SEGMENT3D: A Web-based Application for Collaborative Segmentation of 3D images used in the Shoot Apical Meristem

The quantitative analysis of 3D confocal microscopy images of the shoot apical meristem helps understanding the growth process of some plants. Cell segmentation in these images is crucial for computational plant analysis and many automated methods have been proposed. However, variations in signal intensity across the image mitigate the effectiveness of those approaches with no easy way for user correction. We propose a web-based collaborative 3D image segmentation application, SEGMENT3D, to leverage automatic segmentation results. The image is divided into 3D tiles that can be either segmented interactively from scratch or corrected from a pre-existing segmentation. Individual segmentation results per tile are then automatically merged via consensus analysis and then stitched to complete the segmentation for the entire image stack. SEGMENT3D is a comprehensive application that can be applied to other 3D imaging modalities and general objects. It also provides an easy way to create supervised data to advance segmentation using machine learning models

Cell Segmentation in 3D Confocal Images using Supervoxel Merge-Forests with CNN-based Hypothesis Selection

Automated segmentation approaches are crucial to quantitatively analyze large-scale 3D microscopy images. Particularly in deep tissue regions, automatic methods still fail to provide error-free segmentations. To improve the segmentation quality throughout imaged samples, we present a new supervoxel-based 3D segmentation approach that outperforms current methods and reduces the manual correction effort. The algorithm consists of gentle preprocessing and a conservative super-voxel generation method followed by supervoxel agglomeration based on local signal properties and a postprocessing step to fix under-segmentation errors using a Convolutional Neural Network. We validate the functionality of the algorithm on manually labeled 3D confocal images of the plant Arabidopis thaliana and compare the results to a state-of-the-art meristem segmentation algorithm.Comment: 5 pages, 3 figures, 1 tabl

Meio século de valvopatias no Brasil: cuidando e fazendo história

Introdução. Em mais de 50 anos de atuação, a Liga acompanhou e influenciou o cenário da Cardiologia no Brasil. Seu principal foco é o acompanhamento longitudinal do paciente com sequela valvar reumática, doença negligenciada pelas vanguardas internacionais de pesquisa devido a sua baixa prevalência nos países desenvolvidos. Hoje, tem orgulho em expandir sua atuação abrangendo toda a Clínica Médica, oferecendo um atendimento global ao paciente cardiopata e um amplo aprendizado aos acadêmicos. Objetivos. Apresentar as atividades de uma liga acadêmica, analisando de forma crítica os resultados obtidos com enfoque no tripé universitário Ensino-Pesquisa-Assistência. Atividades da Liga. A principal atividade da Liga é o atendimento ambulatorial semanal, realizado por acadêmicos do segundo ao sexto ano de medicina e supervisionado por médicos residentes, preceptores e assistentes de um hospital universitário, que discutem os casos atendidos pelos acadêmicos e orientam a conduta. A liga é administrada por seis alunos de graduação em medicina e dois médicos assistentes e conta com um corpo discente de 40 alunos e um corpo clínico de dez discutidores. Ensino. Um dos trunfos da Liga é proporcionar ao aluno o acompanhamento longitudinal do paciente, não compreendido no currículo médico convencional. Esse acompanhamento transcende os limites da graduação, dado que muitos dos acadêmicos da liga retornam a ela como médicos discutidores ao seguirem a residência de Clínica Médica. A rotina do atendimento consiste na tradicional combinação de anamnese e exame clínico. Contudo, o acadêmico dispõe de um tempo maior que o habitual de uma consulta médica para praticar os princípios semiológicos. O número de casos e sua variedade se torna um rico instrumento pedagógico. Dos nossos pacientes, 335 (62%) apresentam alterações à ausculta cardíaca. Como atividades complementares a liga promove anualmente seu Curso Introdutório e um Curso Teórico-Prático de Eletrocardiograma, direcionados principalmente a acadêmicos. Assistência. Atualmente, 541 pacientes frequentam o ambulatório da Liga. Desses, 164 (30,3%) apresentavam sintomas de insuficiência cardíaca na última consulta. O tempo de seguimento do paciente varia de acordo com sua patologia e gravidade, sendo os pacientes descompensados agendados num intervalo de tempo menor comparado aos demais. Essas características são muito valorizadas, pois a forte relação criada gera maior confiança e consequentemente maior adesão ao tratamento. Pesquisa. A Liga já publicou trabalhos em revistas nacionais e relatos de caso em um congresso médico acadêmico. Recentemente foi responsável por escrever um capítulo de um livro de diretrizes em cardiologia destinado a acadêmicos, além de ter participado em um Simpósio destinado a ligas acadêmicas cardiológicas em um congresso estadual. Desafios. Uma das grandes metas é a incorporação do conceito de multidisciplinaridade no atendimento, capaz de gerar ganhos incalculáveis na qualidade de vida dos pacientes. Neste quesito a liga não possui vertentes, porém, há planos visando incluir a fisioterapia e a nutrição. Um fator limitante é a falta de supervisores dos cursos supracitados. Outro ponto a ser melhorado é a pesquisa desenvolvida. A produção científica era maior, sendo alguns trabalhos premiados em congressos. Acreditamos que o potencial da Liga é grande o suficiente para expandirmos esse braço de atuação

DIFERENÇAS NAS CARACTERÍSTICAS FÍSICAS DE OVOS PRODUZIDOS SOB PASTEJO LIVRE E SISTEMA CONVENCIONAL

O objetivo deste trabalho foi determinar se existem diferenças entre parâmetros físicos internos e externos de ovos produzidos sob o regime de inspeção federal em dois sistemas de criação diferentes (pastejo livre e convencional) e se é justificada a alteração de sistemas convencionais para pastejo livre baseando-se nestas características. Para tal, ovos oriundos de uma granja com pastejo livre e outra com sistema convencional foram avaliados quanto ao peso, gravidade específica, espessura de casca, peso da casca por superfície de área, resistência da casca do ovo à quebra, percentagem de gema, percentagem de albúmen, coloração da gema e unidade Haugh. As granjas estavam alocadas na mesma propriedade, minimizando a introdução de vieses relacionados à temperatura macro climática, linhagem e, em partes, do arraçoamento. As coletas foram realizadas em quatro ciclos subsequentes de 28 dias. A cada ciclo eram realizados três dias de coleta de 30 ovos em cada sistema, totalizando 360 ovos por sistema. Foi observado que o peso dos ovos oriundos do sistema de pastejo livre eram mais leves que aqueles produzidos no sistema convencional, mesmo assim todos foram classificados como tipo extra. A gravidade específica dos ovos produzidos no sistema de pastejo livre foi menor que a observada nos ovos do sistema convencional (P<0,001). No pastejo livre as cascas dos ovos eram mais espessas (P<0,05) e resistentes (P=0,22), embora mais leves. A porcentagem de albúmen também foi maior no sistema de pastejo livre (P<0,05), o que se inverte na proporção de gema (P<0,05). A coloração das gemas revelou-se curiosamente semelhante em ambos os sistemas (P=0,56). Todos os ovos apresentaram Unidade Haugh AA (P=0,60). Assim ficou determinado que nas granjas avaliadas houve diferenças entre parâmetros físicos internos e externos de ovos (pastejo livre e convencional), mas estas não justificam a alteração de sistemas convencionais para pastejo livre baseando-se nestas características. É recomendado acrescentar a avaliação da cor da gema in loco em cada propriedade na rotina de fiscalização

Infecção de Trato Urinário recorrente no sexo feminino - revisão de literatura

A Infecção do Trato Urinário (ITU) é uma das infecções mais prevalentes no mundo, sendo mais frequente em mulheres devido à anatomia peculiar do trato urinário inferior feminino. Estima-se que cerca de 50% a 60% das mulheres terão pelo menos um episódio de ITU ao longo da vida, sendo que a recorrência pode chegar a metade dos casos. Nesse sentido, a ITU recorrente (ITUr) é definida como 3 ou mais episódios de infecção sintomática em 12 meses, ou 2 ou mais episódios em 06 meses, afetando de 30 a 40% das mulheres. A pós-menopausa predispõe as mulheres a maiores riscos no desenvolvimento de ITUr, pois o hipoestrogenismo causa alterações no epitélio urogenital e no microbioma urogenital. O diagnóstico da ITU é baseado em evidências clínicas e laboratoriais; exames como a microscopia e cultura de urina ainda são considerados o “padrão ouro”, mas não são 100% precisos. Outrossim, diferentes organizações médicas internacionais discordam sobre a necessidade de se realizar a urocultura a cada novo episódio de ITUr. Além disso, o manejo do paciente com esta afecção inclui tratamentos curtos com antibióticos, tratamentos com D-manose para prevenção e antibioticoprofilaxia. A D-manose é um açúcar monossacarídeo que impede a aderência da bactéria à mucosa da bexiga e pode prevenir a ITUr. Estas medidas são necessárias para prevenir e tratar a doença, uma infecção comum que afeta grande parte das mulheres no mundo

Microbiological vulnerability of eggs and environmental conditions in conventional and free-range housing systems

Although Brazil is currently the world’s eighth largest egg exporter, the shift of consumers towards free-range eggs may present new sanitary challenges. This study aims to evaluate the microbiological vulnerability of eggs and environmental conditions in a farm certified for both conventional and free-range systems using two standard methods (enterobacteria counting and Salmonella spp. survey). Two high-producing farms were selected for this study, one under both conventional and free-range systems at the same place as the test farm, and another under conventional system only as a control farm. Enterobacteriaceae counts were determined for eggshells; and detection of Salmonella spp. was conducted in eggs, nest box material, feeder, and sponge samples from water dispensers, feeders, production plant, besides water samples from nipple dispensers and artesian well. The average enterobacteria count (log CFUmL-1) was 0.09 for conventional and 1.73 for free-range systems (p < 0.001). While Salmonella spp. was not detected in the conventional system but was present in one feeder and three eggshells from the free-range system. Therefore, the conventional system demonstrated better hygiene-sanitary status than the free-range one. Moreover, controlling food safety should always be considered when improving animal welfare