Autoimmune hepatitis-specific antibodies against soluble liver antigen and liver cytosol type 1 in patients with chronic viral hepatitis

BACKGROUND: Non-organ specific autoantibodies are highly prevalent in patients with chronic hepatitis C (HCV). Among them, anti-liver kidney microsomal type 1 (LKM1) antibody – the serological marker of type 2 autoimmune hepatitis (AIH-2)- is detected in up to 11% of the HCV-infected subjects. On the other hand, anti-liver cytosol type 1 antibodies (anti-LC1) – either in association with anti-LKM1, or in isolation- and anti-soluble liver antigen antibodies (anti-SLA) have been considered as useful and specific diagnostic markers for AIH. However, their specificity for AIH has been questioned by some recent studies, which have shown the detection of anti-LC1 and anti-SLA by immunoprecipitation assays in HCV patients irrespective of their anti-LKM1 status. The aim of the present study was to test the anti-LC1 and anti-SLA presence by specific enzyme linked immunosorbent assays (ELISAs), in a large group of Greek HCV-infected patients with or without anti-LKM1 reactivity as firstly, immunoprecipitation assays are limited to few specialized laboratories worldwide and cannot be used routinely and secondly, to assess whether application of such tests has any relevance in the context of patients with viral hepatitis since antibody detection based on such ELISAs has not been described in detail in large groups of HCV patients. METHODS: One hundred and thirty eight consecutive HCV patients (120 anti-LKM1 negative and 18 anti-LKM1 positive) were investigated for the presence of anti-LC1 and anti-SLA by commercial ELISAs. A similar number (120) of chronic hepatitis B virus (HBV) infected patients seronegative for anti-LKM1 was also tested as pathological controls. RESULTS: Six out of 18 (33%) anti-LKM(pos)/HCV(pos )patients tested positive for anti-LC1 compared to 1/120 (0.83%) anti-LKM(neg)/HCV(pos )patients and 0/120 (0%) of the anti-LKM1(neg)/HBV(pos )patients (p < 0.001 for both comparisons). Anti-SLA antibodies were not present in any of the HCV (with or without anti-LKM1) or HBV-infected patients. CONCLUSION: We showed that anti-LC1 and anti-SLA autoantibodies are not detected by conventional assays in a large group of anti-LKM1 negative patients with chronic hepatitis B and C infections. Based on these results we cannot find any justification for the application of anti-LC1 and anti-SLA tests in the routine laboratory testing of viral hepatitis-related autoantibody serology with the only potential exception being the anti-LC1 screening in anti-LKM1(pos)/HCV(pos )patients

Prognostic significance of mutations in IDH1, H3F3, ATRX, CIC, FUBP1 and TERT genes in high grade gliomas

Introduction: High grade glioma molecular profiling is of particular interest in neurooncology. The aim of this PhD thesis is to investigate the possibility of separating prognostic groups of patients with high grade gliomas based on mutation patterns in IDH1, H3F3, ATRX,CIC, FUBP1 and TERT genes.Methods:178 patients with a diagnosis of high-grade malignancy glioma were included in 2 cohorts. 126 patients were enrolled in cohort 1and a total of 101 paraffin blocks from these patients were analyzed. A further 52 new patients were enrolled in cohort 2 and these 52 new patients alongside 98 patients from cohort 1 from which paraffin blocks were available for further analysis consist cohort 2. Unfortunately in cohort 2 only 48 paraffin blocks were suitable for further analysis and from these 48 blocks at the end 32 were analysed. In cohort 1, tumor genotyping was performed with a 55 gene NGS panel. TERT mutations were tested with Sanger sequencing. MGMT promoter methylation status was determined by methylation specific PCR. In cohort 2 a broad pan cancer 80 gene NGS panel was used for tumor genotyping. 14 of 32 tumor specimens were also genotyped using the 55 gene NGS panel for diagnostic accuracy validation and clinical utility of the extended panel.Results:Cohort 1. 270 mutations were detected in 92/101 tumors (91.1%). TERT was the most frequently mutated gene (74.3%). IDH1/2 mutations were mutually exclusive with mutations in the neurofibromin 1 (NF1) gene. Mutated TERT was associated with wild-type (wt) IDH1/2 (p = 0.025). The 12-month overall survival (OS) rate was 74.3%. Patients with TERT and NF1 wt had a median OS of 40.8 months, while among pts with NF1 wt/TERT mutant, the median OS was 18.5 months. NF1 and TERT mutations univariately conferred shorter OS (HR = 3.19; p = 0.004 and HR = 2.28; p = 0.002). Upon multivariate analysis, mutated TERT showed marginal unfavorable prognostic significance for OS (p = 0.049), while NF1 lost its unfavorable significance (p = 0.151). Cohort 2. In total, 129 genetic alterations including 33 structural variants were identified in 38 distinct genes. Among 96 variants, 38 were pathogenic and 58 variants of unknown clinical significance (VUS). TP53 was the most frequently mutated gene, followed by PTEN and IDH1genes. Glioma patients with IDH1 mutant tumors were younger and had significantly longer overall survival compared to patients with wild-type IDH1tumors. Similarly, tumors with TP53mutations were more likely observed in younger glioma patients. Implementation of the comprehensive 80 gene and the55 gene panels resulted in the identification of 37 and 15 variants, respectively. Of those, 13 were common. Comprehensive 80 gene panel identified 24 additional variants, 22 of which located in regions that were not targeted by the 55 gene panel. On the contrary, the latter panel identified two additional variants.Conclusions: TERT is herein proven to confer poor prognosis in high grade gliomas, independent of IDH and MGMT mutations. NF1 seems to also confer poor prognosis although our small numbers do not allow for firm conclusions. Overall, our data show that using an extended tumor profile assay rather than a glioma-specific tumor profile panel identifies additional genetic changes that may be taken into consideration as potential therapeutic targets for glioma diagnosis and molecular classification.Εισαγωγή: Το μοριακό προφίλ των γλοιωμάτων υψηλού βαθμού κακοήθειας παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον στη νεύρο-ογκολογία. Σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής είναι η διερεύνηση της δυνατότητας διαχωρισμού προγνωστικών ομάδων ασθενών με υψηλού βαθμού κακοήθειας γλοιώματα με βάση τα πρότυπα των μεταλλάξεων στα γονίδια IDH1, H3F3, ATRX, CIC, FUBP1 και TERT. Στην παρούσα μελέτη συμπεριλήφθηκαν συνολικά 178 ασθενείς με διάγνωση γλοιώματος υψηλού βαθμού κακοήθειας βαθμού 3 και 4. Στο πρώτο στάδιο της μελέτης συμπεριλήφθηκαν 126 ασθενείς και αναλύθηκαν συνολικά 101 κύβοι παραφίνης. Αυτοί οι ασθενείς αποτελούν την Ομάδα μελέτης 1. Στο δεύτερο στάδιο της μελέτης εντάχθησαν 52 νέοι ασθενείς που μαζί με 98 ασθενείς της Ομάδας μελέτης 1 αποτέλεσαν την ομάδα μελέτης 2. Στον πληθυσμό αυτό υπήρχε μεγάλο ποσοστό μη καταλληλότητας των δειγμάτων για περαιτέρω ανάλυση με NGS ώστε τελικά αναλύθηκαν 32 μόνο όγκοι.Μέθοδοι: Για την Ομάδα μελέτης 1, πραγματοποιήθηκε γονοτυπική ανάλυση των όγκων με ένα ειδικά σχεδιασμένο στο ΕΜΟ πάνελ NGS (πάνελ-55), το οποίο στοχεύει γενετικές παραλλαγές σε 55 γονίδια. Οι μεταλλάξεις στον υποκινητή του γονιδίου TERT εξετάστηκαν με αλληλούχηση κατά Sanger. Η κατάσταση μεθυλίωσης του υποκινητή του γονιδίου MGMT προσδιορίστηκε με ειδική για τη μεθυλίωση PCR. Για την Ομάδα μελέτης 2, η γονοτυπική ανάλυση των όγκων πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας ένα παν-καρκινικό, εμπορικά διαθέσιμο πάνελ NGS (πάνελ-80) το οποίο στοχεύει γενετικές παραλλαγές σε 80 γονίδια καθώς και δομικές αλλαγές. Επιπλέον, οι 14 από τους 32 όγκους της Ομάδας μελέτης 2 υπεβλήθησαν σε γονοτυπική ανάλυση και με τα δύο πάνελ που επέτρεψε τον έλεγχο της διαγνωστικής ακρίβειας των δύο μεθόδων που χρησιμοποιήθηκαν. Αποτελέσματα:Ομάδα μελέτης 1Ανιχνεύθηκαν 270 μεταλλάξεις σε 92 από τους 101 όγκους (91,1%). Οι μεταλλάξεις στον υποκινητή του γονιδίου TERT ήταν οι πιο συχνές μεταλλάξεις στον πληθυσμό (74,3%) TERT συσχετίστηκαν με την απουσία μετάλλαξης στα γονίδια IDH1/2 (p=0,025). Οι μεταλλάξεις IDH1/2 ήταν αμοιβαία αποκλειόμενες με μεταλλάξεις NF1. Το ποσοστό ολικής επιβίωσης (OS) στους 12 μήνες ήταν 74,3% (OS: 22 μήνες). Οι ασθενείς με χωρίς μεταλλάξεις στα γονίδια TERT και NF1 είχαν καλύτερη ολική επιβίωση συγκριτικά με τους ασθενείς που είχαν μετάλλαξη στον όγκο τους σε ένα από τα δύο γονίδια. Οι μεταλλάξεις NF1 και TERT μονοπαραγοντικά σχετίστηκαν με μικρότερη ολική επιβίωση (HR=3,19; p=0,004 και HR=2,28; p=0,002). Κατά την πολυπαραγοντική ανάλυση, η παρουσία μετάλλαξης στο γονίδιο TERT διατήρησε οριακά την δυσμενή προγνωστική της σημασία για την ολική επιβίωση (p=0,049), ενώ η παρουσία μετάλλαξης στο γονίδιο NF1 έχασε τη δυσμενή σημασία του (p= 0,151). Ομάδα μελέτης 2Συνολικά, εντοπίστηκαν 129 γενετικές παραλλαγές, συμπεριλαμβανομένων 33 δομικών αλλαγών. Μεταξύ 96 μεταλλάξεων (SNVs και InDels), οι 38 ήταν παθογόνες και 58 ήταν παραλλαγές αγνώστου κλινικής σημασίας (VUS). Οι πιο συχνές μεταλλάξεις αφορούσαν τα γονίδια TP53, PTEN και IDH1. Οι ασθενείς με γλοίωμα με IDH1 μεταλλαγμένους όγκους ήταν νεότεροι και είχαν σημαντικά μεγαλύτερη συνολική επιβίωση σε σύγκριση με τους ασθενείς χωρίς τις εν λόγω μεταλλάξεις. Ομοίως, όγκοι με μεταλλάξεις του TP53 ήταν πιο πιθανό να παρατηρηθούν σε νεότερης ηλικίας ασθενείς. Στη συνέχεια, πραγματοποιήθηκε επίσης σύγκριση του προφίλ των μεταλλάξεων των δειγμάτων που αναλύθηκαν από τις δύο ομάδες ασθενών. Η διενέργεια NGS σε 14 κοινά δείγματα με το πάνελ-55 και το πάνελ-80 είχε ως αποτέλεσμα τον εντοπισμό 37 και 15 παραλλαγών, αντίστοιχα. Από αυτές, οι 13 ήταν κοινές. Το πάνελ-80 ανίχνευσε 24 επιπρόσθετες μεταλλάξεις, 22 από τις οποίες εντοπίστηκαν σε περιοχές που δεν στοχεύονταν από το πάνελ-55. Αντιστρόφως, το πάνελ -55 εντόπισε δύο επιπρόσθετες μεταλλάξεις.Συμπεράσματα: Η παρουσία μετάλλαξης στο γονίδιο της TERT αποδεικνύεται στην παρούσα μελέτη ότι προσδίδει κακή πρόγνωση στα γλοιώματα υψηλού βαθμού κακοήθειας, ανεξάρτητα από την παρουσία ή όχι μεταλλάξεων στα γονίδια IDH και MGMT. Το γονίδιο NF1 φαίνεται επίσης να προσδίδει κακή πρόγνωση, αν και ο μικρός αριθμός των ασθενών μας δεν επιτρέπει την εξαγωγή ασφαλών συμπερασμάτων. Συνολικά, τα δεδομένα μας δείχνουν ότι η χρήση μιας διευρυμένης δοκιμασίας-πάνελ ανάλυσης του προφίλ του όγκου αντί ενός πάνελ που έχει σχεδιαστεί για να ανιχνεύει συγκεκριμένες γενετικές παραλλαγές που απαντώνται στα γλοιώματα επιτρέπει τον εντοπισμό πρόσθετων γενετικών αλλαγών, οι οποίες μπορούν να ληφθούν υπόψη ως πιθανοί θεραπευτικοί στόχοι για τη διάγνωση και τη μοριακή ταξινόμηση του γλοιώματος

Therapies in the pipeline for small-cell lung cancer

Small-cell lung cancer (SCLC) represents similar to 15% of all cases of lung cancer and is characterized by a rapid tumour doubling time, early onset disease dissemination and high sensitivity to chemotherapy. We searched MEDLINE and OVID databases for articles in English published from January 1980 to February 2015. Platinum-based chemotherapy, thoracic radiotherapy and prophylactic cranial irradiation are standard of care. Benefit from second-line chemotherapy is limited. The role of platinum/irinotecan chemotherapy in the Western population and the role of maintenance therapies remain to be established. Knowledge of the biology of SCLC has expanded exponentially and many potential therapeutic targets have been identified. The use of circulating tumour cells can help investigating molecular alterations occurring within tumour cells, understanding drug resistance mechanisms and evaluating new treatments

CHEK2 Pathogenic Variants in Greek Breast Cancer Patients: Evidence for Strong Associations with Estrogen Receptor Positivity, Overuse of Risk-Reducing Procedures and Population Founder Effects

CHEK2 germline pathogenic variants predispose to breast cancer and possibly to other malignancies, with their spectrum and frequency being variable among populations. Τhe majority of CHEK2-associated breast tumors are hormone receptor positive; however, relevant clinical outcomes are not well defined. Herein, we illustrate the histopathological characteristics and clinical outcomes of 52 Greek breast cancer patients who are CHEK2 carriers. Genetic analysis was performed by Sanger/massively parallel sequencing, followed by MLPA. Subsequent haplotype analysis investigated possible founder effects. Blood relatives were offered cascade testing. CHEK2 variant spectrum was characterized by variability, while influenced by founder effects. The majority of carriers, i.e., 60.8%, were diagnosed with breast cancer before the age of 45. Notably, 91.5% of breast tumors were hormone receptor positive. Hormone therapy and mastectomy at diagnosis seem to have a positive trend on overall survival, after a median follow-up of 9.5 years. Remarkably, 41.9% of patients underwent risk-reducing surgery, one third of which involved salpingo-oophorectomy. Nearly half of families responded to cascade testing. Our data highlight the need for guideline-adherent choices, based on the evidence that CHEK2 carriers are at moderate risk for breast cancer and no risk for ovarian cancer, while underscore the possible role of chemoprevention with tamoxifen

Ileal inflammation may trigger the development of GP2-specific pancreatic autoantibodies in patients with Crohn's disease

Why zymogen glycoprotein 2 (GP2), the Crohn's disease (CD)-specific pancreatic autoantigen, is the major target of humoral autoimmunity in inflammatory bowel diseases (IBD) is uknown. Recent evidence demonstrates that GP2 is also present on the apical surface of microfold (M) intestinal cells. As the colon lacks GP2-rich M cells, we assumed that patients with colonic CD are seronegative for anti-GP2. Anti-GP2 antibodies were tested in 225 CDs, including 45 patients with colonic location (L2), 45 with terminal ileum (L1) and 135 with ileocolonic involvement; 225 patients with ulcerative colitis (UC) were also tested. Anti-GP2 reactivity was detected in 59 (26.2%) CDs and 15 (6.7%) UCs (

Additional file 1: of The impact of paclitaxel and carboplatin chemotherapy on the autonomous nervous system of patients with ovarian cancer

Questionnaire, Patient and healthy volunteers’ Autonomous Nervous System and neuropathy questionnaire. (DOC 31 kb