28 research outputs found
Starch and oil in the donor cow diet and starch in substrate differently affect the in vitro ruminal biohydrogenation of linoleic and linolenic acids
Trans isomers of fatty acids exhibit different health properties. Among them, trans-10,cis-12 conjugated linoleic acid has negative effects on milk fat production and can affect human health. A shift from the trans-11 to the trans-10 pathway of biohydrogenation (BH) can occur in the rumen of dairy cows receiving high-concentrate diets, especially when the diet is supplemented with highly unsaturated fat sources. The differences of BH patterns between linoleic acid (LeA) and linolenic acid (LnA) in such ruminal conditions remain unknown; thus, the aim of this work was to investigate in vitro the effects of starch and sunflower oil in the diet of the donor cows and starch level in the incubates on the BH patterns and efficiencies of LeA and LnA. The design was a 4 Ă 4 Latin square design with 4 cows, 4 periods, and 4 diets with combinations of 21 or 34% starch and 0 or 5% sunflower oil. The rumen content of each cow during each period was incubated with 4 substrates, combining 2 starch levels and either LeA or LnA addition. Capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism of incubates showed that dietary starch decreased the diversity of the bacterial community and the high-starch plus oil diet modified its structure. High-starch diets poorly affected isomerization and first reduction of LeA and LnA, but decreased the efficiencies of trans-11,cis-15-C18:2 and trans C18:1 reduction. Dietary sunflower oil increased the efficiency of LeA isomerization but decreased the efficiency of trans C18:1 reduction. An interaction between dietary starch and dietary oil resulted in the highest trans-10 isomers production in incubates when the donor cow received the high-starch plus oil diet. The partition between trans-10 and trans-11 isomers was also affected by an interaction between starch level and the fatty acid added to the incubates, showing that the trans-10 shift only occurred with LeA, whereas LnA was mainly hydrogenated via the more usual trans-11 pathway, whatever the starch level in the substrate, although the bacterial communities were not different between LeA and LnA incubates. In LeA incubates, trans-10 isomer production was significantly related to the structure of the bacterial community
Pollution-induced community tolerance of freshwater biofilms: measuring heterotrophic tolerance to Pb using an enzymatic toxicity test
Le développement des principales firmes de bioinformatique aux Etats-Unis et en Europe en vue d'une implantation en IsÚre
L'objet principal de cette étude est de faire le point sur le développement de la bioinformatique et le développement des firmes en place dans le monde, à l'aide de variables spécifiques (la date de création, le chiffre d'affaires, le nombre d'employés et leur niveau de qualification, les dépÎts de brevets et les offres d'emploi). Afin de traiter cette question, les auteurs ont développé une démarche basée sur trois outils complémentaires : l'analyse de la littérature et des flux d'information sur Internet, une étude de veille technologique à partir des brevets (base de données Derwent Biotechnology Abstract) et des offres d'emploi sur deux sites (Biospace et la revue Nature) et enfin, l'analyse de bases de données telles que GEN99 (Genetic Engineering News) et BIOSCAN 99. Sur Internet, une analyse préliminaire (à l'aide de moteurs de recherches) a montré que les firmes annoncent sur leurs pages WEB les produits, les clients, les réseaux de collaboration et les offres d'emploi. Toutes ces données ont été extraites puis insérées dans une base de données et exploitées. Les informations ont ensuite été traitées à l'aide de gestionnaires de bases de données, de tableurs et de logiciels spécifiques d'analyse de texte intégral
Le développement des principales firmes de bioinformatique aux Etats-Unis et en Europe en vue d'une implantation en IsÚre
L'objet principal de cette étude est de faire le point sur le développement de la bioinformatique et le développement des firmes en place dans le monde, à l'aide de variables spécifiques (la date de création, le chiffre d'affaires, le nombre d'employés et leur niveau de qualification, les dépÎts de brevets et les offres d'emploi). Afin de traiter cette question, les auteurs ont développé une démarche basée sur trois outils complémentaires : l'analyse de la littérature et des flux d'information sur Internet, une étude de veille technologique à partir des brevets (base de données Derwent Biotechnology Abstract) et des offres d'emploi sur deux sites (Biospace et la revue Nature) et enfin, l'analyse de bases de données telles que GEN99 (Genetic Engineering News) et BIOSCAN 99. Sur Internet, une analyse préliminaire (à l'aide de moteurs de recherches) a montré que les firmes annoncent sur leurs pages WEB les produits, les clients, les réseaux de collaboration et les offres d'emploi. Toutes ces données ont été extraites puis insérées dans une base de données et exploitées. Les informations ont ensuite été traitées à l'aide de gestionnaires de bases de données, de tableurs et de logiciels spécifiques d'analyse de texte intégral
[Les changements du marché de la bioinformatique]
International audienceDe maniÚre générale, les entreprises de bio-informatique sont de petites ou moyennes entreprises, trÚs jeunes qui sont entrées sur le marché par le biais des biotechnologies. Avec l'arrivée sur le marché d'entreprises comme Hewlett Packard et IBM, et le portefeuille de propriété intellectuelle acheté par Motorola et Kodak, la suprématie des start-up de biotechnologie pourrait bien se terminer, surtout si l'on considÚre le pouvoir des intrants basés sur les technologies de l'information. Bien qu'il ne soit pas nécessaire d'éliminer les start-up basées sur les biotechnologies, il serait souhaitable de créer avec les entreprises spécialisées dans les technologies de l'information, un schéma d'alliance similaire à celui qui existe entre les entreprises pharmaceutiques et les start-up de biotechnologie dans les sciences de la vie
[Les changements du marché de la bioinformatique]
International audienceDe maniÚre générale, les entreprises de bio-informatique sont de petites ou moyennes entreprises, trÚs jeunes qui sont entrées sur le marché par le biais des biotechnologies. Avec l'arrivée sur le marché d'entreprises comme Hewlett Packard et IBM, et le portefeuille de propriété intellectuelle acheté par Motorola et Kodak, la suprématie des start-up de biotechnologie pourrait bien se terminer, surtout si l'on considÚre le pouvoir des intrants basés sur les technologies de l'information. Bien qu'il ne soit pas nécessaire d'éliminer les start-up basées sur les biotechnologies, il serait souhaitable de créer avec les entreprises spécialisées dans les technologies de l'information, un schéma d'alliance similaire à celui qui existe entre les entreprises pharmaceutiques et les start-up de biotechnologie dans les sciences de la vie
Analysis of the transcriptional activity of amplified genes in tumour cells by fluorescence in situ hybridization
In this paper we present a new application of the detection of nuclear transcripts by fluorescence in situ hybridization (FISH) for studying the transcriptional activity of amplified genes in tumour cells. As a model, we have used the A431 cell line in which several amplification sites have been identified. We focused on two amplified regions: (1) the 6p12 region, which was found amplified by using comparative genomic hybridization, and which contains an amplification of the hsp90 beta gene; (2) the 7p12-p13 region, which displays a 20- to 30-fold amplification of the gene encoding the epidermal growth factor receptor (EGFr). By using FISH to detect nuclear transcripts, we show that the extra-copies of the hsp90 beta and EGFr genes are actively transcribed within the sites of amplification. This work illustrates the potential of this method as a tool for functional in situ cytogenetic analyses
Doxorubicin-induced cardiotoxicity â A key role of altered protein kinase signaling in the response to energetic, oxidative and genotoxic stress
Doxorubicin is one of the most powerful drugs used in chemotherapy of a large number of cancers. However, its anti-tumor effects are associated with serious cardiotoxicity, which can lead to heart failure. So far, mechanisms responsible for cardiotoxicity are not fully understood. Here we provide evidence that persistent alterations in protein kinase cell signaling may play a key role in the etiology of cardiotoxicity. In this study, we apply targeted analysis of key protein kinase pathways as well as non-biased analysis of the entire cardiac phosphoproteome in two different model systems: isolated perfused rat heart, and heart from doxorubicin-treated rats. Although doxorubicin induces energetic, oxidative and genotoxic stress in the heart, activity of the energy stress sensor AMP-activated protein kinase is paradoxically down-regulated. Pro-survival MAPK and Akt pathways are activated, the latter via DNA damage sensed by DNA-PK. This is at least partially responsible for low AMPK activity, since Akt inhibition can restore AMPK activation. Combined inhibition of AMPK and activation of Akt and MAPKs also leads to activation of growth-stimulating mTOR signaling. Such signalling increases cellular energy deficits and, via active mTOR signaling, also contributes to the pathological cardiac phenotype. Cardiac phosphoproteomics based on 2D-gels and mass spectrometry revealed further alterations of phosphorylation and dephosphorylation events that are associated with the early response to doxorubicin. Some candidate phosphoproteins with putative functions in cardiotoxicity are currently under investigation. This study emphasizes the importance of cell signaling for our understanding of doxorubicin cardiotoxicity
STATFINGERPRINTS: a friendly graphical interface program for processing and analysis of microbial fingerprint profiles
International audienceMolecular fingerprint methods are widely used to compare microbial communities in various habitats. The free program StatFingerprints can import, process, and display fingerprint profiles and perform numerous statistical analyses on them, and also estimate diversity indexes. StatFingerprints works with the free program R, providing an environment for statistical computing and graphics. No programming knowledge is required to use StatFingerprints, thanks to its friendly graphical user interface. StatFingerprints is useful for analysing the effect of a controlled factor on the microbial community and for establishing the relationships between the microbial community and the parameters of its environment. Multivariate analyses include ordination, clustering methods and hypothesis-driven tests like 50â50 multivariate analysis of variance, analysis of similarity or similarity percentage procedure and the program offers the possibility of plotting ordinations as a threedimensional display