OASIS: a data and software distribution service for Open Science Grid

The Open Science Grid encourages the concept of software portability: a user's scientific application should be able to run at as many sites as possible. It is necessary to provide a mechanism for OSG Virtual Organizations to install software at sites. Since its initial release, the OSG Compute Element has provided an application software installation directory to Virtual Organizations, where they can create their own sub-directory, install software into that sub-directory, and have the directory shared on the worker nodes at that site. The current model has shortcomings with regard to permissions, policies, versioning, and the lack of a unified, collective procedure or toolset for deploying software across all sites. Therefore, a new mechanism for data and software distribution is desirable. The architecture for the OSG Application Software Installation Service (OASIS) is a server-client model: the software and data are installed only once in a single place, and are automatically distributed to all client sites simultaneously. Central file distribution offers other advantages, including server-side authentication and authorization, activity records, quota management, data validation and inspection, and well-defined versioning and deletion policies. The architecture, as well as a complete analysis of the current implementation, are described in this paper.This material is based on work supported by the National Science Foundation under NSF grants 647F231 and 1148698

Point-of-Use Water Treatment and Use among Mothers in Malawi

A national household survey was conducted in Malawi to determine awareness and use of a socially marketed water treatment product. In all, 64% of mothers were aware of the product, and 7% were using it. Both poor and rural mothers had lower awareness and use rates. Targeting promotion to rural populations could enhance program effectiveness

Cólera epidémico en el nuevo mundo: traduciendo la epidemiología de campo en nuevas estrategias de prevención

El cólera, una devastadora enfermedad diarreica, se ha difundido a través del mundo en pandemias recurrentes desde 1817. La séptima y la pandemia en proceso comenzaron en 1961 cuando el biotipo El Tor de Vibrio cholerae O1 surgió en Indonesia. Esta pandemia se diseminó a través de Asia y Africa y finalmente alcanzó América Latina al inicio de 1991 (1). Después de epidemias explosivas en la costa del Perú, se esparció rápidamente y continúa a lo largo de América Latina. A causa de la sub información, los más de 1.000.000 de casos de cólera y 10.000 muertes informadas en América Latina desde 1994 representan solamente una fracción pequeña del número real de infecciones. La caracterización molecular de V. cholerae O1 de cepas desde el Perú han mostrado que no se comparan con cepas de ninguna otra parte en el mundo; por lo tanto, la fuente de las cepas epidémicas Peruanas permanece desconocida. Además, otras cepas han aparecido en América Latina. Por lo menos una de estas, resistente a múltiple drogas antimicrobianas, fueron primero identificadas en México y en otras partes del mundo a mediados de 1991 y ha sido diseminada ampliamente a lo largo de Centroamérica. La introducción de cepas en áreas nuevas ilustra el traslado global rápido de patógenos. V. cholerae O139 Bengal, que surgió como una causa nueva de cólera epidémico en Asia en 1992, podría aparecer también en América Latina. Tales introducciones no son fáciles prevenir, porque ellas pueden seguir la llegada de viajeros que no son conscientes de su infección o de buques que llevan agua contaminada de lastre. La llave para controlar el cólera epidémico consiste en limitar su diseminación tomando las medidas que prevengan su transmisión continua. Una medida podría ser el uso de una vacuna efectiva y barata para brindar protección duradera; sin embargo, tal vacuna aún no existe, aunque se está progresando en el desarrollo de ella. Otra medida es interrumpir la transmisión de modo que el organismo causante nunca alcance al hospedador humano. Este enfoque a la prevención exitosamente controló muchas enfermedades epidémicas en el mundo industrializado, incluyendo el cólera, la fiebre tifoide, plaga, y malaria, antes que las vacunas o los antibióticos fueran desarrollados. Sobre el último siglo, una gran infraestructura de ingeniería, construida en naciones industrializadas, ha brindado el tratamiento seguro de efluentes y agua para casi toda la gente en estas naciones y ha hecho la transmisión de cólera en esos países sumamente improbables. A pesar de casos esporádicos a lo largo de la Costa de Golfo de EE.UU. y una repetida introducción de los organismos por viajeros, el cólera epidémico no ha ocurrido en los Estados Unidos desde el siglo diecinueve.Facultad de Ciencias Veterinaria

Cólera epidémico en el nuevo mundo: traduciendo la epidemiología de campo en nuevas estrategias de prevención

El cólera, una devastadora enfermedad diarreica, se ha difundido a través del mundo en pandemias recurrentes desde 1817. La séptima y la pandemia en proceso comenzaron en 1961 cuando el biotipo El Tor de Vibrio cholerae O1 surgió en Indonesia. Esta pandemia se diseminó a través de Asia y Africa y finalmente alcanzó América Latina al inicio de 1991 (1). Después de epidemias explosivas en la costa del Perú, se esparció rápidamente y continúa a lo largo de América Latina. A causa de la sub información, los más de 1.000.000 de casos de cólera y 10.000 muertes informadas en América Latina desde 1994 representan solamente una fracción pequeña del número real de infecciones. La caracterización molecular de V. cholerae O1 de cepas desde el Perú han mostrado que no se comparan con cepas de ninguna otra parte en el mundo; por lo tanto, la fuente de las cepas epidémicas Peruanas permanece desconocida. Además, otras cepas han aparecido en América Latina. Por lo menos una de estas, resistente a múltiple drogas antimicrobianas, fueron primero identificadas en México y en otras partes del mundo a mediados de 1991 y ha sido diseminada ampliamente a lo largo de Centroamérica. La introducción de cepas en áreas nuevas ilustra el traslado global rápido de patógenos. V. cholerae O139 Bengal, que surgió como una causa nueva de cólera epidémico en Asia en 1992, podría aparecer también en América Latina. Tales introducciones no son fáciles prevenir, porque ellas pueden seguir la llegada de viajeros que no son conscientes de su infección o de buques que llevan agua contaminada de lastre. La llave para controlar el cólera epidémico consiste en limitar su diseminación tomando las medidas que prevengan su transmisión continua. Una medida podría ser el uso de una vacuna efectiva y barata para brindar protección duradera; sin embargo, tal vacuna aún no existe, aunque se está progresando en el desarrollo de ella. Otra medida es interrumpir la transmisión de modo que el organismo causante nunca alcance al hospedador humano. Este enfoque a la prevención exitosamente controló muchas enfermedades epidémicas en el mundo industrializado, incluyendo el cólera, la fiebre tifoide, plaga, y malaria, antes que las vacunas o los antibióticos fueran desarrollados. Sobre el último siglo, una gran infraestructura de ingeniería, construida en naciones industrializadas, ha brindado el tratamiento seguro de efluentes y agua para casi toda la gente en estas naciones y ha hecho la transmisión de cólera en esos países sumamente improbables. A pesar de casos esporádicos a lo largo de la Costa de Golfo de EE.UU. y una repetida introducción de los organismos por viajeros, el cólera epidémico no ha ocurrido en los Estados Unidos desde el siglo diecinueve.Facultad de Ciencias Veterinaria

Cólera epidémico en el nuevo mundo: traduciendo la epidemiología de campo en nuevas estrategias de prevención

El cólera, una devastadora enfermedad diarreica, se ha difundido a través del mundo en pandemias recurrentes desde 1817. La séptima y la pandemia en proceso comenzaron en 1961 cuando el biotipo El Tor de Vibrio cholerae O1 surgió en Indonesia. Esta pandemia se diseminó a través de Asia y Africa y finalmente alcanzó América Latina al inicio de 1991 (1). Después de epidemias explosivas en la costa del Perú, se esparció rápidamente y continúa a lo largo de América Latina. A causa de la sub información, los más de 1.000.000 de casos de cólera y 10.000 muertes informadas en América Latina desde 1994 representan solamente una fracción pequeña del número real de infecciones. La caracterización molecular de V. cholerae O1 de cepas desde el Perú han mostrado que no se comparan con cepas de ninguna otra parte en el mundo; por lo tanto, la fuente de las cepas epidémicas Peruanas permanece desconocida. Además, otras cepas han aparecido en América Latina. Por lo menos una de estas, resistente a múltiple drogas antimicrobianas, fueron primero identificadas en México y en otras partes del mundo a mediados de 1991 y ha sido diseminada ampliamente a lo largo de Centroamérica. La introducción de cepas en áreas nuevas ilustra el traslado global rápido de patógenos. V. cholerae O139 Bengal, que surgió como una causa nueva de cólera epidémico en Asia en 1992, podría aparecer también en América Latina. Tales introducciones no son fáciles prevenir, porque ellas pueden seguir la llegada de viajeros que no son conscientes de su infección o de buques que llevan agua contaminada de lastre. La llave para controlar el cólera epidémico consiste en limitar su diseminación tomando las medidas que prevengan su transmisión continua. Una medida podría ser el uso de una vacuna efectiva y barata para brindar protección duradera; sin embargo, tal vacuna aún no existe, aunque se está progresando en el desarrollo de ella. Otra medida es interrumpir la transmisión de modo que el organismo causante nunca alcance al hospedador humano. Este enfoque a la prevención exitosamente controló muchas enfermedades epidémicas en el mundo industrializado, incluyendo el cólera, la fiebre tifoide, plaga, y malaria, antes que las vacunas o los antibióticos fueran desarrollados. Sobre el último siglo, una gran infraestructura de ingeniería, construida en naciones industrializadas, ha brindado el tratamiento seguro de efluentes y agua para casi toda la gente en estas naciones y ha hecho la transmisión de cólera en esos países sumamente improbables. A pesar de casos esporádicos a lo largo de la Costa de Golfo de EE.UU. y una repetida introducción de los organismos por viajeros, el cólera epidémico no ha ocurrido en los Estados Unidos desde el siglo diecinueve.Facultad de Ciencias Veterinaria

A new strategy for waterborne disease prevention

In many parts of the developing world, drinking water is collected from unsafe sources and is further contaminated during storage in household vessels. We have developed a simple, inexpensive system for point-of-use disinfection and storage of water which has 3 elements: for disinfection, a sodium hypochlorite solution produced from water and salt using appropriate technology; for safe storage, a 20-litre plastic vessel with a narrow mouth, lid, and spigot (referred to hereafter as the special vessel); and community education to ensure proper use of this system and to teach populations about the association between contaminated water and disease (Mintz, 1995). A field test of this system in El Alto, Bolivia, demonstrated a high level of acceptance among impoverished Aymara Indian families (Quick, 1996). Stored water in households that used the system had lower levels of contamination with E. coli than water in households that used their traditional storage systems. A second field test among vendors in the markets of Guatemala City, Guatemala, showed that there were lower levels of contamination with fecal coliform bacteria in samples of stored water and beverages from vendors using this system than from vendors not using this system (Sobel, 1997). Two field trials have been conducted in the past 3 years to test the effectiveness of this system in preventing diarrhea and its sustainability on a large scale

A Partial C4 Photosynthetic Biochemical Pathway in Rice.

Introduction of a C4 photosynthetic pathway into C3 rice (Oryza sativa) requires installation of a biochemical pump that concentrates CO2 at the site of carboxylation in modified bundle sheath cells. To investigate the feasibility of this, we generated a quadruple line that simultaneously accumulates four of the core C4 photosynthetic enzymes from the NADP-malic enzyme subtype, phosphoenolpyruvate carboxylase (ZmPEPC), NADP-malate dehydrogenase (ZmNADP-MDH), NADP-malic enzyme (ZmNADP-ME), and pyruvate phosphate dikinase (ZmPPDK). This led to enhanced enzyme activity and mild phenotypic perturbations but was largely neutral in its effects on photosynthetic rate. Measurements of the flux of 13CO2 through photosynthetic metabolism revealed a significant increase in the incorporation of 13C into malate, consistent with increased fixation of 13CO2 via PEP carboxylase in lines expressing the maize PEPC enzyme. However, there was no significant differences in labeling of 3-phosphoglycerate (3PGA) indicating that there was no carbon flux through NADP-ME into the Calvin-Benson cycle. There was also no significant difference in labeling of phosphoenolpyruvate (PEP) indicating that there was no carbon flux through PPDK. Crossing the quadruple line with a line with reduced glycine decarboxylase H-protein (OsGDCH) abundance led to a photosynthetic phenotype characteristic of the reduced OsGDCH line and higher labeling of malate, aspartate and citrate than in the quintuple line. There was evidence of 13C labeling of aspartate indicating 13CO2 fixation into oxaloacetate by PEPC and conversion to aspartate by the endogenous aspartate aminotransferase activity. While Kranz anatomy or other anatomical modifications have not yet been installed in these plants to enable a fully functional C4 cycle, these results demonstrate for the first-time a partial flux through the carboxylation phase of NADP-ME C4 metabolism in transgenic rice containing two of the key metabolic steps in the C4 pathway

Transgenic maize phosphoenolpyruvate carboxylase alters leaf-atmosphere CO2 and 13CO2 exchanges in Oryza sativa.

The engineering process of C4 photosynthesis into C3 plants requires an increased activity of phosphoenolpyruvate carboxylase (PEPC) in the cytosol of leaf mesophyll cells. The literature varies on the physiological effect of transgenic maize (Zea mays) PEPC (ZmPEPC) leaf expression in Oryza sativa (rice). Therefore, to address this issue, leaf-atmosphere CO2 and 13CO2 exchanges were measured, both in the light (at atmospheric O2 partial pressure of 1.84 kPa and at different CO2 levels) and in the dark, in transgenic rice expressing ZmPEPC and wild-type (WT) plants. The in vitro PEPC activity was 25 times higher in the PEPC overexpressing (PEPC-OE) plants (~20% of maize) compared to the negligible activity in WT. In the PEPC-OE plants, the estimated fraction of carboxylation by PEPC (β) was ~6% and leaf net biochemical discrimination against 13CO2[Formula: see text] was ~ 2‰ lower than in WT. However, there were no differences in leaf net CO2 assimilation rates (A) between genotypes, while the leaf dark respiration rates (Rd) over three hours after light-dark transition were enhanced (~ 30%) and with a higher 13C composition [Formula: see text] in the PEPC-OE plants compared to WT. These data indicate that ZmPEPC in the PEPC-OE rice plants contributes to leaf carbon metabolism in both the light and in the dark. However, there are some factors, potentially posttranslational regulation and PEP availability, which reduce ZmPEPC activity in vivo

A cardiac rehabilitation program for breast cancer survivors: A feasibility study

Purpose: The purpose of this study was to determine the feasibility and preliminary efficacy of a cardiac rehabilitation (CR) intervention in the breast cancer population. Methods: This single-arm feasibility study evaluated a 14-week CR intervention program in breast cancer survivors. Feasibility was defined as completion of at least 30/36 sessions of the program without serious adverse events (SAE) in 80% of patients. Secondary endpoints included the change in VO2 max, cardiovascular disease (CVD) risk factors, Duke Activity Secondary Index (DASI), Brief Fatigue Inventory (BFI), and QLQ-C30. All outcomes were reported as mean change and compared using paired Results: A total of 25 patients were enrolled in the study. 18 patients of the 25 enrolled (72%) completed the 14 weeks program without SAE. The overall adherence to the study protocol was 60%. Of the 18 participants who did not withdraw from the program, 15 (83%) adhered to the study protocol and completed 30 or more sessions. There was a nonsignificant improvement in VO2 max (mean Δ0.5, Conclusion: A CR intervention in breast cancer survivors had high adherence in those who were able to complete the 14-week program. The program significantly improved patient reported physical activity, fatigue, and quality of life (QoL), without significant improvement in CVD risk factors. Implications for cancer patients are that early implementation of a CR program should be considered by practitioners as it improves QoL and exercise tolerance in breast cancer survivors