Bioinformatics sequence alignment on a GRID architecture

Las tecnologías de la computación de altas prestaciones se han convertido en herramientas muy útiles, empleadas por diferentes empresas o centros de investigación para la ejecución de procesos y análisis de datos masivos en tiempo real, convirtiéndose en necesidades básicas para la mayoría de los procesos investigativos. Sin embargo, uno de los principales objetivos que se buscan al utilizar este tipo de sistemas es el empleo del menor tiempo posible de ejecución de procesos y una mayor precisión en los resultados. En este artículo se dará a conocer de manera general una arquitectura que satisface esas necesidades, como es el caso de una Grid Computing. También se presentará qué factores influyen en ella, qué elementos se deben configurar y cómo es el rendimiento al ejecutar trabajos bioinformáticos en esta arquitectura. Para ello se ejecutarán alineamientos usando NCBIBlast en diferentes nodos de cómputo ubicados dispersos geográficamente, finalmente se evidencia el desempeño que se obtiene al finalizar las tareasTools such as high performance computational technologies have become very useful, used by research centers for running real time analysis. This turns high performance computing into a basic need for any research process. Moreover, minimizing the time spent to run this processes and increasing the precision with which the processes can run are some of the main reasons this technology is used. This article will discuss Grid computing (in a general manner) which is an architecture that satisfies these need. It will also showcase the fundamental factors that influence grid computing and how the performance of bioinformatics jobs can be boosted using this type of architecture. This will be done using NCBI-Blast in computational nodes which are placed in different physical locations in order to see the obtained performance after running each job

Metodología para la evaluación de recursos digitales bibliográficos: experiencia del G8 Bibliotecas, Antioquia.

This article describes the collaborative experience of G8 Library Group of Medellin City in the elaboration of the Technical Matrix for the assessment of Bibliographic Databases and digital resources. Its purpose is serving as a reference to other institutions of the same nature. It is highlighted the importance of having a permanent and systematic evaluation too for decision making regarding the subscription or purchasing of digital resources, bibliographic databases, discoverers and statistical software. The Matrix categories and its reference value are established on 100 points: Search (20), Access (15), Utilities and tools (15), Administration module (10) and Interface (5). In turn, factors and categories with their respective assigned scores are derived from these categories, to later assign the grade and finally obtain the total score for the bibliographicdatabase. Likewise, qualitative information of the evaluation is included. This provides an executive summary of the evaluation with decisive information in the decision making process about bibliographic databases in libraries

2do Workshop Internacional de Investigación formativa en ciencias para afrontar tiempos de cambio

La presente propuesta de investigación formativa en el contexto de la didáctica de las ciencias naturales, matemáticas y tecnología, tiene el objetivo de convertirse en una estrategia didáctica que desarrollará las capacidades científicas y entrará en tensión con las competencias exigidas por el Ministerio de Educación Nacional (MEN) para la presentación de la prueba saber 11, esta misma profundizará en la búsqueda de respuestas frente al desinterés evidente por el estudio de las ciencias en estudiantes cursando ciclo V de instituciones educativas distritales. Para ello realizaremos una prueba piloto con estudiantes del ciclo V del colegio Japón IED, más específicamente con la participación de aquellos alumnos que cuenten con capacidades y aptitudes científicas para conformar y ser parte del semillero “EduQVersa Junior” del mismo colegio. Lo anterior con el fin de obtener resultados cualitativos y cuantitativos para posteriormente organizar una feria científica, ésta misma pretenderá potencializar el interés y asombro en el estudio de las ciencias por medio de proyectos basados con la metodología STEAM, para ulteriormente ser expuesto el día del campo científico, el Workshop, entre otros eventos de difusión de índole local, nacional e internacional. Con los anteriores objetivos se espera fomentar procesos investigativos iniciales en el campo de las ciencias y buscarán incentivar en general en los estudiantes de ciclo V un mayor interés y continuidad en la formación de su educación superior en el estudio de esta área, siendo una apuesta de focalización que se entrecruza con el componente académico y la consolidación del proyecto de

Biodiversity 2016. Status and Trends of Colombian Continental Biodiversity

This third volume of the annual report on biodiversity in Colombia continues the editorial line that begun in 2014. Using novel analytical and graphic proposals, these reports have the goal of communicating the contents to a broad public, making it available for discussion without sacrificing the quality of information. The challenge of communication continues to be a major part of the institutional project, and the new languages with which we are learning to communicate with society and other institutions are an experiment that we expect to be increasingly gratifying. The report for 2017 is already under construction and it counts on new digital technologies so the power of a colombian vital connection may be entirely expressed. The included content evidences that we are still far away from having a systematic follow-up about most of the topics related to the management of biodiversity and ecosystem services, which is the only way to evaluate the effectiveness of policies and investments made by society. In fact, a limitation that is recognized is that of identifying positive or negative changes that affect different levels of organization of life on this planet; therefore, our global navigation route of the Aichi targets is still to be verified. An additional purpose of this process includes the invitation of all Colombians to contribute in constructing and maintaining basic monitoring indicators for management since it is impossible to identify long-term trends of flora and fauna in the country without the support of institutions, researchers, and citizens. This challenge is immense in a megadiverse country such as Colombia. For this reason, the report will continue to open its pages to experts, and even indigenous peoples or local communities, for them to present their perspectives about environmental change and its effects on biodiversity in a systematic and documented manner. This has the objective of stimulating the commitment of everyone in the management of biodiversity and ecosystem services. The only way of overcoming the risk of extinction is through the active process of social learning in which all sectors assume a part of the complex responsibility in protecting the forms of life of the country, a roughly counted tenth of all creatures on Earth. I thank all the people that contributed in this Report, those who have supported us in the phases of production, and all readers and users, who are the ultimate judges of its utility.Bogotá, D. C

Biodiversidad 2016. Estado y Tendencias de la Biodiversidad Continental de Colombia

Esta tercera entrega del reporte anual de la biodiversidad en Colombia profundiza en la línea editorial iniciada el año 2014 mediante nuevas propuestas analíticas y gráficas, con la intención de garantizar que la información llegue a todos los públicos y pueda ser discutida de manera amena sin sacrificio de calidad. La apuesta comunicativa sigue siendo central en el proyecto institucional y los nuevos lenguajes con los que estamos aprendiendo a conversar con la sociedad y las instituciones son un experimento que esperamos sea cada vez más satisfactorio: ya estamos construyendo la versión 2017 con el apoyo de las nuevas tecnologías digitales de manera que la potencia de la conexión vital colombiana se exprese en toda su capacidad. Por los contenidos es evidente que aún distamos mucho de tener una capacidad de seguimiento sistemático para la mayoría de temas relativos a la gestión de la biodiversidad y los servicios ecosistémicos, la única manera de evaluar si las medidas de política y las inversiones que realiza la sociedad están teniendo los efectos deseados. De hecho, parte de las limitaciones reconocidas por robustamente los cambios positivos o negativos que afectan los diferentes niveles de organización de la vida planetaria, por lo cual las mismas metas de Aichi, nuestra carta de navegación global, están pendientes de verificación. Un propósito adicional de este proceso es la invitación a todos los colombianos para contribuir con la construcción y alimentación de los indicadores básicos de seguimiento a la gestión, ya que es imposible identificar las tendencias de largo plazo en que están inmersas la flora y fauna colombianas sin el apoyo de las instituciones, los investigadores y los ciudadanos: en el país de la megadiversidad, el reto es inmenso. Por este motivo, este reporte irá abriendo sus páginas a expertos, incluso indígenas o de comunidades locales, para que presenten de manera sistemática y documentada sus perspectivas del cambio ambiental y sus efectos en la biodiversidad, con el ánimo de promover el compromiso de todos en su gestión. La única manera de superar el riesgo de extinción es mediante un activo proceso de aprendizajes sociales que haga que todos los sectores asuman una parte de la compleja responsabilidad que significa proteger todas las formas de vida del país, una décima parte mal contada de las planetarias. Agradezco a las decenas de personas que contribuyeron con este reporte, a quienes nos han apoyado en todas las etapas de producción y a sus lectores y usuarios, quienes son en último término los jueces de su utilidad.Bogotá, D. C

Time-dependent analysis of extra length of stay and mortality due to ventilator-associated pneumonia in intensive-care units of ten limited-resources countries: findings of the International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC)

Ventilator-associated pneumonias (VAPs) are a worldwide problem that significantly increases patient morbidity, mortality, and length of stay (LoS), and their effects should be estimated to account for the timing of infection. The purpose of the study was to estimate extra LoS and mortality in an intensive-care unit (ICU) due to a VAP in a cohort of 69 248 admissions followed for 283 069 days in ICUs from 10 countries. Data were arranged according to the multi-state format. Extra LoS and increased risk of death were estimated independently in each country, and their results were combined using a random-effects meta-analysis. VAP prolonged LoS by an average of 2.03 days (95% CI 1.52-2.54 days), and increased the risk of death by 14% (95% CI 2-27). The increased risk of death due to VAP was explained by confounding with patient morbidity