Genome-wide analysis of genes related to reactive oxygen species production and neutralization in Hevea brasiliensis and their regulation in laticifer

Natural rubber is produced in laticifers of Hevea brasiliensis. Latex is the cytoplasm of laticifers. Latex harvesting by tapping and ethephon stimulation generates multiple stress into latex cells. Over a threshold of stress, redox homeostasis cannot be maintained that leads to oxidative stress resulting in latex flow stoppage and consequently to rubber yield reduction, a physiological syndrome called Tapping Panel Dryness (TPD). Given the availability of the sequence of rubber genome, the essential genes involved in production and scavenging of reactive oxygen species (ROS) were identified and their expression characterized in laticifer. Among the 452 Hevea redox-related genes, 160 were expressed in latex. The main pathways of ROS production and scavenging were predicted for each subcellular compartment based on sequence features and their expression levels upon ethephon and TPD

Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia : [n.142]

Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica - C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação. (Résumé d'auteur

Identificação de polimorfismos em genótipos de Coffea arabica de uma coleção da Etiópia.

Os marcadores moleculares são ferramentas importantes para acelerar os programas de melhoramento. Para o cafeeiro, uma espécie perene, o uso de marcadores é particularmente desejável devido ao tempo e recursos gastos para o lançamento de uma nova cultivar. Duas espécies do gênero Coffea são responsáveis por quase toda a produção de café: Coffea arabica e C. canephora. Contudo, para C. arabica, o número de marcadores polimórficos é relativamente baixo comparado a C. canephora e outras culturas, uma vez que a espécie apresenta baixa diversidade genética. Muitos estudos com marcadores genéticos foram feitos para analisar a diversidade da C. arabica, mas os resultados não foram eficientes para a discriminação genotípica detalhada e mapeamento genético. O Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) possui uma coleção de 132 acessos de C. arabica originários da Etiópia, que apresentam variabilidade fenotípica com potencial para serem utilizados para exploração da diversidade. Neste sentido, este estudo buscou analisar a diversidade nucleotídica pela identificação de polimorfismos, SNPs e INDELs, de uma população do centro de origem de C. arabica, associado com o sequenciamento de nova geração. O RNA-seq de dois tecidos, frutos e folhas, de quatro genótipos de C. arabica de uma população da Etiópia, C. arabica cv. Mundo Novo e de um dos seus ancestrais de C. arabica ? C. eugenioides, foram sequenciados pela metodologia Illumina HiSeq2000. Os reads obtidos foram processados e posteriormente as sequências foram mapeadas em uma referência de C. canephora para identificação dos polimorfismos. Foram feitas duas estratégias: i) na primeira estratégia, foi utilizado uma ferramenta chamada SNiPloid com critérios de cobertura para o polimorfismo identificado e ii) uma segunda estratégia que considera os polimorfismos encontrados diretamente dos arquivos de detecção dos polimorfismos. Os resultados identificaram um número grande de polimorfismos. Na primeira estratégia, foram encontrados pelo menos 5.500 SNPs potenciais para a genotipagem e na segunda, 103.791 SNPs potenciais. Para essa última, ainda é necessário estabelecer critérios e filtros para escolher os polimorfismos que serão inicialmente genotipados. Os dados também mostraram a importância de utilizar um grupo mais diverso de genótipos associado com o sequenciamento de nova geração para detecção de SNPs. Este trabalho será importante para direcionar futuros trabalhos na caracterização da diversidade genética em C. arabica, além de estudos de mapeamento genético por associação

Rencontre de la science de l'information géographique et de l'anthropologie culturelle:modélisation spatiale et représentation de phénomènes culturels

Geographical Information Science and Cultural Anthropology are aimed to collaborate on development projects dedicated to indigenous communities. This fact is first based on a growing intention to integrate the reality and the perception of the development owned by the community. This movement, towards a stronger consideration of the community's point of view, is assigning to the anthropologist with a central importance in projects. He plays a leading part in linking the culture and the scientific disciplines involved in a project. Secondly, the geographic space, the community is evolving in, has its own organization and functioning. The recognized importance of space therefore implies the participation of the geographical information science specialist. The "rapprochement" of those disciplines with distant epistemologies constitutes the context of this study. At first sight, the use of a geographical information system by an anthropologist appears to be limited to the introduction of a new tool. For the specialist in geographical information science, the adaptation of the anthropological knowledge to the logic of the information systems seems to be a common problem of data structuring, analysis and mapping. The attempts of rapprochement to date aren't particularly successful. Their analysis brought us to formulate a statement of fact summarized in this research by the complexity versus simplicity paradox. The interaction between the two disciplines, given a concrete expression by the confrontation of their epistemologies, is at the origin of new problems and questions. Some of them are complex as this study shows. This research results corresponds to a twofold proposal for collaboration approaches. First, an innovative approach of modelling the anthropological knowledge in geographical information science is suggested. This approach introduces the concept of "knowledge model", dialogue object between the disciplines. Its establishment precedes the one of the conceptual data model. Second, an approach is developed for the conception of a visual and interactive interface. This computerized framework is set up in order to support interdisciplinary communication. Moreover, it allows products of the geographical information science to be accessible to the anthropologists. The pertinence and the reliability of the suggested approaches are established in terms of adequacy to the logic of each discipline, and of integration to the development projects. The associated contributions and limits are finally discussed, leading to some future prospects

Les start-up medtech, difficiles mais pas impossibles à financer

The Conversatio

Elaboration et caractérisation de structures métal-isolant-métal à base de TiO2 déposé par Atomic Layer Deposition

The requirements for future dynamic random access memory (DRAM) capacitors are summarized in the International Technology Roadmap for Semiconductors. For sub-22 nm node, performances like equivalent oxide thickness (EOT) < 0.5 nm and leakage current density < 1.10-7 A/cm² at 0.8 V are required but are difficult to meet. Titanium dioxide (TiO2) is an attractive dielectric material for such application regarding its high dielectric constant (k). Depending on its growth conditions, TiO2 can be prepared in amorphous, anatase or rutile phase. From the structural point of view, it is generally preferred that TiO2 remains amorphous throughout a complete technological process to minimize leakage transport along grain boundaries. However, the rutile phase exhibits very high dielectric constant ranging from 90 to 170, depending on the lattice orientation. Due to this high dielectric constant, TiO2 rutile phase is considered as a promising material for capacitors in future generations of Dynamic Random Access Memories (DRAMs). A key issue is how to control the high leakage current of rutile phase while keeping the highest dielectric constant in order to get the best electrical performances. In this work, we investigate the growth of high dielectric constant rutile TiO2 films in Metal - Insulator - Metal (MIM) structures deposited on different substrates such as RuO2/Ru or Pt electrodes using ALD (Atomic Layer Deposition). A study of physico-chemical properties of TiO2 layer and influence of bottom electrodes on TiO2's crystalline structure is proposed. Different compositions of dielectrics are processed using flexibility of ALD deposition technique, including Al-doped TiO2 layers and pure TiO2 layers. Electrical properties in terms of leakage current or capacitance density of MIM structures embedding that kind of dielectrics and comparison between these MIM structures in terms of electrical performances is proposed in order to determine the best dielectric film composition to meet the requirements for next generation of DRAM capacitors.Les besoins de la microélectronique pour les condensateurs de type DRAM sont résumés dans la feuille de route ITRS (International Technology Roadmap for Semiconductors). Pour descendre en dessous du noeud technologique 22 nm, des performances électriques telles qu'une épaisseur d'oxyde équivalent (EOT) < 0.5 nm et un niveau de courant de fuite < 1.10-7 A/cm² à 0.8 V sont nécessaires. Ces performances sont difficiles à atteindre si l'on considère des oxydes standards largement utilisés tels que le SiO2, le Si3N4 ou l'Al2O3. Le dioxyde de Titane constitue un matériau diélectrique de choix pour ce type d'application si l'on considère sa forte constante diélectrique, la plus haute des oxydes binaires. Selon les conditions de croissance de la couche de TiO2, celle-ci peut se présenter sous forme amorphe ou posséder une structure cristalline appelé phase anatase ou phase rutile. Cette dernière présente une très forte constante diélectrique (90 à 170 selon l'orientation de la maille cristalline) et en fait un atout indéniable pour le développement de condensateur DRAM. Toutefois, cette phase rutile est aussi à l'origine d'un fort courant de fuite mesuré à partir des structures Métal - Isolant - Métal (MIM) associées. De ce fait, il est primordial de savoir contrôler ces courants de fuite tout en gardant la forte valeur de constante diélectrique de la phase rutile. Dans ce travail, nous proposons de travailler sur la croissance des couches minces de TiO2 intégrées dans des structures MIM et déposées sur des substrats différents tels que des électrodes de RuO2/Ru ou de Pt. La technique de dépôt employée pour les couches minces de TiO2 est la technique ALD pour son contrôle très précis de l'épaisseur déposée et sa souplesse d'utilisation pour ce type d'applications. Les propriétés physico-chimiques des couches de TiO2 et l'influence du substrat sur ces propriétés sont analysées. Des compositions différentes de diélectriques sont élaborées au moyen de la technique de dépôt par ALD et notamment des couches minces de TiO2 dopés à l'aluminium. Les propriétés électriques de ces couches sont étudiées afin de déterminer les performances électriques des structures MIM associées en termes de courant de fuite et de densité capacitive

Postnikov invariants of H-spaces

It is known that the order of all Postnikov k-invariants of an H-space of finite type is finite. This paper establishes the finiteness of the order of the k-invariants $k^{m+1}(X)$ of X in dimensions m ≤ 2n if X is an (n-1)-connected H-space which is not necessarily of finite type (n ≥ 1). Similar results hold more generally for higher k-invariants if X is an iterated loop space. Moreover, we provide in all cases explicit universal upper bounds for the order of the k-invariants of X

Atomic layer deposition: Low temperature process well adapted to ULSI and TFT technologies

The high k dielectrics is an important materials to be integrate in future Ultra Large Scale Integration (ULSI) and future TFT technology. Indeed, to keep on the Moore\u27s Law curve, the reduction of silicon oxide (SiO2) thickness still required, but this reduction is hindered by tunneling current leakage limit. Consequently, it is important to replace SiO2 by another materials with high dielectric constant. The use of this material in manufacturing of gate dielectric in Thin-film transistor (TFT) and in Complementary Metal Oxide Semiconductor (CMOS) will increase gate capacitance with maintaining a low leakage current. Titanium dioxide is a good candidate due to its high dielectric constant in its rutile crystalline phase (180).This rutile structure is obtained at low temperature (250°C) by ALD deposition when TiO2 is deposited on ruthenium dioxide (RuO2) layer thanks to the small lattice mismatch between these two materials