Positively Correlated miRNA-miRNA Regulatory Networks in Mouse Frontal Cortex During Early Stages of Alcohol Dependence

Although the study of gene regulation via the action of specific microRNAs (miRNAs) has experienced a boom in recent years, the analysis of genome-wide interaction networks among miRNAs and respective targeted mRNAs has lagged behind. MicroRNAs simultaneously target many transcripts and fine-tune the expression of genes through cooperative/combinatorial targeting. Therefore, they have a large regulatory potential that could widely impact development and progression of diseases, as well as contribute unpredicted collateral effects due to their natural, pathophysiological, or treatment-induced modulation. We support the viewpoint that whole mirnome-transcriptome interaction analysis is required to better understand the mechanisms and potential consequences of miRNA regulation and/or deregulation in relevant biological models. In this study, we tested the hypotheses that ethanol consumption induces changes in miRNA-mRNA interaction networks in the mouse frontal cortex and that some of the changes observed in the mouse are equivalent to changes in similar brain regions from human alcoholics. Results: miRNA-mRNA interaction networks responding to ethanol insult were identified by differential expression analysis and weighted gene coexpression network analysis (WGCNA). Important pathways (coexpressed modular networks detected by WGCNA) and hub genes central to the neuronal response to ethanol are highlighted, as well as key miRNAs that regulate these processes and therefore represent potential therapeutic targets for treating alcohol addiction. Importantly, we discovered a conserved signature of changing miRNAs between ethanol-treated mice and human alcoholics, which provides a valuable tool for future biomarker/diagnostic studies in humans. We report positively correlated miRNA-mRNA expression networks that suggest an adaptive, targeted miRNA response due to binge ethanol drinking. Conclusions: This study provides new evidence for the role of miRNA regulation in brain homeostasis and sheds new light on current understanding of the development of alcohol dependence. To our knowledge this is the first report that activated expression of miRNAs correlates with activated expression of mRNAs rather than with mRNA downregulation in an in vivo model. We speculate that early activation of miRNAs designed to limit the effects of alcohol-induced genes may be an essential adaptive response during disease progression.NIAAA 5R01AA012404, 5P20AA017838, 5U01AA013520, P01AA020683, 5T32AA007471-24/25Waggoner Center for Alcohol and Addiction Researc

Intérêts des semences commerciales améliorées de palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.)

Breeders market oil palm seeds that are intended to provide users with high-yielding, quality planting material. They alone can spare growers some cruel disappointments. Given particular biological and genetic characteristics, they are able to overcome problems associated with the heredity of shelf thickness and with inbreeding depression, and to take advantage of heterosis in their varietal creation and propose seeds tolerant of diseases, etc. Compared to "unselected" seeds, marketed seeds produce 2 1/2 times more, simply by taking into account the heredity of shell thickness and inbreeding depression. Moreover, breeders have regularly increased the productivity of their materials. Under conditions in Côte d'lvoire, yields have increased from 2 to 3.6 tons of oil per hectare per year in the lost 40 years. Breeders are also attempting to find solutions to diseases (vascular wilt, Ganoderma) which destroy up to 50% of plantings. For instance, in the case of vascular wilt in Africa, the impact of the disease has been considerably reduced (to 1%). Lastly, reducing vertical growth facilitates harvesting or the decision to replant. Only seeds marketed by breeders can secure the initial investment involved in setting up or renewing an oil palm plantation. (Résumé d'auteur

Disponibilité de pollen performant pour la production de semences améliorées de palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.)

Les semences de palmier à huile sont des hybrides dont le fruit à coque mince est obtenu en croisant des arbres à coque épaisse avec des arbres sans coque. Ces derniers, femelle stérile, sont improductifs et utilisés comme parents mâles. Or la sexualisation mâle est induite, entre autres, par un stress lié à la production. L'obtention de pollen en quantité suffisante est donc un problème majeur, qui limite la diffusion des meilleures variétés. Une méthode d'élagage très sévère des palmiers sans coque, pisifera, a permis une meilleure compréhension de la sexualisation des inflorescences. Avec une production de pollen multipliée par quatre, le matériel vulgarisé est plus productif et plus résistant à la fusariose. (Résumé d'auteur

Faster Family-wise Error Control for Neuroimaging with a Parametric Bootstrap

In neuroimaging, hundreds to hundreds of thousands of tests are performed across a set of brain regions or all locations in an image. Recent studies have shown that the most common family-wise error (FWE) controlling procedures in imaging, which rely on classical mathematical inequalities or Gaussian random field theory, yield FWE rates that are far from the nominal level. Depending on the approach used, the FWER can be exceedingly small or grossly inflated. Given the widespread use of neuroimaging as a tool for understanding neurological and psychiatric disorders, it is imperative that reliable multiple testing procedures are available. To our knowledge, only permutation joint testing procedures have been shown to reliably control the FWER at the nominal level. However, these procedures are computationally intensive due to the increasingly available large sample sizes and dimensionality of the images, and analyses can take days to complete. Here, we develop a parametric bootstrap joint testing procedure. The parametric bootstrap procedure works directly with the test statistics, which leads to much faster estimation of adjusted \emph{p}-values than resampling-based procedures while reliably controlling the FWER in sample sizes available in many neuroimaging studies. We demonstrate that the procedure controls the FWER in finite samples using simulations, and present region- and voxel-wise analyses to test for sex differences in developmental trajectories of cerebral blood flow

Disponibilité de pollen performant pour la production de semences améliorées de palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.)

Les semences de palmier à huile sont des hybrides dont le fruit à coque mince est obtenu en croisant des arbres à coque épaisse avec des arbres sans coque. Ces derniers, femelle stérile, sont improductifs et utilisés comme parents mâles. Or la sexualisation mâle est induite, entre autres, par un stress lié à la production. L'obtention de pollen en quantité suffisante est donc un problème majeur, qui limite la diffusion des meilleures variétés. Une méthode d'élagage très sévère des palmiers sans coque, pisifera, a permis une meilleure compréhension de la sexualisation des inflorescences. Avec une production de pollen multipliée par quatre, le matériel vulgarisé est plus productif et plus résistant à la fusariose. (Résumé d'auteur

Mise en place d’une base de données pour une modélisation hydrologique distribuée du bassin versant du Bandama (Côte d’Ivoire) : apport d’un modèle numérique d’altitude, de la télédétection et du SIG Physitel

Le fleuve Bandama, l’un des plus importants fleuves de la Côte d’Ivoire (Afrique de l’Ouest) est le seul dont le bassin versant est entièrement situé sur le territoire ivoirien. Il prend sa source dans le Nord du pays etcoule globalement dans une direction Nord-Sud. Son bassin versant est à cheval sur les deux principales formations végétales caractéristiques des régions tropicales : la savane (Nord) et la forêt (Sud). Le déplacement du front forêt-savane, causé par les coupes anarchiques de bois, les extensions de plantations industrielles ont eu des impacts sur le régime des écoulements (de surface et souterrains) des eaux dans cet hydrosystème. De plus, les aménagements hydrauliques (construction des barrages hydro-électriques de Kossou et Taabo) et hydro-agricoles (construction d’environ 250 barrages pour l’irrigation) ont encore desimpacts très importants sur le fonctionnement et les caractéristiques hydrogéologiques du bassin. Pour mieux comprendre le fonctionnement de cet hydrosystème et dans le contexte d’une gestion durable desressources en eau, la modélisation hydrologique du bassin versant du Bandama s’avère nécessaire. L’objectif de cette étude est de fournir les paramètres physiques du bassin versant du Bandama à partir dumodèle numérique d’Altitude (MNA) et de la télédétection, utilisables à des fins de modélisation hydrologique distribuée. La démarche adoptée comporte deux (2) étapes. La première étape consiste en la cartographie des descripteurs physiques du bassin qui influencent les processus hydrologiques tels que la topographie, le réseau hydrographique, la couverture végétale et le type de sol. A partir du module PHYSITEL et d’un Modèle Numérique d’Altitude (MNA), les cartes des pentes et des orientations des facettes sont dérivées et ensuite couplées au réseau hydrographique pour la caractérisation de la structure interne d’écoulement du bassin et la détermination d’Unités Hydrologiques Relativement Homogènes (UHRH : petits sous bassins versants utilisés comme unités de simulations des processus hydrologiques). La classification supervisée des images satellitaires MODIS permet de produire des cartes d’occupation du sol. La carte des types de sols est extraite de la carte pédologique de la Côte d’Ivoire. La seconde étape consiste au croisement des cartes thématiques établies. La combinaison de ces cartes thématiques permet de déterminer le type de sol dominant et les occupations du sol par UHRH.Mots-clés : hydrosystème, modélisation hydrologique, MNA, télédétection, PHYSITEL, UHRH

QTL detection by multi-parent linkage mapping in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.)

A quantitative trait locus (QTL) analysis designed for a multi-parent population was carried out and tested in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.), which is a diploid cross-fertilising perennial species. A new extension of the MCQTL package was especially designed for crosses between heterozygous parents. The algorithm, which is now available for any allogamous species, was used to perform and compare two types of QTL search for small size families, within-family analysis and across-family analysis, using data from a 2 × 2 complete factorial mating experiment involving four parents from three selected gene pools. A consensus genetic map of the factorial design was produced using 251 microsatellite loci, the locus of the Sh major gene controlling fruit shell presence, and an AFLP marker of that gene. A set of 76 QTLs involved in 24 quantitative phenotypic traits was identified. A comparison of the QTL detection results showed that the across-family analysis proved to be efficient due to the interconnected families, but the family size issue is just partially solved. The identification of QTL markers for small progeny numbers and for marker-assisted selection strategies is discussed