The country image - outcome variable link

Beim Country-of-Origin Effekt geht es um das Image eines Herkunftslandes, das einen wichtigen Einfluss auf das Konsumentenverhalten haben kann. Die vorliegende Studie hat es sich zum Ziel gemacht aus bestehender Literatur ein Model über das Zusammenspiel von Länderimage, Produktbewertung, Kaufintention und Reisebereitschaft anzuwenden und die moderierenden Effekte von Persönlichkeitsvariablen auf diese Konzepte zu prüfen. Hierbei werden zwei situationspezifische Persönlichkeitsmerkmale (Need for Cognition und Need for Affect) und eine neu entwickelte Persönlichkeitstheorie bestehend aus vier Persönlichkeitsdimensionen (Kopfmensch, Gefühlsmensch, materieller Mensch, intuitiver Mensch) als Moderatoren eingesetzt und geprüft ob diese Variablen einen Effekt auf die Beziehung zwischen verschiedenen Länderimagekomponenten (affektiv und kognitiv) und Verhaltensvariablen haben. Die zwei situationspezifische Persönlichkeitsmerkmale haben sich als wertvolle Moderatoren in Bezug auf den Country-of-Origin Effekt erwiesen. So zeigt sich, dass Personen mit einem hohen Need for Affect im Prozess der Produktbewertung stärker vom affektiven Teil des Länderimages beeinflusst werden, als Personen mit einem niedrigem Need for Affect. Darüber hinaus hat die Studie gezeigt, dass in Abhängigkeit der Persönlichkeitsklassifizierung einer Person, der kognitiven und affektiven Komponente des Länderimages unterschiedliche Bedeutung beigemessen wird. So konnte festgestellt werden, dass Personen (mit einem kognitiven Ansatz zur Informationsverarbeitung) ihr Verhalten und ihre Produktbewertung stärker auf den kognitiven Teil von Länderimage stützten als auf den affektiven Teil. Zum Abschluss der Studie werden praktische Auswirkungen der Resultate der Studie diskutiert und Vorschläge zu weiterführenden Studien eruiert.The present study analyzes individual differences in the relationship between country image components and behavioural outcome variables by using two different approaches. One approach analyzes the moderating effect of two fundamental personality variables (Need for Cognition, Need for Affect) in explaining the strength of the relation between country image components and outcome variables (i.e., product evaluation, intention to buy, intention to visit). Alternatively a new personality theory consisting of 4 personality orientations (Thinking, Material, Imaginative, Feeling) will be integrated as moderator variable between the country image – outcome variable link. The first model with the more contextual specific personality traits was found to be a better tool in explaining individual differences in the country image – outcome variable link. Furthermore, our results provide empirical support that the relative importance consumers attach to different country image components varies according to a person’s personality classification (thinking, feeling, combination, and passive processor). Overall the results show that personality is an important construct in understanding county image related information processes

Identification of intracellular bacteria from multiple single-cell RNA-seq platforms using CSI-Microbes

The study of the tumor microbiome has been garnering increased attention. We developed a computational pipeline (CSI-Microbes) for identifying microbial reads from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data and for analyzing differential abundance of taxa. Using a series of controlled experiments and analyses, we performed the first systematic evaluation of the efficacy of recovering microbial unique molecular identifiers by multiple scRNA-seq technologies, which identified the newer 10x chemistries (3' v3 and 5') as the best suited approach. We analyzed patient esophageal and colorectal carcinomas and found that reads from distinct genera tend to co-occur in the same host cells, testifying to possible intracellular polymicrobial interactions. Microbial reads are disproportionately abundant within myeloid cells that up-regulate proinflammatory cytokines like IL1Β and CXCL8, while infected tumor cells up-regulate antigen processing and presentation pathways. These results show that myeloid cells with bacteria engulfed are a major source of bacterial RNA within the tumor microenvironment (TME) and may inflame the TME and influence immunotherapy response

Parallel genome-wide screens identify synthetic viable interactions between the BLM helicase complex and Fanconi anemia.

Maintenance of genome integrity via repair of DNA damage is a key biological process required to suppress diseases, including Fanconi anemia (FA). We generated loss-of-function human haploid cells for FA complementation group C (FANCC), a gene encoding a component of the FA core complex, and used genome-wide CRISPR libraries as well as insertional mutagenesis to identify synthetic viable (genetic suppressor) interactions for FA. Here we show that loss of the BLM helicase complex suppresses FANCC phenotypes and we confirm this interaction in cells deficient for FA complementation group I and D2 (FANCI and FANCD2) that function as part of the FA I-D2 complex, indicating that this interaction is not limited to the FA core complex, hence demonstrating that systematic genome-wide screening approaches can be used to reveal genetic viable interactions for DNA repair defects

Somatic Mutations of Calreticulin in Myeloproliferative Neoplasms

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Exploratory Analysis of the Transcriptome of Myeloproliferative Neoplasms for Diagnostic and Therapeutic Applications

Myeloproliferative Neoplasien (MPN) sind eine seltene Form von Blutkrebsarten, die ihren Ursprung in defekten Stammzellen haben. Einige Besonderheiten sind ihre klonale Blutbildung (Hämatopoese) und eine Überproduktion von ausgereiften Blutzellen der myeloiden Entwicklungslinie. Die vorliegende Doktorarbeit befasst sich mit den BCR-ABL1 negativen MPN Krankheiten. Diese sind Essentielle Thrombozythämie (ET), Polycythämia vera (PV) und Primäre Myelofibrose (PMF). MPN Erkrankungen durchlaufen unterschiedliche Phasen. Meistens werden Patienten in einer chronischen Phase diagnostiziert, die sich durch einen stabilen Krankheitsverlauf definiert. In dieser Phase werden somatische Mutationen in den Genen JAK2, CALR und MPL in mehr als 90% von MPN Patienten gefunden. Diese sogenannten MPN spezifischen Mutationen tragen zu phänotypischen Ausprägungen der Krankheit bei. Patienten, die keine Mutation in diesen Genen aufweisen, werden als dreifach-negativ (‚triple-negative‘) bezeichnet. Die diagnostische Aufarbeitung dieser Patientengruppe wird durch diese Eigenschaft erschwert. Einige Patienten können von einem chronischen zu einem progressiven Krankheitsbild (‚accelerated phase‘) voranschreiten. Bei manchen Patienten kann zusätzlich eine sekundäre akute myeloide Leukämie AML (‚blast phase‘) auftreten. In beiden Fällen führt dies zu einem Anstieg an genetischer Komplexität und einer deutlich reduzierten Überlebenswahrscheinlichkeit. Die Mehrheit der therapeutischen Maßnahmen behandelt die Symptome der Patienten und befasst sich nicht mit der Ursache der Erkrankung, nämlich der defekten Stammzelle. In dieser Doktorarbeit wurde an einer Kohorte von 104 chronisch erkrankten MPN Patienten und 9 weiteren Patienten mit progressiver sekundärer AML ‚whole-transcriptome‘-Sequenzierung an Granulozyten RNA von Patienten durchgeführt. Verschiedene rechnergestützte Verfahrensschritte (‚workflows‘) wurden etabliert, um Klonalität in Granulozyten zu ermitteln, um Fusionsgene, Einzelvarianten, Insertionen und Deletionen in unseren Sequenzierdaten zu finden, um Defekte im Spleißen von Exonen zu detektieren und schließlich um potenzielle Neoantigene in unseren Daten zu identifizieren. Mit diesen workflows war es möglich einen neuen alternativen Weg zur Ermittlung von Klonalität in Krebszellen aller weiblichen MPN Patienten zu beschreiben. Insbesondere wird ein großer Nutzen für die Diagnose von dreifach-negativ Patienten erwartet. In chronisch sowie sekundär erkrankten AML Patienten wurde eine kleine Anzahl an nicht-rezidiven Fusionsgenen gefunden. Diese Doktorarbeit beschreibt eine komplexe Landschaft an Mutationen und eine hohe Häufigkeit an Mutationen im Gen SF3B1 in Patienten mit PMF. Eine Analyse von Defekten im Exon-Spleißen von Patienten mit SF3B1 Mutationen, definiert anomales 3‘Spleißen als den am häufigsten auftretenden Defekt. Viele dieser Defekte führen zu potenziellen Veränderungen in der Aminosäuresequenz eines Proteins. Alle bisher genannten Mutationen wurden in dieser Arbeit gesammelt, um schlussendlich Neoantigene zu identifizieren. Die Bestimmung von Neoantigenen beruht auf rechnergestützten Vorhersagen von Peptiden und MHC-I Molekülen, die spezifisch für jeden Patienten sind. Damit konnten Neoantigene in Patienten gefunden werden, die von CALR und MPL mutierten Proteinen stammen. Zusammengefasst konnten Neoantigene in 62% aller MPN Patienten ermittelt werden, Dieses Ergebnis stellt eine vielversprechende Ressource für personalisierte Immuntherapie für MPN Patienten dar.Myeloproliferative Neoplasms (MPNs) are stem cell derived hematological cancers characterized by a clonal hematopoiesis and an increase of differentiated blood cells of the myeloid lineage. The following thesis focuses on BCR-ABL1-negative MPNs, namely essential thrombocythemia (ET), polycythemia vera (PV), and primary myelofibrosis (PMF). Several phases of disease evolution in MPN are recognized. Patients often present with a chronic phase defined by a stable disease course and appearance of somatic mutations. Disease driving mutations in JAK2, CALR, and MPL are found in the majority of ET, PV, and PMF diseases and shape the phenotypic landscape of MPN patients. Patients without mutations in MPN driver genes are referred to as ‘triple-negative and represent a group of patients with unmet need for concise diagnosis. Patients can progress from a chronic to an accelerated phase or to a blast phase (secondary acute myeloid leukemia sAML) defined by an increase in genetic complexity and worse survival. Most therapeutic interventions treat patient symptoms and do not eradicate the MPN disease cell. Whole transcriptome sequencing was performed on granulocytes RNA of 104 chronic MPN and 9 patients transformed to secondary AML. Several established and novel computational workflows were applied for determining clonality in granulocytes, calling and filtering fusion genes, single nucleotide variants (SNVs) and insertion and deletions (Indels), exploring aberrant splicing, and for discovery and systematic mining of neoantigens on our transcriptome dataset of MPN patients. The extent of granulocyte clonality was estimated in female MPN patients and thereby an alternative clonality assay was introduced, inclusive for all females and for the diagnostic benefit of triple-negative patients. The mutational landscape of the transcriptome of MPN patients was explored and characterized. A scarce number of non-recurrent fusions was found in chronic and secondary AML patients. MPN patients have a complex landscape of SNVs and indels with high frequency of SF3B1 mutations in PMF patients. Analysis of splicing defects identify aberrant 3 splicing as the most common splicing alteration in SF3B1 mutated PMF patients. A list of genes with putative protein altering defects caused by mis-spliced exons was described. Finally, all protein altering defects were collected and binding affinity was predicted for MHC class I molecules to 8, 9, and 10 mer peptides derived from altered proteins of different mutation classes. Putative neoantigens derived from CALR and MPL mutations were found. In general, 62% of MPN patients showed evidence of recurrent neoantigens providing a potential usage for targeted immunotherapy.Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des VerfassersArbeit an der Bibliothek noch nicht eingelangt - Daten nicht geprüftMedizinische Universität Wien, Diss., 2019(VLID)366388

ruppinlab/CSI-Microbes-analysis with intermediate files needed for reproducibility

<p>CSI-Microbes-analysis (v1.0.0) with intermediate files (generated by CSI-Microbes-identification) for reproducibility. This code reproduces figures from the bioRxiv paper "scRNA-seq analysis of colon and esophageal tumors uncovers abundant microbial reads in myeloid cells undergoing proinflammatory transcriptional alterations".</p&gt

CSI-Microbes-identification

<p>CSI-Microbes-identification (v1.0.0) with PathSeq database files for reproducibility. </p&gt

Myelomonocytic Skewing In Vitro Discriminates Subgroups of Patients with Myelofibrosis with A Different Phenotype, A Different Mutational Profile and Different Prognosis

Normal hematopoietic function is maintained by a well-controlled balance of myelomonocytic, megaerythroid and lymphoid progenitor cell populations which may be skewed during pathologic conditions. Using semisolid in vitro cultures supporting the growth of myelomonocytic (CFU-GM) and erythroid (BFU-E) colonies, we investigated skewed differentiation towards the myelomonocytic over erythroid commitment in 81 patients with myelofibrosis (MF). MF patients had significantly increased numbers of circulating CFU-GM and BFU-E. Myelomonocytic skewing as indicated by a CFU-GM/BFU-E ratio ≥ 1 was found in 26/81 (32%) MF patients as compared to 1/98 (1%) in normal individuals. Patients with myelomonocytic skewing as compared to patients without skewing had higher white blood cell and blast cell counts, more frequent leukoerythroblastic features, but lower hemoglobin levels and platelet counts. The presence of myelomonocytic skewing was associated with a higher frequency of additional mutations, particularly in genes of the epigenetic and/or splicing machinery, and a significantly shorter survival (46 vs. 138 mo, p < 0.001). The results of this study show that the in vitro detection of myelomonocytic skewing can discriminate subgroups of patients with MF with a different phenotype, a different mutational profile and a different prognosis. Our findings may be important for the understanding and management of MF