REFINEMENT OF PHYLOGENETIC SIGNAL IN MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT: RESULTS OF SIMULATION STUDY

SUMMARY Motivation: Disparate substitution rates within the different regions of homologous sequences and mutational saturation are well known to cause misalignment of sequences and to hamper accurate tree reconstruction. Therefore, there is a need in tools detecting and filtering out informational noise from the multiple alignment of sequence data; the tools will help to increase accuracy and resolution of phylogenetic analyses. Results: We propose such a tool and tested its ability to improve the quality phylogenetic trees both on the biological COG data, and on the artificial data, where the ideal tree was known a priory. The key operation of the filtering is a removal of noisy columns. It was shown that the tool permits to reconstruct a tree closer to the "true" tree than is the tree reconstructed with data without removal. Procedure can be applied as a tool to pre-process multiple alignments and enhance phylogenetic inference

Оцінка показників коагулограми у пацієнтів з тромбозом системи нижньої порожнистої вени

Мета. Оцінити зміни показників коагулограми у пацієнтів з тромбозом глибоких вен (ГВ) системи нижньої порожнистої вени (НПВ) залежно від виду лікування. Матеріали і методи. Проведена кількісна оцінка показників коагулограми у 615 пацієнтів із тромбозом у системі НПВ. Залежно від методу лікування хворі розподілені на дві групи: 1-ша – 380 (61,8%) хворих, яким провели хірургічне лікування з наступним призначенням антикоагулянтної терапії; 2-га – 235 (38,2%) хворих, яким призначали лише антикоагулянтну терапію. Результати. Оцінка більшості показників коагулограми показала більш виражену гіпокоагуляцію у пацієнтів 1-ї групи порівняно з 2-ю групою: рівень D-димеру був нижче на 14,1%, середня концентрація тромбокриту (СКТ) - на 7,8%, протромбіновий індекс (ПІ) - на 7,1%, міжнародне нормалізоване співвідношення (МНС) - на 3,8%, рівень гематокриту - на 2,4%, кількість тромбоцитів - на 1,9%. У пацієнтів 1-ї групи спостерігали більш виражене подовження активованого часткового тромбопластинового часу (АЧТЧ), активованого часу рекальцифікації (АЧР) та протромбінового часу (ПЧ) порівняно з пацієнтами 2-ї групи: на 37,9, 10,6 та 4,8% відповідно. Водночас рівень фібриногену у 1-й групі був на 9,1% вище порівняно з 2-ю групою. Висновки. Гіпокоагуляційні зміни гемостазу у пацієнтів, яким застосували хірургічне лікування тромбозу ГВ системи НПВ, порівняно з пацієнтами, яким призначали лише антикоагулянтну терапію, дають підстави припустити, що механічне видалення тромботичних мас сприяє більш швидкій нормалізації показників гемостазу

Хірургічне лікування нирковоклітинного раку з внутрішньовенозним розповсюдженням та імплантацією тромбу в стінку нижньої порожнистої вени

This work presents the results of surgical treatment of renal cell carcinoma with internally venous dissemination and implantation of thrombus intra vena cava inferior tissue. In 3 cases was performed a prosthesis of vena cava inferior byGoreTexor PTFE prothesis (2 – above the renal veins, 1 – below the renal veins). Histologically confirmed an invasion of tumor thrombus by renal cell carcinoma intra vena cava inferior tissue is an evidence to resection of tissue or an area of vena cava inferior which repairs via prosthesis.У роботі представлено результати хірургічного лікування нирковоклітинного раку з внутрішньовенозним розповсюдженням та імплантацією тромбу в стінку нижньої порожнистої вени. У 3 випадках виконано протезування нижньої порожнистої вени протезами Gore Tex чи ПТФЕ (2 – вище ниркових вен, 1 – нижче ниркових вен). Гістологічно підтверджена інвазія пухлинного тромбу при нирковоклітинному раку в стінку нижньої порожнистої вени є показанням до резекції стінки чи ділянки нижньої порожнистої вени, яка відновлюється за допомогою протезування

Аналіз результатів успішності іммедіат-імплантації з використанням дентальних імплантатів системи «zircon prior fortis»

Scientific paper is devoted to the analysis of immediat-implantation with the use of «Zircon Prior» system through an integrated approach to dynamic assessment criteria for treatment success (soft tissue recession, changes in the medial and distal papillae, radiological bone loss in peri-implant zone, dynamics of implants stability quality (ISCQ)) during insertion and after 3, 6 and 12 months. Success of immediat-implantation in patients with periodontal pathology is defined based on comparison of researched and control groups data, and formulated recommendations algorithm for immediat-implantation protocol of multiroot teeth providing strong support for the distal orthopedic structures and reducing the subsequent of rational prosthetic treatment.У статті представлено аналіз результатів іммедіат-імплантації з використанням системи Zircon Prior на основі комплексного підходу до динамічної оцінки критеріїв успішності лікування (рецесії м’яких тканин, змін рівня медіальних і дистальних сосочків, рентгенологічної втрати кісткової тканини в периімплантатній зоні, динаміки коефіцієнта стабільності імплантатів (КСІ)) у період встановлення та через 3, 6 та 12 місяців. Визначено успішність іммедіат-імплантації у хворих з патологією пародонта на основі порівняння даних досліджуваної та контрольної груп, а також сформульовано алгоритм рекомендацій протоколу іммедіат-імплантації багатокореневих зубів, який забезпечує надійну дистальну опору для ортопедичних конструкцій та скорочує терміни послідуючого раціонального протезування

The nature of zircon in the Volkovsky massif gabbro (Middle Urals): the age problem and geochronological consequences

The article presents new isotope-geochemical data on zircon from gabbronorites of the Volkovsky massif in the Middle Urals. The massif is a complex combination of different rock associations - from ultramafic rocks to syenites and quartz diorites, whose geological and geochronological ratios are not well-defined yet. The most widespread in the massif are gabbroids, which form three blocks - the Central, Western and Southern ones. This massif is associated with: 1) industrial deposit of copper-iron-vanadium ores and 2) gold-palladium mineralization of low sulfide type. Gabbronorites, which form peripheral parts of the gabbro blocks and in some cases form dykes among olivine gabbro, have a dual relationship with mineralization. They are host for copper-iron-vanadium type and postmineral concerning the gold-palladium mineralization localized in ultramafic rocks and olivine gabbro of the Southern block. The comprehensive study of zircon (its morphology, internal structure, U-Pb age, and silicate inclusions) has shown that in gabbronorites of the Volkovsky massif, zircon aged 427.5 ± 5.3 Ma and 428 ± 7 Ma, extracted from two different samples, contains the same set of polymineral inclusions, alien to the hosting rocks. The composition of inclusions (plagioclase ( An21), biotite (f = 0.49-0.56), quartz and apatite) corresponds to gneiss or plagiogranite. However, the zircon, according to its morphology, internal structure and age characteristics is similar to that from metamorphic rocks of the dynamothermal halo of gabbro-ultramafic bodies. This suggests that the zircon in gabbronorites of the Volkovsky massif could be borrowed from the surrounding metamorphic rocks, and therefore, the gabbronorite intrusion occurred when high-temperature metamorphic rocks of the dynamothermal halo had already existed and might have undergone anatexis and retrogressive metamorphism of amphibolite facies. The zircon age (≈427 Ma) limits the lower time limit of the formation of gabbronorite intersecting olivine gabbro of the Volkovsky massif, and may be close to the time of the formation of copper-iron-vanadium and gold-palladium mineralization type controlled by the reaction processes between gabbronorites and olivine gabbro

A Determination of H_0 with the CLASS Gravitational Lens B1608+656: III. A Significant Improvement in the Precision of the Time Delay Measurements

The gravitational lens CLASS B1608+656 is the only four-image lens system for which all three independent time delays have been measured. This makes the system an excellent candidate for a high-quality determination of H_0 at cosmological distances. However, the original measurements of the time delays had large (12-20%) uncertainties, due to the low level of variability of the background source during the monitoring campaign. In this paper, we present results from two additional VLA monitoring campaigns. In contrast to the ~5% variations seen during the first season of monitoring, the source flux density changed by 25-30% in each of the subsequent two seasons. We analyzed the combined data set from all three seasons of monitoring to improve significantly the precision of the time delay measurements; the delays are consistent with those found in the original measurements, but the uncertainties have decreased by factors of two to three. We combined the delays with revised isothermal mass models to derive a measurement of H_0. Depending on the positions of the galaxy centroids, which vary by up to 0.1 arcsec in HST images obtained with different filters, we obtain H_0 = 61-65 km/s/Mpc, for (Omega_M,Omega_L) = (0.3,0.7). The value of H_0 decreases by 6% if (Omega_M,Omega_L) = (1.0,0.0). The formal uncertainties on H_0 due to the time delay measurements are +/- 1 (+/- 2) km/s/Mpc for the 1-sigma (2-sigma) confidence limits. Thus, the systematic uncertainties due to the lens model, which are on the order of +/- 15 km/s/Mpc, now dominate the error budget for this system. In order to improve the measurement of H_0 with this lens, new models that incorporate the constraints provided by stellar dynamics and the optical/infrared Einstein ring seen in HST images must be developed.Comment: Accepted for publication in ApJ. 32 pages, 8 figures (3 in color

The Sloan Lens ACS Survey. IX. Colors, Lensing and Stellar Masses of Early-type Galaxies

We present the current photometric dataset for the Sloan Lens ACS (SLACS) Survey, including HST photometry from ACS, WFPC2, and NICMOS. These data have enabled the confirmation of an additional 15 grade `A' (certain) lens systems, bringing the number of SLACS grade `A' lenses to 85; including 13 grade `B' (likely) systems, SLACS has identified nearly 100 lenses and lens candidates. Approximately 80% of the grade `A' systems have elliptical morphologies while ~10% show spiral structure; the remaining lenses have lenticular morphologies. Spectroscopic redshifts for the lens and source are available for every system, making SLACS the largest homogeneous dataset of galaxy-scale lenses to date. We have developed a novel Bayesian stellar population analysis code to determine robust stellar masses with accurate error estimates. We apply this code to deep, high-resolution HST imaging and determine stellar masses with typical statistical errors of 0.1 dex; we find that these stellar masses are unbiased compared to estimates obtained using SDSS photometry, provided that informative priors are used. The stellar masses range from 10^10.5 to 10^11.8 M$_\odot$ and the typical stellar mass fraction within the Einstein radius is 0.4, assuming a Chabrier IMF. The ensemble properties of the SLACS lens galaxies, e.g. stellar masses and projected ellipticities, appear to be indistinguishable from other SDSS galaxies with similar stellar velocity dispersions. This further supports that SLACS lenses are representative of the overall population of massive early-type galaxies with M* >~ 10^11 M$_\odot$, and are therefore an ideal dataset to investigate the kpc-scale distribution of luminous and dark matter in galaxies out to z ~ 0.5.Comment: 20 pages, 18 figures, 5 tables, published in Ap

Zitterbewegung of Klein-Gordon particles and its simulation by classical systems

The Klein-Gordon equation is used to calculate the Zitterbewegung (ZB, trembling motion) of spin-zero particles in absence of fields and in the presence of an external magnetic field. Both Hamiltonian and wave formalisms are employed to describe ZB and their results are compared. It is demonstrated that, if one uses wave packets to represent particles, the ZB motion has a decaying behavior. It is also shown that the trembling motion is caused by an interference of two sub-packets composed of positive and negative energy states which propagate with different velocities. In the presence of a magnetic field the quantization of energy spectrum results in many interband frequencies contributing to ZB oscillations and the motion follows a collapse-revival pattern. In the limit of non-relativistic velocities the interband ZB components vanish and the motion is reduced to cyclotron oscillations. The exact dynamics of a charged Klein-Gordon particle in the presence of a magnetic field is described on an operator level. The trembling motion of a KG particle in absence of fields is simulated using a classical model proposed by Morse and Feshbach -- it is shown that a variance of a Gaussian wave packet exhibits ZB oscillations.Comment: 16 pages and 7 figure