A Bayesian method for identification of stock mixtures from molecular marker data

Molecular markers have been demonstrated to be useful for the estimation of stock mixture proportions where the origin of individuals is determined from baseline samples. Bayesian statistical methods are widely recognized as providing a preferable strategy for such analyses. In general, Bayesian estimation is based on standard latent class models using data augmentation through Markov chain Monte Carlo techniques. In this study, we introduce a novel approach based on recent developments in the estimation of genetic population structure. Our strategy combines analytical integration with stochastic optimization to identify stock mixtures. An important enhancement over previous methods is the possibility of appropriately handling data where only partial baseline sample information is available. We address the potential use of nonmolecular, auxiliary biological information in our Bayesian model

Karhukanta Suomessa 2019

Suomessa oli ennen vuoden karhunmetsästyskautta 2019 arviolta 2300-2500 karhua. Todenäköisin arvio lukumäärästä (2360 yksilöä) on noin 14 % suurempi kuin vuotta 2018 koskeva arvio. Arvio karhukannan yksilömäärästä perustuu suurpetoyhdyshenkilöiden tekemiin ja Tassu-järjestelmään kirjaamiin havaintoihin karhunpentueista. Karhuhavaintoja kertyi 10 111, joista pentuehavaintoja oli yhteensä 1 260. Pentueita koskevissa jälkihavainnoissa oli useammin mittaustulos jälkien koosta kuin vuonna 2018. Alueellisesti kannan runsastuminen näyttää olleen voimakkainta poronhoitoalueen eteläpuolelle sijoittuvien keskisen ja läntisen Suomen alueella. Poronhoitoalueen eteläpuolisen Itä-Suomen alueella ja poronhoitoalueella erot olivat vähäisiä vuoteen 2018 verrattuna. Viimeisen kolmen vuoden aikana on karhunkaatolupia myönnetty aiempaa enemmän. Odotusten vastaisesti kannan kasvu jatkui edelleen. Yksilömäärää koskevissa arvioissa tapahtuneet muutokset eivät kuitenkaan johdu pelkästään muutoksista karhukannassa vaan arvioihin vaikuttavat osin myös havainnoinnin aktiivisuudessa ja kattavuudessa tapahtuneet muutokset. Ennustemallin mukaan Suomen karhukanta pysyisi nykyisen suuruisena, jos metsästysverotus on 16 %.202

Experiences in Bayesian Inference in Baltic Salmon Management

We review a success story regarding Bayesian inference in fisheries management in the Baltic Sea. The management of salmon fisheries is currently based on the results of a complex Bayesian population dynamic model, and managers and stakeholders use the probabilities in their discussions. We also discuss the technical and human challenges in using Bayesian modeling to give practical advice to the public and to government officials and suggest future areas in which it can be applied. In particular, large databases in fisheries science offer flexible ways to use hierarchical models to learn the population dynamics parameters for those by-catch species that do not have similar large stock-specific data sets like those that exist for many target species. This information is required if we are to understand the future ecosystem risks of fisheries.Comment: Published in at http://dx.doi.org/10.1214/13-STS431 the Statistical Science (http://www.imstat.org/sts/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org

Ilveskanta Suomessa 2019

Uusimman kanta-arvion 2019 perusteella ilveskannan laskusuunta näyttäisi pysähtyneen. Kanta on samansuuruinen kuin edellisenä vuonna. Ennen metsästyskautta 2019/2020 Suomessa arvioidaan olevan 1 845 – 1 955 yli vuoden ikäistä ilvestä. Pentuehavaintojen perusteella vuonna 2018 arvioidaan havaitun noin 334 - 373 pentuetta, mikä on samaa luokkaa kuin vuonna 2017. Arviossa ei ole mukana Ahvenanmaan pentuehavaintoja. Se ei myöskään sisällä arviota touko-kesäkuussa 2019 syntyvistä pennuista. Ilveskanta on pienentynyt jonkin verran kahdella Suomen riistakeskuksen alueista: Kaakkois-Suomessa ja Oulun poronhoitoalueen ulkopuolisella alueella. Pääosin kanta on pysynyt lähes edellisen vuoden tasolla. Edellisvuoteen verrattuna kanta on kasvanut hieman Etelä-Hämessä ja -Savossa. Ilveskannan laskusuunnan merkittävimpänä syynä on ollut metsästyskuolleisuus. Ilvesten luontaisessa kuolleisuudessa ei ole tapahtunut tiedossaolevia muutoksia aikaisempiin vuosiin verrattuna. Kanta-arvio pohjautuu petoyhdyshenkilöiden 1.9.2018–28.2.2019 kirjaamien pentuehavaintojen ja erillisten lumijälkilaskentojen pohjalta tehtyyn arvioon pentueiden määrästä. Kaikki ilveshavainnot pitivät sisällään yhteensä ~ 2800 kpl ilvespentueiden näkö- ja jälkihavaintoa, mikä on noin 30 % vä-hemmän kuin vastaavana aikajaksona kaudella 2017–2018. Kannan koon laskiessa on odotettavissa myös havaintomäärien lasku. Havaintoihin pohjautuvan kanta-arvion lisäksi Luonnonvarakeskus on arvioinut ennustemallin avulla ilveskannan kehitystä vuoteen 2021 eri metsästysverotusasteilla.201

Bayesian estimation of the number of individuals in a sample with a known weight

201

The effects of climate change on Baltic salmon : Framing the problem in collaboration with expert stakeholders

In the Baltic Sea region, salmon are valued for the ecological, economic, and cultural benefits they provide. However, these fish are threatened due to historical overfishing, disease, and reduced access to spawning rivers. Climate change may pose another challenge for salmon management. Therefore, we conducted a problem-framing study to explore the effects climate change may have on salmon and the socio-ecological system they are embedded within. Addressing this emerging issue will require the cooperation of diverse stakeholders and the integration of their knowledge and values in a contentious management context. Therefore, we conducted this problem framing as a participatory process with stakeholders, whose mental models and questionnaire responses form the basis of this study. By framing the climate change problem in this way, we aim to provide a holistic understanding of the problem and incorporate stakeholder perspectives into the management process from an early stage to better address their concerns and establish common ground. We conclude that considering climate change is relevant for Baltic salmon management, although it may not be the most pressing threat facing these fish. Stakeholders disagree about whether climate change will harm or benefit salmon, when it will become a relevant issue in the Baltic context, and whether or not management efforts can mitigate any negative impacts climate change may have on salmon and their fishery. Nevertheless, by synthesizing the stakeholders' influence diagrams, we found 15 themes exemplifying: (1) how climate change may affect salmon, (2) goals for salmon management considering climate change, and (3) strategies for achieving those goals. Further, the stakeholders tended to focus on the riverine environment and the salmon life stages occurring therein, potentially indicating the perceived vulnerability of these life stages to climate change. Interestingly, however, the stakeholders tended to focus on traditional fishery management measures, like catch quotas, to meet their goals for these fish considering climate change. Further, social variables, like “politics,” “international cooperation,” and “employment” comprised a large proportion of the stakeholders' diagrams, demonstrating the importance of these factors for salmon management.Peer reviewe

Ilveskanta Suomessa 2018

Luonnonvarakeskus (Luke) tuottaa riista- ja kalavarojen kestävän ja monipuolisen hyödyntämisen säätelyn edellyttämät riista- ja kalavarojen arviot ja ennusteet kantojen tilasta, alueellisen ja ajallisen säätelyn edellyttämät saalistilastot sekä huolehtii kannanarvioinnin kehittämisen edellyttämästä tutkimuksesta. Uusimman kanta-arvion 2018 perusteella ilveskannan laskusuunta jatkuu. Kanta on pienentynyt edellisvuodesta noin 21 prosenttia. Ennen metsästyskautta 2018/2019 Suomessa arvioidaan olevan 1865–1990 yli vuoden ikäistä ilvestä. Pentuehavaintojen perusteella vuonna 2017 arvioidaan havaitun noin 332–375 pentuetta, mikä on 22 % vähemmän kuin 2016. Arviossa ei ole mukana Ahvenanmaan pentuehavaintoja. Se ei myöskään sisällä arviota touko-kesäkuussa 2018 syntyneistä pennuista. Eniten ilveskanta on pienentynyt kuudella Suomen riistakeskuksen alueista: Pohjois-Karjalassa, Pohjois-Savossa, Kainuussa Keski-Suomessa, Varsinais-Suomessa sekä Pohjanmaalla. Monin paikoin Suomea ilveskannan lasku on ollut loivaa tai kanta on pysynyt lähes edellisen vuoden tasolla. Edellis-vuoteen verrattuna kanta ei ole kasvanut millään alueella. Ilveskannan laskusuunnan taustalla on merkittävimpänä syynä metsästyskuolleisuus. Ilvesten luontaisessa kuolleisuudessa ei ole tapahtunut merkittäviä muutoksia aikaisempiin vuosiin verrattuna. Kanta-arvio pohjautuu petoyhdyshenkilöiden 1.9.2016–28.2.2017 kirjaamien pentuehavaintojen ja erillisten lumijälkilaskentojen pohjalta tehtyyn arvioon pentueiden määrästä. Kaikki ilveshavainnot pitivät sisällään yhteensä ~ 4160 kpl ilvespentueiden näkö- ja jälkihavaintoa, mikä on noin 16 % vähemmän kuin vastaavana aikajaksona kaudella 2016–2017. Havaintoihin pohjautuvan kanta-arvion lisäksi Luonnonvarakeskus on arvioinut ennustemallin avulla ilveskannan kehitystä vuoteen 2021 eri metsästysverotusasteilla.201

Susikanta Suomessa maaliskuussa 2018

Suomessa oli maaliskuussa 2018 arviolta 165–190 sutta. Lukumäärä on noin 10 % suurempi kuin maaliskuussa 2017. Suomen susikannan painopiste on siirtynyt läntisen Suomen kannanhoitoalueelle, jossa arvioitiin olleen susikannasta 68 %. Kokonaan tai pääasiallisesti Suomen puolella liikkuvia laumoja oli yhteensä 20. Suomen ja Venäjän välisen valtakunnanrajan molemmin puolin liikkuvia laumoja (ns. rajalaumat) oli 5. Kahden suden asuttamia reviirejä (susipari) arvioidaan olevan yhteensä 15, joista kaksi sijoittuu itärajan molemmin puolin. Lisäksi kolmen reviirin osalta jäi epävarmaksi se, onko reviirillä kaksi vai kolme sutta. Koko yksilömäärältään Suomen kantaan lasketaan kokonaan tai suurimmaksi osaksi Suomen puolella liikkuviksi arvioidut laumat ja parit. Muiden osalta (rajalaumat ja – parit) Suomen susikantaan on laskettu kuuluvaksi 50 %. Menettely on sama kuin aiemmissa kanta-arvioissa. Rajareviirit huomioiden on kokonaisarvio 180–205 sutta. Todennäköisiä perhelaumoja (vähintään 3 sutta) oli yhteensä 25, näistä 20 reviiriä sijaitsi kokonaan Suomen puolella. Vuoden 2017 maaliskuussa vähintään kolmen yksilön lauman reviirejä oli yhteensä 21, joista 14 kokonaan Suomen puolella. Läntisellä kannanhoitoalueella oli yhteensä 16 laumaa. Lisäksi kahden reviirin osalta epävarmaksi jäi se, onko reviirillä kaksi vai kolme sutta. Edellisten lisäksi kuudella reviirillä oli pari. Kaikkiaan asuttuja reviirejä oli yhteensä 24, mikä on neljä reviiriä enemmän kuin maaliskuussa 2017. Laumojen osuus kaikista reviireistä (75 %) oli lähes kolmanneksen suurempi kuin maaliskuussa 2017 (44 %). Itäisellä kannanhoitoalueella oli yhteensä 9 laumaa. Laumoista viisi asusti valtakunnan rajan molemmin puolin. Lisäksi yhden rajareviirin osalta jäi epävarmaksi se, onko reviirillä kaksi vai kolme sutta. Yhdeksällä reviirillä asusti pari, joista kaksi paria liikkui valtakunnan rajan molemmin puolin. Kaikkiaan asuttuja reviirejä oli yhteensä 19, mikä on 2 reviiriä vähemmän kuin maaliskuussa 2017. Maaliskuun susikanta edustaa tilannetta, jolloin se on pienimmillään. Kesällä susien lukumäärä on olennaisesti suurempi kuin maaliskuussa, sillä pennut syntyvät huhti-toukokuussa. Arvio on ajoitettu koskemaan maaliskuun tilannetta, koska kattavin aineisto susikannan määrittelyyn saadaan talvella eikä nuorten levittäytymisvaellus synnyinalueeltaan vielä vaikuta merkittävästi. Syntyneiden pentueiden määrästä saadaan kokonaiskuva vasta ensi talvena. Tässä raportissa maaliskuun 2018 tilannetta verrataan vuoden 2017 maaliskuun tilanteeseen.201