Criblage à haut débit de l’effet des mutations sur l’activité catalytique et la spécificité de substrat de la trypsine

I present in this thesis manuscript the optimization and results of a deep mutational scanning pipeline of trypsin, based on an in vitro FRET-peptide substrate enzymatic assays performed in microfluidic droplets. With this experimental platform, I have measured the catalytic activity and arginine v. lysine substrate specificity of single mutants of the rat trypsin. I have improved the experimental setup on the front of the biochemistry, microfluidics, and gene library design and sequencing strategy. Interestingly, the positions that we have detected to influence the substrate specificity of trypsin tend to lie in-between robust and sensitive positions for catalytic activity, neither too close nor too far from the substrate binding site of the enzyme.Cette thèse de doctorat décrit l’optimisation et les résultats d’une plateforme de criblage à haut débit de la trypsine, utilisant un essai enzymatique in vitro en microfluidique en gouttes, avec un substrat de type peptide-FRET. Grâce à ce système expérimental, j’ai mesuré l’activité catalytique et la spécificité de substrat arginine/lysine de simples mutants de la trypsine du rat. J’ai amélioré les paramètres de l’expérience ayant trait à la biochimie, la microfluidique, et la conception de la banque de gènes, ainsi que sa procédure de séquençage. De manière intéressante, les positions que nous avons détectées comme changeant la spécificité de substrat de la trypsine ont tendance à se positionner entre les positions robustes et intolérantes aux mutations pour l’activité catalytique, ni trop proche, ni trop loin du site d’attache au substrat de l’enzyme

Deep mutational scanning of catalytic activity and substrate specificity of trypsin

Cette thèse de doctorat décrit l’optimisation et les résultats d’une plateforme de criblage à haut débit de la trypsine, utilisant un essai enzymatique in vitro en microfluidique en gouttes, avec un substrat de type peptide-FRET. Grâce à ce système expérimental, j’ai mesuré l’activité catalytique et la spécificité de substrat arginine/lysine de simples mutants de la trypsine du rat. J’ai amélioré les paramètres de l’expérience ayant trait à la biochimie, la microfluidique, et la conception de la banque de gènes, ainsi que sa procédure de séquençage. De manière intéressante, les positions que nous avons détectées comme changeant la spécificité de substrat de la trypsine ont tendance à se positionner entre les positions robustes et intolérantes aux mutations pour l’activité catalytique, ni trop proche, ni trop loin du site d’attache au substrat de l’enzyme.I present in this thesis manuscript the optimization and results of a deep mutational scanning pipeline of trypsin, based on an in vitro FRET-peptide substrate enzymatic assays performed in microfluidic droplets. With this experimental platform, I have measured the catalytic activity and arginine v. lysine substrate specificity of single mutants of the rat trypsin. I have improved the experimental setup on the front of the biochemistry, microfluidics, and gene library design and sequencing strategy. Interestingly, the positions that we have detected to influence the substrate specificity of trypsin tend to lie in-between robust and sensitive positions for catalytic activity, neither too close nor too far from the substrate binding site of the enzyme

IRM cardiaque dans la maladie de Fabry : suivi des valeurs de relaxométrie T1 et T2 sur deux ans

Introduction : L’atteinte cardiaque est la cause principale de décès dans la maladie de Fabry. Les valeurs de T1 myocardiques évaluent le stockage lipidique myocardique alors que le T2 est un marqueur d’inflammation qui favorise le rehaussement tardif et la fibrose myocardique. Objectif : Tester l’hypothèse de l’utilisation du suivi des T1 et T2 myocardiques pour évaluer l’efficacité des traitements spécifiques de la maladie de Fabry. Matériels et Méthodes : Cette étude prospective observationnelle multicentrique est basée sur la réalisation de deux IRM cardiaques à 24 mois d’intervalle. Les variations de relaxométrie T1, VEC et T2 myocardiques ont été étudiées globalement et de manière segmentaire chez des patients traités et non-traités. Résultats : Vingt-six patients (âge moyen 45.3 ans +/- 17.4; 17 femmes) ont été inclus. Les variations chez les patients traités vs. non-traités étaient respectivement : T1 global +39.4 ms +/- 28.9 vs. +14.5 ms +/- 30.3 (p = 0.04) ; T1 septal +42.1 ms +/- 28.7 vs. +14.7 ms +/- 29.4 (p = 0.02) ; T1 latéral +34.5 ms +/- 25.2 vs. +9.1 ms +/- 31.1 (p = 0.03) ; T2 global -2.11 ms +/- 3.36 vs. +0.57 ms +/- 1.63 (p = 0.02), T2 septal -2.35 ms +/- 3.97 vs. +0.28 ms +/- 2.21 (p = 0.06), and T2 latéral -2.18 ms +/- 2.96 vs. +0.39 ms +/- 2.28 (p = 0.03). Les variations de VEC n’étaient pas significativement différentes. Les reproductibilités intra- et inter-observateur ont respectivement montré des variations moyennes de mesure -0.18 ms, LOA [-11.61 ; 11.24] et-0.64 ms, LOA [-23.82 ; 22.54].Conclusion : Les valeurs de T1 myocardiques augmentent plus chez les patients traités que chez les patients non-traités. L’évolution des valeurs de T2 sont en faveur d’une action des traitements sur l’inflammation myocardique

Lettre de Louis XIV (roi de France) aux échevins et habitants de Senlis datée du 04 novembre 1677, à Versailles

Lettre de Louis XIV (roi de France) aux échevins et habitants de Senlis datée du 04 novembre 1677, à Versailles. In: Correspondance administrative sous le règne de Louis XIV, recueillie et mise en ordre par G. B. Depping. Tome I. Etats provinciaux – Affaires municipales et communales. Paris : Imprimerie nationale, 1850. p. 874

Comptes rendus et mémoires.

Mode of access: Internet.Issued by Comité archéologique de Senlis, 1862- ; issued under a different name: Société d'histoire et d'archéologie de Senlis, 1927-Available online through HathiTrust Emergency Access Service. Click the HathiTrust button on the right and log in to access this book onlin

Applicabilité des équations de Stokes pour la gestion des grandes déformations en restauration de modèles géologiques

In order to study the subsurface, one must first understand its deformation through time. As the available data coverage is not sufficient to determine these deformations precisely, geologists make hypotheses to link them depending on their knowledge. This allows them to create structural models, which can be seen as the sum of all the data and knowledge on a specific area. Structural restoration was developped to try and make a model go back in time. The advantages are dual: first, it allows the validation of the structural model by checking if the restored model has a reasonable geometry. Second, the history and retro-deformation of the rock layers can be studied from the path they take during the restoration process (which also allows checking the hypotheses that were made on the history of the area). In the context of faulted and folded sedimentary basins, mechanics have been incorporated in the restoration process to compute the deformation of the rock layers inside the models, but the time reversal is still driven mainly by geometric conditions. In the context of basins incorporating salt tectonics, creeping flow restoration was developped by considering the rocks as highly viscous fluids, but neglects faults and non-flat topography. The main contribution of this thesis is to provide an approach to add more physical conditions to the restoration of faulted sedimentary basins. This approach relies on mechanical simulations of the subsurface. The rock layers are treated as highly viscous fluids, and the restoration is driven by a negative time-step advection. The faults are considered as shear zones with an effective viscosity lower than the surrounding sediments. This methods allowed the restoration of several simplified models of the subsurface. The second contribution of this thesis is an assessment of the choice of the parameters for the restoration simulations. This assessment is based on the restoration of a laboratory analogue model. The boundary conditions are first studied, to determine how to provide an adequate choice of conditions that still allow the restoration of the model. The material properties and their influence are then looked upon, to determine the effective parameters that are closest to those of the rocks inside the model. These contributions offer a new perspective on how to add more physical conditions to the geomechanical restoration of structural models of the subsurfaceAfin d'étudier les roches du sous-sol, il est nécessaire de comprendre les déformations qu'elles ont subi depuis leur création. Les données disponibles n'étant souvent pas suffisantes pour déterminer de manière exacte ces déformations, les géologues font un certain nombre d'hypothèses par rapport à leurs connaissances et à des cas analogues. Celles-ci, en s'ajoutant aux données, permettent la création de modèles structuraux, somme des données et connaissances sur une zone. La restauration structurale a été développée pour essayer de faire remonter le temps à ces modèles géologiques. L'objectif est double: tout d'abord vérifier si le modèle structural permet la restauration vers un état géologique raisonnable, et donc limiter les incertitudes sur celui-ci. Ensuite, étudier la rétro-déformation des roches peut permettre d'en apprendre plus sur leur histoire (ainsi que vérifier les hypothèses faites sur celle-ci). Dans les contextes de bassins sédimentaires faillés, les méthodes de restauration utilisent des notions mécaniques pour calculer la déformation des roches, mais les conditions permettant d'appliquer un mouvement en temps inverse aux modèles étudiés sont encore principalement géométriques. Dans les contextes de bassins évaporitiques, une méthode de restauration a été développée en utilisant les équations de fluides visqueux, mais néglige le comportement des failles et les mouvements de la topographie. La principale contribution de cette thèse est l'ajout de conditions plus physiques à la restauration de bassins sédimentaires faillés, et d'une méthode numérique pour l'appliquer. Cette méthode de restauration s'appuie sur des simulations mécaniques du sous-sol afin de calculer la rétro-déformation. Dans ces simulations, les roches sont considérées comme des fluides ayant une très grande viscosité, et la rétro-déformation s'appuie sur une advection du modèle en temps négatif. Les failles, elles, sont considérées comme des zones de cisaillement où les roches ont une viscosité plus faible. Cette méthode de restauration offre des résultats concluants sur des modèles simplifiés du sous-sol. La seconde contribution de cette thèse est une évaluation de l'influence des différents paramètres de simulation sur le modèle restauré. Cette évaluation s'appuie sur la restauration d'un modèle analogique de laboratoire. Dans un premier temps, l'influence des conditions aux limites est étudiée, afin de déterminer les conditions les plus naturelles possibles permettant une restauration du modèle. Dans un second temps, l'influence des paramètres mécaniques à l'intérieur du modèle est étudiée, afin de déterminer les paramètres effectifs les plus proches de ceux des roches. Ces contributions ouvrent une nouvelle perspective sur la manière d'introduire des conditions plus physiques dans la restauration mécanique du sous-sol

Lettre de Louis XIV (roi de France) aux échevins et habitants de Senlis datée du 04 novembre 1677, à Versailles

Lettre de Louis XIV (roi de France) aux échevins et habitants de Senlis datée du 04 novembre 1677, à Versailles. In: Correspondance administrative sous le règne de Louis XIV, recueillie et mise en ordre par G. B. Depping. Tome I. Etats provinciaux – Affaires municipales et communales. Paris : Imprimerie nationale, 1850. p. 874

Mise au point du dosage du peptide amyloïde Ab (1-40) par la technologie luminex® (intérêt dans le diagnostic de la maladie d'alzheimer)

NICE-BU Médecine Odontologie (060882102) / SudocSudocFranceF

Mise au point de suspensions thermofusibles compatibles avec un procédé de prototypage rapide de type impression pour la réalisation de structures céramiques de formulation 0,9PbMg0,33Nb0,66O3(PMN)-0,1PbTiO3(PT)

Ce mémoire présente le développement d'un procédé de prototypage rapide de type impression pour la réalisation de structures céramiques massives à partir d'une poudre de formulation 0,9PbMg0,33Nb0,66O3-0,1PbTiO3. La mise au point de suspensions compatibles avec l'équipement a conduit à sélectionner les meilleurs auxiliaires organiques et à optimiser leur concentration au moyen d'un plan d'expérience. La forte incidence de la granulométrie des poudres utilisées sur le comportement rhéologique des suspensions a été mis en évidence. La généralisation de la loi de Krieger-Dougherty a montré que les taux de charge accessibles dépendent, entre autre, de la morphologie des particules. L'incidence des paramètres de pilotage de la machine, l'analyse des contraintes subies par la suspension et l'évaluation du rapport a permis l'étude du phénomène d'éjection. Des structures 2-2 ont été réalisées et frittées avec une densification correcte et une croissance granulaire limitée.This thesis deals with the development of a rapid prototyping process by printing for the forming of bulk ceramic structures from a powder of 0,9PbMg0,33Nb0,66O3-0,1PbTiO3 formulation. The development of suspensions compatible with the equipment has required the selection of the best organic compounds and the optimization of their concentration through an experimental design. The strong effect of the granulometry of the powders on the rheological behavior of suspensions was highlighted. The extension of the Krieger-Dougherty law has revealed that the maximum powder loading depends on the size distribution and the morphology of the particles. The effect of the driving parameters of the equipment and the evaluation of the stresses applied to the suspension in the machine and the ratio allowed the study of the phenomenon of ejection. Structures 2-2 were carried out and sintered with a correct density and a limited grain growth.LIMOGES-BU Sciences (870852109) / SudocSudocFranceF

Representing faults in a geomechanical restoration scheme using creeping flow equations

International audienceGeomechanical restoration methods to date rely on considering the rock properties as fully elastic and the faults as frictionless surfaces. However, the linear elastic hypothesis is valid only for very small deformations and assumes reversibility and conservation of energy, which is not valid for rocks at geological time scales. Moreover, considering faults as frictionless surfaces ignores the mechanical processes associated with fault development and evolution. In order to achieve geomechanical restoration of large deformations at time-scales of millions of years, we use non-elastic laws, and we model fault displacement not as a localised surface but as a shear zone with specific material parameters. At this time-scale, rocks can behave as highly viscous fluids, so we use creeping flow to simulate their behaviour, similarly to what is done for Earth mantle simulations. The Stokes equations describing this behaviour generally involve significant deformations, which are difficult to handle numerically with Lagrangian methods such as those used in geomechanical restoration. Therefore, we use adaptative meshes such as Arbitrary Lagrangian Eulerian (ALE), which have shown their value for simulating large deformations, removing the necessity for regular remeshing when solving elastic equations with Finite Elements on tetrahedral meshes. We implement these methods in a new restoration scheme based on different physical considerations. To test and benchmark our method, we use it to perform forward and backward simulations on an analogical model. This model was previously restored using elastic laws and free-slip faults. It allows us to compare the two methodologies and their advantages and downfalls