An Integration-Oriented Ontology to Govern Evolution in Big Data Ecosystems

Big Data architectures allow to flexibly store and process heterogeneous data, from multiple sources, in their original format. The structure of those data, commonly supplied by means of REST APIs, is continuously evolving. Thus data analysts need to adapt their analytical processes after each API release. This gets more challenging when performing an integrated or historical analysis. To cope with such complexity, in this paper, we present the Big Data Integration ontology, the core construct to govern the data integration process under schema evolution by systematically annotating it with information regarding the schema of the sources. We present a query rewriting algorithm that, using the annotated ontology, converts queries posed over the ontology to queries over the sources. To cope with syntactic evolution in the sources, we present an algorithm that semi-automatically adapts the ontology upon new releases. This guarantees ontology-mediated queries to correctly retrieve data from the most recent schema version as well as correctness in historical queries. A functional and performance evaluation on real-world APIs is performed to validate our approach.Comment: Preprint submitted to Information Systems. 35 page

Experience Feedback Committee: a management tool to improve patient safety in mental health

BACKGROUND: A management tool, called the Experience Feedback Committee, has been applied for patient safety and successfully used in medical departments. The purpose of this study was to analyse the functioning of an Experience Feedback Committee in a psychiatric department and to explore its contribution to the particular issues of patient safety in mental health. METHODS: We conducted a descriptive study based on all the written documents produced by the Experience Feedback Committee between March 2010 and January 2013. The study was conducted in Grenoble University Hospital in France. We analysed all reported incidents, reports of meetings and event analysis reports. Adverse events were classified according to the Conceptual Framework for the International Classification for Patient Safety. RESULTS: A total of 30 meetings were attended by 22 professionals including seven physicians and 12 paramedical practitioners. We identified 475 incidents reported to the Experience Feedback Committee. Most of them (92 %) had no medical consequence for the patient. Eleven incidents were investigated with an analysis method inspired by civil aviation security systems. Twenty-one corrective actions were set up, including eight responses to the specific problems of a mental health unit, such as training to respond to situations of violence or management of suicide attempts. CONCLUSIONS: The Experience Feedback Committee makes it possible to involve mental healthcare professionals directly in safety management. This tool seems appropriate to manage specific patient safety issues in mental health. ELECTRONIC SUPPLEMENTARY MATERIAL: The online version of this article (doi:10.1186/s12991-015-0062-2) contains supplementary material, which is available to authorized users

Evaluation of breast cancer screening with mammography : estimation of overdiagnosis, of participation rates after a false positive result, and of the incidence of interval cancer

L'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie résulte de la balance entre la réduction de la mortalité et les effets indésirables du programme. L'objectif de ce travail était d'évaluer trois aspects du programme de dépistage dans le département de l'Isère. Nous avons utilisé une méthode Approximate Bayesian Computation pour estimer le surdiagnostic lié au dépistage par mammographie de cancers non évolutifs. Ils représentaient respectivement 1,5% (IC95% : 0,3% – 2,9%) et 28,0% (IC95% : 2,2% – 59,8%) des cancers invasifs et in situ diagnostiqués. Nous avons réalisé une revue de la littérature des méthodes d'estimation du surdiagnostic et montré sur des données simulées que les méthodes basées sur les taux d'incidence annuels étaient les moins sensibles aux biais. Par ailleurs, l'incidence des cancers de l'intervalle était inférieure lorsque les mammographies étaient réalisées avec deux clichés par sein au lieu d'un seul, aussi bien à 12 que à 24 mois. Enfin, l'exclusion du diagnostic de cancer après la réalisation d'une imagerie supplémentaire, d'une biopsie ou un suivi radiologique diminuait la participation lors de la prochaine invitation au dépistage organisé. En conclusion, l'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie n'est pas remis en cause avec 1,4 décès évité pour un cancer surdiagnostiqué (in situ ou invasif).The public health interest of the breast cancer screening program depends on a balance between the reduction of mortality and the side effects of the program. The goal of our work was to evaluate three particular issues of the screening program in Isère, France. We used an Approximate Bayesian Computation method to estimate overdiagnosis resulting from the detection of non progressive breast cancer. Our estimates were 1.5% (95%CI : 0.3% – 2.9%) et 28.0% (95%CI : 2.2% – 59.8%) respectively for invasive and in situ cancers. We realized a review of the methods used to estimate overdiagnosis and we found on simulated data that annual incidence methods were the least influenced by biases. In addition, the incidence of 12 months or 24 months interval cancers was lower with 2-view than with 1-view mammographies. Finally, excluding breast cancer after additional imaging evaluation, clinical and radiological follow-up, or surgical biopsy motivated by abnormal findings on index mammograms results in uniformly decreased subsequent attendance in the routine screening program. To conclude, the interest of the breast cancer screening program was not modified by our results with 1.4 life saved for one overdiagnosed breast cancer (in situ and invasive)

Evaluation du dépistage du cancer du sein par mammographie : estimation du surdiagnostic, de la participation des femmes après un résultat faux positifs et de l'incidence des cancers de l'intervalle

The public health interest of the breast cancer screening program depends on a balance between the reduction of mortality and the side effects of the program. The goal of our work was to evaluate three particular issues of the screening program in Isère, France. We used an Approximate Bayesian Computation method to estimate overdiagnosis resulting from the detection of non progressive breast cancer. Our estimates were 1.5% (95%CI : 0.3% – 2.9%) et 28.0% (95%CI : 2.2% – 59.8%) respectively for invasive and in situ cancers. We realized a review of the methods used to estimate overdiagnosis and we found on simulated data that annual incidence methods were the least influenced by biases. In addition, the incidence of 12 months or 24 months interval cancers was lower with 2-view than with 1-view mammographies. Finally, excluding breast cancer after additional imaging evaluation, clinical and radiological follow-up, or surgical biopsy motivated by abnormal findings on index mammograms results in uniformly decreased subsequent attendance in the routine screening program. To conclude, the interest of the breast cancer screening program was not modified by our results with 1.4 life saved for one overdiagnosed breast cancer (in situ and invasive).L'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie résulte de la balance entre la réduction de la mortalité et les effets indésirables du programme. L'objectif de ce travail était d'évaluer trois aspects du programme de dépistage dans le département de l'Isère. Nous avons utilisé une méthode Approximate Bayesian Computation pour estimer le surdiagnostic lié au dépistage par mammographie de cancers non évolutifs. Ils représentaient respectivement 1,5% (IC95% : 0,3% – 2,9%) et 28,0% (IC95% : 2,2% – 59,8%) des cancers invasifs et in situ diagnostiqués. Nous avons réalisé une revue de la littérature des méthodes d'estimation du surdiagnostic et montré sur des données simulées que les méthodes basées sur les taux d'incidence annuels étaient les moins sensibles aux biais. Par ailleurs, l'incidence des cancers de l'intervalle était inférieure lorsque les mammographies étaient réalisées avec deux clichés par sein au lieu d'un seul, aussi bien à 12 que à 24 mois. Enfin, l'exclusion du diagnostic de cancer après la réalisation d'une imagerie supplémentaire, d'une biopsie ou un suivi radiologique diminuait la participation lors de la prochaine invitation au dépistage organisé. En conclusion, l'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie n'est pas remis en cause avec 1,4 décès évité pour un cancer surdiagnostiqué (in situ ou invasif)

Evaluation du dépistage du cancer du sein par mammographie : estimation du surdiagnostic, de la participation des femmes après un résultat faux positifs et de l'incidence des cancers de l'intervalle

The public health interest of the breast cancer screening program depends on a balance between the reduction of mortality and the side effects of the program. The goal of our work was to evaluate three particular issues of the screening program in Isère, France. We used an Approximate Bayesian Computation method to estimate overdiagnosis resulting from the detection of non progressive breast cancer. Our estimates were 1.5% (95%CI : 0.3% – 2.9%) et 28.0% (95%CI : 2.2% – 59.8%) respectively for invasive and in situ cancers. We realized a review of the methods used to estimate overdiagnosis and we found on simulated data that annual incidence methods were the least influenced by biases. In addition, the incidence of 12 months or 24 months interval cancers was lower with 2-view than with 1-view mammographies. Finally, excluding breast cancer after additional imaging evaluation, clinical and radiological follow-up, or surgical biopsy motivated by abnormal findings on index mammograms results in uniformly decreased subsequent attendance in the routine screening program. To conclude, the interest of the breast cancer screening program was not modified by our results with 1.4 life saved for one overdiagnosed breast cancer (in situ and invasive).L'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie résulte de la balance entre la réduction de la mortalité et les effets indésirables du programme. L'objectif de ce travail était d'évaluer trois aspects du programme de dépistage dans le département de l'Isère. Nous avons utilisé une méthode Approximate Bayesian Computation pour estimer le surdiagnostic lié au dépistage par mammographie de cancers non évolutifs. Ils représentaient respectivement 1,5% (IC95% : 0,3% – 2,9%) et 28,0% (IC95% : 2,2% – 59,8%) des cancers invasifs et in situ diagnostiqués. Nous avons réalisé une revue de la littérature des méthodes d'estimation du surdiagnostic et montré sur des données simulées que les méthodes basées sur les taux d'incidence annuels étaient les moins sensibles aux biais. Par ailleurs, l'incidence des cancers de l'intervalle était inférieure lorsque les mammographies étaient réalisées avec deux clichés par sein au lieu d'un seul, aussi bien à 12 que à 24 mois. Enfin, l'exclusion du diagnostic de cancer après la réalisation d'une imagerie supplémentaire, d'une biopsie ou un suivi radiologique diminuait la participation lors de la prochaine invitation au dépistage organisé. En conclusion, l'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie n'est pas remis en cause avec 1,4 décès évité pour un cancer surdiagnostiqué (in situ ou invasif)

Tendance de l'incidence du cancer du sein dans le département de l'Isère entre 1983 et 2002

LYON1-BU Santé (693882101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Evaluation du dépistage du cancer du sein par mammographie (estimation du surdiagnostic, de la participation des femmes après un résultat faux positifs et de l'incidence des cancers de l'intervalle)

L'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie résulte de la balance entre la réduction de la mortalité et les effets indésirables du programme. L'objectif de ce travail était d'évaluer trois aspects du programme de dépistage dans le département de l'Isère. Nous avons utilisé une méthode Approximate Bayesian Computation pour estimer le surdiagnostic lié au dépistage par mammographie de cancers non évolutifs. Ils représentaient respectivement 1,5% (IC95% : 0,3% 2,9%) et 28,0% (IC95% : 2,2% 59,8%) des cancers invasifs et in situ diagnostiqués. Nous avons réalisé une revue de la littérature des méthodes d'estimation du surdiagnostic et montré sur des données simulées que les méthodes basées sur les taux d'incidence annuels étaient les moins sensibles aux biais. Par ailleurs, l'incidence des cancers de l'intervalle était inférieure lorsque les mammographies étaient réalisées avec deux clichés par sein au lieu d'un seul, aussi bien à 12 que à 24 mois. Enfin, l'exclusion du diagnostic de cancer après la réalisation d'une imagerie supplémentaire, d'une biopsie ou un suivi radiologique diminuait la participation lors de la prochaine invitation au dépistage organisé. En conclusion, l'intérêt du programme de dépistage du cancer du sein par mammographie n'est pas remis en cause avec 1,4 décès évité pour un cancer surdiagnostiqué (in situ ou invasif).The public health interest of the breast cancer screening program depends on a balance between the reduction of mortality and the side effects of the program. The goal of our work was to evaluate three particular issues of the screening program in Isère, France. We used an Approximate Bayesian Computation method to estimate overdiagnosis resulting from the detection of non progressive breast cancer. Our estimates were 1.5% (95%CI : 0.3% 2.9%) et 28.0% (95%CI : 2.2% 59.8%) respectively for invasive and in situ cancers. We realized a review of the methods used to estimate overdiagnosis and we found on simulated data that annual incidence methods were the least influenced by biases. In addition, the incidence of 12 months or 24 months interval cancers was lower with 2-view than with 1-view mammographies. Finally, excluding breast cancer after additional imaging evaluation, clinical and radiological follow-up, or surgical biopsy motivated by abnormal findings on index mammograms results in uniformly decreased subsequent attendance in the routine screening program. To conclude, the interest of the breast cancer screening program was not modified by our results with 1.4 life saved for one overdiagnosed breast cancer (in situ and invasive).SAVOIE-SCD - Bib.électronique (730659901) / SudocGRENOBLE1/INP-Bib.électronique (384210012) / SudocGRENOBLE2/3-Bib.électronique (384219901) / SudocSudocFranceF

Incidence of prostate cancer and net survival by grade in a geriatric population: A population-based study in a French administrative entity from 1991 to 2013

International audienceBACKGROUND:Prostate cancer is the leading type of cancer among men in more developed countries. Incidence trends and survival rates could differ by age groups considering potential differences in the frequency of PSA testing, types of cancers and medical management. Our objective was to compare incidence trends and survival rates of prostate cancer between men aged ≥75 and 60-74 years.METHOD:We analyzed data from a population-based cancer registry in Isère, France. All men aged ≥60 years diagnosed with an incident prostate cancer during the 1991-2013 period were included. Incidence and mortality rates were computed as well as net survival rates.RESULTS:In 2013, observed incidence rates were 557.6 and 568.7 per 100,000 for men aged 60-74 and ≥75, respectively, with high grades cancers more frequent among elderly men. The incidence and mortality trends among men aged ≥75 included a period of stability followed by a decreasing trend from 2003, whereas a peak of incidence was observed in 2005 for men aged 60-74. For both age groups, net survival rates increased with period of diagnosis and 8-year net survival remained higher than 70% for cases diagnosed in the 2000-2004 period. Lower survival rate of 51% (95%CI: 42%; 60%) was observed for high grades cancers diagnosed among men aged 75-84 in 2000-2004.CONCLUSION:The epidemiology of prostate cancers among men aged ≥75 include a decrease of incidence and mortality rates from 2003, an important proportion of high grade cancers and a relatively good prognosis except for high grade cancers

Incidence of second cancer within 5 years of diagnosis of a breast, prostate or colorectal cancer: a population-based study.

International audienceThe objective of this study was to evaluate the risk for cancer patients of developing a new primary invasive cancer. Using data from a French Cancer Registry, we included 14,353 cancer patients (breast, colorectal or prostate cancer) diagnosed between 1989 and 1997. Observed second cancers occurring during the first 5 years after the first cancer were compared with the expected number, based on primary cancer incidence rate, by the standardized incidence ratio (SIR). Breast cancer patients had significantly elevated SIR for contralateral breast cancer (SIR=1.7), kidney cancer (SIR=3.5) and myeloid leukaemia (SIR=8.3). Patients diagnosed with colorectal cancer had significantly elevated risk for small intestine (SIR=10.7) and colorectal cancer (SIR=1.6). Young age at diagnosis of breast and colorectal cancers was associated with risk of a second cancer. After prostate cancer, men had no greater risk of cancer, except for kidney cancer. Our results help to direct attention to regions especially vulnerable to secondary cancers after primary breast or colorectal cancer