LA AGRICULTURA, COLOMBIA Y LA UNIVERSIDAD DE LOS ANDES

En la misión de la Universidad de los Andes se declara que somos una institución que imparte a sus estudiantes una formación crítica y ética para afianzar en ellos la conciencia de sus responsabilidades sociales y cívicas, así como su compromiso con el entorno. Dice además que apoya una actividad investigativa que contribuye al desarrollo del país. Es así que es difícil imaginar que la Universidad de los Andes sea indiferente al sector agrícola

Phytophthora infestans population structure: a worldwide scale

Phytophthora infestans, the causal agent of late blight disease in potato and other members of the Solanaceae family, is responsible for causing the Irish potato famine and, even today, it causes enormous economic losses all over the world. For the establishment of an adequate pest management strategy, the determination of population structure is required. To characterize P. infestans populations worldwide two allozymes, Gpi (Glucose-6-phospate isomerase) and Pep (Peptidase), the RG57 DNA RFLP fingerprinting probe, as well as resistance to the fungicide metalaxyl and the mating type, have been used as markers. P. infestans populations in Mexico have been one of the main focuses of research in the population biology of this pathogen because this country has been considered as one of the possible centers of origin of this oomycete. In this review we present the population structure of P. infestans in Mexico, Europe, Africa, Asia, North America, and South America expanding on the present situation of P. infestans in Colombia. Finally, we will discuss different lines of research that are being carried out today with respect to P. infestans in Colombia, which have shown the importance of continuing the study of this devastating plant pathogen in our country.Phytophthora infestans, el agente causal del tizón tardío de la papa y otros miembros de la familia de las Solanáceas, es el responsable de la gran hambruna irlandesa y aún hoy sigue causando grandes pérdidas económicas alrededor del planeta. Para establecer estrategias de control adecuadas contra este patógeno se requiere comprender la estructura poblacional del mismo. Mundialmente se han utilizado como marcadores las aloenzimas, Gpi (Glucosa-6-fosfato isomerasa) y Pep (Peptidasa) y la sonda de fingerprinting de RFLP (Polimorfismos de la Longitud de los Fragmentos de Restricción), RG57. De igual forma, la resistencia al fungicida metalaxyl y el tipo de apareamiento, han sido empleados para caracterizar las poblaciones de P. infestans. Las poblaciones de P. infestans en México han sido uno de los focos principales de investigación en la biología poblacional de este patógeno debido a que este país ha sido considerado como uno de los posibles centros de origen de este oomiceto. En esta revisión se presentará la estructura poblacional de P. infestans en México, Europa, África, Asia, Norte América y Sur América, profundizando en la situación actual de P. infestans en Colombia. Finalmente, se discutirá las diferentes líneas de investigación que se llevan a cabo hoy respecto a P. infestans en Colombia, las cuales han mostrado la importancia de continuar con el estudio de este devastador patógeno de plantas en nuestro país

Cyclotella katiana sp. nov. from la reina swamp, parque nacional natural los katíos, Colombia

Fil: Sala, Silvia Estela. División Ficología. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Universidad Nacional de La Plata; ArgentinaFil: Ramirez Restrepo, John Jairo. Instituto de Biologia. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Antioquia. Medellin; Colombi

Mejoramiento de la comprensión lectora a través del recurso didáctico de la imagen icónica

El presente proyecto tiene como objetivo aportar herramientas para el mejoramiento de la comprensión lectora en los estudiantes de educación básica, teniendo como referente el grupo 6º 04 de la institución educativa Antonio Derka Santo Domingo, sede Santo Domingo. De la misma forma, se identifican algunas causas por las cuales se presenta el déficit de comprensión lectora en nuestros estudiantes desde los grados 1º a 9º y se propone a su vez la imagen icónica como estrategia lúdica que posibilite la adquisición de las competencias comunicativas en los mismos

Identification and Evolution of Transcription Factors in Stramenopiles

Background. 
Many transcriptional regulatory proteins have been identified and classified into several families on the basis of sequence similarity (Fukami, 2003), these families usually regulate important biological processes, such as development and responses to external stimuli. Transcription factors (TFs) regulate spatial and temporal gene expression by binding to DNA and either activating or repressing the action of RNA polymerases (Latchman, 2004); in addition to TFs, other Transcriptional regulators (TRs) participate in transcriptional modulation by e.g., chromatin remodeling. With the availability of genome sequences for several organisms and computational strategies for gene functional annotation, the entire set of Transcription factors (TFs) and Transcription regulators (TRs) can be identified, described, and compared between species and lineages. The diversity among Stramenopiles is striking; they range from large multicellular seaweeds to tiny unicellular species, they are present in freshwater, marine and terrestrial habitats and embrace many ecologically important algal (e.g. diatoms, brown algae, chrysophytes), and heterotrophic (e.g., Oomycetes) groups.

Methods. 
In order to find TF and TR genes in the deduced proteomes of Stramenopile we followed the approach developed in Perez et al. 2010. Briefly, it exploits the presence of protein domains and their combinations, in the form of boolean rules, that are specific for different families of TFs and TRs. Such rules are represented as a bipartite graph in which a set of nodes represent gene families and the other set of nodes, protein domains. Edges are drawn between nodes of different types indicating whether a protein domain is required in the gene family or it is forbidden.

Results. 
We applied an enlarged set of rules to the deduced proteomes of 8 different Stramenopiles, identifying more than 400 different regulatory genes in each species belonging to up to 59 different gene families.

Conclusions. 
The identification of this class of regulatory genes will constitute and important resource that could be exploited in gene functional characterization and evolutionary analyses. All TFs and TRs families found will be publicly released via a web database.

References.
Pérez-Rodríguez P, Riaño-Pachón DM, Corrêa LG, Rensing SA, Kersten B, Mueller-Roeber B. 2010. Nucleic Acids Res. 38(Database issue):D822-

Modelo de Inteligencia Ambiental basado en la integración de Redes de Sensores Inalámbricas y Agentes Inteligentes

La Inteligencia Ambiental o AmI (Ambient Intelligence), es un área de las Ciencias Computacionales que integra aspectos novedosos como computación ubicua, interfaces inteligentes, sistemas adaptativos, Smart WSN, entre otros. Sin embargo, no existe un modelo genérico para diseñar y desarrollar aplicaciones reales de AmI. El objetivo de esta tesis de maestría es proponer un meta-modelo de AmI que incluya los modelos más relevantes que deben ser tenidos en cuenta para el diseño e implementación de tales sistemas, definidos como modelo de contexto, modelo de adaptación, modelo del usuario y modelo del dominio. Adicional a estos modelos, es necesario especificar un módulo con los servicios adaptados que pueden ser ofrecidos por agentes inteligentes quienes utilizan para ello el conocimiento almacenado en los diferentes modelos./ Abstract. The Ambient Intelligence (AmI) is a Computer Science field that integrates new research topics such as ubiquitous computing, intelligent interfaces, adaptive systems, Smart WSN, among others. However, there is not a generic model to design and develop real AmI applications. The aim of this master thesis is to propose an AmI meta-model that includes the more relevant models that should be considered to the design and implementation of such systems, defined as context model, adaptation model, user model, and domain model. In addition to these models, a module comprised by intelligent-agent-based adaptive services must be specified which use the knowledge stored within different models.Maestrí

Los compositores de Santa Capilla en los Festivales de Música de Caracas

Composers, promoters and musical critics agree in asserting that the academic music of the Latin American creators of the new generations has little diffusion. This article allows to determine how true this affirmation is for Venezuela, focusing on a case study: Caracas between 1950 and 1970, period in which the Music Festivals of Caracas were held. We analyzed how the production of the young composers of the moment, students of the composition chair of the School "José Ángel Lamas" (School of Santa Capilla by its location), was present in those festivals that, given its trajectory, the quality of the participants and their profile, were considered a fundamental reference for Venezuela and the Latin American continent in the field of contemporary music.Compositores, promotores y críticos musicales coinciden en aseverar que la música académica de los creadores latinoamericanos de las nuevas generaciones tiene poca difusión. Este artículo permite determinar cuán verdadera es esta afirmación para Venezuela centrándose en un estudio de caso: Caracas entre 1950 y 1970, periodo en el que se realizaron los Festivales de Música de Caracas. Se analiza cómo la producción de los compositores jóvenes del momento, estudiantes de la cátedra de composición de la Escuela “José Ángel Lamas” (Escuela de Santa Capilla por su locación), estuvo presente en esta tribuna que, dada su trayectoria, la calidad de los participantes y su perfil, fue considerada referente fundamental para Venezuela y el continente Latinoamericano en el ámbito de la música contemporánea

Data Mining of the Coffee Rust Genome

The genomes of nine isolates of _Hemileia vastatrix_, the causal agent of coffee leaf rust were sequenced by Illumina and 454. Quality control, cleaning and _de novo_ assemblies of data were performed. Since isolates were obtained from the field and it is not possible to produce axenic cultures of _H. vastatrix_, MEGAN software was used to evaluate contamination levels and to select contigs with fungal similarities. Mitochondrial contigs were identified and annotated by comparing this assembly against the _Puccinia_ genome. Furthermore, two transcriptomes from isolates of _H. vastatrix_ were assembled to complement the genomic data

Historia evolutiva del grupo previamente denominado protistas usando una aproximación filogenómica

La falta de organización en linajes discretos en la filogenia y la taxonomía del grupo anteriormente llamado protistas ha retrasado la comprensión de la historia evolutiva del grupo y la comparación de rasgos entre los miembros del mismo. En este estudio usamos una aproximación filogenómica para plantear hipótesis filogenéticas del grupo mencionado. Usamos una estrategia basada en el agrupamiento automático de ortólogos (OrthoMCL) para recuperar 72 grupos de ortólogos de 73 especies. Un árbol obtenido con el método de maxima verosimilitud fue estimado a partir de una supermatriz de datos. De manera general obtuvimos inferencias filogenéticas consistentes con publicaciones previas pero se observaron algunos patrones de ramificación inesperados con valores bajos de soporte. A pesar de la gran cantidad de genes de los grupos Opisthokonta, este clado aparece polifilético. No pudimos demostrar la monofilia de Excavata, muy probablemente debido a artefactos de atracción de ramas largas. Un segundo conjunto de datos fue construido luego de eliminar los sitios de rápida evolución/saturados. El test de Shimodaira-Hasegawa se calculó con el fin de verificar si nuestros datos e inferencias filogenéticas controvertían patrones de ramificación reportados previamente. Los resultados de los tests sugieren que las topologías propuestas en estudios previos no son significativamente mejores que las topologías propuestas en este estudio. Nuevas relaciones fueron encontradas dentro de los Opisthokonta, para dos especies, Thecamonas trahens y Capsaspora owczarzaki. Adicionalmente, algunas posiciones filogenéticas controversiales se encontraron para varios grupos eucariotas con nuestra aproximación filogenómica. En el estudio se discuten las relaciones de los grupos Alveolata y Stramenopila, siendo este ultimo grupo de especial interés para nuestro grupo de investigación.The lack of organisation of monophyletic lineages in the phylogeny and taxonomy of the group formerly known as protists has precluded the understanding of the group's evolutionary history and trait comparison among members of the group. We used a phylogenomic approach to establish phylogenetic hypotheses of this group of organisms. We used an automatic orthologous clustering (OrthoMCL)-based strategy to recover 72 clusters of orthologues from 73 eukaryotic species. A maximum likelihood tree was inferred from the supermatrix. Overall, we obtained consistent inferences with previous published ones, but some unexpected phylogenetic relationships were poorly supported. Despite the large quantity of genes from the Opisthokonta groups, this clade was recovered as polyphyletic. We failed to recover a monophyletic Excavata group, most likely because of long- branch attraction artefacts. A second dataset was constructed after removing the fast-evolving/saturated sites, and a Shimodaira-Hasegawa test was performed to verify whether our data allowed us to reject relationships in previous hypotheses. The results of these tests suggested that the competing tree topologies were not significantly better than our recovered topologies. Novel relationships were shown inside the Opisthokonta, for two species, Thecamonas trahens and Capsaspora owczarzaki. Additionally, some controversial phylogenetic positions among several eukaryotic groups were found. We discuss the relative positions of the Alveolata and Stramenopila groups, the latter being of special interest in our research group