Эндотелийзависимые механизмы формирования кислородтранспортной функции крови при окислительном стрессе

ЭНДОТЕЛИЙЭПИТЕЛИЙКРОВЬКИСЛОРОДА АКТИВНЫЕ ФОРМЫОКСИДАТИВНЫЙ СТРЕССОБМЕН ВЕЩЕСТВАНТИОКСИДАНТЫАЗОТА ОКСИД

The pacific century: economic and political consequences of Asia- Pasific dynamism/ Linder

xii, 154 hal.: tab.; 21 cm

The pacific century: economic and political consequences of Asia- Pasific dynamism/ Linder

xii, 154 hal.: tab.; 21 cm

Predicting, Engineering and Interpreting Gene Regulatory Sequences and Proteins with Deep Learning

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2021The vast majority of the 3.1 billion base-pairs in the (haploid) human genome do not code for a particular protein, yet mutations in these non-coding regions can have a profound impact on phenotype and be deleterious. The reason is that within these regions - enhancers, promoters, introns and untranslated regions (UTRs) - reside a cis-regulatory code which governs gene expression and is sensitive to disruption. Ongoing efforts of mapping the relationship between genetic variants and disease phenotype are limited by data and the lack of generalizability. Furthermore, engineering \textit{de novo} gene-regulatory sequences and proteins according to target specifications, which would aid the development of vaccines, medical therapeutics, molecular sensing devices and more, is hampered by the lack of methods that can reliably generate large sets of diverse and optimized candidate designs for high-throughput screening. This dissertation presents an approach combining Massively Parallel Reporter Assays (MPRAs) with Deep Learning to obtain a sequence-predictive model of Alternative Polyadenylation (APA), a regulatory process occurring mainly in the 3' UTR of pre-mRNA. The trained neural network predicts 3'-end cleavage at base-pair resolution and can accurately prioritize human variants. By developing methods to visualize features learned in higher-order network layers, we extract a cis-regulatory APA code that aligns well with established biology. Next, the dissertation presents a family of methods that were developed to design de novo biological sequences based on the response of a differentiable fitness predictor. These methods, which are based on activation maximization, can be used to efficiently generate millions of diverse, optimized sequence designs on the basis of a deep generative model. Finally, we present a feature attribution method for interpreting neural network predictions. The method, which learns input masks that either reconstruct or destroy the prediction, implements a masking operator based on probabilistic sampling that is shown to be particularly well-suited for interpreting biological sequence models. The developed design- and interpretation methods are demonstrated on several DNA-, RNA- and protein function predictors and outperform state-of-the-art methods for multiple target applications

”Det löser sig under studiernas gång”

Studenters förhållningssätt till högre studier präglas allt mer av identitetsbekräftelse (Schreiner, 2006) och utbildningskon­sumtion (Friis Johannsen, 2007). För många är studierna ett medel för att utveckla eller manifestera en identitet. Schrei­ner (2006) sammanfattar: When young people choose an education or profession, they express at the same time key components of their identity. Andelen nybörjarstudenter som tagit civilingenjörsexamen efter fem år halverades från 38% i 1980-talets mitt till 19% vid 2000-talets början. Andelen som tagit examen efter sju år har däremot bara minskat från 60% till 55%. Idag tar alltså nästan lika många studenter en civilingenjörsexamen, men de tar längre tid på sig. Med resultat från olika studier vill vi illustrera hur det förändrade förhållningssättet bidrar till att det tar allt längre tid för civilingenjörsstudenter att nå sin examen. Att finna ett yrke har för många blivit något som ”löser sig under studiernas gång”. En enkätstudie för nybörjare på ett civilingenjörsprogram i teknisk fysik visade att 65 % hade som främsta mål att just gå utbildningen. Övriga hade mer långsiktiga mål, som exempelvis yrkesarbete. Flera studenter uttrycker en osäkerhet i att välja rätt i det stora utbildningsutbudet med fler än 65 olika civilingenjörs­program och otaliga andra utbildningar att välja på. Ett sätt att hanterar detta utbud är mobilitet mellan utbildningar. Analys av studiebanor för en kull på teknisk fysik från 2006 visade att 30 % av studenterna läst vid andra utbildnings-program tidigare och/eller lämnade programmet för att läsa ett annat. En intervjustudie visade att många av studenterna ansåg att det inledningsvis var minst lika viktigt att engagera sig i kår, studentliv och annat för att utveckla sig som person. Senare under studietiden kunde man fokusera sig, hitta en inriktning och avsluta studierna. Den inriktning som studenterna vill ha finns inte alltid inom civilingenjörsprogrammens struktur. Därför väljer de att bredda sig med andra kurser, exempelvis i ekonomi, språk, juridik och datavetenskap. Detta är några faktorer som bidrar till att tiden som studenterna behöver för att nå sin civilingenjörsexamen ökar. Dagens studenter läser allt oftare främst för att ”bli någon” och det är något som ofta tar både längre tid och andra vägar än vad de som planerat utbildningarna förväntat sig. Referenser Friis Johannsen, B. (2007). Attrition in University Physics. Uppsala University, Uppsala. Schreiner, C. (2006) EXPLORING A ROSE-GARDEN Norwegian youth’s orientations towards science – seen as signs of late modern identities. Oslo University, Oslo

”Det löser sig under studiernas gång”

Studenters förhållningssätt till högre studier präglas allt mer av identitetsbekräftelse (Schreiner, 2006) och utbildningskon­sumtion (Friis Johannsen, 2007). För många är studierna ett medel för att utveckla eller manifestera en identitet. Schrei­ner (2006) sammanfattar: When young people choose an education or profession, they express at the same time key components of their identity. Andelen nybörjarstudenter som tagit civilingenjörsexamen efter fem år halverades från 38% i 1980-talets mitt till 19% vid 2000-talets början. Andelen som tagit examen efter sju år har däremot bara minskat från 60% till 55%. Idag tar alltså nästan lika många studenter en civilingenjörsexamen, men de tar längre tid på sig. Med resultat från olika studier vill vi illustrera hur det förändrade förhållningssättet bidrar till att det tar allt längre tid för civilingenjörsstudenter att nå sin examen. Att finna ett yrke har för många blivit något som ”löser sig under studiernas gång”. En enkätstudie för nybörjare på ett civilingenjörsprogram i teknisk fysik visade att 65 % hade som främsta mål att just gå utbildningen. Övriga hade mer långsiktiga mål, som exempelvis yrkesarbete. Flera studenter uttrycker en osäkerhet i att välja rätt i det stora utbildningsutbudet med fler än 65 olika civilingenjörs­program och otaliga andra utbildningar att välja på. Ett sätt att hanterar detta utbud är mobilitet mellan utbildningar. Analys av studiebanor för en kull på teknisk fysik från 2006 visade att 30 % av studenterna läst vid andra utbildnings-program tidigare och/eller lämnade programmet för att läsa ett annat. En intervjustudie visade att många av studenterna ansåg att det inledningsvis var minst lika viktigt att engagera sig i kår, studentliv och annat för att utveckla sig som person. Senare under studietiden kunde man fokusera sig, hitta en inriktning och avsluta studierna. Den inriktning som studenterna vill ha finns inte alltid inom civilingenjörsprogrammens struktur. Därför väljer de att bredda sig med andra kurser, exempelvis i ekonomi, språk, juridik och datavetenskap. Detta är några faktorer som bidrar till att tiden som studenterna behöver för att nå sin civilingenjörsexamen ökar. Dagens studenter läser allt oftare främst för att ”bli någon” och det är något som ofta tar både längre tid och andra vägar än vad de som planerat utbildningarna förväntat sig. Referenser Friis Johannsen, B. (2007). Attrition in University Physics. Uppsala University, Uppsala. Schreiner, C. (2006) EXPLORING A ROSE-GARDEN Norwegian youth’s orientations towards science – seen as signs of late modern identities. Oslo University, Oslo

”Det löser sig under studiernas gång”

Studenters förhållningssätt till högre studier präglas allt mer av identitetsbekräftelse (Schreiner, 2006) och utbildningskon­sumtion (Friis Johannsen, 2007). För många är studierna ett medel för att utveckla eller manifestera en identitet. Schrei­ner (2006) sammanfattar: When young people choose an education or profession, they express at the same time key components of their identity. Andelen nybörjarstudenter som tagit civilingenjörsexamen efter fem år halverades från 38% i 1980-talets mitt till 19% vid 2000-talets början. Andelen som tagit examen efter sju år har däremot bara minskat från 60% till 55%. Idag tar alltså nästan lika många studenter en civilingenjörsexamen, men de tar längre tid på sig. Med resultat från olika studier vill vi illustrera hur det förändrade förhållningssättet bidrar till att det tar allt längre tid för civilingenjörsstudenter att nå sin examen. Att finna ett yrke har för många blivit något som ”löser sig under studiernas gång”. En enkätstudie för nybörjare på ett civilingenjörsprogram i teknisk fysik visade att 65 % hade som främsta mål att just gå utbildningen. Övriga hade mer långsiktiga mål, som exempelvis yrkesarbete. Flera studenter uttrycker en osäkerhet i att välja rätt i det stora utbildningsutbudet med fler än 65 olika civilingenjörs­program och otaliga andra utbildningar att välja på. Ett sätt att hanterar detta utbud är mobilitet mellan utbildningar. Analys av studiebanor för en kull på teknisk fysik från 2006 visade att 30 % av studenterna läst vid andra utbildnings-program tidigare och/eller lämnade programmet för att läsa ett annat. En intervjustudie visade att många av studenterna ansåg att det inledningsvis var minst lika viktigt att engagera sig i kår, studentliv och annat för att utveckla sig som person. Senare under studietiden kunde man fokusera sig, hitta en inriktning och avsluta studierna. Den inriktning som studenterna vill ha finns inte alltid inom civilingenjörsprogrammens struktur. Därför väljer de att bredda sig med andra kurser, exempelvis i ekonomi, språk, juridik och datavetenskap. Detta är några faktorer som bidrar till att tiden som studenterna behöver för att nå sin civilingenjörsexamen ökar. Dagens studenter läser allt oftare främst för att ”bli någon” och det är något som ofta tar både längre tid och andra vägar än vad de som planerat utbildningarna förväntat sig. Referenser Friis Johannsen, B. (2007). Attrition in University Physics. Uppsala University, Uppsala. Schreiner, C. (2006) EXPLORING A ROSE-GARDEN Norwegian youth’s orientations towards science – seen as signs of late modern identities. Oslo University, Oslo