The extracellular proteome of Rhizobium etli CE3 in exponential and stationary growth phase

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The extracellular proteome or secretome of symbiotic bacteria like <it>Rhizobium etli </it>is presumed to be a key element of their infection strategy and survival. Rhizobia infect the roots of leguminous plants and establish a mutually beneficial symbiosis. To find out the possible role of secreted proteins we analyzed the extracellular proteome of <it>R. etli </it>CE3 in the exponential and stationary growth phases in minimal medium, supplemented with succinate-ammonium.</p> <p>Results</p> <p>The extracellular proteins were obtained by phenol extraction and identified by LC-ESI MS/MS. We identified 192 and 191 proteins for the exponential and stationary phases respectively. Using the software Signal P, we predicted signal peptides for 12.95% and 35.60% of the proteins identified in the exponential and stationary phases, respectively, which could therefore be secreted by the Sec pathway. For the exponential growth phase, we found in abundance proteins like the ribosomal proteins, toxins and proteins belonging to the group "defence mechanisms". For the stationary growth phase, we found that the most abundant proteins were those with unknown function, and in many of these we identified characteristic domains of proteases and peptidases.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our study provided the first dataset of the secretome of <it>R. etli </it>and its modifications, which may lead to novel insights into the adaptive response of different stages of growth. In addition, we found a high number of proteins with unknown function; these proteins could be analyzed in future research to elucidate their role in the extracellular proteome of <it>R. etli</it>.</p

Diseño de metodologías y herramientas para la estimación de los efectos de sitio y su aplicación en la evaluación de escenarios de daños debidos a terremotos

El objetivo de este proyecto era adquirir la experiencia, conocimientos y contactos con otros equipos de investigación necesarios para el desarrollo de metodologías y diseño de aplicaciones que ayuden a desarrollar las líneas de investigación en efectos de sitio y riesgo sísmico que el grupo está desarrollando. Esto permitirá obtener resultados específicos para diferentes entornos y favorecerá la petición conjunta con investigadores de Noruega, Alemania y posiblemente algún otro país europeo, de proyectos nacionales o europeos.Proyecto financiado por el Vicerrectorado de Investigación de la Universidad de Alicante (GRJ0512

Utilización de YouTube como elemento motivador en las clases de teoría de la asignatura de Electrónica Analógica

El desarrollo de ciertos contenidos durante las clases de teoría puede resultar algo arduo para los alumnos, dependiendo del tema en concreto que se esté tratando. Esto puede provocar que durante el desarrollo de la clase, ciertos alumnos vayan perdiendo la motivación y se desconecten de la misma. Sin embargo, estos contenidos teóricos son totalmente necesarios para el posterior desarrollo de las clases de problemas y clases prácticas, por lo que no pueden evitarse. Sin embargo, lo que sí que se puede intentar es que dichas clases sean lo más amenas posible y sobre todo, que sean capaces de despertar el interés por la materia. En este sentido, la inserción de vídeos de YouTube en la propia clase puede ayudar a mantener la atención de los alumnos y a motivarles mediante la exposición visual de experiencias que demuestren la importancia de lo que se está explicando. Por todo ello, en una primera parte del trabajo, se ha buscado una selección de vídeos que puedan ser de utilidad para la asignatura bajo estudio, la cual se trata de la asignatura de Electrónica Analógica, que se imparte en segundo curso del Grado en Ingeniería en Sonido e Imagen en Telecomunicación

Miedo a la visita odontológica relacionado con caries dental en niños entre 9 a 12 años Arenillas-Ecuador 2022

El objetivo de la presente investigación es determinar el miedo a la visita odontológica con la caries dental en niños de 9 a 12 años Arenillas - Ecuador 2022. El estudio es de tipo básico, diseño no experimental, descriptivo, correlacional, transversal; en el que se evaluó un total de 135 niños, con el instrumento de encuesta CFSS - DS y con el Índice de CPOD. Se obtuvo como resultado que no existe relación entre el nivel de miedo con la caries dental, el nivel de miedo predomino con un 71,11% sin miedo dental, el índice de caries que predomino fue moderado con 33,33%, nivel de miedo con el género no se asociaron y en ambos sexos predomino el nivel sin miedo, femenino un 32,59% y masculino un 38,52%, el índice de caries con el género no se asociaron, en ambos sexos predomino el índice de caries moderado, en femenino un 17,04% y en masculino un 16,30%, el nivel de miedo según la edad predomino en todas las edades el nivel sin miedo. En conclusión, no existió relación entre el miedo a la visita odontológica con la caries dental

Systems biology of bacterial nitrogen fixation: High-throughput technology and its integrative description with constraint-based modeling

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Bacterial nitrogen fixation is the biological process by which atmospheric nitrogen is uptaken by bacteroids located in plant root nodules and converted into ammonium through the enzymatic activity of nitrogenase. In practice, this biological process serves as a natural form of fertilization and its optimization has significant implications in sustainable agricultural programs. Currently, the advent of high-throughput technology supplies with valuable data that contribute to understanding the metabolic activity during bacterial nitrogen fixation. This undertaking is not trivial, and the development of computational methods useful in accomplishing an integrative, descriptive and predictive framework is a crucial issue to decoding the principles that regulated the metabolic activity of this biological process.</p> <p>Results</p> <p>In this work we present a systems biology description of the metabolic activity in bacterial nitrogen fixation. This was accomplished by an integrative analysis involving high-throughput data and constraint-based modeling to characterize the metabolic activity in <it>Rhizobium etli </it>bacteroids located at the root nodules of <it>Phaseolus vulgaris (</it>bean plant). Proteome and transcriptome technologies led us to identify 415 proteins and 689 up-regulated genes that orchestrate this biological process. Taking into account these data, we: 1) extended the metabolic reconstruction reported for <it>R. etli</it>; 2) simulated the metabolic activity during symbiotic nitrogen fixation; and 3) evaluated the <it>in silico </it>results in terms of bacteria phenotype. Notably, constraint-based modeling simulated nitrogen fixation activity in such a way that 76.83% of the enzymes and 69.48% of the genes were experimentally justified. Finally, to further assess the predictive scope of the computational model, gene deletion analysis was carried out on nine metabolic enzymes. Our model concluded that an altered metabolic activity on these enzymes induced different effects in nitrogen fixation, all of these in qualitative agreement with observations made in <it>R. etli </it>and other <it>Rhizobiaceas</it>.</p> <p>Conclusions</p> <p>In this work we present a genome scale study of the metabolic activity in bacterial nitrogen fixation. This approach leads us to construct a computational model that serves as a guide for 1) integrating high-throughput data, 2) describing and predicting metabolic activity, and 3) designing experiments to explore the genotype-phenotype relationship in bacterial nitrogen fixation.</p

Metabolic Reconstruction and Modeling of Nitrogen Fixation in Rhizobium etli

Rhizobiaceas are bacteria that fix nitrogen during symbiosis with plants. This symbiotic relationship is crucial for the nitrogen cycle, and understanding symbiotic mechanisms is a scientific challenge with direct applications in agronomy and plant development. Rhizobium etli is a bacteria which provides legumes with ammonia (among other chemical compounds), thereby stimulating plant growth. A genome-scale approach, integrating the biochemical information available for R. etli, constitutes an important step toward understanding the symbiotic relationship and its possible improvement. In this work we present a genome-scale metabolic reconstruction (iOR363) for R. etli CFN42, which includes 387 metabolic and transport reactions across 26 metabolic pathways. This model was used to analyze the physiological capabilities of R. etli during stages of nitrogen fixation. To study the physiological capacities in silico, an objective function was formulated to simulate symbiotic nitrogen fixation. Flux balance analysis (FBA) was performed, and the predicted active metabolic pathways agreed qualitatively with experimental observations. In addition, predictions for the effects of gene deletions during nitrogen fixation in Rhizobia in silico also agreed with reported experimental data. Overall, we present some evidence supporting that FBA of the reconstructed metabolic network for R. etli provides results that are in agreement with physiological observations. Thus, as for other organisms, the reconstructed genome-scale metabolic network provides an important framework which allows us to compare model predictions with experimental measurements and eventually generate hypotheses on ways to improve nitrogen fixation

La libertad como condición de posibilidad del crecimiento humano según Antonio Millán-Puelles

El objetivo del presente trabajo es mostrar, a partir de la especulación metafísica de Antonio Millán-Puelles, que la libertad bien entendida constituye el resorte más radical para posibilitar el crecimiento humano. La libertad constituye la dimensión propia de la naturaleza del ser personal, de ahí que la aceptación del propio ser, sea condición de libertad. Esta afirmación lleva consigo que el crecimiento humano es un cre- cimiento en el orden del ser y por tanto requiere una fundamentación estrictamente ontológica que llegue al núcleo de su perfección. Esta libertad configurada desde la realidad del propio ser, no se limita al estrecho horizonte de los intere- ses personales ni se reduce a una mera capacidad de elegir. Se trata de una libertad que encuentra su espacio creativo en el ámbito del bien. El crecimiento humano no es solo un crecimiento en el orden del ser, sino también un crecimiento en armonía interior. La virtud moral integra la dimensión sensible y corporal con la dimensión social de la persona. Esta armonía se manifiesta en la facilidad y el agrado con los que se realiza los actos de virtud. Estos impulsos sensibles que participan de la razón, se convierten en principios del actuar humanos y son señal de la perfección del actuar humano. Esta connaturalidad afectiva con el bien convierte la afectividad en guía del juicio de la razón, acertando con lo verdaderamente bueno de modo espontáneo y seguro. En este contexto, el crecimiento humano adquiere un horizonte insospechado.The aim of this work is to show, through Antonio Millán-Puelles’ metaphysical speculation, that freedom, when well-understood, constitutes the most radical means to make human growth possible. Freedom constitutes the suitable as well as the natural dimension of the nature of people, therefore the condition of freedom itself entails the acceptance of the own being. This statement implies that human growth is a growth in the order of being, and so it requires a strictly ontological foundation that reaches to the core of its perfection. This freedom set from the reality of the self does not confine itself to the narrow horizons of personal interests nor to the sheer capacity of choosing. It is rather a freedom that finds its creative space in the area of the good. Human growth is not only a growth in the order of being, but also a growth in inner harmony. Moral virtue integrates sensitive and bodily dimension with the social dimension of the person. This harmony is expressed in the ease and pleasure with which acts of virtue are accomplished. These sensitive impulses that take part in the reason turn into principles of acting among humans and are a sign of the human being’s perfection in acting. Such affective connaturality towards the good turns affectivity in the guide for the judgement of reason and spontaneously comes across the truly good and safe. In this context, human growth acquires an unexpected, unimagined horizon

Proteomic patterns of cervical cancer cell lines, a network perspective

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Cervical cancer is a major mortality factor in the female population. This neoplastic is an excellent model for studying the mechanisms involved in cancer maintenance, because the Human Papilloma Virus (HPV) is the etiology factor in most cases. With the purpose of characterizing the effects of malignant transformation in cellular activity, proteomic studies constitute a reliable way to monitor the biological alterations induced by this disease. In this contextual scheme, a systemic description that enables the identification of the common events between cell lines of different origins, is required to distinguish the essence of carcinogenesis.</p> <p>Results</p> <p>With this study, we sought to achieve a systemic perspective of the common proteomic profile of six cervical cancer cell lines, both positive and negative for HPV, and which differ from the profile corresponding to the non-tumourgenic cell line, HaCaT. Our objectives were to identify common cellular events participating in cancer maintenance, as well as the establishment of a pipeline to work with proteomic-derived results. We analyzed by means of 2D SDS-PAGE and MALDI-TOF mass spectrometry the protein extracts of six cervical cancer cell lines, from which we identified a consensus of 66 proteins. We call this group of proteins, the "central core of cervical cancer". Starting from this core set of proteins, we acquired a PPI network that pointed, through topological analysis, to some proteins that may well be playing a central role in the neoplastic process, such as 14-3-3ζ. <it>In silico </it>overrepresentation analysis of transcription factors pointed to the overexpression of c-Myc, Max and E2F1 as key transcription factors involved in orchestrating the neoplastic phenotype.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our findings show that there is a "central core of cervical cancer" protein expression pattern, and suggest that 14-3-3ζ is key to determine if the cell proliferates or dies. In addition, our bioinformatics analysis suggests that the neoplastic phenotype is governed by a non-canonical regulatory pathway.</p

Propuesta y desarrollo de metodologías para la motivación y participación activa en la asignatura de Electrónica Analógica

En el desarrollo de muchas asignaturas nos encontramos siempre con una parte teórica y otra más aplicada en base a problemas y prácticas de laboratorio. La parte correspondiente a la teoría es crucial para comprender el funcionamiento de los contenidos experimentales y no quedarse simplemente en meros operadores. Sin embargo, también suele ser la más ardua. En ese sentido, resulta importante que dichas clases de teoría sean lo más amenas posible y sobre todo, que sean capaces de despertar el interés por la materia mostrando su estrecha vinculación con la práctica. En el presente trabajo se ha recurrido a los medios audiovisuales, y en concreto a vídeos de YouTube, como herramientas de apoyo en las clases de teoría, de modo que puedan ayudar a mantener la atención de los alumnos y a motivarles mediante la exposición visual de experiencias que demuestren la importancia de lo que se está explicando. En esta primera fase del trabajo, se ha buscado una selección de vídeos que puedan ser de utilidad para la asignatura bajo estudio, la cual se trata de la asignatura de Electrónica Analógica, que se imparte en segundo curso del Grado en Ingeniería en Sonido e Imagen en Telecomunicación

Desarrollo de recursos on line para la transformación digital del doctorado en la UCM, con especial foco en Humanidades

Creación, desarrollo y explicación de recursos on line dirigidos a alumnos del doctorado en humanidades de la UCM que estén realizando o a punto de defender su Tesis Doctoral (TD), proporcionando las herramientas y destrezas necesarios para el éxito en su preparación, elaboración y defensa, no sólo profesional sino también emocional. El proyecto supone una maduración de iniciativas anteriores, iniciativas basadas en el entorno del Campus Virtual, cuyos resultados hacen viable una mayor visibilidad no sólo para los estudiantes de la UCM sino también a nivel internacional. En la primera etapa del proyecto se realizará el diseño teórico del curso de doctorado planificado, aprovechando materiales, recursos y elementos ya considerados, teniendo en cuenta las normativas específicas de la UCM, así como los contenidos más relevantes que pretendemos transmitir y poner en práctica de forma multimedia. En una segunda fase se convocará a un grupo de doctorandos en Humanidades, de diferentes facultades de la UCM, que estén haciendo su TD o que acaban de terminarla para que colaboren y aporten su punto de vista y experiencia con respecto a la variedad de recursos implementados en el proyecto. Se volcarán todos esos resultados para el uso y disfrute de otros doctorandos y doctorandas.Depto. de Filosofía y SociedadFac. de FilosofíaFALSEsubmitte