Relation between smoking history and gene expression profiles in lung adenocarcinomas

Background: Lung cancer is the worldwide leading cause of death from cancer. Tobacco usage is the major pathogenic factor, but all lung cancers are not attributable to smoking. Specifically, lung cancer in never-smokers has been suggested to represent a distinct disease entity compared to lung cancer arising in smokers due to differences in etiology, natural history and response to specific treatment regimes. However, the genetic aberrations that differ between smokers and never-smokers' lung carcinomas remain to a large extent unclear. Methods: Unsupervised gene expression analysis of 39 primary lung adenocarcinomas was performed using Illumina HT-12 microarrays. Results from unsupervised analysis were validated in six external adenocarcinoma data sets (n=687), and six data sets comprising normal airway epithelial or normal lung tissue specimens (n=467). Supervised gene expression analysis between smokers and never-smokers were performed in seven adenocarcinoma data sets, and results validated in the six normal data sets. Results: Initial unsupervised analysis of 39 adenocarcinomas identified two subgroups of which one harbored all never-smokers. A generated gene expression signature could subsequently identify never-smokers with 79-100% sensitivity in external adenocarcinoma data sets and with 76-88% sensitivity in the normal materials. A notable fraction of current/former smokers were grouped with never-smokers. Intriguingly, supervised analysis of never-smokers versus smokers in seven adenocarcinoma data sets generated similar results. Overlap in classification between the two approaches was high, indicating that both approaches identify a common set of samples from current/former smokers as potential never-smokers. The gene signature from unsupervised analysis included several genes implicated in lung tumorigenesis, immune-response associated pathways, genes previously associated with smoking, as well as marker genes for alveolar type II pneumocytes, while the best classifier from supervised analysis comprised genes strongly associated with proliferation, but also genes previously associated with smoking. Conclusions: Based on gene expression profiling, we demonstrate that never-smokers can be identified with high sensitivity in both tumor material and normal airway epithelial specimens. Our results indicate that tumors arising in never-smokers, together with a subset of tumors from smokers, represent a distinct entity of lung adenocarcinomas. Taken together, these analyses provide further insight into the transcriptional patterns occurring in lung adenocarcinoma stratified by smoking history

En särskilt yrkesskicklig lärare? En diskursanalytisk studie av förstelärares gränsarbete

När förstelärarreformen sjösattes 2013 förändrades scenen för de svenska lärarna. Flera decenniers jämlikhetssträvanden bröts genom att en ny titel, förstelärare, introducerades som en möjlig karriärväg för ”särskilt yrkesskickliga lärare”. Reformen lämnar till de lokala huvudmännen att avgöra hur förstelärarna ska utses och även vilka uppgifter som dessa ska utföra. Reformen är den senaste i en rad reformer som introducerats i det svenska skolsystemet under de senaste decennierna; reformer som kontinuerligt har förändrat lärarnas arbetsförhållanden.Målet för denna studie är att undersöka och problematisera reformens inverkan genom att låta en grupp förstelärare i en liten kommun ge sin syn på sin nya position. Hur artikulerar förstelärarna sina krav på jurisdiktion? Hur definierar de en ”särskilt yrkesskicklig lärare”? Analysen görs på de spontana berättelser som uppstod efter att gruppen skissat kring frågan ”Var befinner du dig i skolans organisation?”De teoretiska ramverk som används är diskursanalys i enlighet med Ernesto Laclau och Chantal Mouffe (1985), men jag använder mig även av Andrew Abbotts (1988) arbete för att beskriva hur gränser skapas och uppehålls på arbetsplatser. Abbott möjliggör en definition av de arenor där förhandlingarna äger rum, och Laclau och Mouffes verktygslåda tillhandahåller medel för att dissekera diskursens element.Resultatet visar att förstelärarnas definition av ”en särskilt yrkesskicklig lärare” mer riktas mot vad läraren gör än mot lärarens personliga egenskaper. Diskursen består av fyra element. Nyckelelementet består av positionen som gör det möjligt för försteläraren att operera på flera nivåer i organisationen. Tillsammans med personliga kvaliteter skapas en grund för funktionen – att leda skolutveckling. Det synliga arbetet legitimerar förstelärarnas krav på jurisdiktion, vilket i sin tur ger tillgång till positionen. Förstelärarnas gränsarbete är i första hand riktat uppåt i organisationen. De ger uttryck för ett behov av stöd från sina rektorer och gränser för det arbete de ombeds att utföra, samtidigt som de gör anspråk på tillgång till skolutvecklingsuppgifter.Studien pekar på de spänningar som byggts in i det svenska skolsystemet efter decennier av politiskt motiverade reformer, och den belyser behovet av möjliga karriärvägar för fler lärare.In 2013 the stage changed for the Swedish teachers when the “first teacher” reform was launched by the Swedish government. After decades of egalitarianism, these traditions were broken when a new title, first teacher, was introduced as a possible career pathway for “highly skilled teachers”. The reform gives the local authorities freedom to determine how the first teachers should be appointed, and also to design the tasks that should be performed. The reform is the latest one in a number of reforms that have been introduced in the Swedish school system during the last decades; reforms that continuously have changed working conditions for the teachers. The aim of the study is to explore and problematise the impact of the reform by letting a group of first teachers in a small municipality give their view of their new position. How do the first teachers articulate their jurisdictional claims? How do they define a “highly skilled teacher”? The analysis is performed on spontaneous stories that emerged after sketching as a response to an open question: “Where are you in the school organization?” The theoretical frameworks used are discourse analysis according to the work of Ernesto Laclau and Chantal Mouffe (1985), but I also draw upon the work of Andrew Abbott (1988) to describe how boundaries are created and upheld at work places. The two frameworks are chosen to highlight different aspects of the first teachers’ boundary work. Abbott enables the description of the arenas where the negotiation takes place, and the toolbox of Laclau and Mouffe provides the means to dissect the elements of the discourse.The results show that the first teachers’ definition of a “highly skilled teacher” is more concerned with what the teacher does than with the teacher’s qualities. The discourse consists of four elements. The key element is the position which enables the first teacher to operate at multiple layers of the organization. Together with the personal qualities there is a foundation for the function – to lead school development. The visible work legitimatizes the first teachers’ claim to jurisdiction, which gives admission to the position. The first teachers’ boundary work is primarily directed ‘upwards’. They express a need for support from their principals and limits for the work they are asked to perform, but at the same time they claim access to school developing tasks.The study points at the tension that has been built into the Swedish school system after decades of politically motivated reforms, and it highlights the need for possibilities to career development for all teachers

Communicative ability through language immersion. How some teachers in the subject English for year 4-6 reason about communicative ability.

BakgrundI bakgrunden förklaras begreppet kommunikativ förmåga och de kompetenser som ingår samt hur synen på den kommunikativ förmågan har förändrats i kursplaner. Hur språkundervisning bör vara upplagd beskrivs kort. De olika kompetenserna lingvistisk, diskurs, sociolingvistisk, strategisk, sociokulturell och social förklaras samt vad som bör ingå för att utveckla den kommunikativa förmågan beskrivs. Vikten av både utbildning och träning för läraren för att det ska bli ett kommunikativt klassrum tas upp och den teoretiska ramen beskrivs.SyfteSyftet med studien är att undersöka hur ett antal engelsklärare i grundskolans år 4-6 resonerar om kommunikativ förmåga samt hur de anser att språkundervisningen kan läggas upp för att utveckla denna.MetodMetoden som använts är den kvalitativa metoden med redskapet intervju. Intervjuer har gjorts med 5 lärare på olika skolor i två kommuner i Västra Götalands län. Lärarna arbetar alla med årskurserna 4 till 6 och har erfarenhet av undervisning i engelska.ResultatAv intervjuerna framgår det tydligt att det som lärarna anser vara allra viktigast för den kommunikativa förmågan är att eleverna får så många tillfällen som möjligt att både komma i kontakt med och använda språket. Även då lärarna inte namnger de olika kompetenserna i kommunikativ förmåga visar resultatet att de ändå berör de flesta i sin språkundervisning.Program: Lärarutbildninge

En särskilt yrkesskicklig lärare? En diskursanalytisk studie av förstelärares gränsarbete

När förstelärarreformen sjösattes 2013 förändrades scenen för de svenska lärarna. Flera decenniers jämlikhetssträvanden bröts genom att en ny titel, förstelärare, introducerades som en möjlig karriärväg för ”särskilt yrkesskickliga lärare”. Reformen lämnar till de lokala huvudmännen att avgöra hur förstelärarna ska utses och även vilka uppgifter som dessa ska utföra. Reformen är den senaste i en rad reformer som introducerats i det svenska skolsystemet under de senaste decennierna; reformer som kontinuerligt har förändrat lärarnas arbetsförhållanden. Målet för denna studie är att undersöka och problematisera reformens inverkan genom att låta en grupp förstelärare i en liten kommun ge sin syn på sin nya position. Hur artikulerar förstelärarna sina krav på jurisdiktion? Hur definierar de en ”särskilt yrkesskicklig lärare”? Analysen görs på de spontana berättelser som uppstod efter att gruppen skissat kring frågan ”Var befinner du dig i skolans organisation?” De teoretiska ramverk som används är diskursanalys i enlighet med Ernesto Laclau och Chantal Mouffe (1985), men jag använder mig även av Andrew Abbotts (1988) arbete för att beskriva hur gränser skapas och uppehålls på arbetsplatser. Abbott möjliggör en definition av de arenor där förhandlingarna äger rum, och Laclau och Mouffes verktygslåda tillhandahåller medel för att dissekera diskursens element. Resultatet visar att förstelärarnas definition av ”en särskilt yrkesskicklig lärare” mer riktas mot vad läraren gör än mot lärarens personliga egenskaper. Diskursen består av fyra element. Nyckelelementet består av positionen som gör det möjligt för försteläraren att operera på flera nivåer i organisationen. Tillsammans med personliga kvaliteter skapas en grund för funktionen – att leda skolutveckling. Det synliga arbetet legitimerar förstelärarnas krav på jurisdiktion, vilket i sin tur ger tillgång till positionen. Förstelärarnas gränsarbete är i första hand riktat uppåt i organisationen. De ger uttryck för ett behov av stöd från sina rektorer och gränser för det arbete de ombeds att utföra, samtidigt som de gör anspråk på tillgång till skolutvecklingsuppgifter. Studien pekar på de spänningar som byggts in i det svenska skolsystemet efter decennier av politiskt motiverade reformer, och den belyser behovet av möjliga karriärvägar för fler lärare.In 2013 the stage changed for the Swedish teachers when the “first teacher” reform was launched by the Swedish government. After decades of egalitarianism, these traditions were broken when a new title, first teacher, was introduced as a possible career pathway for “highly skilled teachers”. The reform gives the local authorities freedom to determine how the first teachers should be appointed, and also to design the tasks that should be performed. The reform is the latest one in a number of reforms that have been introduced in the Swedish school system during the last decades; reforms that continuously have changed working conditions for the teachers. The aim of the study is to explore and problematise the impact of the reform by letting a group of first teachers in a small municipality give their view of their new position. How do the first teachers articulate their jurisdictional claims? How do they define a “highly skilled teacher”? The analysis is performed on spontaneous stories that emerged after sketching as a response to an open question: “Where are you in the school organization?” The theoretical frameworks used are discourse analysis according to the work of Ernesto Laclau and Chantal Mouffe (1985), but I also draw upon the work of Andrew Abbott (1988) to describe how boundaries are created and upheld at work places. The two frameworks are chosen to highlight different aspects of the first teachers’ boundary work. Abbott enables the description of the arenas where the negotiation takes place, and the toolbox of Laclau and Mouffe provides the means to dissect the elements of the discourse. The results show that the first teachers’ definition of a “highly skilled teacher” is more concerned with what the teacher does than with the teacher’s qualities. The discourse consists of four elements. The key element is the position which enables the first teacher to operate at multiple layers of the organization. Together with the personal qualities there is a foundation for the function – to lead school development. The visible work legitimatizes the first teachers’ claim to jurisdiction, which gives admission to the position. The first teachers’ boundary work is primarily directed ‘upwards’. They express a need for support from their principals and limits for the work they are asked to perform, but at the same time they claim access to school developing tasks. The study points at the tension that has been built into the Swedish school system after decades of politically motivated reforms, and it highlights the need for possibilities to career development for all teachers

En särskilt yrkesskicklig lärare? En diskursanalytisk studie av förstelärares gränsarbete

När förstelärarreformen sjösattes 2013 förändrades scenen för de svenska lärarna. Flera decenniers jämlikhetssträvanden bröts genom att en ny titel, förstelärare, introducerades som en möjlig karriärväg för ”särskilt yrkesskickliga lärare”. Reformen lämnar till de lokala huvudmännen att avgöra hur förstelärarna ska utses och även vilka uppgifter som dessa ska utföra. Reformen är den senaste i en rad reformer som introducerats i det svenska skolsystemet under de senaste decennierna; reformer som kontinuerligt har förändrat lärarnas arbetsförhållanden.Målet för denna studie är att undersöka och problematisera reformens inverkan genom att låta en grupp förstelärare i en liten kommun ge sin syn på sin nya position. Hur artikulerar förstelärarna sina krav på jurisdiktion? Hur definierar de en ”särskilt yrkesskicklig lärare”? Analysen görs på de spontana berättelser som uppstod efter att gruppen skissat kring frågan ”Var befinner du dig i skolans organisation?”De teoretiska ramverk som används är diskursanalys i enlighet med Ernesto Laclau och Chantal Mouffe (1985), men jag använder mig även av Andrew Abbotts (1988) arbete för att beskriva hur gränser skapas och uppehålls på arbetsplatser. Abbott möjliggör en definition av de arenor där förhandlingarna äger rum, och Laclau och Mouffes verktygslåda tillhandahåller medel för att dissekera diskursens element.Resultatet visar att förstelärarnas definition av ”en särskilt yrkesskicklig lärare” mer riktas mot vad läraren gör än mot lärarens personliga egenskaper. Diskursen består av fyra element. Nyckelelementet består av positionen som gör det möjligt för försteläraren att operera på flera nivåer i organisationen. Tillsammans med personliga kvaliteter skapas en grund för funktionen – att leda skolutveckling. Det synliga arbetet legitimerar förstelärarnas krav på jurisdiktion, vilket i sin tur ger tillgång till positionen. Förstelärarnas gränsarbete är i första hand riktat uppåt i organisationen. De ger uttryck för ett behov av stöd från sina rektorer och gränser för det arbete de ombeds att utföra, samtidigt som de gör anspråk på tillgång till skolutvecklingsuppgifter.Studien pekar på de spänningar som byggts in i det svenska skolsystemet efter decennier av politiskt motiverade reformer, och den belyser behovet av möjliga karriärvägar för fler lärare.In 2013 the stage changed for the Swedish teachers when the “first teacher” reform was launched by the Swedish government. After decades of egalitarianism, these traditions were broken when a new title, first teacher, was introduced as a possible career pathway for “highly skilled teachers”. The reform gives the local authorities freedom to determine how the first teachers should be appointed, and also to design the tasks that should be performed. The reform is the latest one in a number of reforms that have been introduced in the Swedish school system during the last decades; reforms that continuously have changed working conditions for the teachers. The aim of the study is to explore and problematise the impact of the reform by letting a group of first teachers in a small municipality give their view of their new position. How do the first teachers articulate their jurisdictional claims? How do they define a “highly skilled teacher”? The analysis is performed on spontaneous stories that emerged after sketching as a response to an open question: “Where are you in the school organization?” The theoretical frameworks used are discourse analysis according to the work of Ernesto Laclau and Chantal Mouffe (1985), but I also draw upon the work of Andrew Abbott (1988) to describe how boundaries are created and upheld at work places. The two frameworks are chosen to highlight different aspects of the first teachers’ boundary work. Abbott enables the description of the arenas where the negotiation takes place, and the toolbox of Laclau and Mouffe provides the means to dissect the elements of the discourse.The results show that the first teachers’ definition of a “highly skilled teacher” is more concerned with what the teacher does than with the teacher’s qualities. The discourse consists of four elements. The key element is the position which enables the first teacher to operate at multiple layers of the organization. Together with the personal qualities there is a foundation for the function – to lead school development. The visible work legitimatizes the first teachers’ claim to jurisdiction, which gives admission to the position. The first teachers’ boundary work is primarily directed ‘upwards’. They express a need for support from their principals and limits for the work they are asked to perform, but at the same time they claim access to school developing tasks.The study points at the tension that has been built into the Swedish school system after decades of politically motivated reforms, and it highlights the need for possibilities to career development for all teachers

Communicative ability through language immersion. How some teachers in the subject English for year 4-6 reason about communicative ability.

BakgrundI bakgrunden förklaras begreppet kommunikativ förmåga och de kompetenser som ingår samt hur synen på den kommunikativ förmågan har förändrats i kursplaner. Hur språkundervisning bör vara upplagd beskrivs kort. De olika kompetenserna lingvistisk, diskurs, sociolingvistisk, strategisk, sociokulturell och social förklaras samt vad som bör ingå för att utveckla den kommunikativa förmågan beskrivs. Vikten av både utbildning och träning för läraren för att det ska bli ett kommunikativt klassrum tas upp och den teoretiska ramen beskrivs.SyfteSyftet med studien är att undersöka hur ett antal engelsklärare i grundskolans år 4-6 resonerar om kommunikativ förmåga samt hur de anser att språkundervisningen kan läggas upp för att utveckla denna.MetodMetoden som använts är den kvalitativa metoden med redskapet intervju. Intervjuer har gjorts med 5 lärare på olika skolor i två kommuner i Västra Götalands län. Lärarna arbetar alla med årskurserna 4 till 6 och har erfarenhet av undervisning i engelska.ResultatAv intervjuerna framgår det tydligt att det som lärarna anser vara allra viktigast för den kommunikativa förmågan är att eleverna får så många tillfällen som möjligt att både komma i kontakt med och använda språket. Även då lärarna inte namnger de olika kompetenserna i kommunikativ förmåga visar resultatet att de ändå berör de flesta i sin språkundervisning.Program: Lärarutbildninge

Tablet's role in communication and participation : The staff's experience of the tablet in the special school orientation training school with a focus on communication and participation

Denna studie är en enkätstudie med syfte att undersöka hur personal i grundsärskolor med inriktning träningsskola runt om i landet använder surfplattan i verksamheten. Om surfplattan kan vara ett stöd för kommunikation och om detta kan leda till delaktighet. Vi utgår från följande frågeställningar.   -          Vilken erfarenhet har personal  av surfplattan som kommunikationsverktyg i grundsärskolans inriktning träningsskola? -          Hur används surfplattan för att skapa delaktighet för eleverna i grundsärskolans inriktning träningsskola? Vid analysen har vi tittat på resultaten kring kommunikation ur ett sociokulturellt perspektiv samt utifrån Claude Shannon och Warren Weavers teori inom kommunikation. Vi har även analyserat utifrån Kristina Szönyi och Tove Söderqvist Dunkers modell kring delaktighet.   Studien visar på att surfplattan anses som ett bra verktyg för kommunikation främst inom ämnesområdet kommunikation. Den används till stor del som stöd i undervisningen men även som ett dokumentationsverktyg som främjar kommunikationen mellan skolan och hemmet. Studien visar även på att det finns flera fördelar med att använda surfplattan för att skapa möjlighet till delaktighet hos eleven och då främst genom kommunikation.

Relation between smoking history and gene expression profiles in lung adenocarcinomas

Abstract Background Lung cancer is the worldwide leading cause of death from cancer. Tobacco usage is the major pathogenic factor, but all lung cancers are not attributable to smoking. Specifically, lung cancer in never-smokers has been suggested to represent a distinct disease entity compared to lung cancer arising in smokers due to differences in etiology, natural history and response to specific treatment regimes. However, the genetic aberrations that differ between smokers and never-smokers’ lung carcinomas remain to a large extent unclear. Methods Unsupervised gene expression analysis of 39 primary lung adenocarcinomas was performed using Illumina HT-12 microarrays. Results from unsupervised analysis were validated in six external adenocarcinoma data sets (n=687), and six data sets comprising normal airway epithelial or normal lung tissue specimens (n=467). Supervised gene expression analysis between smokers and never-smokers were performed in seven adenocarcinoma data sets, and results validated in the six normal data sets. Results Initial unsupervised analysis of 39 adenocarcinomas identified two subgroups of which one harbored all never-smokers. A generated gene expression signature could subsequently identify never-smokers with 79-100% sensitivity in external adenocarcinoma data sets and with 76-88% sensitivity in the normal materials. A notable fraction of current/former smokers were grouped with never-smokers. Intriguingly, supervised analysis of never-smokers versus smokers in seven adenocarcinoma data sets generated similar results. Overlap in classification between the two approaches was high, indicating that both approaches identify a common set of samples from current/former smokers as potential never-smokers. The gene signature from unsupervised analysis included several genes implicated in lung tumorigenesis, immune-response associated pathways, genes previously associated with smoking, as well as marker genes for alveolar type II pneumocytes, while the best classifier from supervised analysis comprised genes strongly associated with proliferation, but also genes previously associated with smoking. Conclusions Based on gene expression profiling, we demonstrate that never-smokers can be identified with high sensitivity in both tumor material and normal airway epithelial specimens. Our results indicate that tumors arising in never-smokers, together with a subset of tumors from smokers, represent a distinct entity of lung adenocarcinomas. Taken together, these analyses provide further insight into the transcriptional patterns occurring in lung adenocarcinoma stratified by smoking history.</p