Differential expression of apoptotic genes PDIA3 and MAP3K5 distinguishes between low- and high-risk prostate cancer

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Despite recent progress in the identification of genetic and molecular alterations in prostate cancer, markers associated with tumor progression are scarce. Therefore precise diagnosis of patients and prognosis of the disease remain difficult. This study investigated novel molecular markers discriminating between low and highly aggressive types of prostate cancer.</p> <p>Results</p> <p>Using 52 microdissected cell populations of low- and high-risk prostate tumors, we identified via global cDNA microarrays analysis almost 1200 genes being differentially expressed among these groups. These genes were analyzed by statistical, pathway and gene enrichment methods. Twenty selected candidate genes were verified by quantitative real time PCR and immunohistochemistry. In concordance with the mRNA levels, two genes <it>MAP3K5 </it>and <it>PDIA3 </it>exposed differential protein expression. Functional characterization of <it>PDIA3 </it>revealed a pro-apoptotic role of this gene in PC3 prostate cancer cells.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our analyses provide deeper insights into the molecular changes occurring during prostate cancer progression. The genes <it>MAP3K5 </it>and <it>PDIA3 </it>are associated with malignant stages of prostate cancer and therefore provide novel potential biomarkers.</p

Anisotropia e confinamento hidráulico do Sistema Aquífero Guarani em Ribeirão Preto (SP, Brasil)

A constant-rate pumping test executed during 171 h in the Guarani Aquifer System (GAS) was used to determine its&nbsp;respective hydraulic parameters and to test the existence of a drainage through an 84-m basalt layer (Serra Geral Aquitard),&nbsp;and the underlying sediments of the Corumbataí Formation. The test was prformed in a pumping well with hydraulic load&nbsp;monitoring in two minucipalities of Ribeirão Preto (São Paulo State, Brazil), located 10 km south of it. Results show a&nbsp;lack of drainage, and the positioning of the piezometers, in two distinct directions relative to the pumping well, allowed to&nbsp;infer the existence of anisotropy of the hydraulic conductivity. The calculated hydraulic parameters, after data correction&nbsp;for the pumping well’s partial penetration and for the aquifer’s anisotropy, are a hydraulic conductivity of 5,3x10-6 m/s&nbsp;and 8,1x10‑6 m/s, and storativity of 1,6 × 10-3 e 8,4 × 10-4, respectively for piezometers PPE-1G and PPE-2G. Maximum&nbsp;transmissivity, Tx = 1,9 × 10-3 m2/s, occurs along the N-S direction, and minimum transmissivity, Ty&nbsp;= 1,2 × 10-3 m2/s,&nbsp;sits along the E-W direction. On the horizontal plane, the relation between maximum and minimum transmissivities is&nbsp;1,55. Drawdown does not stabilize during pumping, indicating that leakage through the basalts and through Corumbataí&nbsp;Formation was not sufficient to compensate for the discharge, or is nonexistent.Um teste de bombeamento com 171 horas de duração e vazão constante foi realizado no Sistema Aquífero Guarani (SAG)&nbsp;para obter seus parâmetros hidráulicos e testar a existência de drenança através de um pacote de 84 metros&nbsp; de basalto do&nbsp;Aquitarde Serra Geral, que o recobre, e através dos sedimentos da Formação Corumbataí, sotoposta a ele. O ensaio foi realizado&nbsp;em um poço de bombeamento com monitoramento da carga hidráulica em dois piezômetros multiníveis, localizados&nbsp;no Distrito de Bonfim Paulista, pertencente ao município de Ribeirão Preto, São Paulo, e situado 10 km ao sul da área urbana&nbsp;dessa cidade. Os resultados indicaram a inexistência de drenança; e o rebaixamento do nível de água registrado nas duas&nbsp;direções distintas em que os piezômetros com filtros no SAG foram instalados em relação ao poço de bombeamento permitiu&nbsp;determinar a existência de anisotropia da condutividade hidráulica. Os parâmetros hidráulicos obtidos com esse ensaio,&nbsp;após correção dos dados para penetração parcial do poço de bombeamento e presença de anisotropia, foram a condutividade&nbsp;hidráulica de 5,3 × 10-6 e 8,1 × 10-6 m/s, e o coeficiente de armazenamento de 1,6 × 10-3 e 8,4 × 10-4 para os piezômetros&nbsp;PPE-1G e PPE-2G, respectivamente. A orientação do eixo com maior valor de transmissividade (Tx = 1,9 × 10-3 m2/s) é&nbsp;N-S, e a de menor (Ty = 1,2 × 10-3 m2/s) é E-W. No plano horizontal, a relação entre esses valores é de 1,55. A ausência de&nbsp;estabilização do nível de água durante o bombeamento no SAG indica que a drenança é insignificante ou inexistente, tanto&nbsp;nos basaltos quanto através da Formação Corumbataí

Stratigraphy of the Basalt Flows of the Formação Serra Geral (Ribeirão Preto - SP) Based on Physical Geology, Petrography and Geochemistry

A motivação que levou ao estudo da geologia física e química dos basaltos de Ribeirão Preto foi investigar a existência de recarga do Sistema Aquífero Guarani (SAG) através dos basaltos do Aquífero Serra Geral (ASG), objetivo do projeto abreviadamente denominado FRATASG. Além de métodos hidrogeológicos, a pesquisa demandou uma investigação geológica de detalhe, a qual é essencial para a elaboração de modelos conceituais de circulação de água subterrânea em aquíferos complexos, caso dos basaltos do ASG. Assim, o estudo contemplou trabalhos de campo para descrição dos aspectos macroscópicos e das relações entre os basaltos e os arenitos subjacentes, coleta de amostras e análises petrográficas e químicas. Também foram utilizados dados de perfis litológicos de cinco poços construídos no projeto FRATASG, fundamentais para o estabelecimento da estratigrafia em subsuperfície. O estudo concluiu que, na área de Bonfim Paulista, ocorrem quatro derrames de basaltos, denominados B1, B2, B3 e B4, do mais antigo para o mais jovem. A ocorrência de B4 é muito restrita, pois foi erodido em grande parte. B1 e B2 apresentam espessuras de, em média, 45 e 55 m, respectivamente. Todos os quatro basaltos são do tipo sheet like lobes e devem ter sido colocados pelo mecanismo de inflação. B1 apresenta espessa crosta vesicular superior e, assim como em B2, pode apresentar mais de um nível vesicular no topo. Colunas de resfriamento foram observadas em B2 e B3, sendo mais espetaculares em B3 devido à presença de uma camada colunada inferior (B3-C) e uma sobreposta com entablamento (B3-E). B3 é o derrame mais espesso (75 a 100 m) e contém brechas hidráulicas distribuídas em bolsões, posicionados na camada B3-C, ou ao longo de fraturas sub-horizontais que até hoje permitem circulação de fluidos (água subterrânea). B3 apresenta composição química homogênea e é perfeitamente distinguível de B1 e B2 com relação a vários óxidos (Al2O3, P2O5, Fe2O3, TiO2 e MgO) e elementos traço (Ni, Zn, Cu, Y). A distinção entre B1 e B2 restringe-se aos óxidos P2O5 e TiO2 e aos elementos Cu, Zn, Y e Ni.The study of the physical geology and geochemistry of the basalts of Ribeirão Preto was part of a hydrogeological research that aimed at investigating the recharge of the Guarani Aquifer System (SAG) through the basalts of the Serra Geral Aquifer (ASG), a project shortly named FRATASG. In addition to hydrogeological methods, the research demanded a detailed geological investigation, which is essential for the elaboration of conceptual models of groundwater circulation in complex aquifers, as is the case of the fractured basalts of the ASG. Thus, the study encompassed field work for the description of the macroscopic aspects and relationships among the basalts and the underlying sandstones, as well as, rock sampling and petrographic and chemical analysis. Furthermore, the use of lithologic logs of five wells drilled in FRATASG project was essential for the establishment of the subsurface basalt stratigraphy. The study concluded that, in Bonfim Paulista region, there are four basalt floods, namely B1, B2, B3 and B4. The B4 occurrence is very restricted as it was largely eroded. B1 and B2 average thicknesses are 45 and 60 m, respectively. All four basalts are of sheet-like lobe types and were probably emplaced by inflation, B1 being the one that presents more evidence in that respect. B1 presents a thick vesicular top and, as well as B2, can show more than one vesicular layer at the top. Columnar joints were observed in B2 and B3 and are more remarkable in B3, where a lower colonnade tier (B3-C) is overlain by an entablature layer (B3-E). B3 is the thickest flow (75 to 105 m) and contains irregular and roughly round patches of hydraulic breccia in B3-C or along sub-horizontal fractures that allow the circulation of fluids (groundwater at the present). The chemical composition of B3 is homogeneous and very different from B1 and B2 with regard to several oxides (Al2O3, P2O5, Fe2O3, TiO2 e MgO) and trace elements (Ni, Zn, Cu, Y). B1 is very different from B2 with regard to P2O5, TiO2, Cu, Zn, Y and Ni

Parȃmetros biológicos e tamanho mínimo de captura do Brycon falcatus (Peixes: Characidae) na bacia do rio Guaporé Mato Grosso, Brasil

O tamanho mínimo de captura do matrinxa (Brycon falcatus) estabelecido na Lei N° 9 096 de 16 de janeiro de 2009 é 35 cm, este comprimento foi considerado inadequado pelos pescadores profissionais de Vila Bela da Santíssima Trindade, rio Guaporé-MT. Sendo assim, para subsidiar a gestão deste recurso pesqueiro, e garantir a viabilidade de sua exploração, foram estudadas 279 fémeas do matrinxa entre marçeo de 2008 a janeiro de 2010, das quais foram avaliados o comprimento total, idade e estádio de maturagao gonadal. A estrutura populacional amostrada consiste em peixes com até 5 anos de idade, com crescimento rápido (K = 0,75 ano-1) e comprimento assintótico de 38.85 cm. O L50 dentre as fêmeas adultas foi de 29.50 cm e o L100 foi de 35.5 cm. O conjunto dos dados analisados sugere que a legislação vigente superestima o tamanho de captura do B. falcatus na Bacia do Guaporé-MT.El tamaño de captura mínima del matrinchan (Brycon falcatus) establecido en La ley N° 9 096 de 16 de Enero de 2009 es de 35 cm. Esta medida fue considerada inadecuada por pescadores profesionales de Vila Bela da Santíssima Trindade, rio Guaporé* (Estado de Mato Grosso). Para poder lograr un manejo sostenible de este recurso, y con el objetivo de garantizar viabilidad de la explotación, 279 hembras de matrinchan fueron estudiados entre Marzo 2008 y Enero 2010. Las variables analizadas fueron longitud total, edad y grado de maduración gonadal. La población consistía de peces hasta 5 años de edad, caracterizados por su crecimiento rápido (K = 0,75 año-1) y una longitud máxima de 38.85 cm. La L50 de las hembras adultas fue calculada de 29.50 cm y la L100 de 35.5 cm. El análisis enfatiza que la legislación actual sobreestima la longitud total permitida para la captura de B. falcatus en la cuenca del río Guaporé (Mato Grosso).* El río Iténez es denominado rio Guaporé en Brasil.The minimum allowed capture size for matrinxa (Brycon falcatus), established in law N° 9 096 of the 16th of January of 2009, is 35 cm. This length was considered inadequate by professional fisherman of Vila Bela da Santíssima Trindade, Guaporé* river - MT. In order to achieve a sustainable management of this resource, and to guarantee its exploitation viability, 279 female matrinxa were studied between March 2008 and January 2010. The analyzed variables were total length, age and stage of gonadal maturation. The population consisted of fish until 5 years old, with a fast growth (K = 0,75 year-1) and asymptotic length 38.85 cm. The L50 among the adult females was 29.50 cm and the L100 was 35.5 cm. The analyzed data emphasize that the current legislation overestimates the fish length allowed for capture of B. falcatus in the Guaporé river basin (Matto Grosso).* The Iténez river is known as Guaporé river in Brasil

Low temperatures reduce skin healing in the Jacaré do Pantanal (Caiman yacare, Daudin 1802)

Studies of skin wound healing in crocodilians are necessary given the frequent occurrence of cannibalism in intensive farming systems. Air temperature affects tissue recovery because crocodilians are ectothermic. Therefore, the kinetics of skin wound healing in Caiman yacare were examined at temperatures of 33°C and 23°C. Sixteen caiman were selected and divided into two groups of eight maintained at 23°C or 33°C. The studied individuals' scars were photographed after 1, 2, 3, 7, 15 and 30 days of the experimental conditions, and samples were collected for histological processing after 3, 7, 15 and 30 days. Macroscopically, the blood clot (heterophilic granuloma) noticeably remained in place covering the wound longer for the caiman kept at 23°C. Microscopically, the temperature of 23°C slowed epidermal migration and skin repair. Comparatively, new blood vessels, labeled using von Willebrand factor (vWF) antibody staining, were more frequently found in the scars of the 33°C group. The collagen fibers in the dermis were denser in the 33°C treatment. Considering the delayed healing at 23°C, producers are recommended to keep wounded animals at 33°C, especially when tanks are cold, to enable rapid wound closure and better repair of collagen fibers because such lesions tend to compromise the use of their skin as leather.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso (FAPEMAT), 715823/2008São Paulo Research Foundation (FAPESP), 2010/04527-

RESPOSTA IMUNE INESPECÍFICA DE ANIMAIS ECTOTÉRMICOS ANTÁRTICOS SOB TEMPERATURAS POLARES

This review presents data on nonspecific immune system of Antarctic metazoans poekiloterms. The phagocytosis, inflammation and wound repair were analysed in Antarctic animals, the big head fish (Notothenia coriiceps = N. neglecta), Antarctic starfish (Odontaster validus) and in Antarctic sea urchin (Sterechinus neumayeri).Esta revisão tem por objetivo apresentar os dados sobre a imunidade inespecífica de metazoários pecilotérmicos antárticos obtidos por nosso grupo de pesquisa com animais antárticos. Trataremos em particular dos processos de fagocitose, inflamação e cicatrização em peixes antárticos popularmente chamados “cabeçudas” (Notothenia coriiceps = N. neglecta), em estrelas-do-mar antárticas (Odontaster validus) e em ouriços-do-mar antárticos (Sterechinus neumayeri)

An Investigation into the Cytotoxic Effects of 13-Acetoxysarcocrassolide from the Soft Coral Sarcophyton crassocaule on Bladder Cancer Cells

Active compounds from natural products have been widely studied. The anti-tumor effects of 13-acetoxysarcocrassolide isolated from Formosan soft coral Sarcophyton crassocaule on bladder cancer cells were examined in this study. An MTT assay showed that 13-acetoxysarcocrassolide was cytotoxic to bladder female transitional cancer (BFTC) cells. We determined that the BFTC cells underwent cell death through apoptosis by flow cytometry. Due to the highly-migratory nature of the BFTC cells, the ability of 13-acetoxysarcocrassolide to stop their migration was assessed by a wound healing assay. To determine which proteins were affected in the BFTC cells upon treatment, a comparative proteomic analysis was performed. By LC-MS/MS analysis, we identified that 19 proteins were up-regulated and eight were down-regulated. Seven of the proteins were confirmed by western blotting analysis. This study reveals clues to the potential mechanism of the cytotoxic effects of 13-acetoxysarcocrassolide on BFTC cells. Moreover, it suggests that PPT1 and hnRNP F could be new biomarkers for bladder cancer. The results of this study are also helpful for the diagnosis, progression monitoring and therapeutic strategies of transitional cell tumors

Aguas del Iténez o Guaporé

Bolivia y Brasil comparten una de las cuencas más atractivas y preservadas de la te-giuri amazônica: la cuenca del rio llénez o Guaporé, que escurre tanto sobre el lecho rocoso del Escudo Precámbrico Brasilefto como sobre las Hanuras del Beni. Estas influencias hacen que la cuenca del iténez tenga una elevada heterogeneidad de habitats, una fauna acuálica peculiar y un alto valor de conservation. Este patrimo­nio binacional posée un potencial importante para la conservación de la diversidad regional y cl dcsar rollo sostcniblc participativo de las comunidades locales. El libro contiene un resumen del conotimìento de la cuenca y sus recursos, generado en los últimos 10 anos por un equipo de investigadores bolivianos, brasilefios y de otras nacionalidades. Se presenta una descripeión del medio fisico, así como resultados relevantes sobre la biodiversidad acuática, con énfasis en algas, peces, reptiles y mamíferos. El aporte más notable del libro, adernas de la descripeión ecológica del ecosistema, son las lecciones aprendidas que surgieron de experiências locales sobre la élaboration participativa de herramientas para la gestion de los recursos hidrobiológicos.A Bolívia e o Brasil compartilham uma das bacias hidrográficas mais atrativas e preservadas da região amazônica: a bacia do Rio Iténez ou Guaporé. A combinação das influências do escudo pré-cambriano brasileiro e da planícies do Beni é uma das razões pela qual existem na região elevada heterogeneidade de habitats, fauna aquática peculiar e alto grau valor dc conservação. Eslc patrimônio binacional possui potencial significativo para a conservação da diversidade regional e desenvolvimento sustentável participativo das comunidades locais. O livro contém um resumo do conhecimento da bacia e seus recursos, gerado nos últimos dez anos por uma equipe de pesquisadores bolivianos, brasileiros e de outras nacionalidades. Apresentamos uma descrição do meio físico, bem como resultados relevantes da biodiversidade aquática, com ênfase em algas, peixes, répteis e mamíferos. A contribuição mais notável do livro, além da descrição ecológica do ecossistema, é a descrição das lições aprendidas que surgiram a partir de experiências locais sobre elaboração participativa de ferramentas para a gestão dos recursos aquáticos presentes nesta bacia

Influence of temperature on the wound healing of the integument of the jacaré-do-pantanal Caiman yacare (Daudin, 1801).

Os crocodilianos são animais ectotermos passíveis de cultivo, na zootecnia, onde ocorrem diversas mutilações de apêndices inteiros, ou mesmo a formação de feridas. Nesse sentido, há a necessidade de compreender como a temperatura interfere nas respostas de restituição tecidual desses organismos. Os Caiman yacare foram submetidos à retirada cirúrgica de um osteodermo e mantidos sob 23 ºC e 33 ºC, 8 jacarés em cada temperatura. Posteriormente, os jacarés tinham suas lesões fotografadas para análise macroscópica. Amostras foram fixadas processadas e coradas para histoquímica e imunohistoquímica. Macroscopicamente foi observada a manutenção do coágulo até 30 dias sob 23 ºC, enquanto a cicatriz já estava reepitelizada sob 33 ºC. Microscopicamente foi observado o atraso da migração da epiderme, escassez de fibras e de novos vasos na derme sob 23 ºC. Nesse sentido, recomendamos o isolamento dos animais mutilados em um tanque com controle de temperatura para agilizar o fechamento epidérmico.Crocodilians are ectothermic animals capable of to be farming, where there are multiple appendages mutilation or even the formation of wounds. In this sense, becomes necessary to understand how temperature affects the responses of tissue restitution of these organisms. The Caiman yacare had an osteoderm surgically removed and the caimans were kept at 23 º C and 33 º C, 8 caimans at each temperature. Subsequently, the caimans had their injuries photographed for macroscopic analysis. Samples were fixed and processed for histochemistry and immunohistochemistry staining. Macroscopically the clot were maintained until 30 days at 23 ° C, while the scar was already re-epithelized at 33 º C. Microscopically, were observed the delayed migration of epidermis, diminishing of fibers and new vessels in dermis at 23 ° C. Accordingly, we recommend the isolation of animals mutilated in a tank with temperature control to accelerate the epidermal closure

Not available.

As argilas tipo ball clay de São Simão são conhecidas por sua elevada plasticidade e resistência mecânica, propriedades estas específicas para a indústria de cerâmica branca, na qual atingem significativo valor comercial. Ocorrem em lentes e camadas irregulares associadas aos depósitos aluvionares quaternários, do Ribeirão Tamanduá, que se localiza a oeste da cidade de São Simão, SP. Os estudos realizados tiveram por finalidade caracterizar os processos geológicos e geoquímicos associados à gênese dessas argilas. Desta forma, o mapeamento geológico, a caracterização dos processos evolutivos neocenozóicos, ligados à alteração das áreas fontes dos depósitos aluvionares e a caracterização química e mineralógica das argilas, foram necessários a este propósito. Estas argilas são de origem principalmente detrítica, formadas por deposição em planícies de inundação cujas fontes foram, predominantemente, os arenitos subarcosianos alterados das formações mesozóicas arenosas e, secundariamente, as rochas básicas da Formação Serra Geral. São caracterizadas por altos teores de caolinitas e menores quantidades de quartzo e micas. A matéria orgânica é muito frequente nessas argilas e, possivelmente, responsável por grande parte de suas propriedades tecnológicas. As caolinitas caracterizam-se por placas hexagonais de boa cristalinidade (com 1 \'mü\'m de diâmetro) ao lado de pequenas partículas irregulares com baixa cristalinidade (de diâmetros menores que 0,2 \'mü\'m). Análises químicas mostraram que as argilas possuem teores em cátions alcalinos e ferro extremamente baixos, e se encontram em um meio ácido e dessaturado. Datações radiométricas mostraram que esses depósitos são relativamente recentes, formando-se no intervalo de tempo correspondente a, pelo menos, os últimos 33.000 anos BP, ou seja, no final do Pleistoceno ao Holoceno. As argilas de São Simão, com base nas características composicionais (químicas e mineralógicas), não poderiam ser classificadas como ball clay. Entretanto suas propriedades tecnológicas são similares às ball clays inglesas e americanas, o que justifica denominá-las de argilas tipo ball clay.The ball clays from São Simão are known by their high plasticity and mechanical strength properties, especially indicate for white ceramic manufacturing, having therefore, high commercial value. These clays occur as irregular beds or lenses associated with quaternary alluvial deposits from Tamanduá River, west of São Simão town, state of São Paulo. The studies were carried out to determine the geological and geochemical processes that originated the ball clays. To understand these processes the geological mapping with attention to Late Cenozoic wheathering of source areas of alluvial deposits, were undertaken and chemical and mineralogical characteristics were studied. The origin of these clays is mainly detritical, through deposition on flood plains. The sources were predominantly weathered subarkose wackes from sandy mesozoic formations and secondarily from basic rocks of Early Cretaceous Serra Geral Formation. Kaolinites are the predominant mineral of the clays, besides low contents of quartz and mica. The frequent organic matter is thought to be responsible for its technological properties. The kaolinites are characterized by well-crystallized hexagonal flakes (1\'mü\'m diameter) associated with small low degree cristallinity particles (diameters lesser than 0,2\'mü\'m). The chemical analyses indicate that the clays have low contents of alkaline cations and iron, in acid and unsaturated conditions. According to radiometric datings these deposits were originated at least 33,000 years B.P., in the Latest Pleistocene to Holocene. The chemical and mineralogical composition of the São Simão clay does not correspond to the typical ball clay. Notwithstanding it may be considered a ball clay type inasmuch as it bears the same technological properties of English and North American ball clays