Sequenceserver: A Modern Graphical User Interface for Custom BLAST Databases

Comparing newly obtained and previously known nucleotide and amino-acid sequences underpins modern biological research. BLAST is a well-established tool for such comparisons but is challenging to use on new data sets. We combined a user-centric design philosophy with sustainable software development approaches to create Sequenceserver, a tool for running BLAST and visually inspecting BLAST results for biological interpretation. Sequenceserver uses simple algorithms to prevent potential analysis errors and provides flexible text-based and visual outputs to support researcher productivity. Our software can be rapidly installed for use by individuals or on shared servers

Whole-body regeneration in the colonial tunicate Botrylloides leachii

The colonial marine invertebrate Botrylloides leachii belongs to the Tunicata subphylum, the closest invertebrate relatives to the vertebrate group and the only known class of chordates that can undergo whole-body regeneration (WBR). This dramatic developmental process allows a minute isolated fragment of B. leachii’s vascular system, or a colony excised of all adults, to restore a functional animal in as little as 10 days. In addition to this exceptional regenerative capacity, B. leachii can reproduce both sexually, through a tadpole larval stage, and asexually, through palleal budding. Thus, three alternative developmental strategies lead to the establishment of filter-feeding adults. Consequently, B. leachii is particularly well suited for comparative studies on regeneration and should provide novel insights into regenerative processes in chordates.Here, after a short introduction on regeneration, we overview the biology of B. leachii as well as the current state of knowledge on WBR in this species and in related species of tunicates. Finally, we highlight the possible future directions that research might take in the study of WBR, including thoughts on technological approaches that appear most promising in this context. Overall, we provide a synthesis of the current knowledge on WBR in B. leachii to support research in this chordate species

Study of the toxicity of pesticides in the atmosphere of Paris by means of a bioluminescence method.

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Toxicological study of pesticides in the air and precipitations of Paris by means of a bioluminescence method

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Toxicological study of pesticides in air and precipitations of Paris by means of a bioluminescence method.

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Transfert de pesticides dans le système sol-nappe-rivière : Etude du comportement de l’atrazine et de l’isoproturon dans le bassin versant de l’Orgeval. Rapport PIREN SEINE

Si les processus de transport et de transformation de certains pesticides sont assez bien connus dans le sol, il n’en est pas de même dans le milieu souterrain. Il est encore difficile de comprendre l’occurrence d’anciennes molécules dans les cours d’eau et la modélisation de leur transfert à l’échelle du bassin versant est délicate. La très faible proportion des molécules susceptible de rejoindre les eaux de surface et souterraines entraine une incertitude sur les quantités de matières simulées et nécessite une bonne connaissance des voies de transfert. Les premiers essais de modélisation réalisés dans le cadre du Piren Seine montraient que le couplage STICS-phytos – MODCOU associé à la connaissance des usages sur le bassin versant de la Vesle permettait d’estimer cette persistance de pesticides dans le milieu souterrain. Pour le transfert réactif des pesticides dans la zone non saturée, nous avions choisi deux approches qui avaient l’inconvénient d’avoir un transfert de polluant trop rapide dans un cas, et une dégradation trop importante du composant primaire en métabolites dans l’autre cas. Afin de définir l’approche à mettre en ½uvre pour la modélisation du transfert des pesticides dans un tel système, des études de terrain complémentaires étaient nécessaires. Dans ce contexte, le bassin versant de l’Orgeval a été équipé et suivi afin de déterminer le rôle du transfert sol-nappe-rivière dans la persistance de contamination d’anciennes molécules. Les données d’usage des pesticides actuellement utilisés (depuis les 10 dernières années) sont également recueillies pour l’adaptation du modèle aux molécules actuelles et les études prospectives. Des prélèvements de sol et de sous sol ont été réalisés lors d’un carottage jusqu’à 40m de profondeur. Le potentiel de dégradation et de sorption de l’atrazine et de l’isoproturon ont été évalués pour les différents horizons. Par ailleurs, la contamination des piézomètres et du cours d’eau ont été suivis pendant un an afin de valider l’importance de cet écoulement dans la contamination de l’Orgeval. Il apparait que la minéralisation des deux herbicides testés est très faible après 70 jours d’incubation : de 1 à 3 % des quantités appliquées pour l’horizon de surface et moins de 0.5% pour les horizons plus profonds. De plus, l’atrazine et l’isoproturon restent sous leur forme initiale majoritairement et sont au moins à 40 % remobilisables par simple désorption à l’eau. Le suivi de la contamination dans les piézomètres et le cours d’eau montre cependant que le stock d’atrazine ne se situe pas dans la nappe mais plutôt dans l’horizon superficiel. En effet, la contamination de la nappe ne permet pas d’expliquer le flux calculé dans le cours d’eau. Depuis leur interdiction les triazines et les phénylurées ont progressivement été remplacées par d’autres molécules comme les sulfonylurées par exemple. En fonction des quantités appliquées, le modèle STICS-Phytos-MODCOU sera un outil qui permettra d’évaluer le risque que comporte l’usage de ces nouvelles molécules sur le milieu naturel. Les données acquises sur les anciennes molécules vont permettre de hiérarchiser les processus de transfert des pesticides dans le système sol-nappe-rivière et serviront par la suite au calage du modèle à l’échelle du bassin versant de l’Orgeval dans un premier temps, puis sur d’autres bassins versants comme la Vesle, l’Orge ou le bassin de captage du Champigny

Transfert de pesticides dans le système sol-nappe-rivière : Etude du comportement de l’atrazine et de l’isoproturon dans le bassin versant de l’Orgeval. Rapport PIREN SEINE

Si les processus de transport et de transformation de certains pesticides sont assez bien connus dans le sol, il n’en est pas de même dans le milieu souterrain. Il est encore difficile de comprendre l’occurrence d’anciennes molécules dans les cours d’eau et la modélisation de leur transfert à l’échelle du bassin versant est délicate. La très faible proportion des molécules susceptible de rejoindre les eaux de surface et souterraines entraine une incertitude sur les quantités de matières simulées et nécessite une bonne connaissance des voies de transfert. Les premiers essais de modélisation réalisés dans le cadre du Piren Seine montraient que le couplage STICS-phytos – MODCOU associé à la connaissance des usages sur le bassin versant de la Vesle permettait d’estimer cette persistance de pesticides dans le milieu souterrain. Pour le transfert réactif des pesticides dans la zone non saturée, nous avions choisi deux approches qui avaient l’inconvénient d’avoir un transfert de polluant trop rapide dans un cas, et une dégradation trop importante du composant primaire en métabolites dans l’autre cas. Afin de définir l’approche à mettre en ½uvre pour la modélisation du transfert des pesticides dans un tel système, des études de terrain complémentaires étaient nécessaires. Dans ce contexte, le bassin versant de l’Orgeval a été équipé et suivi afin de déterminer le rôle du transfert sol-nappe-rivière dans la persistance de contamination d’anciennes molécules. Les données d’usage des pesticides actuellement utilisés (depuis les 10 dernières années) sont également recueillies pour l’adaptation du modèle aux molécules actuelles et les études prospectives. Des prélèvements de sol et de sous sol ont été réalisés lors d’un carottage jusqu’à 40m de profondeur. Le potentiel de dégradation et de sorption de l’atrazine et de l’isoproturon ont été évalués pour les différents horizons. Par ailleurs, la contamination des piézomètres et du cours d’eau ont été suivis pendant un an afin de valider l’importance de cet écoulement dans la contamination de l’Orgeval. Il apparait que la minéralisation des deux herbicides testés est très faible après 70 jours d’incubation : de 1 à 3 % des quantités appliquées pour l’horizon de surface et moins de 0.5% pour les horizons plus profonds. De plus, l’atrazine et l’isoproturon restent sous leur forme initiale majoritairement et sont au moins à 40 % remobilisables par simple désorption à l’eau. Le suivi de la contamination dans les piézomètres et le cours d’eau montre cependant que le stock d’atrazine ne se situe pas dans la nappe mais plutôt dans l’horizon superficiel. En effet, la contamination de la nappe ne permet pas d’expliquer le flux calculé dans le cours d’eau. Depuis leur interdiction les triazines et les phénylurées ont progressivement été remplacées par d’autres molécules comme les sulfonylurées par exemple. En fonction des quantités appliquées, le modèle STICS-Phytos-MODCOU sera un outil qui permettra d’évaluer le risque que comporte l’usage de ces nouvelles molécules sur le milieu naturel. Les données acquises sur les anciennes molécules vont permettre de hiérarchiser les processus de transfert des pesticides dans le système sol-nappe-rivière et serviront par la suite au calage du modèle à l’échelle du bassin versant de l’Orgeval dans un premier temps, puis sur d’autres bassins versants comme la Vesle, l’Orge ou le bassin de captage du Champigny