Treatment of Massive Metagenomic Data with Graphs

Among the de novo strategies to assemble metagenomic DNA fragments the application of de Bruijn graphs stands out. These graphs greatly reduce the computational complexity and overload that arises as a consequence of the huge data volume. An Eulerian cycle can be established on a de Bruijn graph that allows the assembly of sequence reads into longer fragments for genome reconstruction. This paper shows the theoretical principles of the computational schema applied. Also, the difficulties that appear in the practical application of the method and the algorithmic features of some of the available open source programs. Finally, the work of the authors research group is summarized.Facultad de Informátic

Treatment of Massive Metagenomic Data with Graphs

Among the de novo strategies to assemble metagenomic DNA fragments the application of de Bruijn graphs stands out. These graphs greatly reduce the computational complexity and overload that arises as a consequence of the huge data volume. An Eulerian cycle can be established on a de Bruijn graph that allows the assembly of sequence reads into longer fragments for genome reconstruction. This paper shows the theoretical principles of the computational schema applied. Also, the difficulties that appear in the practical application of the method and the algorithmic features of some of the available open source programs. Finally, the work of the authors research group is summarized.Facultad de Informátic

Relación entre diferentes estilos de lactancia materna y caries precoz de la infancia

110 p.La caries dental en la infancia es un problema endémico que afecta al bienestar, a la calidad de vida y a la salud del niño. Se ha realizado un estudio de casos y controles de los niños, buscando niños que padecen Caries Precoz de la Infancia severa (CPI-s), en el área de Bidasoa (Gipuzkoa). Se ha encontrado una alta presencia de caries precoz de la infancia, que afectaba al 24% de los niños estudiados, afectando tanto a niños de familias de nivel socioeconómico bajo como a los de familias de nivel alto.El análisis de los posibles factores asociados con la aparición de CPI muestra que los dos principales factores de riesgo eran el uso de biberón de contenido dulce y la lactancia materna prolongada más de 12 meses, que demostró una fuerte asociación estadística, con un Odds Ratio ajustado de 7,2, que implicaría que el 86% de los casos de CPI en los niños de este estudio estarían asociados a esa forma de lactancia materna. A la vista de esos resultados y los de otros estudios previos, se puede concluir que la lactancia materna prolongada, si no va acompañada de sencillas medidas de limpieza de los dientes del niño tras cada toma, es un factor de riesgo de aparición de caries precoz de la infancia.Es por ello clave que las autoridades sanitarias y los profesionales sanitarios implicados en la atención de esos niños reconozcan la existencia del problema y la importancia de monitorizar su evolución en el futuro; y que se desarrollen campañas de información a los padres de recién nacidos sobre la existencia de la CPI, sobre sus repercusiones en la salud de los niños, sobre las practicas alimentarias que son factores de riesgo de esa enfermedad, y sobre las medidas de higiene bucodental que han de realizarse con esos niños para prevenir la aparición de caries en la primera infancia

Relación entre diferentes estilos de lactancia materna y caries precoz de la infancia

110 p.La caries dental en la infancia es un problema endémico que afecta al bienestar, a la calidad de vida y a la salud del niño. Se ha realizado un estudio de casos y controles de los niños, buscando niños que padecen Caries Precoz de la Infancia severa (CPI-s), en el área de Bidasoa (Gipuzkoa). Se ha encontrado una alta presencia de caries precoz de la infancia, que afectaba al 24% de los niños estudiados, afectando tanto a niños de familias de nivel socioeconómico bajo como a los de familias de nivel alto.El análisis de los posibles factores asociados con la aparición de CPI muestra que los dos principales factores de riesgo eran el uso de biberón de contenido dulce y la lactancia materna prolongada más de 12 meses, que demostró una fuerte asociación estadística, con un Odds Ratio ajustado de 7,2, que implicaría que el 86% de los casos de CPI en los niños de este estudio estarían asociados a esa forma de lactancia materna. A la vista de esos resultados y los de otros estudios previos, se puede concluir que la lactancia materna prolongada, si no va acompañada de sencillas medidas de limpieza de los dientes del niño tras cada toma, es un factor de riesgo de aparición de caries precoz de la infancia.Es por ello clave que las autoridades sanitarias y los profesionales sanitarios implicados en la atención de esos niños reconozcan la existencia del problema y la importancia de monitorizar su evolución en el futuro; y que se desarrollen campañas de información a los padres de recién nacidos sobre la existencia de la CPI, sobre sus repercusiones en la salud de los niños, sobre las practicas alimentarias que son factores de riesgo de esa enfermedad, y sobre las medidas de higiene bucodental que han de realizarse con esos niños para prevenir la aparición de caries en la primera infancia

Diseño de un entrenamiento desde el modelo cognitivo conductual para la procrastinación académica en adolescentes de una institución de Trujillo

La presente investigación, tuvo como objetivo proponer el diseño de un Entrenamiento en Solución de Problemas desde el Modelo Cognitivo para la procrastinación académica en adolescentes de una Institución de Trujillo. El diseño de investigación fue descriptiva propositiva, debido a que, utilizó referencia bibliográfica para obtener un panorama amplio sobre el tema, permitiendo elaborar una propuesta de acuerdo a la teoría que le corresponde (Gómez et al. 2014). El instrumento empleado para medir la variable fáctica fue la “Escala de Procrastinación en adolescentes”, adaptada al contexto peruano por Arévalo (2011). La muestra estuvo conformada por 70 estudiantes de 4to y 5to de secundaria. Los resultados evidenciaron que los alumnos se encuentran en el nivel medio correspondiente a la procrastinación académica. Por lo que se concluye que la procrastinación afecta la vida de los adolescentes y pone en riesgo su futuro profesional

Análisis del desempeño de clustering y árboles de decisión en la evaluación clínica de microbiomas de pacientes con cáncer colorrectal

La metagenómica orientada hacia el uso de genes marcadores como el 16S rRNA permite establecer el perfil taxonómico del microbioma de pacientes con cáncer colorrectal. Cabe entonces explorar el papel del análisis taxonómico del microbioma como herramienta de diagnóstico y evaluación de la enfermedad. En tal sentido debe ajustarse la interrelación bioinformático-médica. Cada algoritmo a utilizar, cada parámetro a ajustar, requieren de una evaluación acerca del grado en que colaboran a mejorar el análisis en términos médicos. El objetivo general del trabajo es entonces caracterizar el microbioma de pacientes del AMBA en cuanto a riqueza, diversidad y distribución estadística, a través de muestras del gen marcador 16S rRNA obtenidas de materia fecal. En particular, se procuró reproducir la pipeline desarrollada anteriormente con muestras extraídas de repositorios internacionales mejorando los aspectos de automatización y ajustando la elección de parámetros. También se validó la metodología de trabajo por medio de comparación con los procesos llevados a cabo en el marco de la Large Bowel Microbiome Disease Network. A su vez, se realizó el análisis estadístico correspondiente para establecer la riqueza, diversidad de los microbiomas autóctonos. Finalmente se evaluó el desempeño de métodos supervisados y no supervisados de clasificación y predicción respecto del diagnósticoWorkshop: WBDMD – Bases de Datos y Minería de DatosRed de Universidades con Carreras en Informátic

Reconocimiento de patrones genéticos por medio de grafos

Se expone la línea de investigación que se lleva adelante en el Departamento de Ingeniería e Investigaciones Tecnológicas de la UNLaM. Se detallan resultados del proyecto de investigación “Aplicación de Técnicas de Data Mining para Análisis del Microbioma Humano según Funcionalidades Metabólicas”, C200 del Programa de Incentivos. Con él se intenta aportar procedimientos para analizar la relación clínica entre el microbioma intestinal y la presencia de patologías. Esto comprende la obtención de muestras de microbiomas de pacientes, la identificación funcional de las secuencias genéticas y la determinación de la distribución de frecuencias por especies en cada paciente. En el proyecto de investigación anterior C169 se habían obtenido datos de secuencias del gen marcador 16S rRNA. La necesidad de establecer ahora una clasificación por funcionalidades metabólicas para todos los genes presentes en cada microbioma, llevó a la búsqueda de nuevos datos crudos (no ensamblados) y al análisis de los procedimientos de extracción, control de calidad, limpieza y ensamble.Eje: Bases de Datos y Minería de Datos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Reconocimiento de patrones genéticos por medio de grafos

Se expone la línea de investigación que se lleva adelante en el Departamento de Ingeniería e Investigaciones Tecnológicas de la UNLaM. Se detallan resultados del proyecto de investigación “Aplicación de Técnicas de Data Mining para Análisis del Microbioma Humano según Funcionalidades Metabólicas”, C200 del Programa de Incentivos. Con él se intenta aportar procedimientos para analizar la relación clínica entre el microbioma intestinal y la presencia de patologías. Esto comprende la obtención de muestras de microbiomas de pacientes, la identificación funcional de las secuencias genéticas y la determinación de la distribución de frecuencias por especies en cada paciente. En el proyecto de investigación anterior C169 se habían obtenido datos de secuencias del gen marcador 16S rRNA. La necesidad de establecer ahora una clasificación por funcionalidades metabólicas para todos los genes presentes en cada microbioma, llevó a la búsqueda de nuevos datos crudos (no ensamblados) y al análisis de los procedimientos de extracción, control de calidad, limpieza y ensamble.Eje: Bases de Datos y Minería de Datos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Reconocimiento de patrones genéticos por medio de grafos

Se expone la línea de investigación que se lleva adelante en el Departamento de Ingeniería e Investigaciones Tecnológicas de la UNLaM. Se detallan resultados del proyecto de investigación “Aplicación de Técnicas de Data Mining para Análisis del Microbioma Humano según Funcionalidades Metabólicas”, C200 del Programa de Incentivos. Con él se intenta aportar procedimientos para analizar la relación clínica entre el microbioma intestinal y la presencia de patologías. Esto comprende la obtención de muestras de microbiomas de pacientes, la identificación funcional de las secuencias genéticas y la determinación de la distribución de frecuencias por especies en cada paciente. En el proyecto de investigación anterior C169 se habían obtenido datos de secuencias del gen marcador 16S rRNA. La necesidad de establecer ahora una clasificación por funcionalidades metabólicas para todos los genes presentes en cada microbioma, llevó a la búsqueda de nuevos datos crudos (no ensamblados) y al análisis de los procedimientos de extracción, control de calidad, limpieza y ensamble.Eje: Bases de Datos y Minería de Datos.Red de Universidades con Carreras en Informátic

Tratamiento de secuencias de ADN y clustering de pacientes con cáncer colorrectal

Con este trabajo se continua la línea de investigación consistente en evaluar y desarrollar procedimientos computacionales adecuados para analizar la relación clínica entre el microbioma intestinal y la presencia del cáncer colorrectal. En esta oportunidad se ha trabajado con muestras propias obtenidas en el medio local. Corresponden a los microbiomas de 20 pacientes, 10 sanos y 10 enfermos, del Sector de Coloproctología del Hospital Italiano de Buenos Aires que fueron secuenciados a partir de materia fecal. La identificación bacteriana se realizó utilizando el gen marcador 16S rRNA para obtener la distribución de frecuencias a distintos niveles taxonómicos en cada paciente. El presente artículo describe el proceso que se ha realizado desde que las muestras salen del secuenciador hasta que son procesadas para su valoración clínica. Con tal objetivo los pacientes fueron agrupados por medio de algoritmos de aprendizaje no supervisado y se desarrolló el aspecto matemático de una distancia que trata de ajustar el clustering computacional a los objetivos clínicos. La metodología de trabajo empleada ha sido validada mediante la participación en la red Global Research Network to Investigate the CRC-associated Microbiome of non-Western Countries creada por la Universidad de Leeds, UK.Eje: Base de Datos y Minería de Datos.Red de Universidades con Carreras en Informátic