Integrating probe-level expression changes across generations of Affymetrix arrays

There is an urgent need for bioinformatic methods that allow integrative analysis of multiple microarray data sets. While previous studies have mainly concentrated on reproducibility of gene expression levels within or between different platforms, we propose a novel meta-analytic method that takes into account the vast amount of available probe-level information to combine the expression changes across different studies. We first show that the comparability of relative expression changes and the consistency of differentially expressed genes between different Affymetrix array generations can be considerably improved by determining the expression changes at the probe-level and by considering the latest information on probe-level sequence matching instead of the probe annotations provided by the manufacturer. With the improved probe-level expression change estimates, data from different generations of Affymetrix arrays can be combined more effectively. This will allow for the full exploitation of existing results when designing and analyzing new experiments

Drug Flux across RPE Cell Models: The Hunt for an Appropriate Outer Blood–Retinal Barrier Model for Use in Early Drug Discovery

The retinal pigment epithelial (RPE) cell monolayer forms the outer blood–retinal barrier and has a crucial role in ocular pharmacokinetics. Although several RPE cell models are available, there have been no systematic comparisons of their barrier properties with respect to drug permeability. We compared the barrier properties of several RPE secondary cell lines (ARPE19, ARPE19mel, and LEPI) and both primary (hfRPE) and stem-cell derived RPE (hESC-RPE) cells by investigating the permeability of nine drugs (aztreonam, ciprofloxacin, dexamethasone, fluconazole, ganciclovir, ketorolac, methotrexate, voriconazole, and quinidine) across cell monolayers. ARPE19, ARPE19mel, and hfRPE cells displayed a narrow Papp value range, with relatively high permeation rates (5.2–26 × 10−6 cm/s. In contrast, hESC-RPE and LEPI cells efficiently restricted the drug flux, and displayed even lower Papp values than those reported for bovine RPE-choroid, with the range of 0.4–32 cm−6/s (hESC-RPE cells) and 0.4–29 × 10−6 cm/s, (LEPI cells). Therefore, ARPE19, ARPE19mel, and hfRPE cells failed to form a tight barrier, whereas hESC-RPE and LEPI cells restricted the drug flux to a similar extent as bovine RPE-choroid. Therefore, LEPI and hESC-RPE cells are valuable tools in ocular drug discovery

Retraction: Hellinen et al. Drug Flux across RPE Cell Models: The Hunt for an Appropriate Outer Blood–Retinal Barrier Model for Use in Early Drug Discovery. Pharmaceutics 2020, 12, 176

The published article [...

Retraction: Hellinen et al. Drug Flux across RPE Cell Models: The Hunt for an Appropriate Outer Blood–Retinal Barrier Model for Use in Early Drug Discovery. Pharmaceutics 2020, 12, 176

The published article [...

Oikeudellinen ja pedagoginen opas alan opiskelijoille ja asiantuntijoille

Mitä perus- ja ihmisoikeudet tarkoittavat kasvatusinstituutioiden arjessa? Tutustu oikeudelliseen ja pedagogiseen oppaaseen perus- ja ihmisoikeuksista opetus- ja kasvatusalalla. Opas on suunnattu opetus- ja kasvatusalan opiskelijoille ja asiantuntijoille. Siitä hyötyvät opettajaksi opiskelevat, opettajankouluttajat, opettajana toimivat, rehtorit ja sivistystoimenjohtajat. Oppaasta saat yleiskuvan siitä, millaisia arjen haasteita ja oikeudellisia ongelmia tyypillisiin opetustoimesta tehtyihin kanteluihin liittyy, ja millaisia ratkaisuja eduskunnan oikeusasiamies on niihin antanut. Nyt julkaistu opas tarkastelee arjen haasteita ja niitä koskevaa oikeudellista säätelyä. Oppaan kymmenen teemaa ovat: turvallinen opiskeluympäristö, yhdenvertaisuus ja tasa-arvo, oppilashuolto, oppimisen tuki ja erityisen tuen järjestäminen, vammaisia lapsia ja nuoria koskevat erityiskysymykset, uskonto ja katsomukset, työrauha, sananvapaus, hyvä hallinto ja päätöksenteko, koulukuljetukset sekä kodin ja koulun yhteistyö. Oppaassa esitellyt ratkaisut koskevat opettajien ja rehtoreiden lisäksi opetus- ja sivistystoimen johtajien toimintaa. Tilanteissa tarkastellaan myös esimerkiksi lasten, nuorten ja huoltajien näkökulmia. Materiaali on tuotettu yhteistyössä Helsingin yliopiston kasvatustieteellisen tiedekunnan ja eduskunnan oikeusasiamiehen kanslian kanssa, osana Ihmisoikeudet, demokratia, arvot ja dialogi kasvatuksessa -projektia 2018-2020