Technical Challenges for CTC Implementation in Breast Cancer

Breast cancer is the most common neoplasm in women worldwide. Tissue biopsy, currently the gold standard to obtain tumor molecular information, is invasive and might be affected by tumor heterogeneity rendering it incapable to portray the complete dynamic picture by the absence of specific genetic changes during the evolution of the disease. In contrast, liquid biopsy can provide unique opportunities for real-time monitoring of disease progression, treatment response and for studying tumor heterogeneity combining the information of DNA that tumors spread in the blood (circulating tumor DNA) with CTCs analysis. In this review, we analyze the technical and biological challenges for isolation and characterization of circulating tumor cells from breast cancer patients. Circulating tumor cell (CTC) enumeration value is included in numerous clinical studies due to the prognostic’s role of these cells. Despite this, there are so many questions pending to answer. How to manage lymphocytes background, how to distinguish the CTCs subtypes or how to work with frozen samples, are some of the issues that will discuss in this review. Based on our experience, we try to address these issues and other technical limitations that should be solved to optimize the standardization of protocols, sample extraction procedures, circulating-tumor material isolation (CTCs vs. ctDNA) and the very diverse methodologies employed, aiming to consolidate the use of CTCs in the clinic. Furthermore, we think that new approaches focusing on isolation CTCs in other body fluids such as cerebrospinal or ascitic fluid are necessary to increase the opportunities of circulating tumor cells in the practice clinic as well as to study the promising role of CTC clusters and their prognostic value in metastatic breast cancer

A crowdsourcing database for the copy-number variation of the Spanish population

Background: Despite being a very common type of genetic variation, the distribution of copy-number variations (CNVs) in the population is still poorly understood. The knowledge of the genetic variability, especially at the level of the local population, is a critical factor for distinguishing pathogenic from non-pathogenic variation in the discovery of new disease variants. Results: Here, we present the SPAnish Copy Number Alterations Collaborative Server (SPACNACS), which currently contains copy number variation profiles obtained from more than 400 genomes and exomes of unrelated Spanish individuals. By means of a collaborative crowdsourcing effort whole genome and whole exome sequencing data, produced by local genomic projects and for other purposes, is continuously collected. Once checked both, the Spanish ancestry and the lack of kinship with other individuals in the SPACNACS, the CNVs are inferred for these sequences and they are used to populate the database. A web interface allows querying the database with different filters that include ICD10 upper categories. This allows discarding samples from the disease under study and obtaining pseudo-control CNV profiles from the local population. We also show here additional studies on the local impact of CNVs in some phenotypes and on pharmacogenomic variants. SPACNACS can be accessed at: http://csvs.clinbioinfosspa.es/spacnacs/. Conclusion: SPACNACS facilitates disease gene discovery by providing detailed information of the local variability of the population and exemplifies how to reuse genomic data produced for other purposes to build a local reference database

Prácticas virtuales de fisiología

El presente proyecto de innovación educativa ha servido para generar material audiovisual compatible con dispositivos electrónicos para el aprendizaje de fisiología de una manera sencilla y accesible. Es la continuación de un proyecto del curso 2020-21, en el que se generó un material con las prácticas que se realizan con un programa de registros fisiológicos. En esta ocasión, se procedió a la grabación de los procedimientos experimentales de las asignaturas de Fisiología del Grado en Veterinaria y del Grado en CyTA y se han incluido en un formato presentación, en el que se exponen los conocimientos básicos de la práctica, los objetivos, el material y métodos, el procedimiento experimental en vídeo con explicaciones y finalmente la recogida de datos y la interpretación de los resultados. Así, se reduce el número de animales a utilizar en las prácticas porque no es necesario volver a hacer el procedimiento en el animal y el estudiante puede aprender a su ritmo y visualizar la presentación tantas veces como necesite para su aprendizaje, antes, durante y después de la práctica. Se ha contado con un amplio equipo en el que han participado PDI del departamento de Fisiología y de Producción Animal, PAS y estudiantes de grado y posgrado, de modo que la experiencia de todos ellos ha aportado un enfoque multidisciplinar, muy adecuado para la viabilidad del proyecto. El producto generado es un material duradero en el tiempo, que seguirá poniéndose a disposición de los estudiantes en cursos venideros

CIBERER : Spanish national network for research on rare diseases: A highly productive collaborative initiative

Altres ajuts: Instituto de Salud Carlos III (ISCIII); Ministerio de Ciencia e Innovación.CIBER (Center for Biomedical Network Research; Centro de Investigación Biomédica En Red) is a public national consortium created in 2006 under the umbrella of the Spanish National Institute of Health Carlos III (ISCIII). This innovative research structure comprises 11 different specific areas dedicated to the main public health priorities in the National Health System. CIBERER, the thematic area of CIBER focused on rare diseases (RDs) currently consists of 75 research groups belonging to universities, research centers, and hospitals of the entire country. CIBERER's mission is to be a center prioritizing and favoring collaboration and cooperation between biomedical and clinical research groups, with special emphasis on the aspects of genetic, molecular, biochemical, and cellular research of RDs. This research is the basis for providing new tools for the diagnosis and therapy of low-prevalence diseases, in line with the International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC) objectives, thus favoring translational research between the scientific environment of the laboratory and the clinical setting of health centers. In this article, we intend to review CIBERER's 15-year journey and summarize the main results obtained in terms of internationalization, scientific production, contributions toward the discovery of new therapies and novel genes associated to diseases, cooperation with patients' associations and many other topics related to RD research

Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

Nurses' perceptions of aids and obstacles to the provision of optimal end of life care in ICU

Contains fulltext : 172380.pdf (publisher's version ) (Open Access

Urinary Metabolomics Study on the Protective Role of Cocoa in Zucker Diabetic Rats via 1H-NMR-Based Approach

Cocoa constitutes one of the richest sources of dietary flavonoids with demonstrated anti-diabetic potential. However, the metabolic impact of cocoa intake in a diabetic context remains unexplored. In this study, metabolomics tools have been used to investigate the potential metabolic changes induced by cocoa in type 2 diabetes (T2D). To this end, male Zucker diabetic fatty rats were fed on standard (ZDF) or 10% cocoa-rich diet (ZDF-C) from week 10 to 20 of life. Cocoa supplementation clearly decreased serum glucose levels, improved glucose metabolism and produced significant changes in the urine metabolome of ZDF animals. Fourteen differential urinary metabolites were identified, with eight of them significantly modified by cocoa. An analysis of pathways revealed that butanoate metabolism and the synthesis and degradation of branched-chain amino acids and ketone bodies are involved in the beneficial impact of cocoa on diabetes. Moreover, correlation analysis indicated major associations between some of these urine metabolites (mainly valine, leucine, and isoleucine) and body weight, glycemia, insulin sensitivity, and glycated hemoglobin levels. Overall, this untargeted metabolomics approach provides a clear metabolic fingerprint associated to chronic cocoa intake that can be used as a marker for the improvement of glucose homeostasis in a diabetic context

Urinary metabolomics study on the protective role of cocoa in Zucker diabetic rats via 1H NMR-based approach

Resumen del trabajo presentado al 12th Annual Ciberdem Meeting, celebrado en Mataró del 3 al 4 de noviembre de 2021.Peer reviewe

Revisores de este número

Eva Bálmont Rica Antonio Carbonell Gimeno Ángel Casado Castro Salvador Tarek Cruz TabaresSilvia Gálvez Salamanca Antonio Carlos García Ruiz Lourdes Lara Romero Mª Eugenia Prieto Gómez Sara Ramos Millán Inmaculada Sicilia Rubio Juan Vallejo Lesme

El perro en investigación animal: Enseñanzas en manejo y procesos para incrementar el bienestar animal(II)

El perro es un animal utilizado en investigación en diversos campos como son los estudios fisiológicos farmacológicos u otros de carácter quirúrgico. El bienestar animal es un punto fundamental para el éxito de la experimentación. Por ello, la enseñanza en buenas prácticas en el cuidado y manejo de perros, conduce a mejorar el bienestar de los mismos y a incrementar el conocimiento sobre la biología y el comportamiento de los animales por parte del alumno. La utilización de nuevas tecnologías que incluyen videos, imágenes o esquemas donde se puedan explicar las mejores condiciones de alojamiento, cuidados, técnicas de manejo del animal para la administración de sustancias o la toma de muestras, permite ver y aprender detenidamente todos los procesos. Todos los métodos deben seguir la Guía sobre el Cuidado y Utilización del Animal de Laboratorio y la Directiva 2010/63/UE del Parlamento Europeo y del Consejo de 22 de septiembre de 2010 y a Real Decreto 53/2013, de 1 de febrero, por el que se establecen las normas básicas aplicables para la protección de los animales utilizados en experimentación y otros fines científicos, incluyendo la docencia. http://www.boe.es/boe/dias/2013/02/08/pdfs/BOE-A-2013-1337.pdf. Endicho R.D. se regula fundamentalmente lo siguiente: Artículo 4. Principio de reemplazo, reducción y refinamiento. En este proyecto se podrán explicar con vídeos, imágenes y textos de apoyo los diferentes puntos a desarrollar utilizando adecuadamente muy pocos animales pero sin embargo dando una gran e importante información sobre la utilización de perros en investigación, ética y bienestar animal. Dado que este proyecto es continuación de un proyecto anterior (PIMCD nº380,2014) En el proyecto se hará un pequeño recordatorio en algunos puntos ya realizado y poniendo especial hincapié en los capítulos no abarcados en el primer proyecto. Se apoyará en los siguientes capítulos ya desarrollados: 1.- Bases biológicas, fisiológicas y etológicas de la especie canina. En este punto se desarrollarán aspectos específicos de esta especie como es la fisiología reproductiva o las diferentes características de las distintas razas y cuáles son las más adecuadas para experimentación. 2.- Alojamiento, medioambiente y condiciones sanitarias. Se expondrán las condiciones de alojamiento en cuanto al tipo de perreras, sus características en tamaño y construcción. También se proporcionará información sobre las condiciones de luz, temperatura y humedad recomendadas por la legislatura. Un punto importante será tratar los aspectos higiénico-sanitarios del espacio y del animal. 3.- Necesidades sociales, nutricionales y de ejercicio. Aspecto fundamental para que los animales se encuentren en un entorno favorable, incluyendo programas de enriquecimiento ambiental que cubra sus necesidades psicológicas que colaboren en el bienestar animal. 4.- Técnicas de manejo y sujeción. Medidas necesarias para realizar los procesos experimentales en las mejores condiciones posibles, evitando factores estresantes y disconfort del animal. En los capítulos que a continuación se relatan, se hará un estudio en profundidad de los mismos 1- Procedimientos menores comunes en experimentación. En este capítulo se abordarán técnicas básicas de administración de sustancias o de recogida de muestras. Se explicaran las diferentes metodologías para la administración y dosificación de sustancias distintas vías. Vía oral de sustancias líquidas y sólidas; vía subcutánea; vía intramuscular y vía intravenosa. 2.- También se pondrá especial dedicación a la recogida de semen y el análisis de sus características así como a las procedimientos para realizar una inseminación artificial. 3.- Técnicas de recogida de muestras sanguíneas, de orina y dermatológicas. 4.-- Bases sobre anestesia y analgesia. En este punto se orientará sobre las bases de la anestesia y analgesia del perro, los productos que se utilizan, la adecuación del proceso y las diferentes técnicas anestésicas. 7.- Protección del personal. Tan importante como todo lo anterior, el conocer el comportamiento de los animales y las diferentes técnicas de manejo, conlleva el saber cómo actuar con los perros para evitar y prevenir accidentes. Para el desarrollo del proyecto se utilizarán 6-8 perros Beagle machos y hembras, pertenecientes al Departamento de Fisiología Animal de la Facultad de Veterinaria UCM, alojados en el animalario adscrito al mismo Departamento con nº de registro Ex 011 U. Dichos animales y dependencias del Departamento serán generosamente cedidos para la realización del proyecto