Mapeamento de QTL para resistência a carrapatos no cromossomo 23 de bovinos (BTA23).

Uma população experimental F2 de bovinos, originada do cruzamento das raças Gir x Holandês, foi genotipada para o cromossomo 23 (BTA23) utilizando cinco marcadores microssatélites distribuídos ao longo dos cromossomos, com um espaçamento médio de 25 cM entre eles. Os marcadores utilizados foram BM1258, BM1818, BM1905, BB705 e CSSM24, com os quais foi construído um mapa de ligação para o BTA23. Dessa população F2, 263 animais foram submetidos a infestação artificial pelo carrapato Boophilus microplus. Vinte e um dias após a infestação, foi contado o número de carrapatos (larvas engurgitadas) presentes em cada animal. Dois modelos estatísticos foram desenvolvidos com o auxílio do programa SAS para análise da variância e para fins de mapeamento de QTL, o primeiro modelo incluía como efeitos fixos a avaliação dos animais quanto à cor da pelagem (100% branca, mais de 75%, entre 50 a 75% e entre 25 a 50%), tipo de pêlo (curto liso, curto lanado, longo liso e longo lanado) e sexo e como covariáveis idade à infestação e estação (águas e seca); no outro modelo a covariável estação foi eliminada. As medidas da contagem de carrapatos foram submetidas a várias transformações, entre elas a raiz quadrada e logaritmo, sendo que o logaritmo da contagem de carrapatos foi a mais adequada no sentido de remover a heterogeneidade das variâncias e promover normalidade. O mapeamento de QTL foi realizado pelo programa QTL Express (Seaton et al., 2002), considerando ou não as interações entre QTL e sexo, e entre QTL e estação. Foi encontrado, no cromossomo 23, um indício de QTL no modelo aditivo (p < 0,08) com interação com tipo de pelagem na posição de 24 cM, porém de pequeno efeito no aumento do numero de carrapatos (explicando 3,29% da variância fenotipica) e de origem na raça Holandês. Outro QTL sugestivo foi encontrado no modelo aditivo (p < 0,05) com interação com sexo na posição 89 cM, também de pequeno efeito (explicando 3,18% da variância fenotipica) com a mesma origem do anterior. Ambos QTL foram encontrados utilizando-se o modelo contendo a covariável estação. Isso mostra que o tipo de pelagem e o sexo do animal possuem influência em sua carga parasitária. Observou-se também uma melhora no poder do teste para detecção de QTL quando a covariável estação é retirada da análise no caso da interação do QTL com sexo, o mesmo não ocorre na interação com tipo de pelagem. Estes resultados preliminares justificam a realização de pesquisas adicionais no sentido de identificar os fatores relacionados a resistência genética de bovinos ao carrapato

Zero-inflated Poisson regression models for QTL mapping applied to tick-resistance in a Gyr × Holstein F2 population

Now a days, an important and interesting alternative in the control of tick-infestation in cattle is to select resistant animals, and identify the respective quantitative trait loci (QTLs) and DNA markers, for posterior use in breeding programs. The number of ticks/animal is characterized as a discrete-counting trait, which could potentially follow Poisson distribution. However, in the case of an excess of zeros, due to the occurrence of several noninfected animals, zero-inflated Poisson and generalized zero-inflated distribution (GZIP) may provide a better description of the data. Thus, the objective here was to compare through simulation, Poisson and ZIP models (simple and generalized) with classical approaches, for QTL mapping with counting phenotypes under different scenarios, and to apply these approaches to a QTL study of tick resistance in an F2 cattle (Gyr × Holstein) population. It was concluded that, when working with zero-inflated data, it is recommendable to use the generalized and simple ZIP model for analysis. On the other hand, when working with data with zeros, but not zero-inflated, the Poisson model or a data-transformation-approach, such as square-root or Box-Cox transformation, are applicable

Short-term dynamics of microplankton abundance and diversity in NW Mediterranean Sea during late summer conditions (DYNAPROC 2 cruise; 2004)

International audienceChanges in marine phytoplankton communities at short-time scales have rarely been examined. As a part of the DYNAPROC 2 cruise (14 September-17 October 2004), conducted in the NW Mediterranean Sea, we daily sampled and determined taxonomic composition and abundance of the microphytoplankton and the dominant microzooplanktonic groups from both net and bottle sampling, during 4 cycles of 5 days. Hydrological conditions were characterised by the dominance of a stratified water column and nutrient-depleted conditions. However the stratification index revealed a destabilization of the water column from the beginning of the second cycle, related to a wind stress event accompanied with coastal water intrusion. This conducted to an increase of taxonomic richness and a general decrease of evenness, depicting the dominance of species with the best fitness. We also emphasised on the great interest of taxonomic studies, as able to provide valuable information on biogeochemical-important groups of species, potential water masses indicators and trophic aspects of the community that are ignored or largely underestimated with other kind of phytoplankton studies, such as pigment analysis

Short-term dynamics of microplankton abundance and diversity in NW Mediterranean Sea during late summer conditions (DYNAPROC 2 cruise; 2004)

Changes in marine phytoplankton communities over short-time scales have rarely been examined. We sampled nearly daily, and determined taxonomic composition and abundance of the main microplanktonic groups from both net and bottle sampling during the DYNAPROC 2 cruise (September–October 2004), in the NW Mediterranean Sea. Hydrological conditions were characterised by the existence of a highly-stratified water column and nutrient-depleted conditions. In this almost steady state situation, we found a decrease in regularity, which we attribute to competitive exclusion, leading to the dominance of species with the best fitness. While overall diversity appeared to be quite invariant, important variations occured among specific taxonomic groups. For example, within the genus Ceratium, the dominance index tended to increase throughout the study from 44% to a maximum of 73% at the end of the cruise. We also discuss the value of taxonomic studies, especially in the context of global change, as able to provide valuable information on biogeochemically-important groups of species, as well as those indicative of water masses or warming, and trophic aspects of the community that are ignored or largely underestimated with other kind of phytoplankton studies, such as pigment analysis