Investigation of heat stress-induced proteins of cold-adapted Pseudomonas marginals using proteomic approach

Thesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Chemistry, İzmir, 2008Includes bibliographical references (leaves: 68-78)Text in English; Abstract: Turkish and Englishx, 81 leavesTemperature alteration is known as a common environmental stress condition which all living organisms encounter and response by producing evolutionary wellconserved specific proteins called heat stress or heat shock proteins in the cell in order to adapt and survive. In the current study, the induction of heat stress proteins in a coldadapted bacterial strain of Pseudomonas marginalis cells grown under heat stress was investigated by proteomic approach. Five different temperatures, 5, 10, 15, 24, and 30C, were examined for the purpose of determining the optimum growth temperature for the bacterium. Consequently, 15°C was observed as optimum temperature for growth while 30C was established as heat stress temperature. Total proteins from Pseudomonas marginalis cells in the late exponential phase of growth at these two temperatures were extracted and separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. Totally 1391 protein spots were visualized for 15C and 1384 protein spots for 30C. After comparing with 15C, 13 protein spots that were differentially expressed in the cells exposed to heat stress (30C) were cut from the gel and fragmented into their peptides by in-gel digestion method. Finally, these proteins were identified by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and database searching. Among them, ribosome recycling factor, universal stress protein family and chaperonin GroEL were established as direct sensors of heat stress. As a result, the genes encoding these two heat stress proteins can be isolated and cloned into any other useful microorganism such as bacteria used for detoxification of industrial waste or used in bioremediation but not capable of surviving at high temperatures so that they can be efficient at those temperatures, too

Evaluation of order picking systems using simulation

Sipari? toplama faaliyetleri, tedarik zinciri yönetiminde, hem üretim sistemleri açısından (montaj istasyonlarına alt parçaların tedarik edilmesi), hem de dağıtım i?lemleri açısından (mü?teri taleplerinin kar?ılanması) kritik rol oynamaktadır. Mü?teri sipari?lerindeki eğilimler, az sayıda ve yüksek miktarlarda sipari?lerin çok sayıda ve dü?ük miktarlarda sipari?lere dönü?tüğünü göstermektedir. Diğer yandan, talep edilen sipari? teslim süreleri ise her geçen gün kısalmaktadır. Bu deği?imler, i?letmelerin piyasada rekabet edebilmeleri için etkin ve esnek bir sipari? toplama sistemi benimsemelerini gerektirmektedir. Sipari? toplama süreci, tüm lojistik operasyonlarını ve mü?teriye sağlanan hizmet seviyesini büyük ölçüde etkilemektedir. Ayrıca, sipari? toplama süreci toplam depolama maliyetlerinin yarıdan fazlasını olu?turmaktadır. Bu nedenle, sipari? toplama faaliyetlerinin en etkin ?ekilde gerçekle?tirilmesi i?letmeler için büyük önem ta?ımaktadır. Bu çalı?manın amacı, sipari? toplama süresini kısaltarak, sipari? toplama etkinliğini arttırmaya yönelik deği?iklikler için sipari? toplama sistemini değerlendirmek ve geli?tirmektir. Sipari? toplama süresi, ürünlerin depolama alanlarından belirli bir mü?teri talebini kar?ılamak amacıyla toplanması süreci için geçen zamandır. Bu çalı?mada, ürünlerin depolama alanlarına atanma kararları ve rotalama metotları gibi kritik faktörlerin yanı sıra, daha önce gerçekle?tirilmi? çalı?malarda sıkça rastlanmayan depolama alanlarının ikmali problemi dikkate alınmı?tır. Bo?alan rafların yeniden doldurulması kararında, (S, s) envanter politikası uygulanmı?tır. Böylece, sipari? toplama sistemi dinamik olarak modellenmi?tir. Sipari? toplama performansını geli?tirmek için, bağlantı elemanları üreten bir firmanın ambarı temel alınarak olu?turulmu? hipotetik bir ambar üzerinde vii çalı?ılmı?tır. Ambara ait farklı benzetim modelleri olu?turulmu?, depolama ve rotalama politikalarının alternatif kombinasyonları geli?tirilerek bu benzetim modellerinde kullanılmı?tır. Elde edilen benzetim sonuçlarına göre, en küçük sipari? toplama süresini veren depolama ve rotalama politikası kombinasyonu belirlenmi?tir. Son olarak, benzetim sonuçları üzerinde bazı istatistiksel analiz metotları uygulanmı?tır Order picking activities play a critical role in supply chain management in terms of both production systems (supplying components to assembly operations) and distribution operations (meeting customer demands). Trends in customer orders reveal that orders are transformed from few-and-large orders to many-and-small ones. On the other hand, lead times of customer orders get consistently shorter. Because of these changes, companies need to adopt an effective and flexible order picking system in order to remain competitive in the market. Order picking affects both overall logistic operations and service level provided to customers. Additionally, order picking process constitutes more than half of the total warehousing cost. For these reasons, it is crucial for companies to design and perform an effective order picking process. The aim of this study is evaluating and improving of the order picking system so as to minimize the order retrieval time while increasing the picking efficiency. Order retrieval time can be defined as the time elapsed for the process of retrieving products from storage area to meet a specific customer demand. Besides the critical factors such as storage assignment decisions and routing methods, replenishment problem of the storage areas, which is rarely addressed in the previous studies, has been taken into consideration in this study. Replenishment of the empty storage locations has been conducted by using the (S, s) inventory policy. Thus, the order picking system was modeled as a dynamic system. A hypothetical distribution warehouse, based on the real life warehouse of a company specialized in production of fasteners, has been studied in order to improve the order picking performance. Alternative combinations of routing and storage policies have been developed. Moreover, different simulation models of the order picking process were constructed. In these models, proposed alternative storage and v routing policies were operated. According to the simulation results, the storage policy and routing policy combination which provides the shortest order retrieval time is determined. Finally, using simulation results, some statistical analysis methods have been implemented

Gösterişçi Duyarlılık Sergileme ya da Duyar Kasma: Kavramsal Bir Çerçeve

Son birkaç yıldır popüler hale gelen “gösterişçi duyarlılık”, aslen sinyal teorisinden türetilmiştir ve güvenilir olmayan sinyallerle ilişkilendirilen gösterişçi bir davranışa işaret etmektedir. Ağırlıklı olarak olumsuz bir ima ile vurgulanan bu terim, birey ya da kuruluşların, gerçek hayatta sahip oldukları şaibeli olan iyi niyetli düşünce ve inançlarını genellikle toplum nezdinde duyarlı, erdemli ve sorumlu bir şekilde algılanma amacı güderek, yüz yüze veya çeşitli medya araçları kanalıyla kolay yoldan çevrelerine duyurma davranışıdır. Bu çalışmada, gösterişçi duyarlılık kavramını etraflıca tanımlamak; bu kavramın çeşitli uygulamalarda nasıl sergilendiğini tespit etmek, böylelikle yerli literatürü genişletmek ve gelecekte yapılacak çalışmalara altyapı oluşturmak amaçlanmıştır. Çalışmada literatür taraması tekniğine başvurulmuştur. Araştırma sonucunda gösterişçi duyarlılık davranışının bireysel, örgütsel ve siyasal olmak üzere üç ana kategori altında gerçekleştirilen yaygın birçok faaliyet aracılığıyla sergilendiği anlaşılmıştır. Gösterişçi duyarlılık kavramı, Türkçe’ye argo bir kullanım olan “duyar kasma” şeklinde geçmiştir. Bu çalışmada hem günlük yaşamda hem de akademik alanda kullanımının daha uygun olduğu öngörülen, ayrıca Türk dilinin özenli kullanımına gölge düşürmeyecek bir kavram olan “gösterişçi duyarlılık” söz öbeğinin, “duyar kasma” söz öbeği yerine kullanılması önerilmektedir. Yeni bir terim olması sebebiyle bu konuda yapılmış çalışmaların kapsamı sınırlıdır. Türkçe literatürde ise bu terimi kapsamlı ele alan çalışmalara rastlanmamıştır. Derleme olarak hazırlanan bu çalışmanın, yerli literatüre katkı sunması beklenmektedir

Coğrafya öğretiminde okul dışı etkinliklerin öğrencinin akademik başarısına etkisi

Sosyal bilimlerden biri olan coğrafya, insanlar ve yer (mekân) ile bunlar arasındaki ilişkiyi inceleyen bilimdir. Dolayısıyla, coğrafya öğretiminin de insanlardan ve yer (mekan) gözlemlerinden uzak olması düşünülemez. Coğrafya öğretiminde uygulamalı çalışmalar yapılmadan bilginin kalıcı olması sağlanamaz. Bu çalışmanın amacı, coğrafya öğretiminde kullanılan yöntemlerin önemine dikkat çekmek ve coğrafya konularının “okul dışı etkinlik” biçiminde işlenmesinin öğrencinin akademik başarısı üzerindeki etkisini tespit etmektir. Öğrenci merkezli eğitim doğrultusunda coğrafya dersini öğrencilere sevdirmek ve coğrafya konularını daha zevkli hale getirmek, öğrencilerde coğrafya öğreniminin gerekliliğine dair bilinç oluşturmak amaçlanmaktadır. Eğitimin en temel amacının bireyi hayata hazırlamak olduğu düşünüldüğünde okul dışı etkinlik de öğrenci merkezli eğitim yaklaşımı çerçevesinde hayatı görerek ve yaşayarak anlamak açısından son derece önemli bir aktivite olarak ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmadaki amaç, çalışmanın sonuçlarının değerlendirilerek, okul dışı etkinliklerinin asıl amaç kapsamında öğrencinin akademik hayatına etkisini, karşılaştığı durumların başarılı yada başarısız avantajlarını, dezavantajlarını, başarılı ya da başarısız çocuğun kazanımlarını gözlemlemek olacaktır. Konu beş bölüm halinde aşamalı olarak ele alınmıştır ve araştırma sonucunda elde edilen bulgular sonucunda; okul dışı etkinliklerin öğrencilerin coğrafya dersi başarılarına ve coğrafya dersine karşı tutumlarına olumlu katkılar sağladığı sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Coğrafya Öğretimi, Çevre ve İnsan, Okul Dışı Etkinlik, Aktif Öğrenme Yöntemleri. ABSTRACT Geography, which is one of the social arts, is the science that examines people and lands and the relationship between them. Then, it is not possible to think the geography separate from human or land observation. Geography can’t be learned permanently without application studies. The main purpose of the study, is to draw attention importance of the techniques used in teaching geography, and to determine the effect of out of school activity on student academical success. In accordance with the education based on students, it’s aimed to endear geography lesson to the students and to make geography subjects more enjoyable, and also to make students conscious about the necessity of geography lesson. When it is thought that the basic goal of the education is to prepare the individual for life, the out-of-school activity has appeared as a very important activity in terms of comprehending the life by seeing and living it in accordance with student-centered education approach. In this study, by evaluating results of it, the benefits of successful and unsuccessful students, effects of out of school activities on student’s academical success, and advantages and disadvantages of out of school activities will be observed. The subject has been handled as a stage in five sections and at the end of the research it is found that out-of-school activity has a positive impact on student’s success on geography and student’s attitude to geography. Key Words: Teaching Geography, Environment and Human, Schools Extracurricular Activities, Active Learning Methods

Investigation of heat stress-induced proteins of cold-adapted Pseudomonas marginals using proteomic approach

Thesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Chemistry, İzmir, 2008Includes bibliographical references (leaves: 68-78)Text in English; Abstract: Turkish and Englishx, 81 leavesTemperature alteration is known as a common environmental stress condition which all living organisms encounter and response by producing evolutionary wellconserved specific proteins called heat stress or heat shock proteins in the cell in order to adapt and survive. In the current study, the induction of heat stress proteins in a coldadapted bacterial strain of Pseudomonas marginalis cells grown under heat stress was investigated by proteomic approach. Five different temperatures, 5, 10, 15, 24, and 30C, were examined for the purpose of determining the optimum growth temperature for the bacterium. Consequently, 15°C was observed as optimum temperature for growth while 30C was established as heat stress temperature. Total proteins from Pseudomonas marginalis cells in the late exponential phase of growth at these two temperatures were extracted and separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis. Totally 1391 protein spots were visualized for 15C and 1384 protein spots for 30C. After comparing with 15C, 13 protein spots that were differentially expressed in the cells exposed to heat stress (30C) were cut from the gel and fragmented into their peptides by in-gel digestion method. Finally, these proteins were identified by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and database searching. Among them, ribosome recycling factor, universal stress protein family and chaperonin GroEL were established as direct sensors of heat stress. As a result, the genes encoding these two heat stress proteins can be isolated and cloned into any other useful microorganism such as bacteria used for detoxification of industrial waste or used in bioremediation but not capable of surviving at high temperatures so that they can be efficient at those temperatures, too

Coğrafya öğretiminde okul dışı etkinliklerin öğrencinin akademik başarısına etkisi

ÖZETSosyal bilimlerden biri olan coğrafya, insanlar ve yer (mekân) ile bunlar arasındaki ilişkiyi inceleyen bilimdir. Dolayısıyla, coğrafya öğretiminin de insanlardan ve yer (mekan) gözlemlerinden uzak olması düşünülemez. Coğrafya öğretiminde uygulamalı çalışmalar yapılmadan bilginin kalıcı olması sağlanamaz. Bu çalışmanın amacı, coğrafya öğretiminde kullanılan yöntemlerin önemine dikkat çekmek ve coğrafya konularının “okul dışı etkinlik” biçiminde işlenmesinin öğrencinin akademik başarısı üzerindeki etkisini tespit etmektir. Öğrenci merkezli eğitim doğrultusunda coğrafya dersini öğrencilere sevdirmek ve coğrafya konularını daha zevkli hale getirmek, öğrencilerde coğrafya öğreniminin gerekliliğine dair bilinç oluşturmak amaçlanmaktadır. Eğitimin en temel amacının bireyi hayata hazırlamak olduğu düşünüldüğünde okul dışı etkinlik de öğrenci merkezli eğitim yaklaşımı çerçevesinde hayatı görerek ve yaşayarak anlamak açısından son derece önemli bir aktivite olarak ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmadaki amaç, çalışmanın sonuçlarının değerlendirilerek, okul dışı etkinliklerinin asıl amaç kapsamında öğrencinin akademik hayatına etkisini, karşılaştığı durumların başarılı yada başarısız avantajlarını, dezavantajlarını, başarılı ya da başarısız çocuğun kazanımlarını gözlemlemek olacaktır. Konu beş bölüm halinde aşamalı olarak ele alınmıştır ve araştırma sonucunda elde edilen bulgular sonucunda; okul dışı etkinliklerin öğrencilerin coğrafya dersi başarılarına ve coğrafya dersine karşı tutumlarına olumlu katkılar sağladığı sonucuna varılmıştır.Anahtar Kelimeler: Coğrafya Öğretimi, Çevre ve İnsan, Okul Dışı Etkinlik, Aktif Öğrenme Yöntemleri.ABSTRACTGeography, which is one of the social arts, is the science that examines people and lands and the relationship between them. Then, it is not possible to think the geography separate from human or land observation. Geography can’t be learned permanently without application studies. The main purpose of the study, is to draw attention importance of the techniques used in teaching geography, and to determine the effect of out of school activity on student academical success.In accordance with the education based on students, it’s aimed to endear geography lesson to the students and to make geography subjects more enjoyable, and also to make students conscious about the necessity of geography lesson. When it is thought that the basic goal of the education is to prepare the individual for life, the out-of-school activity has appeared as a very important activity in terms of comprehending the life by seeing and living it in accordance with student-centered education approach. In this study, by evaluating results of it, the benefits of successful and unsuccessful students, effects of out of school activities on student’s academical success, and advantages and disadvantages of out of school activities will be observed. The subject has been handled as a stage in five sections and at the end of the research it is found that out-of-school activity has a positive impact on student’s success on geography and student’s attitude to geography. Key Words: Teaching Geography, Environment and Human, Schools Extracurricular Activities, Active Learning Methods

Silindirik uyumlu mikroşerit antenlerin tasarımı ve analizi.

Cylindrically conformal microstrip antennas are investigated. Two different structures, namely proximity coupled and E-shaped microstrip antennas are analyzed and information about the design parameters is obtained by means of parametric study. With these structures, cylindrical arrays, having omnidirectional radiation in the circumferential plane of the cylinder, are designed. Proximity coupled cylindrical arrays operate in the 2.3-2.4 GHz aeronautical telemetry band with approximately 4% bandwidth. On the other hand, more than 30% bandwidth is obtained by E-Shaped cylindrical array antenna structure, which also includes the commercial telemetry band. In order to verify the simulation method, a fabricated antenna in literature is simulated and acceptable agreement with simulation and fabrication results obtained.M.S. - Master of Scienc