissions of all substances have decreased in the 1990 - 2012 period. The downward trend may in particular be attributed to cleaner fuels, cleaner car engines and to emission reductions in the industrial sectors. More kilometres by mopeds Over the years emission calculation methods have been improved, resulting in higher data accuracy. In 2012, the emissions from mopeds and motorcycles have been calculated, based on improved knowledge of the mileages. The total number of kilometres driven by mopeds appears to have been nearly twice as high in recent years. As a result, the emissions of pollutants are proportionally higher. In relation to the total number of vehicles, the number of mopeds however remains relatively low and their contribution to the total national emissions is limited. In cities, they are a relevant source. The mileages by motorcycles, and consequently their emissions remain in line with previous insights. Heavy-duty vehicles carry heavier loads Emissions of pollutants by heavy-duty trucks have for the first time been calculated on the basis of recent insights in truck loads. Tractor-trailer combinations appear to carry heavier loads and the fraction of trailers behind rigid trucks is larger than previously assumed. A heavier load means a higher fuel use and for most substances a higher emission per kilometre driven. PM10 emissions by heavy-duty trucks are about 5 percent higher than in the previous IIR report. Higher agricultural ammonia emissions Agricultural ammonia emissions appear to be higher than previously assumed because of new insights. Air scrubbers on animal housing (predominantly pigs) were not always in use or even employed. Since 2002, the living space per animal has increased for dairy cattle housing. This resulted in a higher contact surface manure-air and thus more ammonia emitted. The new insights have raised the national total of ammonia emissions by about 6 percent compared to 2011

Waterwijzers Landbouw en Natuur : Kwantificering effecten waterbeheer en klimaat

Landbouw en natuur stellen specifieke eisen aan de waterhuishouding, vooral aan beschikbaar water in de wortelzone. Bestaande beoordelingssystemen houden echter geen rekening met de gevolgen van klimaatverandering voor respectievelijk landbouwopbrengsten en natuurdoelen. Daarom zijn er nu twee systemen in ontwikkeling die dat, zo goed mogelijk, wel doen: de Waterwijzer Landbouw en de Waterwijzer Natuur. Beide kunnen worden gebruikt voor het vaststellen van schade aan landbouw en natuur, maar ook voor het optimaliseren van de waterhuishouding