Biologian ainereaalin tehtävätyypit, teemat ja tiedolliset haasteet vuosina 2006–2009

Kasvatustieteen, erityisesti biologian didaktiikan, syventävien opintojen tutkielm

Goldbergin Rely On -konstruktio : Yliyleistys?

Peer reviewe

Mortality From Myocardial Infarction After the Death of a Sibling: A Nationwide Follow‐up Study From Sweden

Background: Death of a sibling represents a stressful life event and could be a potential trigger of myocardial infarction (MI). We studied the association between loss of an adult sibling and mortality from MI up to 18 years after bereavement. Methods and Results: We conducted a follow‐up study for Swedes aged 40 to 69 years between 1981 and 2002, based on register data covering the total population (N=1 617 010). Sibling deaths could be observed from 1981 and on. An increased mortality rate from MI was found among women (1.25 CI 1.02 to 1.54) and men (1.15 CI 1.03 to 1.28) who had experienced death of an adult sibling. An elevated rate some years after bereavement was found among both women (during the fourth to sixth half‐years after the death) and men (during the second to sixth half‐years after the death), whereas limited support for a short‐term elevation in the rate was found (during the first few months since bereavement). External causes of sibling death were associated with increased MI mortality among women (1.54 CI 1.07 to 2.22), whereas nonexternal causes showed associations in men (1.23 CI 1.09 to 1.38). However, further analyses showed that if the sibling also died from MI, associations were primarily found among both women (1.62 CI 1.00 to 2.61) and men (1.98 CI 1.59 to 2.48). Conclusions: Our study provided the first large‐scale evidence for mortality from MI associated with the death of a sibling at an adult age. The fact that findings suggested associations primarily between concordant causes of death (both died of MI) could indicate genetic resemblance or shared risk factors during childhood. Future studies on bereavement should carefully deal with the possibility of residual confounding

KONSTRUKTIONSGRAMMATIK SOM EN FUNKTIONALISTISK GENERATIV GRAMMATIK

Konstruktiokieliopilla (CxG) näyttäisi olevan lukuisia ominaisuuksia, jotka tekevätsiitä ihanteellisen funktionalistisen generatiivisen lähestymistavan. Yksi näistä onkuvausyksiköiden perustuminen semantiikkaan, joka ei kuitenkaan estä semanttisestityhjien, näennäisesti syntaksin autonomian puolesta puhuvien rakenteiden mielekästäkuvausta. CxG näyttäisi myös soveltuvan hyvin kieliopillistumisen kuvaukseen.Ongelmat, joita CxG:n perustumisen listattuihin yksiköihin voidaan ajatella aiheuttavan,osoittautuvat odotettua vähemmän vakaviksi, ja listaamis-lähestymistavalla on myöskiistämättömiä etuja.Konstruktioiden ja nk. meemien välillä voidaan nähdä tiettyjä yhtäläisyyksiä.Tomasellon CxG-lähestymistapa lapsen kielenomaksumiseen puolestaan antaaodottaa, että myös aikuisilla on kyky luonnolliseen kielenomaksumiseen. Se, ettäaikuisten oppimistulokset puhuvat tätä vastaan, voidaan selittää tarkastelemallakieltä sosiaalisena ilmiönä.Avainsanat: konstruktiokielioppi, funktionalismi, kieliopillistuminen, meemi,kielenomaksuminenKey words: Construction Grammar, functionalism, grammaticalization, storage, languageacquisition, mem

Objektiivinen hermeneutiikka tapaustutkimuksen lähestymistapana

Artikkeli kertoo objektiivisesta hermeneutiikasta tapaustutkimuksen lähestymistapana. Esimerkkinä käytetään sosiaalityöntekijän toiminnan tutkimusta. Objektiivisen hermeneutiikan mukaan (1) tieto perustuu yksilöllisten ja kollektiivisten elämänkäytäntöjen olemassaoloa koskeviin kriiseihin ja (2) inhimillinen toiminta tapahtuu sääntöjen varassa. Lähestymistavan ydin on sekvenssianalyysi, joka tulkitsee elämänkäytännön jättämiä jälkiä (objekteja) valintoina sääntöjen avaamista mahdollisuuksista. Tapauksen rakennetta selvitetään tältä pohjalta objektiivisena merkitysrakenteena, joka on valintojen järjestystä. Sosiaalityöntekijän haastattelua analysoimalla muodostettiin alustava käsitys professionaalisesta toimintatavasta (habitus) kolmevaiheisena merkitysrakenteena. Artikkelin lopuksi verrataan tapauksen rekonstruointia yhtäältä arkikäytännölliseen ja toisaalta ammatilliseen tapauksen ymmärtämiseen ja pohditaan tältä pohjalta tutkimusotteen mahdollisuuksia tukea asiakkaiden elämäntilanteiden selvittämistä yleisesti sosiaalityössä

In search for potential genetic and proteomic biomarkers in lung cancer and in Staphylococcus aureus bacteraemia by mass spectrometry

Aims of the study. The aims of this were to: 1) identify CRP-gene SNPs associated with clinical outcome, and blood CRP-levels in SA bacteraemia, 2) identify protein biomarkers for early diagnosis of lung cancer in high-risk individuals, such as tobacco smokers, and individuals significantly exposed to asbestos, and 3) evaluate and compare the use of different biological fluids, plasma and sputum, in proteomic biomarker discovery with mass spectrometry. Study populations and methods.To study the effect of CRP gene polymorphisms on plasma (or serum) CRP levels, DNA was extracted from patients (n=145) with SA positive blood cultures. SNP genotyping was done with MALDI-TOF. Identification of potential protein biomarkers in lung cancer was done using plasma (n=205) and sputum (n=123) samples obtained from former and current smokers, and from former and current smokers with lung cancer, asbestos exposure, or both. 2D SDS-PAGE MS was used to study the differential protein abundancy in plasma samples, 2D-DIGE MS was used for the sputum samples. Immunoblotting and ELISA were used to validate the results. Results. CRP gene SNP rs3091244 with minor allele A, and SNP rs3093075 with minor allele T, together in strong linkage disequilibrium, were significantly associated with high maximal plasma CRP levels during the first week of illness. Individuals with the recessive A-allele of triallelic SNP rs3091244, had a median of maximal plasma CRP level of 282 mg/L (IQR 169 mg/L), whereas individuals with alleles T or C had a median of maximal CRP level of 179 mg/L (IQR 148 mg/L). 28 differentially abundant plasma proteins were found across four study groups, and 22 sputum proteins were differentially abundant across three study groups. Upregulation of proteins involved in redox-reactions, PRDX1 (plasma), TXN (sputum), and GAPDH (sputum), associated with lung cancer. Low plasma levels, but high sputum levels of PRDX2 were associated with lung cancer. S100A8/9 from sputum was strongy associated with sputum GAPDH, thus could associate with lung cancer. TPM3 and TPM4 were scarce in plasma from individuals with non-metastasized lung cancer. TPM4 was also associated with asbestos exposure. SAA abundance in plasma was a good marker for lung cancer but lacked specificity. ECM1 was validated from sputum but did not reach statistically significant differences in its abundance between study groups. Conclusions. Based on the studies comprising this thesis, the following conclusions can be drawn: 1) The A-allele of SNP rs3091244 affects the CRP levels in the blood during SAB more than the other alleles, without any significant association with e.g. mortality. This should be considered when treating SAB patients; 2) PRDX1 (plasma), PRDX2 (sputum), and TXN (sputum), have the highest potential to become predictive or diagnostic biomarkers for lung cancer. PRDX2 and TXN interact with other cancer-related proteins, GAPDH and S100A8/9, thus their molecular mechanisms are complex; 3) Abundant TMP4 in plasma best indicates exposure to asbestos; 4) Mass spectrometry, and its coupled methods (e.g. gel electrophoresis), are powerful tools in finding genome and proteome alterations; 5) Sputum and plasma are suitable for biomarker discovery, but more studies are needed to make sputum more easily available for high-throughput mass spectrometry. These studies are in concordant with the study aims, and complement the molecular background on SAB, lung cancer and asbestosis, and suggest feasible predictive or diagnostic biomarkers for future studies with mass spectrometry.Tutkimuksen tavoitteet.Tämän väitöskirjan tavoitteena oli: 1) tunnistaa CRP-geenin snippien assosiaatioita stafylokokkisepsiksen kliiniseen lopputulemaan sekä veren CRP-pitoisuuksiin, 2) tunnistaa proteiineja, jotka voisivat toimia biomarkkereina keuhkosyövän varhaisvaiheen diagnosoinnissa korkean riskin yksilöissä, eli tupakoijissa sekä asbestille altistuneissa sekä 3) arvioida ja vertailla plasman ja ysköksen soveltuvuutta proteiinibiomarkkerien tutkimiseen massaspektrometrialla. Aineisto ja menetelmät. CRP-geenin snippien vaikutusta veren CRP-pitoisuuksiin tutkittiin stafylokokkisepsikseen sairastuneista henkilöistä (n=145). Snipit määritettiin monistetusta genomisesta DNA:sta massaekstensionmenetelmällä ja snippien määrittämiseen käytettiin MALDI-TOF-massaspektrometriaa. Proteiinibiomarkkereita tutkittiin plasmasta (n=205) ja ysköksestä (n=123) keuhkosypään sairastuneilla, asbestille altistuneilla, sekä oireettomilla verrokeilla. Kukin ryhmä jakautui edelleen tupakoijiin ja tupakoinnin lopettaneisiin. Muutamalla tutkittavalla oli sekä keuhkosypä että altistus asbestille. Proteiinien ilmenemistä eri ryhmissä tutkittiin plasmasta 2D SDS-PAGE MS:lla ja ysköksestä 2D-DIGE MS:lla. Proteiinien ilmenemiserot validoitiin Western Blot-menetelmällä sekä ELISA:lla. Tulokset. CRP geenin SNP rs3091244 alleeli A ja SNP rs3093075 alleeli T olivat keskenään kytkentäepätasapainossa ja assosioituivat tilastollisesti merkitsevästi veren maksimaalisiin CRP-pitoisuuksiin ensimmäisen sairausviikon aikana. SNP rs3091244 A-alleelin kantajilla oli ensimmäisen sairausviikon maksimaalisten CRP-pitoisuuksien mediaani 282 mg/L (IQR 169 mg/L), kun C- ja T-alleelin kantajilla vastaava luku oli 179 mg/L (IQR 148 mg/L). Redox-reaktioissa toimivat proteiinit, PRDX1 (plasma), TXN (yskös) ja GAPDH (yskös) ilmenivät runsaina keuhkosyövässä. PRDX2:a oli vähän keuhkosyöpäryhmään kuuluvien plasmassa, mutta paljon saman ryhmän ysköksissä. S100A8/9 korreloi merkitsevästi proteiinin GAPDH kanssa, mistä syystä S100A8/9 voi olla merkittävässä roolissa myös keuhkosyövässä. Proteiineja TPM3 ja TPM4 oli plasmassa niukasti niillä, joiden keuhkosyöpä ei ollut metastasoitunut. TPM4 korreloi asbestialtistuksen kanssa. ECM1 validoitiin, mutta sen runsaudessa ei havaittu eroja eri tutkimusryhmien välillä. Johtopäätökset. Osajulkaisujen tulosten perusteella voidaan todeta seuraavat johtopäätökset: 1) Snipin rs3091244 A-alleeli vaikuttaa veren CRP-tasoihin muita alleeleja voimakkaammin SAB:n aikana, vaikka esim. kuolleisuudessa ei ole eri alleelien kantajilla merkittävää eroja. Tämä tulisi huomioida hoitopäätöksiä tehtäessä; 2) Proteiineista PRDX1 (plasma), PRDX2 (yskös) ja TXN (yskös) voisi tulla keuhkosyövän ennustavia tai diagnostisia biomarkkereita. PRDX2 ja TXN korreloivat merkittävästi ysköksen proteiinien GAPDH ja S100A8/9 kanssa, joista voisi myös olla hyötyä keuhkosyövän biomarkkereina; 3) Plasman proteiinia TPM4 voisi käyttää merkittävän asbestialtistuksen biomarkkerina; 4) Massaspektrometria, sekä siihen yhdistettynä esim. geelielektroforeesi, on käyttökelpoinen menetelmä proteomin ja genomin muutosten havaitsemiseen; 5) Yskös ja plasma ovat biomarkkeritutkimukselle sopivia näytetyyppejä, mutta lisää tutkimusta tarvitaan, jotta ysköksiä voitaisiin helposti käyttää massaspektrometriassa. Johtopäätökset tukevat tutkimukselle asetettuja tavoitteita ja täydentävät molekyylibiologista ymmärrystä stafylokokkisepsiksestä, keuhkosyövästä ja asbestialtistuksesta. Tulokset lisäksi ehdottavat ennustavia tai diagnostisia biomarkkereita jatkotutkimuksia varten

Does the death of a child influence parental use of psychotropic medication? : A follow-up register study from Finland

Background Several studies have found that the loss of a child is associated with psychiatric health problems, yet few studies examined whether child loss influences psychotropic medication use. This study examined short- and long-term use of psychotropic medication, both before and after the death of a child, and its potential effect modifiers. Methodology/Principal findings A random sample of 205,456 parents, including 902 bereaved parents, were selected from a Finnish total population registry. The analyses were based on linear regressions using generalised estimation equations (GEE) and adjusted for sociodemographic factors. Annual psychotropic use was defined as having purchased prescribed psychotropic medication between 1996 and2012. Bereaved parents were followed for four years prior to and up to four years after the death of their child. An increase in the use of antidepressants and anxiolytics was found in parents following their loss. The highest percentage of use was found around one year after bereavement, followed by a steady decrease although this remained higher than the level of use among non-bereaved four years after the death. Between 20–25% of bereaved mothers and 10–15% of bereaved fathers used antidepressants or anxiolytics one year after bereavement while the corresponding number in non-bereaved was 5–10%. An increase in psychotropic medication was also found several years before the disease-related loss of a child. Conclusions/Significance The use of psychotropic medication is markedly higher among parents after losing a child. Patterns of use leading up to and following the death of a child should be further examined in relation to clinical risk factors so as to identify at risk populations. Medical subject headings Bereavement, child death, psychotropic medication, death, child, register, FinlandPeer reviewe

FUNKTIONALISTISK KONTRA GENERATIVISTISK KASUSUPPFATTNING

Funktionalistinen vastaan generativistinen sijakäsitys. Tämä artikkeliargumentoi sellaisen funktionalistisen sijakäsityksen puolesta, jonka mukaanmitä tahansa ominaisuutta, joka ilmaisee argumenttielementin kuulumistatietylle predikaatille, tulisi pitää sijan ilmentymänä. Vähemmässä määrinkieliopillistuneet sijan ilmenemismuodot voivat tämän lisäksi ilmaistasemanttisia rooleja. Tätä käsitystä verrataan artikkelissa chomskylaiseengenerativistiseen sijakäsitykseen. Ilmenee, että ns. näkyvyysehto muodostaisiehdotetun funktionaalisen sijakäsityksen formalisaation, ellei sitä olisisidottu abstraktin sijan käsitteeseen, joka nykyisessä muodossaan estäänäkyvyysehdon soveltamisen kaikkiin argumenttityyppeihin. Abstrakti sijaosoittautuu toisaalta tarpeettomaksi käsitteeksi, joka perustunee englannintyyppisen kielen argumentin paikan avulla realisoituvan sijan perusteettomalleyleistykselle kielelliseksi universaaliksi. Generatiivinen käsitys olisikin adekvaatti,jos näkyvyysehto toimisi suoraan s- ja I-selektion avulla ilman abstraktinsijan väliintuloa. Abstrakti sija voisi kuitenkin toimia Cheekingin tapaisenamekanismina, joka varmistaa argumentin muodon ja semanttisen roolinyhteensopivuuden.Avainsanat: sija, funktionalistinen kielitiede, generatiivinen kielitiede,kieliopillistuminen, selektioKeywords: case, functionalIinguistics, generative Iinguistics, grammaticalization, selectio

Differentiation of organizational climate and culture in public health and social services in Finland

Aim: The aim of the study was to examine the differentiation of organizational contexts within Finnish public health and social services both at the workplace and at the local governmental (municipality) level. Subject and methods: We focused on climate, comprising individual level experience, and on culture, comprising collective level as "the way things are done in organization". Climate, as "the way people perceive their work environment", was interpreted to reflect personally relevant professional and moral concerns. As an exploration of antecedents of climate and culture, we compared the scale of contextual differences among workplaces with the extent of differences at the municipal level. We also examined by multilevel hierarchical linear models (HLM), the importance of observed differentiation of workplaces in terms of impacts of both climate and culture on employee morale. Results: There existed different organizational climates and cultures within Finnish public human service organizations both at workplace and upper organizational level. Differences in terms of climate were somewhat bigger than differences in culture. Conclusion: Both climate and culture should be highlighted in the effort to specify the characteristics of organizational social contexts, as well as their antecedents and consequences in public human services