Spatial association of environmental and dietary factors with copd deaths

Introduction: Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) remains a significant health concern globally and spatiotemporal investigations on the etiology and progression of COPD are needed to develop more effective and timely preventive measures. To address this continuing need, we explored the association of air-quality and meteorological markers, fruit and vegetable consumption and drinking water source trajectories with COPD death rate. Methods: For 81 provinces of Turkey, we extracted and merged data in four dimensions: provincial COPD deaths, provincial annual meteorological and air-quality markers, drinking water source data covering rivers, dams, wells, and springs, and annual provincial fruits and vegetables consumption. To investigate the association of these markers with COPD deaths, we used a spatial modelling approach accounting for the spatial autocorrelation. Results: Controlling for household expenditure on cigarette and alcohol and elderly population size, our models suggest that provinces with higher consumption of lemon and higher temperature reported lower level of COPD deaths and provinces high in Nitrogen Dioxide concentration reported higher COPD deaths on average. Conclusion: Therefore, provinces with such profiles need to develop closer screening and follow-up of patients with COPD and encourage healthier diets and lifestyles

İç Anadolu Bölgesinde Bir Şehirde Hepatit C Hastalarının Yedi Yıllık Genotip Dağılımları

Objectives: Hepatitis C virus (HCV) is an important viral agent ofhepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In our study, weaimed to determine the HCV genotype distribution among patientswith HCV who presented to our hospital in a city in the CentralAnatolia Region of Turkey.Materials and Methods: Results of 480 patients who were positivefor HCV RNA and whose serum samples were sent to our laboratoryfrom various inpatient and outpatient clinics of the hospital with apre-diagnosis of hepatitis C between January 2010 and May 2017were retrospectively screened. In HCV genotype determination,a commercially available kit (Ampliquality HCV-TS, AB Analitica,Italy) based on Reverse Line Blot was used in accordance with themanufacturer’s recommendations. Genotype distributions wereanalyzed by years and by age. The first and only one test results ofthe same patients were evaluated.Results: Of the patients whose genotyping was made, 260(54.2%) were female and 220 (45.8%) were male. It was found that396 (82.6%) of 480 patients were with genotype 1b, 17 (3.5%) -genotype 1a, 15 (3.1%) - genotype 3a, 14 (2.9%) - genotype 1, 9(1.9%) - genotype 4, 8 (1.7%) - genotype 2, 6 (1.3%) - genotype2b, 5 (1.0%) - genotype 1a/1b, 4 (0.8%) - genotype 2a/2c, 3 (0.6%)- genotype 4a, 1 (0.2%) - genotype 3, 1 (0.2%) - genotype 5a and 1(0.2%) patient was with genotype 6.Conclusion: In chronic HCV patients admitted to our hospital,genotype 1b, which had the highest prevalence in our country, wasdetected with a rate of 82.6%. In addition, the presence of raregenotypes 5a and 6 in our country has been shown.Amaç: Hepatit C virüsü (HCV), hepatit, siroz ve hepatosellülerkarsinomun önemli bir viral etkenidir. Çalışmamızda, İç AnadoluBölgesi’nde bir şehirde, hastanemize başvuran HCV ile enfektehastaların HCV genotip dağılımlarını saptamayı hedefledik.Gereç ve Yöntemler: Ocak 2010-Mayıs 2017 tarihleri arasında,laboratuvarımıza hastanenin çeşitli klinik ve polikliniklerinden hepatitC ön tanısı ile serum örneği gönderilen ve HCV RNA pozitifliği olan480 hastanın sonuçları retrospektif olarak tarandı. HCV genotiptayininde, ters hibridizasyon (Reverse Line Blot) temeline dayananticari bir kit (Ampliquality HCV-TS; AB Analitica, İtalya), üreticifirma önerileri doğrultusunda kullanıldı. Genotip dağılımları yıllarave yaşlara göre incelendi. Aynı hastaların ilk ve tek test sonucudeğerlendirmeye alındı.Bulgular: Genotiplemesi yapılan hastaların 260’ı (%54,2) kadın,220’si (%45,8) erkek idi. Toplam 480 hastanın 396’sı (%82,6)genotip 1b, 17’si (%3,5) genotip 1a, 15’i (%3,1) genotip 3a, 14’ü(%2,9) genotip 1, 9’u (%1,9) genotip 4, 8’i (%1,7) genotip 2, 6’sı(%1,3) genotip 2b, 5’i (%1,0) genotip 1a/1b, 4’ü (%0,8) genotip2a/2c, 3’ü (%0,6) genotip 4a, 1’i (%0,2) de genotip 3, genotip 5a vegenotip 6 olarak bulunmuştur.Sonuç: Hastanemize başvuran kronik HCV hastalarında en sık;ülkemizde de en yüksek prevalansa sahip olan: genotip 1b, %82,6oranıyla saptanmıştır. Ayrıca, ülkemizde az görülen genotip 5a vegenotip 6’nın varlığı gösterilmiştir

Laboratory Algorithm in HIV Infection Diagnosis

AIDS caused by HIV is an infection disease which was defined firstly in the USA in 1981. Since then, number of AIDS patients has increased continuously. About 36.9 million people are living with HIV around the world. Approximately 15 million people living with HIV were receiving antiretroviral therapy. Early detection is important due to the high risk of transmission that precedes seroconversion and also because it provides an opportunity to improve health outcomes with an early antiretroviral therapy. HIV testing is the key part of diagnosis and prevention efforts. Many tests have been used in the diagnosis of HIV over years and with developing testing methods, accuracy of the laboratory diagnosis of HIV infection has been improved. Detecting p24 antigens, HIV 1-2 antibodies and HIV nucleic acid demonstrated that antibody testing alone might miss a considerable percentage of HIV infections detectable by these tests. This review provides updated recommendations and algorithm for HIV testing that are necessary for diagnosing HIV and offers approaches for accurate assessment of test results.</p

Konya bölgesinde doğurganlık çağındaki kadınlarda Rubella IgG antikor seroprevelansının incelenmesi

Amaç: Rubella virüsü gebe kadınlarda intrauterin enfeksiyonlara neden olup fetüste teratojenik etki yapan bir virüstür. Gebelik öncesinde veya gebelikte tarama sırasında Rubella virüsüne karşı duyarlılığın saptanması ile istenmeyen fetal veya perinatal seyir önlenebilir. Bu çalışmada, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi'ne başvuran doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella seropozitifliğinin yaş gruplarına göre dağılımı retrospektif olarak incelenmiştir. Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2013-31 Aralık 2015 tarihleri arasında çeşitli kliniklere başvuran 2151 kadının rubella IgG antikor düzeyleri enzyme-linked fluorescent assay (ELFA) yöntemi ile yaş gruplarına ayrılıp incelenmiştir. Bulgular: Araştırmaya dahil edilen kadınların 567'si (%26.3) 18-25 yaş, 1143'ü (%53.6) 26-35 yaş, 441'i (%20.5) 36-45 yaş grubunda yer aldı. 18-25, 26-35 ve 36-45 yaş grubundaki kadınlarda rubella IgG pozitiflik sayısı ve oranı sırasıyla 551 (%97.1), 1075 (%94.0) ve 394 (%89.4) olarak tespit edilmiştir. İncelenen toplam 2151 örneğin 2020'sinde (%93.9) rubella IgG antikor pozitifliği saptanmıştır. Gebe polikliniğinden gönderilen 1259 örneğin 1169'unda (%92.8) Rubella IgG pozitifliği görülmüştür. Sonuç: Çalışmamızda Konya'da doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella seroprevalansının yüksek olduğu tespit edilmiştir. Gebelik öncesi seropozitiflik oranının artırılarak doğurganlık çağındaki kadınlarda rubella virüsüne karşı bağışıklığın sağlanması, konjenital rubella enfeksiyonunu önlemede etkili olacaktır. Bölgemizde bağışıklık oranlarının yüksek çıkması sevindirici olup ciddi konjenital enfeksiyon riskine karşı gebelik öncesinde seronegatif kadınların tespit edilerek aşılanması gereklidir.Objective: Rubella virus causes intrauterin infections in pregnant women and it is teratogenic for fetus. Detecting sensitivity for Rubella virus by screening tests before or during pregnancy is important for preventing unwanted fetal and perinatal infections. In this study, women of childbearing age who admitted to Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty were analyzed retrospectively for rubella seropositivity according to the distribution of age groups. Material and Methods: Materials and methods: Rubella IgG antibody levels of 2151 women who were admitted to various clinics in our hospital between 1 January 2013- 31 December 2015 were determined by ELFA method and investigated by separating into age groups. Results: Of the women, 567 were (26.3%) found to be in 18-25 age group, 1143 (53.6%) were in 26-35 age group and 441 were (20.5%) in 36-45 age group. In women's age groups of 18-25, 26-35 and 36-45 years, the number of rubella IgG positivity and the rates were detected as 551 (97.1%), 1075 (94.0%) and 394 (89.4%) respectively. Of the total 2151 samples, 2020 (93.9%) were found to be positive for rubella IgG antibody. 1259 samples were sent from pregnancy clinics and 1169 (92.8%) of the samples were found to be positive for Rubella IgG. Conclusion: In our study rubella seroprevalence among women of childbearing age in Konya is found to be high. Ensuring immunity to rubella virus by increasing the rate of seropositivity in women of childbearing age before pregnancy will be effective in preventing congenital rubella infection. It is pleasant that there is high immunity in our province but women who are seronegative should be detected and should be vaccinated before pregnancy for preventing congenital infection

Frequency of Adenovirus and Rotavirus and Their Seasonal Distribution in Children With Gastroenteritis

Amaç: Bu çalışmada, 0-18 yaş grubundaki hastalardan ishal, karın ağrısı, kusma ve ateş gibi şikayetlerle hastanemize başvurup akut gastroenterit ön tanısı alan; bunların içinde laboratuvarımıza virolojik tahlil için gönderilen dışkı örneklerinde rotavirus ve enterik adenovirusların bulunma sıklığını ve bazı demografik özelliklere göre dağılımını araştırmayı hedefledik. Yöntemler: Ocak 2013-Aralık 2015 tarihleri arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvurup akut gastroenterit ön tanısı alan 5156 pediyatrik hastaya ait laboratuvar kayıtları retrospektif olarak incelenmiştir. Dışkı örneklerinde rotavirus ve adenovirus antijenlerini aynı anda immünokromatografik olarak belirleyen VIKIA Rota-Adeno (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) kaset testi, üretici firma önerileri doğrultusunda kullanılmıştır. Bulgular: Toplam 5156 dışkı örneğinin 884 (%17.1)'ünde viral antijenler saptanmıştır. Pozitif saptananların 764 (%14.8) adedi rotavirus, 120 (%2.3) adedi adenovirus olarak belirlenmiştir. Örneğinde antijen saptanan hastalardan 412 (%46.6)'si kız, 472 (%53.4)'si erkektir. Antijen saptanan 884 hastada en sık pozitifliğin %42.1 ile 2-4 yaş (n372) arasındaki hastalarda olduğu görülmüştür. Rotavirusa bağlı gelişen akut gastroenterit olgularının kış ve ilkbahar mevsimlerinde arttığı ve enterik adenoviruslara bağlı gelişen akut gastroenterit olgularının ise tüm yıl boyunca saptandığı gözlenmiştir. Sonuçlar: Yenidoğan ve küçük çocuklarda görülen ciddi gastroenteritlerin en yaygın sebebi olan rotavirusların, özellikle ilk 4 yaştaki ishal olgularında akla getirilmesi gerekmektedir. Etkenin tanısının hızlı konması, hastanın kliniğinin öngörülmesi ve tedavi yaklaşımı bakımından önemlidir. Enterik adenovirusların, sütçocukluğu ve çocukluk döneminde önemli bir gastroenterit nedeni olması; adenovirus antijenlerinin de araştırılmasını gerekli kılmaktadır. Yapılan bölgesel çalışmalar, epidemiyolojik bilgilere katkı sağlaması açısından önemlidir.Objective: In our study, we aimed to investigate the prevalence of rotavirus and enteric adenovirus in stool samples sent to our laboratory for antigen detection of children between 0-18 years of age admitted to hospital with diarrhea, abdominal pain, vomiting and fever and diagnosed as gastroenteritis. We also analyzed their frequencies according to demographic parameters. Methods: Results of 5156 pediatric patients admitted to Necmettin Erbakan University Meram Faculty of Medicine Hospital and diagnosed as gastroenteritis between January 2013-December 2015 were investigated retrospectively. VIKIA&reg; RotaAdeno (bioM&eacute;rieux, Marcy l'Etoile, France), a chromatographic immunoassay detecting both viruses simultaneously was used according to the manufacturer's recommendations in stool samples. Results: Viral antigens were detected in 884 (17.1%) of the total 5156 samples. 764 (14.8%) of the positive results were detected as rotavirus and 120 (2.3%) were detected as adenovirus. Of the patients with positive results, 412 (46.6%) were female and 472 (53.4%) were male. When results are considered according to age, 2-4 age group was found to have the most common positivity (n372) as 42.1%. Seasonal distribution of acute gastroenteritis cases was analyzed and the number of cases due to rotavirus was found to be increased in winter and spring and enteric adenoviruses were detected all year round. Conclusions: Rotavirus is the most common reason of gastroenteritis in the newborn and children, which must be considered for patients with diarrhea especially in the first four years of life. Rapid diagnosis is important for prediction of clinical implications and treatment. As enteric adenovirus is an important reason of gastroenteritis in infancy and childhood, it is necessary to investigate adenovirus antigens as well. Conducting regional studies are important for contributing to epidemiological data

Determination of Resistance Mutation in Chronic Hepatitis B Patients Using Antiviral Drugs at Our Hospital

Amaç: Bu çalışmada, hastanemizde antiviral terapi almış/alan kronik hepatit B virüs (HBV) enfeksiyonu olan hastalarda ilaç direncinden sorumlu mutasyonların belirlenmesi, hastaların verilen tedavi ve HBV-DNA düzeyleri yönünden incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Ocak 2010 - Ocak 2015 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu tanısı ile takip edilen hastalardan alınan ve hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen 131 örnek ters hibridizasyon temeline dayalı INNO-LiPA HBV DR v2 yöntemi ile çalışıldı ve sonuçlar retrospektif olarak incelendi. Bulgular: Yüz otuz bir örneğin 12'sinde (%9,1) mutasyon saptanmıştır. On örnekte lamuvidin direncine neden olan tirozin, metiyonin, aspartat, aspartat (YMDD) motif değişikliği belirlenirken bunların 7'si M204I tirozin, izolösin, aspartat, aspartat (YIDD), 4'ü M204V tirozin, valin, aspartat, aspartat (YVDD) şeklinde izlenmiştir. Altı örnekte çoklu mutasyon (birer örnekte M204VM204IL180I, YVDDL180MV/G173L, YIDDL180M, YIDDL80V; ikişer örnekte YIDDL80I, YVDDL180M), 3 örnekte tekli mutasyon (iki örnekte YIDD, birer örnekte N236T ve L80V) saptanmıştır. Direnç geni tespit edilen hastaların 6-12 ay sonra yapılan kontrol HBV-DNA düzeyleri incelenmiş ve 12 hastanın 11'inde DNA düzeyinde düşüş izlenmiştir.Sonuç: LiPA yöntemi ile sınırlı sayıda mutasyon incelenebildiği için, alınan ilaca karşı dirence neden olan farklı mutasyon paternlerinin saptanamayacağı, bu genleri saptamaya olanak veren sekanslama gibi ek bir yönteme başvurmanın faydalı olacağı kanaatine varılmıştır. Ayrıca ilaç direnci nedeniyle meydana gelen tedavi başarısızlığı sonucunda, daha önce kullanılmamış yeni bir ilaç ile tedaviye devam edilecekse, bu antivirale karşı direnç oluşturan mutasyonların da bulunma ihtimalinin göz ardı edilmemesi gerektiği düşünülmüştürObjective: In this study, it is aimed to determine the mutations responsible for drug resistance in patients with chronic hepatitis B virus (HBV) infection received/receiving antiviral treatment at our hospital and to examine the patients in terms of the treatment applied and their HBV-DNA levels. Materials and Methods: One hundred and thirty-one samples taken from patients diagnosed with chronic hepatitis B infection between January 2010 and January 2015 at Necmettin Erbakan University Meram Faculty of Medicine Hospital were studied with reverse hybridization principle-based INNO-LiPA HBV DR v2 method and the results were evaluated retrospectively. Results: Mutation was determined in 12 samples (9.1%). While tyrosine, methionine, aspartate, aspartate (YMDD) pattern change causing lamuvidine resistance was determined in 10 samples, 7 of them were observed to be M204I tyrosine, isoleucine, aspartate, aspartate (YIDD) and 4 were M204V tyrosine, valine, aspartate, aspartate (YVDD). Multiple mutations were determined in six samples (M204VM204IL180I, YVDDL180MV/G173L, YIDDL180M, YIDDL80V in one each and YIDDL80I, YVDDL180M in two each) and single mutation was determined in 3 samples (YIDD in two samples and N236T and L80V in one each). Control HBV-DNA levels were evaluated in patients with resistance gene after 6-12 months and a decrease in DNA level was observed in 11 of 12 patients. Conclusion: Since a limited number of mutations can be examined via LiPA method, it is concluded that different mutation patterns causing drug resistance cannot be determined and it will be beneficial to use an additional method such as sequencing that enables to determine these genes. Additionally, as a result of treatment failure due to drug resistance, if the treatment will be continued with a novel drug that is not used before, it is considered that the possibility of the presence of mutations causing a resistance against this antiviral should not be neglecte