Molecular diagnostics of rare inherited SYNDROMES with a view on diagnostic test development

CHARGE syndrome, Sotos syndrome and 3p deletion syndrome are examples of rare inherited syndromes that have been recognized for decades but for which the molecular diagnostics only have been made possible by recent advances in genomic research. Despite these advances, development of diagnostic tests for rare syndromes has been hindered by diagnostic laboratories having limited funds for test development, and their prioritization of tests for which a (relatively) high demand can be expected. In this study, the molecular diagnostic tests for CHARGE syndrome and Sotos syndrome were developed, resulting in their successful translation into routine diagnostic testing in the laboratory of Medical Genetics (UTUlab). In the CHARGE syndrome group, mutation was identified in 40.5% of the patients and in the Sotos syndrome group, in 34%, reflecting the use of the tests in routine diagnostics in differential diagnostics. In CHARGE syndrome, the low prevalence of structural aberrations was also confirmed. In 3p deletion syndrome, it was shown that small terminal deletions are not causative for the syndrome, and that testing with arraybased analysis provides a reliable estimate of the deletion size but benign copy number variants complicate result interpretation. During the development of the tests, it was discovered that finding an optimal molecular diagnostic strategy for a given syndrome is always a compromise between the sensitivity, specificity and feasibility of applying a new method. In addition, the clinical utility of the test should be considered prior to test development: sometimes a test performing well in a laboratory has limited utility for the patient, whereas a test performing poorly in the laboratory may have a great impact on the patient and their family. At present, the development of next generation sequencing methods is changing the concept of molecular diagnostics of rare diseases from single tests towards whole-genome analysis.Siirretty Doriast

Report of a novel missense mutation in the MECP2 gene in a middle-aged man with intellectual disability syndrome

Peer reviewe

Report of a novel missense mutation in the MECP2 gene in a middle-aged man with intellectual disability syndrome

Exome sequencing revealed the cause of our 35-year-old male patient's progressive and severe intellectual and motor disability, namely a previously undescribed missense mutation of MECP2

Genetic, clinic and histopathologic characterization of BRCA-associated hereditary breast and ovarian cancer in southwestern Finland

We have analyzed the histopathological, clinical, and genetic characteristics in hereditary breast and ovarian cancer patients of counselled families from 1996 up to today in the southwestern Finland population. In this study we analyzed the incidence of different BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants (PV). 1211 families were evaluated, and the families were classified as 38 BRCA1 families, 48 BRCA2 families, 689 non-BRCA families and 436 other counselled families (criteria for genetic testing was not met). In those families, the study consisted of 44 BRCA1 breast and/or ovarian cancer patients, 58 BRCA2 cancer patients, 602 non-BRCA patients and 328 other counselled patients. Breast cancer mean onset was 4.6 years earlier in BRCA1 carriers compared to BRCA2 (p = 0.07, a trend) and ovarian cancer onset almost 11 years earlier in BRCA1 families (p BRCA families the onset of ovarian cancer was later than 40 years, and BRCA2-origin breast cancer was seen as late as 78 years. The BRCA PV (9%) increases the risk for same patient having both ovarian and breast cancer with a twofold risk when compared to non-BRCA group (4%) (95% CI p BRCA1 (42%) carriers is approximately 2.6 times vs more common than in BRCA2 carriers (16%) (p BRCA2 (17%) and other counselled patients' group (4%) (p BRCA2-families have a unique PV, and correspondingly 39% of BRCA1-families. The results of this analysis allow improved prediction of cancer risk in high-risk hereditary breast and ovarian families in southwestern Finland and improve long term follow-up programs. According to the result it could be justified to have the discussion about prophylactic salpingo-oophorectomy by the age of 40 years. The possibility of late breast cancer onset in BRCA2 carriers supports the lifelong follow-up in BRCA carriers. Cancer onset is similar between BRCA2 carries and non-BRCA high-risk families. This study evaluated mutation profile of BRCA in southwestern Finland. In this study genotype-phenotype correlation was not found</p

Clinical and Genetic Characteristics of Finnish Patients with Autosomal Recessive and Dominant Non-Syndromic Hearing Loss Due to Pathogenic TMC1 Variants

Sensorineural hearing loss (SNHL) is one of the most common sensory deficits worldwide, and genetic factors contribute to at least 50-60% of the congenital hearing loss cases. The transmembrane channel-like protein 1 (TMC1) gene has been linked to autosomal recessive (DFNB7/11) and autosomal dominant (DFNA36) non-syndromic hearing loss, and it is a relatively common genetic cause of SNHL. Here, we report eight Finnish families with 11 affected family members with either recessively inherited homozygous or compound heterozygous TMC1 variants associated with congenital moderate-to-profound hearing loss, or a dominantly inherited heterozygous TMC1 variant associated with postlingual progressive hearing loss. We show that the TMC1 c.1534C>T, p.(Arg512*) variant is likely a founder variant that is enriched in the Finnish population. We describe a novel recessive disease-causing TMC1 c.968A>G, p.(Tyr323Cys) variant. We also show that individuals in this cohort who were diagnosed early and received timely hearing rehabilitation with hearing aids and cochlear implants (CI) have reached good speech perception in noise. Comparison of the genetic data with the outcome of CI rehabilitation increases our understanding of the extent to which underlying pathogenic gene variants explain the differences in CI rehabilitation outcomes

Tilikirja - mentaliteetit Liisa Akimofin rock-lyriikassa

Pro gradu ­tutkielmani käsittelee suomalaisen laulaja-lauluntekijän ja rockmuusikon Liisa Akimofin vuosien 1982-1990 välisenä aikana julkaistun tuotannon lyriikassa ilmeneviä mentaliteetteja. Tutkielmassa analysoidaan mentaliteettien taustalla vaikuttavia kulttuurisia ja sosiaalihistoriallisia olosuhteita sekä osoitetaan niiden vaikutus mentaliteettien ilmenemiseen Akimofin lyriikassa. Tutkielman kohteena olevia lauluja ovat esittäneet Tavaramarkkinat ­yhtye (1982-1986) sekä Akimowskaja Sisters & Bros ­yhtye (1987-1990). Ne löytyvät Tavaramarkkinat ­yhtyeen c-kaseteilta Tilikirja (1982) ja Lievä kosto (1985) sekä Akimowskaja Sisters & Bros ­yhtyeen cd-levyiltä Alkava pimeä vuodenaika (1987) ja Teen maailman (1990). Tutkittavia lauluja on yhteensä 39. Mentaliteetteja selvitetään sanoituksista, mutta myös musiikkia analysoidaan kuvailevasti siinä mielessä kuin se tukee sanoitusten sanomaa. Musiikin merkitys sanoitusten sisältöjen tukijana osoitetaan analysoimalla laulaja-lauluntekijä ­perinteen sekä feministisen musiikin vaikutuksia tutkittavaan aineistoon. Laulaja-lauluntekijä ­perinteen mahdollistama naisten omaehtoisen musiikin luominen sekä feministisen musiikin naiserityiset ilmaisutavat ja musiikilliset käytännöt osoitetaan tutkielmassa Akimofin lyriikan sisältöihin vaikuttaneiksi tekijöiksi. Myös lukuisat yksittäiset musiikkigenret (bossa nova, jazz, blues, reggae, tango) osoitetaan lyriikan sisältöjä tukeviksi. Mentaliteettien selvittämiseksi lyriikka jaetaan ensin kahteen pääaihepiiriin: 1) naisen ja miehen välisestä suhteesta ja 2) naisen ja yhteiskunnan välisestä suhteesta kertovaan. Naisen ja miehen välisestä suhteesta kertovien laulun takaa paljastuu vahvan naisen mentaliteetti, naisen ja yhteiskunnan välisestä suhteesta kertovien laulujen takaa yksilöllisen naisen mentaliteetti ja kummallekin pääaihepiirille yhteinen mentaliteetti on toiseuden mentaliteetti. Mentaliteettien takana vaikuttavat myyttiset käsitykset naisesta hyvänä ja pahana sukupuolena. Mentaliteetteja käsitellään sekä lauluista poimittujen esimerkkien että laulujen sosiaalihistoriallisen taustan valossa. Tutkielmassa osoitetaan kaikkien mentaliteettien olevan sidoksissa yhteiskunnassa vallitsevaan sukupuolijärjestelmään ja sen muutospaineisiin, jolla on yhteytensä naisten laulaja-lauluntekijä ­perinteeseen. Mentaliteetit ilmentävät feminiinistä ja perinteistä sekä modernia naista ja näiden naistyyppien murrosta, jonka osoitetaan liittyvän modernisoitumiseen ja postmoderniin ajankuvaan. Lauluista esiin nousevat mentaliteetit osoitetaan länsimaiselle ja erityisesti suomalaiselle naiselle ominaisiksi mentaalisiksi piirteiksi, jotka toistavat itseään aika ajoin historian saatossa

Terveydenhuollon opettajien kokemuksia draamakasvatuksen käytöstä opetusmenetelmänä

Tutkimuksen tarkoituksena oli kuvata terveydenhuollon opettajien kokemuksia draamakasvatuksen käytöstä opetusmenetelmänä. Tutkimuksen tavoitteena oli tuottaa uutta tietoa draamakasvatuksen mahdollisuuksista terveydenhuollon opetuksessa sekä tuottaa tietoa niistä erityispiirteistä, joita terveydenhuollon opettajan tulisi huomioida käyttäessä draamakasvatusta opetuksessaan. Tutkimuksen lähestymistapa oli kvalitatiivinen ja aineistonkeruumenetelmänä käytettiin avointa haastattelua. Aineisto analysoitiin induktiivisella sisällönanalyysillä. Opettajat kuvasivat kokemuksia draamakasvatuksesta menetelmän käyttäjänä, draamakasvatuksen sovellusalueista terveydenhuollon opetuksessa, draamakasvatuksen erilaisista työtavoista, draamakasvatukseen liittyvistä erityispiirteistä, opetuksen suunnittelusta, toteutuksesta ja arvioinnista draamakasvatuksessa, opiskelijan kehittymisestä draamakasvatuksessa ja opetusmenetelmän käyttöä rajoittavista tekijöistä. Opettajat pitivät draamakasvatuksen käyttöä tärkeänä terveydenhuollon opetuksessa ja kokivat draaman tuovan sellaisia taitoja opiskelijalle, mihin välttämättä muilla opetusmenetelmillä ei päästä. Opetusmenetelmän käyttö asetti vaatimuksia opettajalle, jotka opettajan on hyvä tunnistaa käyttäessään draamaa opetusmenetelmänä. Draamakasvatuksen perusteiden hallintaa ja vastuullista käyttöä pidettiin tärkeänä asiana. Opettajat korostivat turvallisen oppimisympäristön luomisen merkitystä draamatyöskentelyssä. Draamakasvatusta oli sovellettu laaja-alaisesti terveydenhuollon opetuksessa ja sen koettiin sopivan kaikkiin oppiaineisiin, koska draama aktivoi opetusta. Draamakasvatuksen erilaisia työtapoja oli käytetty lyhyistä harjoitteista pitkäkestoisiin menetelmiin. Roolityöskentelyä oli käytetty opetuksessa paljon. Opetuksen suunnittelua ja toiminnan tavoitteellisuutta pidettiin tärkeänä opetusmenetelmän käytössä. Draamakasvatuksen käyttö tuli sitoa opetettavaan aiheeseen, jotta draama ei jää irralliseksi. Opiskelijan arviointi koettiin haasteelliseksi draamakasvatuksessa. Opetusmenetelmän koettiin tuovan opiskelijalle taitoja tulevaan työelämään ja tukevan ammatillista kasvua. Opetusmenetelmän käyttöä rajoittivat työtiloihin, aikaresurssiin, opettajaan ja ryhmään liittyvät esteet. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että draamakasvatuksen käyttöä opetuksessa voidaan edistää koulutuksella ja draamatyöskentelyyn sopivilla työtiloilla. Jatkotutkimusaiheena tulisi tutkia minkalaisia valmiuksia opettajakoulutus antaa draamakasvatuksen käyttöön opetusmenetelmänä. Asiasanat:draamakasvatus, draama, opetusmenetelmä, terveydenhuollon opettaja, terveydenhuollon opetus, terveydenhuollon koulutu

Terveydenhuollon opettajien kokemuksia draamakasvatuksen käytöstä opetusmenetelmänä

Tutkimuksen tarkoituksena oli kuvata terveydenhuollon opettajien kokemuksia draamakasvatuksen käytöstä opetusmenetelmänä. Tutkimuksen tavoitteena oli tuottaa uutta tietoa draamakasvatuksen mahdollisuuksista terveydenhuollon opetuksessa sekä tuottaa tietoa niistä erityispiirteistä, joita terveydenhuollon opettajan tulisi huomioida käyttäessä draamakasvatusta opetuksessaan. Tutkimuksen lähestymistapa oli kvalitatiivinen ja aineistonkeruumenetelmänä käytettiin avointa haastattelua. Aineisto analysoitiin induktiivisella sisällönanalyysillä. Opettajat kuvasivat kokemuksia draamakasvatuksesta menetelmän käyttäjänä, draamakasvatuksen sovellusalueista terveydenhuollon opetuksessa, draamakasvatuksen erilaisista työtavoista, draamakasvatukseen liittyvistä erityispiirteistä, opetuksen suunnittelusta, toteutuksesta ja arvioinnista draamakasvatuksessa, opiskelijan kehittymisestä draamakasvatuksessa ja opetusmenetelmän käyttöä rajoittavista tekijöistä. Opettajat pitivät draamakasvatuksen käyttöä tärkeänä terveydenhuollon opetuksessa ja kokivat draaman tuovan sellaisia taitoja opiskelijalle, mihin välttämättä muilla opetusmenetelmillä ei päästä. Opetusmenetelmän käyttö asetti vaatimuksia opettajalle, jotka opettajan on hyvä tunnistaa käyttäessään draamaa opetusmenetelmänä. Draamakasvatuksen perusteiden hallintaa ja vastuullista käyttöä pidettiin tärkeänä asiana. Opettajat korostivat turvallisen oppimisympäristön luomisen merkitystä draamatyöskentelyssä. Draamakasvatusta oli sovellettu laaja-alaisesti terveydenhuollon opetuksessa ja sen koettiin sopivan kaikkiin oppiaineisiin, koska draama aktivoi opetusta. Draamakasvatuksen erilaisia työtapoja oli käytetty lyhyistä harjoitteista pitkäkestoisiin menetelmiin. Roolityöskentelyä oli käytetty opetuksessa paljon. Opetuksen suunnittelua ja toiminnan tavoitteellisuutta pidettiin tärkeänä opetusmenetelmän käytössä. Draamakasvatuksen käyttö tuli sitoa opetettavaan aiheeseen, jotta draama ei jää irralliseksi. Opiskelijan arviointi koettiin haasteelliseksi draamakasvatuksessa. Opetusmenetelmän koettiin tuovan opiskelijalle taitoja tulevaan työelämään ja tukevan ammatillista kasvua. Opetusmenetelmän käyttöä rajoittivat työtiloihin, aikaresurssiin, opettajaan ja ryhmään liittyvät esteet. Johtopäätöksenä voidaan todeta, että draamakasvatuksen käyttöä opetuksessa voidaan edistää koulutuksella ja draamatyöskentelyyn sopivilla työtiloilla. Jatkotutkimusaiheena tulisi tutkia minkalaisia valmiuksia opettajakoulutus antaa draamakasvatuksen käyttöön opetusmenetelmänä. Asiasanat:draamakasvatus, draama, opetusmenetelmä, terveydenhuollon opettaja, terveydenhuollon opetus, terveydenhuollon koulutu