Specific versus Non-Specific Immune Responses in an Invertebrate Species Evidenced by a Comparative de novo Sequencing Study

Our present understanding of the functioning and evolutionary history of invertebrate innate immunity derives mostly from studies on a few model species belonging to ecdysozoa. In particular, the characterization of signaling pathways dedicated to specific responses towards fungi and Gram-positive or Gram-negative bacteria in Drosophila melanogaster challenged our original view of a non-specific immunity in invertebrates. However, much remains to be elucidated from lophotrochozoan species. To investigate the global specificity of the immune response in the fresh-water snail Biomphalaria glabrata, we used massive Illumina sequencing of 5′-end cDNAs to compare expression profiles after challenge by Gram-positive or Gram-negative bacteria or after a yeast challenge. 5′-end cDNA sequencing of the libraries yielded over 12 millions high quality reads. To link these short reads to expressed genes, we prepared a reference transcriptomic database through automatic assembly and annotation of the 758,510 redundant sequences (ESTs, mRNAs) of B. glabrata available in public databases. Computational analysis of Illumina reads followed by multivariate analyses allowed identification of 1685 candidate transcripts differentially expressed after an immune challenge, with a two fold ratio between transcripts showing a challenge-specific expression versus a lower or non-specific differential expression. Differential expression has been validated using quantitative PCR for a subset of randomly selected candidates. Predicted functions of annotated candidates (approx. 700 unisequences) belonged to a large extend to similar functional categories or protein types. This work significantly expands upon previous gene discovery and expression studies on B. glabrata and suggests that responses to various pathogens may involve similar immune processes or signaling pathways but different genes belonging to multigenic families. These results raise the question of the importance of gene duplication and acquisition of paralog functional diversity in the evolution of specific invertebrate immune responses

Pulsars millisecondes et métrologie du temps

Millisecond pulsars and time metrologyAprès avoir été définie et réalisée au cours des siècles par les astronomes, la mesure du temps est devenue, en 1964, la responsabilité des physiciens qui, grâce aux horloges atomiques, fabriquent des références de temps extrêmement stables et génèrent l'unité de temps du système international. Cependant, après la découverte en 1982 par Backer des pulsars millisecondes, il apparut que la mesure du temps pourrait redevenir une affaire d'astronomes. La stabilité à long terme de ces pulsars et en particulier de PSR1937+21 semblait en effet équivalente et même meilleure que celle des meilleures horloges atomiques dans le monde. Dans ces conditions, une échelle de temps basée sur la rotation des pulsars millisecondes pouvait-elle remplacer le TAI ? Cette thèse est plus particulièrement consacrée à l'étude des possibilités offertes par les pulsars millisecondes en métrologie du temps. Ce travail s'appuie sur des données d'horloges atomiques ou de références de temps, et sur les datations de signaux pulsars effectuées à l'Observatoire de Paris, auquel est rattaché la station de radioastronomie de Nancay. Il est bien connu, depuis plusieurs années, que l'ajustement des paramètres d'un pulsar absorbe tous les bruits à basses fréquences présent dans les résidus de chronométrage. Les courbes de stabilité, à cause de cet ajustement, sont donc encore probablement biaisées à long terme (quelques années). L'hypothèse la plus communément admise concernant PSR1937+21 est que sa courbe de stabilité continue de montrer un bruit a hautes fréquences même pour les longues périodes d'échantillonnage. Cependant, rien ne s'oppose actuellement au fait que, sur de telles périodes, et lorsque l'ajustement des paramètres n'introduira plus aucun biais dans le calcul de la stabilité, celle-ci exhibe plutôt un bruit a basses fréquences. C'est l'hypothèse de travail qui est retenue ici. Si elle s'avère exacte, et en admettant que la stabilité de PSR1937+21 soit représentative de celle de l'ensemble des pulsars millisecondes, la métrologie du temps ne pourrait plus être considérée comme un des objectifs scientifiques du chronométrage des pulsars. Cette thèse tente également de montrer que les incertitudes actuelles des paramètres de PSR1937+21 sont des incertitudes de types A et qu'aucune détermination des incertitudes de type B, qui conduiraient à la détermination de l'exactitude des paramètres, n'a jamais été effectuée

Minor Planet Observations [511 Haute Provence]

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Short-term and long-term flux variability of extragalactic objects useful for the future Gaia CRF

International audienceSome Active Galactic Nuclei (AGN) objects (quasars - QSOs, blazars, for example) are well known for their rapid flux variability across the whole electromagnetic spectrum. They are variable on diverse time-scales, from minutes through months to even decades. There are three classes of variability: intraday - IDV (from a few minutes to several hours), short-term - STV (from several days to months), and long-term variability - LTV (from months to decades). In case of IDV, the flux changes is by a few tenths of magnitude, but in cases of STV and LTV it could be more than magnitude (even few magnitudes). Photometry is a powerful tool to investigate AGNs by measuring their variability time-scales, amplitude and duty cycle. Quasars have got a fundamental role in the evolution of their host galaxies, and they are used to build the International Celestial Reference Frame (ICRF). It is of importance that their proper motions are negligible because of their extreme distances. The visual-wavelength Gaia astrometry of the micro-arcsecond domain has got significant positional offsets with the radio VLBI positions of QSOs. We did optical observations of QSOs (visible in both, optical and radio domain, and important for ICRF - Gaia CRF link) to study their flux and color variability on short-term and long-term time-scales. Some results of five objects (1535+231, 1556+335, 1607+604, 1722+119, and 1741+597) are presented, here

Search of a gravitational wave background in timing residuals of PSR 1937 21: minimal model and upper limits on Omega_gr

International audienceAlthough many phenomena can account for pulsar timing residuals, previous upper limits on the amplitude Omega_gr of a gravitational wave background were all obtained with the same decomposition into a measurement noise with known variance and a gravitational noise parametrized by Omega_gr. The justification of this minimal model (MM) is its ability to provide, on average over an infinite set of measurements, the highest upper limits on Omega_gr compared with other models. Keeping with this model, and using free-access Arecibo data concerning PSR 1937 21, we derive a set of 157 estimators of Omega_gr and obtain the 95 per cent confidence upper limit of 1.7x10^-7 using a Bayesian method. We also show evidence of a third term in the residuals (97 per cent confidence), which questions the adequacy of the MM

Minor Planet Observations [511 Haute Provence]

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