A new look on human leptospirosis

En 1918 Martin et Pettit démontraient la présence d’anticorps agglutinants dans le sérum des malades atteints de leptospirose. Un siècle plus tard, alors que la réaction d’agglutination-lyse reste la technique de référence pour la confirmation des cas, cette zoonose mériterait qu’on lui prête un regard plus attentif tant son impact demeure important dans le monde. La leptospirose est une infection dont les présentations cliniques constituent un continuum, allant des formes asymptomatiques aux formes les plus sévères conduisant au décès. L’incidence de la leptospirose dans les zones climatiques tropicales semi-arides comme en Afrique de l’Ouest semble sous-estimée mais les données disponibles sont rares. Une étude réalisée au Burkina Faso par le Centre Muraz montre que la leptospirose constitue une des causes d’ictère fébrile observées dans ce pays. Il est indispensable de mettre en place des programmes spécifiques de recherche et de prise en charge de cette zoonose négligée. Le réseau francophone sur les maladies tropicales négligées a retenu la leptospirose comme une des infections prioritaires dans une approche One Health pour les années 2019-2020.In 1918 Martin and Pettit demonstrated the presence of agglutinating antibodies in the serum of patients with leptospirosis. A century later, while the agglutination-lysis reaction remains the gold standard for case confirmation, this zoonosis needs a renewed look tacking into account the burden of leptospirosis over the world. Leptospirosis severity constitutes a continuum ranging from asymptomatic forms to the most severe forms leading to the death. The incidence of leptospirosis in semi-arid tropical climates - such as in West Africa - seems significant even though scarce data are available. In a study conducted in Burkina Faso we observed that leptospirosis is one of the causes of febrile jaundice observed in this country. It is essential to set up specific research and management programs for this neglected zoonosis

Molecular diagnosis of COVID-19 in Burkina Faso: successful challenge

COVID-19 has worsened the health situation in Burkina Faso. In fact, the country has known a peak of the second wave, which began in November, and ended around January 2021. Biological diagnosis has played a key role in the management of COVID-19. The aim of this review paper is to address the practical aspects that laboratories have faced in order to meet the challenge of SARS-CoV-2 diagnosis in Burkina Faso. According to international requirements, Burkina Faso has used real-time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) as the “gold standard” for the diagnosis of COVID-19. From March 9, 2020 to July 31, 2021, in Burkina Faso, laboratories involved in COVID-19 diagnosis analyzed 226,189 samples by molecular tests and 2, 352 samples by rapid antigenic tests, whose peak was in January 2021 with 35,984 samples analyzed. The daily average rate of samples analysis was 456.02 tests. The majority of the individuals requesting COVID-19 tests were travelers (62.00%), followed by contact cases (18.42%), suspected cases (7.95%), voluntary screening (7.57%), and 4.06% of other applicants consisting of health care personnel and at-risk patients. In terms of prevention, vaccines are being administered to the general population. However, some efforts must be made to provide automated sample analysis equipment and complete sequencing of SARS-CoV-2 remains among the challenges

Linkage between ACE2 Gene Polymorphisms and SARS-CoV-2 infection in Burkina Faso, sub-Saharan Africa

The ACE2 gene polymorphisms (rs143936283, rs146676783, and rs4646116) in infected and noninfected persons by SARS-CoV-2 in Burkina Faso. Our cross-sectional study population comprised 137 SARS-CoV-2 infected persons and 181 non-infected persons. Three ACE2 gene polymorphisms rs143936283, rs146676783, and rs4646116, were genotyped using the real-time PCR standard TaqMan allelic discrimination technique. The association between SARS-CoV-2 infection and the polymorphisms were evaluated by a binary logistic regression. There was no association between the polymorphisms rs143936283, rs4646116 haplotypes, and SARS-CoV-2 infection in our study population. However, in the female population, the heterozygous genotype CT of rs146676783 increased by two and half the risk (OR=2.58 95%CI (1.2-5.48), p= 0.014) of being infected by SARS-CoV-2. Additionally, carrying the homozygous minor allele (genotype TT) of rs146676783 increased by more than five and half the risk (OR=5.57 95%CI (1.64-18.78), p=0.006) of being infected by SARS-CoV-2 among females. This study showed that the ACE2 gene variant rs146676783 was associated with an increased risk of being infected by SARS-CoV-2 in females, suggesting a need for further investigation to contribute to a better understanding of the African COVID-19 enigma

Development and implementation of nucleic acid tests for diagnosis of infectious diseases in resource-limited countries

Les tests moléculaires sont fréquemment demandés pour le diagnostic et le suivi des maladies infectieuses dans les pays développés. Cependant, sa disponibilité reste limitée dans les pays à ressources limitées dû à des contraintes de coûts, des technologies et des ressources humaines. Dans les régions éloignées, un accès limité aux installations de laboratoire constitue également un problème majeur. Le développement de méthodes de PCR sur plateformes ouvertes dans des laboratoires de référence tels que le Centre MURAZ au Burkina-Faso et l'utilisation d’échantillons de sang total capillaires sur DBS peuvent faciliter l'accès aux tests moléculaires.Selon la directive de l'OMS, la quantification de l'ARN du VIH à l'aide de DBS peut être une alternative dans les contextes d’accès difficile au laboratoire. Une préoccupation majeure est la spécificité sous-optimale de l’utilisation des DBS en raison de l'interférence de l'ADN du VIH archivé dans des cellules infectées sur la charge virale ARN du VIH. Dans une première étude, nous avons déterminé le niveau d'ADN du VIH-1 qui entravait la fiabilité de la quantification de l'ARN du VIH-1 sur des DBS. Une détection d'ARN du VIH-1 faussement positif (22/62, 35%) a été associée à des niveaux élevés d'ADN de VIH-1. Nos résultats indiquent que la spécificité des tests d'ARN du VIH-1 sur les DBS devrait être évaluée suivant les protocoles du fabricant sur les échantillons avec des niveaux d'ADN de VIH-1 de ≥1 000 copies / 106 cellules mononuclées du sang périphérique.Outre les infections fréquemment diagnostiquées, il est urgent d'intensifier la recherche d’infections négligées comme la leptospirose. Dans une seconde étude, nous avons exploré la leptospirose par des tests sérologiques et moléculaires comme cause négligée de maladie chez les patients atteints d’ictère fébrile au Burkina Faso. Les résultats ont montré pour la première fois que la leptospirose est une cause insoupçonnée de maladie fébrile aiguë dans ce pays semi-aride.Dans la dernière partie du doctorat, nous avons développé un test de PCR multiplex pour le diagnostic de la méningite à herpès simplex virus (HSV) et à Mycobacterium tuberculosis (MTB) chez des patients suspects de méningite aseptique. Cette qPCR qui a permis de tester dans un seul essai HSV 1/2 et MTB était très spécifique, sensible et reproductible. La concentration d'ADN la plus faible donnant 100% de signal de détection a été estimée à 2,12 copies / μl pour HSV1, 1,76 pour HSV2 et 2,15 copies / μl pour MTB. Parmi les 202 échantillons de LCR inclus dans cette étude, 5 (2,46%) étaient positifs: 2 (0,99%) pour HSV et 3 (1,47%) pour MTB. Ce test peut être particulièrement utile dans les cas de méningite / encéphalite avec un faible nombre de globules blancs dans le CSF.Notre projet a montré l'importance de la mise en œuvre de nouvelles méthodes moléculaires pour fournir des données préliminaires sur le fardeau des maladies infectieuses, y compris la leptospirose, la tuberculose et la méningite à HSV au Burkina Faso. Le DBS est un spécimen alternatif qui facilite l'accès aux tests moléculaires mais nécessite des études de validation. Les approches syndromiques doivent être testées et mises en œuvre dans les pays à ressources limitées en se basant sur l'expertise locale et la mise en œuvre de méthodes moléculaires dans les laboratoires de référence.Molecular assays are frequently requested for the diagnosis and monitoring of infectious diseases. While nucleic acid testing is the standard of care in developed countries, its availability remains limited and constrained by cost, technologies, and human resources in many settings, including West Africa. In remote areas, limited access to laboratory facilities is also a main issue. The development of PCR methods on open polyvalent platform in reference laboratories such as the Centre Muraz in Burkina-Faso and the use of capillary whole blood collected on DBS specimens can facilitate access to nucleic acid testing.According to WHO guideline HIV-RNA quantification using DBS can be considered in settings where there is a lack of access to sites or nearby laboratory facilities for nucleic acid test. A major concern is the suboptimal lower specificity of DBS due to the interference of HIV-DNA copies archived in infected cells with HIV-RNA copies. In the first study we determined the HIV-1 DNA level that interfered with the reliability of HIV-1 RNA quantification on DBS specimens used for therapeutic monitoring (1). False-positive HIV RNA detection (22/62, 35%) was associated with high HIV-1 DNA levels. Our results indicate that the specificity of HIV-1 RNA assays on DBS should be evaluated following manufacturer protocols on samples with HIV-1 DNA levels of ≥1,000 copies/106 peripheral blood mononuclear cells.Beside infections frequently tested by nucleic acid tests there is an urgent need to scale up assay for neglected infection such leptospirosis. In the second study we explored leptospirosis by serological and molecular testing as a neglected cause of disease among patients with febrile icteric illness in Burkina Faso. The results showed for the first time that leptospirosis is an unsuspected cause of acute febrile illness in this semi-arid country.In the last part of the PhD, we developed a multiplex PCR assay for the diagnosis of tuberculosis and Herpes Simplex (HSV) meningitis among patients with suspected aseptic meningitis. This qPCR which allowed to test in a single run HSV 1/2 and M. tuberculosis was highly specific, sensitive and reproducible. The lowest DNA concentration giving 100% detection signal was estimated at 2.12 copies/µl for HSV1, 1.76 for HSV2 and 2.15 copies/µl for M. tuberculosis. Of the 202 CSF specimens included in this study, 5 (2.46%) were tested positive: 2 (0.99%) for HSV and 3 (1.47%) for M. tuberculosis. This assay may be especially useful in cases of meningitis/encephalitis with a low number of white blood cells count in the CSF.Our project stresses the importance of the implementation of news molecular methods to provide preliminary data about the burden of infectious diseases including leptospirosis, tuberculosis and HSV meningitis in Burkina Faso. DBS is an alternative specimen that facilitates access to nucleic acid tests but requires validation studies. Syndromic approach need to be tested and implemented in West Africa and should be based on local expertise and implementation of molecular methods in reference laboratories

Développement d’approches PCR et implémentation pour l’amélioration de l’accès au diagnostic moléculaire des maladies infectieuses dans les pays à ressources limitées

Molecular assays are frequently requested for the diagnosis and monitoring of infectious diseases. While nucleic acid testing is the standard of care in developed countries, its availability remains limited and constrained by cost, technologies, and human resources in many settings, including West Africa. In remote areas, limited access to laboratory facilities is also a main issue. The development of PCR methods on open polyvalent platform in reference laboratories such as the Centre Muraz in Burkina-Faso and the use of capillary whole blood collected on DBS specimens can facilitate access to nucleic acid testing.According to WHO guideline HIV-RNA quantification using DBS can be considered in settings where there is a lack of access to sites or nearby laboratory facilities for nucleic acid test. A major concern is the suboptimal lower specificity of DBS due to the interference of HIV-DNA copies archived in infected cells with HIV-RNA copies. In the first study we determined the HIV-1 DNA level that interfered with the reliability of HIV-1 RNA quantification on DBS specimens used for therapeutic monitoring (1). False-positive HIV RNA detection (22/62, 35%) was associated with high HIV-1 DNA levels. Our results indicate that the specificity of HIV-1 RNA assays on DBS should be evaluated following manufacturer protocols on samples with HIV-1 DNA levels of ≥1,000 copies/106 peripheral blood mononuclear cells.Beside infections frequently tested by nucleic acid tests there is an urgent need to scale up assay for neglected infection such leptospirosis. In the second study we explored leptospirosis by serological and molecular testing as a neglected cause of disease among patients with febrile icteric illness in Burkina Faso. The results showed for the first time that leptospirosis is an unsuspected cause of acute febrile illness in this semi-arid country.In the last part of the PhD, we developed a multiplex PCR assay for the diagnosis of tuberculosis and Herpes Simplex (HSV) meningitis among patients with suspected aseptic meningitis. This qPCR which allowed to test in a single run HSV 1/2 and M. tuberculosis was highly specific, sensitive and reproducible. The lowest DNA concentration giving 100% detection signal was estimated at 2.12 copies/µl for HSV1, 1.76 for HSV2 and 2.15 copies/µl for M. tuberculosis. Of the 202 CSF specimens included in this study, 5 (2.46%) were tested positive: 2 (0.99%) for HSV and 3 (1.47%) for M. tuberculosis. This assay may be especially useful in cases of meningitis/encephalitis with a low number of white blood cells count in the CSF.Our project stresses the importance of the implementation of news molecular methods to provide preliminary data about the burden of infectious diseases including leptospirosis, tuberculosis and HSV meningitis in Burkina Faso. DBS is an alternative specimen that facilitates access to nucleic acid tests but requires validation studies. Syndromic approach need to be tested and implemented in West Africa and should be based on local expertise and implementation of molecular methods in reference laboratories.Les tests moléculaires sont fréquemment demandés pour le diagnostic et le suivi des maladies infectieuses dans les pays développés. Cependant, sa disponibilité reste limitée dans les pays à ressources limitées dû à des contraintes de coûts, des technologies et des ressources humaines. Dans les régions éloignées, un accès limité aux installations de laboratoire constitue également un problème majeur. Le développement de méthodes de PCR sur plateformes ouvertes dans des laboratoires de référence tels que le Centre MURAZ au Burkina-Faso et l'utilisation d’échantillons de sang total capillaires sur DBS peuvent faciliter l'accès aux tests moléculaires.Selon la directive de l'OMS, la quantification de l'ARN du VIH à l'aide de DBS peut être une alternative dans les contextes d’accès difficile au laboratoire. Une préoccupation majeure est la spécificité sous-optimale de l’utilisation des DBS en raison de l'interférence de l'ADN du VIH archivé dans des cellules infectées sur la charge virale ARN du VIH. Dans une première étude, nous avons déterminé le niveau d'ADN du VIH-1 qui entravait la fiabilité de la quantification de l'ARN du VIH-1 sur des DBS. Une détection d'ARN du VIH-1 faussement positif (22/62, 35%) a été associée à des niveaux élevés d'ADN de VIH-1. Nos résultats indiquent que la spécificité des tests d'ARN du VIH-1 sur les DBS devrait être évaluée suivant les protocoles du fabricant sur les échantillons avec des niveaux d'ADN de VIH-1 de ≥1 000 copies / 106 cellules mononuclées du sang périphérique.Outre les infections fréquemment diagnostiquées, il est urgent d'intensifier la recherche d’infections négligées comme la leptospirose. Dans une seconde étude, nous avons exploré la leptospirose par des tests sérologiques et moléculaires comme cause négligée de maladie chez les patients atteints d’ictère fébrile au Burkina Faso. Les résultats ont montré pour la première fois que la leptospirose est une cause insoupçonnée de maladie fébrile aiguë dans ce pays semi-aride.Dans la dernière partie du doctorat, nous avons développé un test de PCR multiplex pour le diagnostic de la méningite à herpès simplex virus (HSV) et à Mycobacterium tuberculosis (MTB) chez des patients suspects de méningite aseptique. Cette qPCR qui a permis de tester dans un seul essai HSV 1/2 et MTB était très spécifique, sensible et reproductible. La concentration d'ADN la plus faible donnant 100% de signal de détection a été estimée à 2,12 copies / μl pour HSV1, 1,76 pour HSV2 et 2,15 copies / μl pour MTB. Parmi les 202 échantillons de LCR inclus dans cette étude, 5 (2,46%) étaient positifs: 2 (0,99%) pour HSV et 3 (1,47%) pour MTB. Ce test peut être particulièrement utile dans les cas de méningite / encéphalite avec un faible nombre de globules blancs dans le CSF.Notre projet a montré l'importance de la mise en œuvre de nouvelles méthodes moléculaires pour fournir des données préliminaires sur le fardeau des maladies infectieuses, y compris la leptospirose, la tuberculose et la méningite à HSV au Burkina Faso. Le DBS est un spécimen alternatif qui facilite l'accès aux tests moléculaires mais nécessite des études de validation. Les approches syndromiques doivent être testées et mises en œuvre dans les pays à ressources limitées en se basant sur l'expertise locale et la mise en œuvre de méthodes moléculaires dans les laboratoires de référence

Expression clinique, diagnostic et prophylaxie de la leptospirose chez l’Homme

International audienc

Expression clinique, diagnostic et prophylaxie de la leptospirose chez l’Homme

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Connaissances, attitudes et pratiques des populations face à la tuberculose dans trois régions du Burkina Faso

Au Burkina Faso, le dépistage précoce des cas de la tuberculose (TB) constitue encore un défi malgré l’implication communautaire dansla lutte contre la maladie depuis 2005. Des connaissances et attitudes adéquates face à la tuberculose devraient contribuer à améliorer la détection des cas. L’objectif de notre travail était de décrire les connaissances, attitudes et pratiques des communautésface à la tuberculose. Nous avonsréalisé une analyse des données d’enquête transversale menée en 2012 dans trois régions du Burkina Faso. Les participants ont été choisis selon un échantillonnage en grappe. Nous avons identifié les facteurs associés à la connaissance à partir d’une régression de Cox. Au total 2 261 individus ont été enquêtés. Le sexe féminin était majoritaire (56,2 %). Plus de 85 % des enquêtés ont déclaré avoir déjà entendu parler de la TB. Un tiers (30,4 %) de la population a une bonne connaissance de la tuberculose. Lesfacteurs associés à la connaissance sur la tuberculose sont : le sexe, l’âge, le niveau d’instruction et le lieu de résidence. Pour plus de 96 % de la population enquêtée, le centre de santé est le premier recours en cas de suspicion de symptômes de la tuberculose. Le niveau global de la connaissance de la TB reste faible dansla population générale au Burkina Faso. L’amélioration de la connaissance sur la TB tenant compte des disparités identifiées dans cette étude est nécessaire pour l’atteinte des objectifs en matière de lutte contre la TB au Burkina Faso. Mots-clés : tuberculose, connaissance, pratique, Cox, Burkina Faso.   English Title: Knowledge, attitudes, and practices related to TB among the general population of three regions of Burkina FasoIn Burkina Faso, early detection of tuberculosis(TB) casesremain a challenge despite community involvement in the fight against the disease since 2005. Adequate knowledge and attitudes related to tuberculosis should help improve case detection. The aim of our study was to describe the knowledge, attitudes and practices of communities regarding tuberculosis. We performed an analysis of cross-sectional survey data conductedin 2012 in three regions of Burkina Faso. To select participants, we carried out a three-stage clustersampling. We identified the TB related knowledge associated factorsthrough a Cox regression. A total, 2261 individuals were surveyed. The female was in the majority (56.2 %). Over 85 % of those surveyed said they had heard from TB before. One-third (30.4 %) of the population has a good knowledge of tuberculosis. Factors associated with TB-related knowledge are gender, age, education, and place of residence. For more than 96 % of the population surveyed, the health center is the first resort in case of suspected symptoms of tuberculosis. The overall level of knowledge of TB remainslow in the general population in Burkina Faso. Improving knowledge about TB taking into account the disparities identified in this study is necessary for reaching national goals in Burkina Faso. Keywords: Tuberculosis, knowledge, practices, Cox, Burkina Fas

Combined testing for herpes simplex virus and Mycobacterium tuberculosis DNA in cerebrospinal fluid of patients with aseptic meningitis in Burkina Faso, West Africa

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Countrywide epidemiology of B, C and Delta hepatitis in Burkina Faso: the ANRS 12270 clustered cross-sectional study

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