Ringtester - Industriavløpsvann: Ringtest 0227

Ved en ringtest arrangert i oktober-november 2002 bestemte 93 deltakere pH, suspendert stoff (tørrstoff og gløderest), sum organisk stoff (kjemisk oksygenforbruk og totalt organisk karbon), totalfosfor, totalnitrogen og ni tungmetaller i syntetiske vannprøver. Ved ringtesten, som har utgangspunkt i SFTs og fylkesmennenes kontroll med industriutslipp, er 83% av resultatene bedømt som akseptable. Dette er noe lavere enn ved de foregående ringtestene, og var gjennomgående for de fleste parametrene. Andelen laboratorier som benytter atomabsorpsjon i flamme er på omlag samme nivå som tidligere, med i underkant av 60% av deltakerene. Det var liten forskjell i andelen akseptable resultater mellom de laboratoriene som benytter plasmaeksitert atomemisjon som deteksjonsmetodikk og de som benytter atomabsorpsjon i flamme. Bestemmelse av totalnitrogen og totalfosfor med forenklede metoder gir en stor andel uakseptable resultater. Mange laboratorier hadde ikke kontroll over sine pH målinger, da instrumentene ble kalibrert i et annet måleområde enn det ble målt i. Ved bestemmelse av totalt organisk karbon, er det en høyere andel akseptable resultater blant de som har benyttet instrumentering basert på peroksodisulfat/UV-oksidasjon enn blant de som har benyttet katalytisk forbrenning

Rab7b modulates autophagic flux by interacting with Atg4B

Autophagy (macroautophagy) is a highly conserved eukaryotic degradation pathway in which cytosolic components and organelles are sequestered by specialized autophagic membranes and degraded through the lysosomal system. The autophagic pathway maintains basal cellular homeostasis and helps cells adapt during stress; thus, defects in autophagy can cause detrimental effects. It is therefore crucial that autophagy is properly regulated. In this study, we show that the cysteine protease Atg4B, a key enzyme in autophagy that cleaves LC3, is an interactor of the small GTPase Rab7b. Indeed, Atg4B interacts and co‐localizes with Rab7b on vesicles. Depletion of Rab7b increases autophagic flux as indicated by the increased size of autophagic structures as well as the magnitude of macroautophagic sequestration and degradation. Importantly, we demonstrate that Rab7b regulates LC3 processing by modulating Atg4B activity. Taken together, our findings reveal Rab7b as a novel negative regulator of autophagy through its interaction with Atg4B

Lindåsprosjektet

INNOVASJON I LINDÅS KOMMUNE Demografiske endringar med fleire yngre brukarar, fleire med kroniske sjukdommar og eit aukande tal eldre skaper nye utfordringar for helse og omsorgstenestene. Politiske føringar legg opp til at behandling, pleie- og omsorgsoppgåver i aukande grad blir flytta frå spesialisthelsetenesta til dei kommunale helse- og omsorgstenestene. Auka bruk av teknologi som støtte for omsorgstenestene opnar for nye mogelegheiter i utforming av tenestetilbodet. Lindås kommune vart med i forskingsprosjektet initiert av Tunstall gjennom invitasjon frå Høgskolen i Bergen. Finansiering frå Regionalt Forskingsfond, Vestlandet gjorde forskingsprosjektet mulig. Kommunen fekk seinare økonomisk stønad frå Husbanken, Helsedirektoratet og Fylkesmannen i Hordaland, samt at stipendiaten fekk støtte frå Norsk Sykepleier Forbund. Kommunen har i prosjektperioden individuelt tilpassa og installert omsorgsteknologi i om lag 260 heimar. Forskinga og kommunens erfaringar viser at prosjektet har ført til positiv effekt for brukarane, pårørande og tilsette. Samstundes med at kvaliteten på tenesta oppfattast å vere betre, har også dei kommunale utgiftene til pleie- og omsorgstenesta blitt redusert. Prosjektet er i tråd med Lindås kommune sin samfunnsvisjon «Der draumar blir røyndom» og er med på å gjere kommunen framtidsretta, inkluderande, kvalitetsbevisst og tenestevillig. Vi erfarte at teknologien som kommunen tok i bruk og som har fungert godt i Storbritannia, ikkje utan vidare kunne overførast til norske forhold. Dette gjaldt tekniske forhold og infrastruktur, men også kunnskap om bruk av teknologien. Partnarane fann i samarbeid fram til løysingar på desse utfordringane. Brukarane har i all hovudsak vore eldre. Resultat frå forsking og interne undersøkingar tyder på at både brukarane og pårørande er nøgde med omsorgsteknologi som teneste og vil anbefale denne til andre. Både brukarane og pårørande opplever i stor grad at teknologien bidreg til at dei føler seg trygge i heimen. Dei tilsette meiner at teknologi er viktig for framtidas helse- og omsorgsteneste, og dei blir trygge når dei opplever at omsorgsteknologi skaper tryggleik for brukarane. Dei tilsette seier at dei har eit kontinuerleg behov for opplæring, sidan dette er ein ny måte å gje tenester på som krev samarbeid med nye aktørar internt og eksternt. Netto driftsutgifter for helse- og omsorgstenesta i kommunen vart redusert i 2015 – i forhold til 2014. Samstundes blei tal på utskrivingsklare pasientar frå sjukehus redusert, fleire sjukeheimsplassar blei avvikla, og helse- og omsorgstenestene blei i større grad heimetenesteorientert. I lag med omsorgsteknologi gjev dette reduserte utgifter til helse- og omsorgstenestene og gjev fleire brukara mogelegheit til å bu i eigen heim

A realistic assessment of methods for extracting gene/protein interactions from free text

Background: The automated extraction of gene and/or protein interactions from the literature is one of the most important targets of biomedical text mining research. In this paper we present a realistic evaluation of gene/protein interaction mining relevant to potential non-specialist users. Hence we have specifically avoided methods that are complex to install or require reimplementation, and we coupled our chosen extraction methods with a state-of-the-art biomedical named entity tagger. Results: Our results show: that performance across different evaluation corpora is extremely variable; that the use of tagged (as opposed to gold standard) gene and protein names has a significant impact on performance, with a drop in F-score of over 20 percentage points being commonplace; and that a simple keyword-based benchmark algorithm when coupled with a named entity tagger outperforms two of the tools most widely used to extract gene/protein interactions. Conclusion: In terms of availability, ease of use and performance, the potential non-specialist user community interested in automatically extracting gene and/or protein interactions from free text is poorly served by current tools and systems. The public release of extraction tools that are easy to install and use, and that achieve state-of-art levels of performance should be treated as a high priority by the biomedical text mining community

The Genomics of Speciation in Drosophila: Diversity, Divergence, and Introgression Estimated Using Low-Coverage Genome Sequencing

In nature, closely related species may hybridize while still retaining their distinctive identities. Chromosomal regions that experience reduced recombination in hybrids, such as within inversions, have been hypothesized to contribute to the maintenance of species integrity. Here, we examine genomic sequences from closely related fruit fly taxa of the Drosophila pseudoobscura subgroup to reconstruct their evolutionary histories and past patterns of genic exchange. Partial genomic assemblies were generated from two subspecies of Drosophila pseudoobscura (D. ps.) and an outgroup species, D. miranda. These new assemblies were compared to available assemblies of D. ps. pseudoobscura and D. persimilis, two species with overlapping ranges in western North America. Within inverted regions, nucleotide divergence among each pair of the three species is comparable, whereas divergence between D. ps. pseudoobscura and D. persimilis in non-inverted regions is much lower and closer to levels of intraspecific variation. Using molecular markers flanking each of the major chromosomal inversions, we identify strong crossover suppression in F1 hybrids extending over 2 megabase pairs (Mbp) beyond the inversion breakpoints. These regions of crossover suppression also exhibit the high nucleotide divergence associated with inverted regions. Finally, by comparison to a geographically isolated subspecies, D. ps. bogotana, our results suggest that autosomal gene exchange between the North American species, D. ps. pseudoobscura and D. persimilis, occurred since the split of the subspecies, likely within the last 200,000 years. We conclude that chromosomal rearrangements have been vital to the ongoing persistence of these species despite recent hybridization. Our study serves as a proof-of-principle on how whole genome sequencing can be applied to formulate and test hypotheses about species formation in lesser-known non-model systems

Evidence for Mito-Nuclear and Sex-Linked Reproductive Barriers between the Hybrid Italian Sparrow and Its Parent Species

Studies of reproductive isolation between homoploid hybrid species and their parent species have rarely been carried out. Here we investigate reproductive barriers between a recently recognized hybrid bird species, the Italian sparrow Passer italiae and its parent species, the house sparrow P. domesticus and Spanish sparrow P. hispaniolensis. Reproductive barriers can be difficult to study in hybrid species due to lack of geographical contact between taxa. However, the Italian sparrow lives parapatrically with the house sparrow and both sympatrically and parapatrically with the Spanish sparrow. Through whole-transcriptome sequencing of six individuals of each of the two parent species we identified a set of putatively parent species-diagnostic single nucleotide polymorphism (SNP) markers. After filtering for coverage, genotyping success (>97%) and multiple SNPs per gene, we retained 86 species-informative, genic, nuclear and mitochondrial SNP markers from 84 genes for analysis of 612 male individuals. We show that a disproportionately large number of sex-linked genes, as well as the mitochondria and nuclear genes with mitochondrial function, exhibit sharp clines at the boundaries between the hybrid and the parent species, suggesting a role for mito-nuclear and sex-linked incompatibilities in forming reproductive barriers. We suggest that genomic conflict via interactions between mitochondria and sex-linked genes with mitochondrial function ("mother's curse") at one boundary and centromeric drive at the other may best explain our findings. Hybrid speciation in the Italian sparrow may therefore be influenced by mechanisms similar to those involved in non-hybrid speciation, but with the formation of two geographically separated species boundaries instead of one. Spanish sparrow alleles at some loci have spread north to form reproductive barriers with house sparrows, while house sparrow alleles at different loci, including some on the same chromosome, have spread in the opposite direction to form barriers against Spanish sparrows