A influência da microbiota de doadores de córnea em casos de infecção pós-transplante

O transplante de córneas proporciona a recuperação da visão a um custo muito baixo. Atualmente, é o principal tratamento para pessoas que apresentam distúrbios de curvatura ou transparência da córnea. No entanto, no Brasil, não há um protocolo unificado sobre os meios de preservação, tempo de armazenamento e antibióticos utilizados. A preocupação com a eficiência dos meios de preservação, na descontaminação das córneas, é de que agentes patogênicos sejam transferidos aos receptores de transplantes, causando infecções oculares após o transplante. Este artigo realizou um levantamento de referências teóricas, já publicadas e disponibilizados por plataformas digitais governamentais, assim como periódicos científicos buscados pelo portal de periódicos da Capes, e PubMed. O levantamento mostrou que estudos baseados em cultivo de microrganismos, trazem Staphylococcus cagulase negativa em 30 a 100% das amostras isoladas de conjuntivas. Em menor quantidade estão Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium. Bactérias Gram-negativas aparecem em número muito inferior, representadas pelos gêneros Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus e Acinetobacter. Já os resultados baseados em técnicas independentes de cultivo trazem Pseudomonas como a principal colonizadora da conjuntiva, contrariando os resultados obtidos por técnicas dependentes de cultivo. Também, apresentam uma diversidade muito maior de colonizadores, mostrando um potencial campo de estudos. O globo ocular pode ter uma diversidade muito maior de espécies e potencias agentes patogênicos, do que era esperado. Os principais meios de preservação utilizados no Brasil, levam os antimicrobianos gentamicina e estreptomicina em sua composição. A utilização desses antibióticos já se mostra controversa, a medida em que muitas espécies bacterianas isoladas dos meios de preservação e de infecções pós transplante, são resistentes a gentamicina e algumas, resistentes a gentamicina e estreptomicina. A necessidade de se rever os antimicrobianos utilizados nos meios de preservação, seja por sua eficiência ou pelo grupo alvo a ser atingido, já que estudos indicaram a presença de uma grande quantidade de bactérias Gram-negativas no bioma ocular, pode levar ao desenvolvimento de um protocolo unificado para utilização no Brasil.Corneal transplantation provides visual restoration at a low cost. Currently transplantation is the main treatment for corneal curvature issues and corneal transparency disorders. However, Brazil lacks a unified protocol on preservation, storage, and antibiotic treatment of corneal tissue. The main concern with the efficiency of preservation and decontamination of corneas is the possibility of postoperative eye infection due to pathogen transference. This article performed a survey of theoretical references that have been published and made available in governmental digital platforms, as well as scientific journals found in Capes and PubMed resources. This survey reveals that studies based on microorganism cultures presented coagulase-negative Staphylococcus in 30 to 100% of conjunctival isolated samples. Streptococcus, Corynebacterium, and Propionibacterium were found in smaller amounts. The number of gram-negative bacteria, such as Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus and Acinetobacter, was much lower in this kind of study. On the other hand, studies based on independent cultivation techniques showed Pseudomonas as the main conjunctival colonizer, contrary to the results obtained by cultivation-dependent techniques. These studies also show greater variety of colonizers, which could be a new field of study, as the human eye might have more species of bacteria and pathogens than anticipated. The main means of corneal preservation used in Brazil contain the antimicrobials gentamicin and streptomycin in their composition. The use of these antibiotics is controversial, as many bacterial species isolated from preservation means and postoperative infections are resistant to gentamicin and some resistant to both gentamicin and streptomycin. These studies presenting a large quantity of gram-negative bacteria in the ocular biome show that it is necessary to reassess the antimicrobials used in corneal preservation, which can lead to the development of a unified protocol to be used in Brazil

Influence of donor microbiota and of graft storage on corneal transplantation

Introdução: O transplante de córneas é o principal tratamento para pessoas que apresentam distúrbios de curvatura ou transparência da córnea. No Brasil, não há protocolo unifcado para meios de preservação, tempo de armazenamento e antibióticos utilizados. A preocupação é a de que patógenos possam ser transferidos aos receptores de transplantes. Objetivo: Realizar o levantamento da microbiota ocular de doadores de córneas a fm de verifcar uma possível correlação com infecções em receptores e, dessa forma, auxiliar na melhoria de metodologias e protocolos de armazenamento de córneas. Método: Foi conduzido a partir de revisão da literatura, nas bases de dados PubMed, SciELO e nos portais: periódicos da CAPES, Anvisa, Ministério da Saúde e ABTO, entre 2018 e 2020. Resultados: Estudos baseados em cultivo de microrganismos trazem Staphylococcus coagulase negativa (SCN) de 30% a 100% das amostras isoladas de conjuntivas. Em menor quantidade estão Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium. Bactérias Gramnegativas aparecem em número inferior, representadas pelos gêneros Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus e Acinetobacter. Já as técnicas independentes de cultivo trazem Pseudomonas como a principal colonizadora da conjuntiva. Também apresentam uma diversidade maior de colonizadores, mostrando um potencial campo de estudos, no qual a superfície ocular pode ter uma diversidade muito maior de espécies e potenciais agentes patogênicos. Os principais meios de preservação utilizados no Brasil levam os antimicrobianos gentamicina e estreptomicina em sua composição, porém estudos têm mostrado que as bactérias presentes nos meios de preservação são resistentes a esses antibióticos. Conclusões: Os dados apontam para a necessidade de reavaliação da efciência desses meios de preservação na descontaminação das córneas para transplante.Introduction: Corneal transplantation it is the main treatment for people who have corneal curvature or transparency disorders. In Brazil, there is no unified protocol on the means of preservation, storage time and antibiotics used. The concern is that pathogens are transferred to transplant recipients, causing eye infections after transplantation. Objective: Examine ocular microbiota of corneal donors, to verify a possible correlation with infections in recipients and thus assist in improving corneal storage methodologies and protocols. Method: Literature review conducted in PubMed, SciELO and the following websites: CAPES Journals, Anvisa, Brazilian Ministry of Health and ABTO, between 2018 and 2020. Results: Studies based on microorganism’s cultivation show coagulase negative Staphylococcus in 30% to 100% of samples isolated from conjunctiva. In lesser quantities are Streptococcus, Corynebacterium and Propionibacterium. Gram-negative bacteria appear in much lower numbers, represented by the genera Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus and Acinetobacter. On the other hand, results based on independent cultivation techniques bring Pseudomonas as the main colonizer of the conjunctiva. Also, they have a much greater diversity of colonizers, showing a potential field of study. The ocular surface may have a much greater diversity of species and potential pathogens than was expected. The main means of preservation used in Brazil contain the antimicrobials gentamicin and streptomycin in their composition; however, several studies have shown that bacteria present in the means of preservation are resistant to these antibiotics. Conclusions: These data point to the need for a reassessment of the efficiency of these means of preservation in decontaminating corneas for transplantation

A influência da microbiota de doadores e do armazenamento do enxerto no transplante de córnea

Introduction: Corneal transplantation it is the main treatment for people who have corneal curvature or transparency disorders. In Brazil, there is no unifed protocol on the means of preservation, storage time and    antibiotics used. The concern is that pathogens are transferred to  transplant recipients, causing eye infections after transplantation. Objective: Examine ocular microbiota of corneal donors, to verify a possible correlation with infections in recipients and thus assist in improving corneal storage methodologies and protocols. Method: Literature review conducted in PubMed, SciELO and the following websites: CAPES Journals, Anvisa, Brazilian Ministry of Health and ABTO, between 2018 and 2020. Results: Studies based on microorganism’s  cultivation show coagulase negative Staphylococcus in 30% to 100% of samples isolated from conjunctiva. In lesser quantities are Streptococcus, Corynebacterium and Propionibacterium. Gram-negative bacteria appear in much lower numbers, represented by the genera Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus and Acinetobacter. On the other hand, results based on independent cultivation techniques bring  Pseudomonas as the main colonizer of the conjunctiva. Also, they have a much greater diversity of colonizers, showing a potential feld of study. The ocular surface may have a much greater diversity of species and potential pathogens than was expected. The main means of preservation used in Brazil contain the antimicrobials gentamicin and streptomycin in their composition; however, several studies have shown that bacteria present in the means of preservation are resistant to these antibiotics. Conclusions: These data point to the need for a reassessment of the efciency of these means of preservation in decontaminating corneas for transplantation.Introdução: O transplante de córneas é o principal tratamento para pessoas que  apresentam distúrbios de curvatura ou transparência da córnea. No Brasil, não há protocolo unifcado para meios de preservação, tempo de armazenamento e antibióticos utilizados. A preocupação é a de que patógenos possam ser transferidos aos receptores de transplantes. Objetivo: Realizar o levantamento da microbiota ocular de doadores de córneas a fm de verifcar uma possível correlação com infecções em receptores e, dessa forma, auxiliar na melhoria de metodologias e protocolos de armazenamento de córneas. Método: Foi conduzido a partir de revisão da literatura, nas bases de dados PubMed, SciELO e nos portais: periódicos da CAPES, Anvisa, Ministério da Saúde e ABTO, entre 2018 e 2020. Resultados: Estudos baseados em cultivo de microrganismos trazem Staphylococcus coagulase negativa (SCN) de 30% a 100% das amostras isoladas de conjuntivas. Em menor quantidade estão Streptococcus, Corynebacterium e Propionibacterium. Bactérias Gramnegativas aparecem em número inferior, representadas pelos gêneros Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Enterobacter, Escherichia, Proteus e Acinetobacter. Já as técnicas independentes de cultivo trazem Pseudomonas como a principal colonizadora da conjuntiva. Também apresentam uma diversidade maior de colonizadores, mostrando um potencial campo de estudos, no qual a superfície ocular pode ter uma diversidade muito maior de espécies e potenciais agentes patogênicos. Os principais meios de preservação utilizados no Brasil levam os antimicrobianos gentamicina e estreptomicina em sua composição, porém estudos têm mostrado que as bactérias presentes nos meios de preservação são resistentes a esses antibióticos. Conclusões: Os dados apontam para a necessidade de reavaliação da efciência desses meios de preservação na descontaminação das córneas para transplante

Functional Genes of Microorganisms, Comprehending the Dynamics of Agricultural Ecosystems

ABSTRACT The microbial composition of different types,in ecosystems (including agro-ecosystems), has been investigated in a rapidly growing number of studies in the past few years. The importance of microorganisms, regarding the maintenance and stability of nutrients in agroecosystems, is a key to maintain the sustainability of a crop. Molecular tools to study microbial communities are possible through many methods such as RISA, DGGE, TGGE, clone libraries, T-RFLP, RAPD, SSCP and more recently NGS (Next-Generation Sequencing). DGGE is widely employed to characterize the diversity and the community dynamics of microorganisms in the environment, making possible to find out specific groups through functional genes, allowing access to data that cannot be obtained by cultural methods. The aim of this paper is to review the functional groups related to agroecosystems and to indicate the critical choice of DNA primers pairs and targeted DNA regions that may be used in PCR-based methods such as the DGGE technique in order to evaluate the microbial communities in a variety of environments