TeXTracT: a Web-based Tool for Building NLP-enabled Applications

Over the last few years, the software industry has showed an increasing interest for applications with Natural Language Processing (NLP) capabilities. Several cloud-based solutions have emerged with the purpose of simplifying and streamlining the integration of NLP techniques via Web services. These NLP techniques cover tasks such as language detection, entity recognition, sentiment analysis, classification, among others. However, the services provided are not always as extensible and configurable as a developer may want, preventing their use in industry-grade developments and limiting their adoption in specialized domains (e.g., for analyzing technical documentation). In this context, we have developed a tool called TeXTracT that is designed to be composable, extensible, configurable and accessible. In our tool, NLP techniques can be accessed independently and orchestrated in a pipeline via RESTful Web services. Moreover, the architecture supports the setup and deployment of NLP techniques on demand. The NLP infrastructure is built upon the UIMA framework, which defines communication protocols and uniform service interfaces for text analysis modules. TeXTracT has been evaluated in two case-studies to assess its pros and cons.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

TeXTracT: a Web-based Tool for Building NLP-enabled Applications

Over the last few years, the software industry has showed an increasing interest for applications with Natural Language Processing (NLP) capabilities. Several cloud-based solutions have emerged with the purpose of simplifying and streamlining the integration of NLP techniques via Web services. These NLP techniques cover tasks such as language detection, entity recognition, sentiment analysis, classification, among others. However, the services provided are not always as extensible and configurable as a developer may want, preventing their use in industry-grade developments and limiting their adoption in specialized domains (e.g., for analyzing technical documentation). In this context, we have developed a tool called TeXTracT that is designed to be composable, extensible, configurable and accessible. In our tool, NLP techniques can be accessed independently and orchestrated in a pipeline via RESTful Web services. Moreover, the architecture supports the setup and deployment of NLP techniques on demand. The NLP infrastructure is built upon the UIMA framework, which defines communication protocols and uniform service interfaces for text analysis modules. TeXTracT has been evaluated in two case-studies to assess its pros and cons.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Response of peanut (Arachis hypogaea L.) genotypes to smut (Thecaphora frezii) in the peanut growing region of Argentina

Genetic resistance is the most efficient tool in crop disease management. Peanut smut is currently one of most important peanut diseases, with its incidence increasing in terms of both damage level and crop area covered. The aim of this study was to assess the response of different genotypes obtained by the Facultad de Agronomía y Veterinaria of the Universidad Nacional de Río Cuarto (Argentina) to smut and their yield. During the 2016/17, 2017/18 and 2018/19 crop seasons, three experimental assays were conducted in General Deheza (Córdoba province, Argentina) to evaluate the varieties Uchaima, Utré and Mapu, the advanced lines LAx-1, LAx-2, LAx-3 and LAx-4, and the cultivar Granoleico, which was used as susceptible control. Final incidence and severity of peanut smut, as well as kernel yield, were evaluated. The variety Utré and the advanced line LAx-1 exhibited the best response to smut over the three crop seasons, without differences between them, but differing significantly from the remaining genotypes. Both genotypes showed incidence below 6.8% and severity below 0.21. In the 2016/17 crop season, LAx-1 had the highest kernel yield (3791.6 kg/ha). In the 2017/18 and 2018/19 crop seasons, Utré had the highest yield (1065 and 3975 kg/ha). Kernel yield of susceptible genotypes was below 2851.6 kg/ha in the 2016/17 and 2018/19 crop seasons, and below 805 kg/ha in the 2017/18 crop season. Genotypes LAx-1 and Utré are resistant to peanut smut. This is the first report of a peanut commercial variety developed in Argentina (Utré) with confirmed tolerance to smut.Centro de Investigaciones AgropecuariasFil: Kearney, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Zuza, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria, Córdoba; ArgentinaFil: Ibañez, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Peralta, V. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Peiretti, G. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Alcalde, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Mojica, C. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Centro de Investigaciones Agropecuarias (CIAP); ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; Argentin

An inoculation method for sugarcane rust in leave segments

The reaction of sugarcane to Puccinia melanocephala Syd. & P. Syd. populations is intensely influenced by environmental conditions, make it difficult to conduct field evaluations of genotypes. This work aimed to develop a method for rust inoculation in leaf segments. The segments were obtained from 30-day-old plants of the susceptible variety SP70-1143. These were inoculated (2 × 104 viable spores/mL) and kept in test tubes. The treatments consisted of different incubation conditions, considering the variables (i) use or not of wet chamber after the inoculation; (ii) immersion of 1/4 or 3/4 of the section in the liquid contained in the test tube and; (iii) addition or not of benzimidazole in the water of the tube. The best treatment consisted of immersion of 3/4 of the section in test tubes containing water, with no moist chamber after the inoculation. After incubation (21 °C ± 1°C, 12 h of photoperiod) the sections remained viable for 20 days and showed good rust development. The method showed similar results when compared to the inoculation of whole plants of 3 varieties, making it possible to discriminate efficiently their reactions to rust

TeXTracT: a Web-based Tool for Building NLP-enabled Applications

Over the last few years, the software industry has showed an increasing interest for applications with Natural Language Processing (NLP) capabilities. Several cloud-based solutions have emerged with the purpose of simplifying and streamlining the integration of NLP techniques via Web services. These NLP techniques cover tasks such as language detection, entity recognition, sentiment analysis, classification, among others. However, the services provided are not always as extensible and configurable as a developer may want, preventing their use in industry-grade developments and limiting their adoption in specialized domains (e.g., for analyzing technical documentation). In this context, we have developed a tool called TeXTracT that is designed to be composable, extensible, configurable and accessible. In our tool, NLP techniques can be accessed independently and orchestrated in a pipeline via RESTful Web services. Moreover, the architecture supports the setup and deployment of NLP techniques on demand. The NLP infrastructure is built upon the UIMA framework, which defines communication protocols and uniform service interfaces for text analysis modules. TeXTracT has been evaluated in two case-studies to assess its pros and cons.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Suelos de la región manisera y variables biometeorológicas : relación con la incidencia de Thecaphora frezii en el cultivo de maní

El carbón del maní es una de las enfermedades más importantes que presenta el cultivo en la provincia de Córdoba. Al ser una enfermedad poliética, los registros de incidencia son crecientes año tras año; agravando la situación. Su prevalencia es del 100% en la región productora de Córdoba desde el año 2012 (Rago et al., 2017). Los crecientes valores de incidencia son debidos a la falta de implementación de medidas de manejo contundentes que eviten la dispersión de las esporas de resistencia, donde la maquinaria, semilla y viento participan como principales factores de dispersión del patógeno (Rago et al., 2017). Para un abordaje epidemiológico completo del patosistema, es necesario conocer la biología de Thecaphora frezii, el ambiente predisponente para el desarrollo de la enfermedad y las condiciones que favorecen la susceptibilidad del cultivo. Esta información nos brinda un enfoque holístico del patosistema, logrando un correcto manejo sanitario del cultivo: poder anticipar determinados eventos que desencadenen o faciliten el desarrollo de la enfermedad. En este sentido, el momento del clavado es el estado fenológico crítico, donde las esporas del patógeno son estimuladas a germinar por exudados generados por el ginóforo, provocando así la infección del mismo. Estudiar las características del suelo en las zonas de producción y el comportamiento de las variables biometeorológicas durante la etapa de clavado del maní es uno de los eslabones faltantes para comprender como el ambiente puede tornarse predisponente para dar inicio a la enfermedad en el cultivo. El objetivo del presente trabajo se centra en el estudio de las variables biometeorológicas y edáficas y su relación con la incidencia del carbón del maní en las principales zonas productoras de la provincia de CórdobaInstituto de Patología VegetalFil: Asinari, Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); ArgentinaFil: Córdoba, M. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; ArgentinaFil: Giannini, F. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; ArgentinaFil: Monguillot, Joaquin Humberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Paredes, Juan Andrés. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFYMA); Argentina.Fil: Rago, Alejandro Mario. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Centro de Investigaciones Agropecuarias. Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Instituto de Investigación en Micología y Micotoxicología; Argentin

First draft genome of \u3ci\u3eThecaphora frezii\u3c/i\u3e, causal agent of peanut smut disease

Objectives: The fungal pathogen Thecaphora frezii Carranza & Lindquist causes peanut smut, a severe disease currently endemic in Argentina. To study the ecology of T. frezii and to understand the mechanisms of smut resistance in peanut plants, it is crucial to know the genetics of this pathogen. The objective of this work was to isolate the pathogen and generate the first draft genome of T. frezii that will be the basis for analyzing its potential genetic diversity and its interaction with peanut cultivars. Our research group is working to identify peanut germplasm with smut resistance and to understand the genetics of the pathogen. Knowing the genome of T. frezii will help analyze potential variants of this pathogen and contribute to develop enhanced peanut germplasm with broader and long-lasting resistance. Data description: Thecaphora frezii isolate IPAVE 0401 (here referred as T.f.B7) was obtained from a single hyphal-tip culture, its DNA was sequenced using Pacific Biosciences Sequel II (PacBio) and Illumina NovaSeq6000 (Nova). Data from both sequencing platforms were combined and the de novo assembling estimated a 29.3 Mb genome size. Completeness of the genome examined using Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) showed the assembly had 84.6% of the 758 genes in fungi_odb10

Bacterias biocontroladoras aplicadas al cultivo de maní para el control de Thecaphora frezii

El carbón del maní (Thecaphora frezii), es una enfermedad endémica en la principal región manisera de Argentina, e incluso con características epidémicas en algunas áreas de producción. El biocontrol surge como una alternativa para el manejo de la enfermedad, puesto que el uso de hongos y bacterias como mitigantes del complejo de patógenos que afectan a los cultivos, viene cobrando importancia en un mundo productivo cuidadoso del medioambiente. En este sentido se planteó como objetivo evaluar el efecto de la aplicación de bacterias biocontroladoras sobre la intensidad final de carbón del maníCentro de Investigaciones AgropecuariasFil: Zuza, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento Biología Agrícola; ArgentinaFil: Mondino, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento Biología Agrícola; ArgentinaFil: Kearney, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento Biología Agrícola; ArgentinaFil: Fabra, A. Universidad Nacional de Río Cuarto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; ArgentinaFil: Peralta, V. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento Biología Agrícola; ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Centro de Investigaciones Agropecuarias; Argentina. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria; ArgentinaFil: Alcalde, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento Biología Agrícola; ArgentinaFil: Tonelli, M.L. Universidad Nacional de Río Cuarto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; ArgentinaFil: Figueredo, M.S. Universidad Nacional de Río Cuarto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; Argentin

First molecular characterization of Nothopassalora personata in Argentina

PosterArgentina é um dos maiores exportadores de amendoim do mundo. A pinta preta causada por Nothopassalora personata, é a doença foliar mais importante do mundo e responsável por perdas importantes na produção do amendoim. Os sintomas são geralmente observados nos folíolos e, em casos graves, nos pecíolos, caule e esporãos. As manchas são pequenas, circulares e de coloração marrom a preta. A doença pode produzir uma desfolhação intensa, responsável pelas principais perdas de rendimento. Taxonomicamente o patógeno está classificado como um Ascomycetes, classe Dothideomycetes, ordem Capnodiales, família Mycosphaerellaceae. O objetivo de esse estudo foi a caracterização molecular de três isolados de N. personta obtidos da região de produção de amendoim de Córdoba, Argentina.Instituto de Patología VegetalFil: Monguillot, Joaquín Humberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Monguillot, Joaquín Humberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Bernardi Lima, Nelson. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Bernardi Lima, Nelson. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Paredes, Juan Andrés. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Paredes, Juan Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Centro de Investigaciones Agropecuarias; ArgentinaFil: Carmona, M. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía. Cátedra de Fitopatología; ArgentinaFil: Conforto, Erica Cinthia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Conforto, Erica Cinthia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentin

Efecto de bacterias biocontroladoras sobre Thecaphora frezii bajo dos situaciones con diferente potencial inoculo

Resumen extendidoEn los últimos años diversas empresas e instituciones trabajan en el desarrollo de técnicas de control y manejo de enfermedades utilizando agentes biológicos que sean eficaces y de bajo impacto ambiental. En el caso del carbón del maní (Thecaphora frezii) se han probado diferentes métodos de control y uno de ellos es el biocontrol que podría representar una alternativa para el manejo de la enfermedad, debido a que el uso de hongos y bacterias como mitigantes del complejo de patógenos que afectan a los cultivos, viene cobrando importancia en el sistema manisero de la provincia de Córdoba. En este trabajo se planteó como objetivo evaluar el efecto de la aplicación de bacterias biocontroladoras sobre la intensidad final de carbón del maní en dos situaciones con diferencias importantes en el potencial inóculo de cada suelo.Centro de Investigaciones AgropecuariasFil: Kearney, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento de Biología Agrícola; ArgentinaFil: Zuza, M. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento de Biología Agrícola; ArgentinaFil: Peralta, V. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento de Biología Agrícola; ArgentinaFil: Figueredo, M.S. Universidad Nacional de Río Cuarto. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; ArgentinaFil: Pérez, A. Fundación Maní Argentina; ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Centro de Investigaciones Agropecuarias (CIAP); ArgentinaFil: Rago, Alejandro Mario. Universidad Nacional de Río Cuarto. Facultad de Agronomía y Veterinaria. Departamento de Biología Agrícola; ArgentinaFil: Tonelli, L. Universidad Nacional de Río Cuarto. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; ArgentinaFil: Fabra, A. Universidad Nacional de Río Cuarto. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones Agrobiotecnológicas; Argentin