Latent rank change detection for analysis of splice-junction microarrays with nonlinear effects

Alternative splicing of gene transcripts greatly expands the functional capacity of the genome, and certain splice isoforms may indicate specific disease states such as cancer. Splice junction microarrays interrogate thousands of splice junctions, but data analysis is difficult and error prone because of the increased complexity compared to differential gene expression analysis. We present Rank Change Detection (RCD) as a method to identify differential splicing events based upon a straightforward probabilistic model comparing the over- or underrepresentation of two or more competing isoforms. RCD has advantages over commonly used methods because it is robust to false positive errors due to nonlinear trends in microarray measurements. Further, RCD does not depend on prior knowledge of splice isoforms, yet it takes advantage of the inherent structure of mutually exclusive junctions, and it is conceptually generalizable to other types of splicing arrays or RNA-Seq. RCD specifically identifies the biologically important cases when a splice junction becomes more or less prevalent compared to other mutually exclusive junctions. The example data is from different cell lines of glioblastoma tumors assayed with Agilent microarrays.Comment: Published in at http://dx.doi.org/10.1214/10-AOAS389 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org

Detecção de anticorpos séricos anti-Giardia lamblia em crianças de creches

OBJETIVES: To detect anti-Giardia lamblia serum antibodies in healthy children attending public day care centers and to assess serological tests as tools for estimating the prevalence of G. lamblia in endemic areas. METHODS: Three separate stool specimens and filter paper blood samples were collected from 147 children ranging from 0 to 6 years old. Each stool sample was processed using spontaneous sedimentation and zinc sulfate flotation methods. Blood samples were tested by indirect immunofluorescence (IIF) and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for Giardia IgG. RESULTS AND CONCLUSIONS: Of 147 individuals tested, 93 (63.3%) showed Giardia cysts in their feces. Using IIF and ELISA, serum antibodies were detected in 93 (63.3%) and 100 (68%) samples , respectively. Sensitivity of IIF and ELISA was 82% and 72%, respectively. However, ELISA revealed to be less specific (39%) than IIF (70%). IIF also showed a higher concordance with microscopic examination than ELISA.OBJETIVOS: Detectar anticorpos séricos anti-Giardia lamblia entre crianças atendidas em creches e estimar a freqüência de infecção por Giardia lamblia em área endêmica. MÉTODOS: Foram coletadas três amostras de fezes de cada uma das 147 crianças de três creches da rede municipal de Botucatu, SP, com idade variando de 0 a 6 anos, e as amostras foram processadas pelos métodos de sedimentação espontânea e flutuação pelo sulfato de zinco. Amostras de sangue foram obtidas da polpa digital, coletadas em papel de filtro e testadas pelos métodos de imunofluorescência indireta (IFI) e de reação imunoenzimática (Elisa) para pesquisa de IgG anti-Giardia. RESULTADOS E CONCLUSÕES: De um total de 147 crianças, 93 (63,3%) apresentaram cistos de Giardia nas fezes. Dos 147 eluatos testados, 93 (63,3%) e 100 (68%) foram positivos para Giardia em IFI e em Elisa, respectivamente. A sensibilidade de IFI foi de 82% e de Elisa, 72%. Contudo, Elisa foi menos específica (39%) do que IFI (70%). A imunofluorescência indireta apresentou maior concordância com o exame de fezes do que Elisa

Análise de proteínas de frações de membranas e de frações solúveis de trofozoítos de duas cepas de Giardia duodenalis, isoladas e axenizadas no Brasil

In the present study, we have analyzed by sodium docecyl sulphate - polyacrilamide gel electrophoresis (SDS-PAGE), immunoblotting and Concanavalin A blotting (Con A blotting) proteins of membrane fractions and soluble fractions obtained from Giardia duodenalis trophozoites of two axenic strains isolated in Brazil from a symptomatic (BTU-11) and an asymptomatic patient (BTU-10), as compared to the reference strain Portland 1. Both Brazilian strains showed a complex and homogeneous electrophoretic pattern of proteins, but some differences could be observed. Several glycoproteins were detected, particularly the proteins of 81, 72, 59 kDa and the protein of 62 kDa in the membrane proteins and cytosol, respectively. Many antigenic components were revealed by anti-Giardia rabbit IgG antibodies in the immunoblotting analysis. Among these components, the membrane protein of 32 kDa and the cytosol protein of 30 kDa could be related to giardin, as previously demonstrated.Foi realizada a análise de algumas características bioquímicas e antigênicas de duas cepas axênicas de Giardia duodenalis, isoladas em Botucatu, a partir de cistos obtidos de paciente sintomático (BTU-11) e assintomático (BTU-10), tendo por referência a cepa padrão Portland 1 (P-1), isolada e axenizada nos Estados Unidos. Preparações contendo proteínas de membranas e proteínas solúveis (citosol) de cada cepa foram empregadas na eletroforese das proteínas em gel de poliacrilamida (SDS-PAGE), na análise de glicoproteínas pela técnica de Con A blot e na análise antigênica pela técnica de "Immunoblotting". Na análise do perfil eletroforético os padrões de bandas de proteínas das cepas BTU-10 e BTU-11 foram complexos e na maior parte homogêneos; algumas diferenças foram detectadas entre as proteínas de membranas. Várias glicoproteínas foram demonstradas, destacando-se as de 81, 72, 59 kDa e a glicoproteína de 62 kDa, detectadas nas preparações de proteínas de membranas e proteínas solúveis, respectivamente. Entre estas glicoproteínas, a de 81 kDa foi detectada apenas entre as proteínas de membranas das cepas BTU-11 e P-1, isoladas de casos sintomáticos. Vários componentes antigênicos foram reconhecidos por anticorpos IgG de coelho pela técnica de "Immunoblotting". Entre estes componentes, as proteínas de 32 kDa, entre as proteínas de membranas e a de 30 kDa, entre as proteínas solúveis, parecem tratar-se de proteínas já caracterizadas como "giardinas". O presente trabalho possibilitou detectar glicoproteínas, proteínas e antígenos em trofozoítos de duas cepas autóctones de G. duodenalis. De modo geral, as análises dos perfis eletroforético e glicoproteico e do "immunoblotting" demonstraram similaridade entre as cepas

Tragicidade e heranças clássicas na obra de Fernando Pessoa, a partir do drama estático O Marinheiro

A presente dissertação busca analisar a peça teatral O marinheiro (1913), de Fernando Pessoa, à luz das principais características que marcaram a tragédia grega na Antiguidade, a fim de constatar se há – e quais – ecos e reminiscências trágicas e marcas de herança clássica no referido texto, considerando-o um dos marcos pessoanos do modernismo português, com sua publicação na primeira edição da revista Orpheu, no ano de 1915, em Lisboa. Para tanto, procurou-se travar, de modo condicionado, uma intensa relação do drama estático pessoano com seus três principais heterônimos, a partir de categorias cinéticas localizadas em cada um, partindo, para tal definição, da própria modalidade proposta pelo autor ao chamar de estático seu gênero teatral.The present dissertation analyses Fernando Pessoa’s drama The sailor [O marinheiro] (written in 1913) in light of the salient features of ancient Greek tragedy in order to detect and define canonical elements of classical theatre present (or not) in Portuguese modernism, as seen in this work by Pessoa, published in the first issue of the literary magazine Orpheu (Lisbon, 1915). To do so, the dissertation proposes a critical approach which relates The sailor with three of the poet’s major heteronyms, viz., Alberto Caeiro, Álvaro de Campos and Ricardo Reis. By defining the kinetic-dramatic didascalia associated with each of these heteronyms, such an approach contributes to a deeper understanding of Pessoa’s own characterization of The sailor as an example of static drama

Intertextualidades entre a Balada Romântica portuguesa e o Fado oitocentista: Intertextualities between the portuguese Romantic Ballad and the nineteenth-century Fado

O ensaio pretende estabelecer pontes intertextuais entre a Balada portuguesa elaborada pelo escritor Almeida Garrett e a lírica do Fado oitocentista em sua primeira fase lisboeta, após uma importação massiva de seu contexto colonial. Ambos resultam de uma elaboração formal a partir de elementos românticos dos anos 1820 em diante. Para tanto, fez-se necessário estabelecer o preâmbulo histórico que revela as origens medievais e mnemônicas a partir das quais Garrett fez sua proposição de romance, publicando em Londres no ano de 1828 a primeira edição de Adozinda. Já o corpus de Fados foi estabelecido a partir da pioneira recolha de Pinto de Carvalho publicada em 1901 e, portanto, referente a pesquisas feitas no final dos oitocentos. Sem pretendermos estabelecer relações óbvias de causalidade e influências, buscou-se antes evidenciar aproximações e diferenças entre expressões literárias lusitanas, mas com raízes pulverizadas por demais territórios e que em algum nível, mesmo que subjetivo, parecem se aparentar

Heranças clássicas na lírica do Fado, a partir do repertório de Amália Rodrigues

O presente trabalho localiza num corpus lírico de Fados do repertório de Amália Rodrigues as reminiscências e ecos clássicos da cultura grega antiga, por meio das ideias de tragicidade, destino, fatalidade, religiosidade, vingança e culpa, elegendo-os como pontos centrais de estudo. Propondo um olhar para a Grécia Clássica a partir desse corpus fadista, tomado aqui portanto como objeto principal, e tendo como base teórica uma contextualização histórica das origens do Fado e da biografia da cantora portuguesa, puderam ser tecidos comentários críticos que evidenciam relações de influência e/ou marcas classicizantes por meio do trânsito cultural estabelecido entre os países e suas literaturas ao longo dos séculos, mas sobretudo o modo como tal herança, transversal ao mundo ocidental, deu-se particularmente no Fado a partir da amostra de letras e poemas aqui selecionados. Para tanto, como embasamento conceitual, a dissertação valeu-se também de uma amostragem da literatura grega, convocada sempre que uma análise comparada se mostrasse organicamente importante para evidenciar as relações propostas. Neste sentido, fizeram-se presentes também pensadores de áreas afins, sobretudo a Filosofia e a Crítica Literária, tendo como apoio fundamental a Musicologia e a Historiografia.The present work locates in a lyrical corpus of Fados from the repertoire of Amália Rodrigues the classic reminiscences and echoes of ancient Greek culture, through the ideas of tragedy, destiny, fatality, religiosity, revenge and guilt, hence choosing them as central points of study. By proposing a look at Classical Greece based on this fadista corpus, thus taking it here as the main object and having as theoretical basis a historical contextualization of the origins of Fado and the biography of the Portuguese singer, critical comments could be made evidencing the relations of influence and / or classicizing marks through the cultural transit established between countries and their literature over the centuries. Above all, this work approaches the way in which this heritage, transversal to the western world, took place particularly in Fado from the sample of letters and poems selected here . Therefore, as a conceptual basis, the dissertation also used a sample of Greek literature, which was called upon whenever a comparative analysis proved to be organically important to highlight the proposed relationships. In this sense, thinkers from related areas were also incorporated, especially from Philosophy and Literary Criticism, with Musicology and Historiography as their fundamental support

Inquérito parasitológico na CECAP, distrito-sede de Botucatu, Estado de São Paulo, Brasil

A parasitological survey among 370 persons was carried out at CECAP, Botucatu County, S. Paulo State, Brazil. It was found that 41.62% of the examinated persons were infected with one or more species of intestinal parasites. The parasite's prevalence was: Entamoeba hystolytica 0.54%, E. coli 6.21%, I. butschlii 0.27%, Giardia lamblia 9.72%, Ancylostomidae 5.94%, Strongyloide stercoralis 6.75%, Trichuris trichiura 17.29%, Ascaris lumbricoides 7.56%, Enterobius vermicularis 3.78%, Hymenolepis nana 5.40% e Taenia sp. 1.62%. Tables are presented showing the distribution of the parasites according to age and sex. Race was not considered because the number of "not white" was significantly low. Of the examinated persons, 25.67% were infected with only one species of parasite and the parasitic associations most frequently found were Ascaris lumbricoides - Trichuris tricriura and Trichuris trichiura - Giardia lamblia.Estudo da prevalência de parasitas intestinais realizado em 370 indivíduos residentes na CECAP, distrito-sede de Botucatu, Estado de São Paulo, permitiu verificar que 41,62% encontravam-se infestados por uma ou mais espécies de parasitas intestinais. Foram encontrados os seguintes parasitas: Entamoeba histolytica 0,54%, E. coli 6,21%, I. butschlii 0,27%, Giardia lamblia 9,72%, Ancylostomidae 5,94%, Strongyloides stercoralis 6,75%, Trichuris trichiura 17,29%, Ascaris lumbricoides 7,56%, Enterobius vermicularis 3,78%, Hymenolepis nana 5,40% e Taenia sp. 1,62%. Apresentam-se dados sobre a distribuição dos parasitas em relação à idade e ao sexo dos indivíduos. O atributo cor não permite maiores considerações por serem os não brancos significantemente pouco numerosos. Dos indivíduos examinados, 25,67% apresentavam apenas uma espécie de parasita e entre as associações parasitárias mais freqüentes encontramos as de Ascaris lumbricoides - Trichuris trichiura e Trichuris trichiura - Giardia lamblia