The Splashback Feature around DES Galaxy Clusters: Galaxy Density and Weak Lensing Profiles

Splashback refers to the process of matter that is accreting onto a dark matter halo reaching its first orbital apocenter and turning around in its orbit. The clustercentric radius at which this process occurs, r_(sp), defines a halo boundary that is connected to the dynamics of the cluster. A rapid decline in the halo profile is expected near r_(sp). We measure the galaxy number density and weak lensing mass profiles around REDMAPPER galaxy clusters in the first-year Dark Energy Survey (DES) data. For a cluster sample with mean M_(200m) mass ≈2.5 × 10^(14) M⊙, we find strong evidence of a splashback-like steepening of the galaxy density profile and measure r_(sp) = 1.13 ± 0.07 h^(−1) Mpc, consistent with the earlier Sloan Digital Sky Survey measurements of More et al. and Baxter et al. Moreover, our weak lensing measurement demonstrates for the first time the existence of a splashback-like steepening of the matter profile of galaxy clusters. We measure r_(sp) = 1.34 ± 0.21 h^(−1) Mpc from the weak lensing data, in good agreement with our galaxy density measurements. For different cluster and galaxy samples, we find that, consistent with ΛCDM simulations, r_(sp) scales with R_(200m) and does not evolve with redshift over the redshift range of 0.3–0.6. We also find that potential systematic effects associated with the REDMAPPER algorithm may impact the location of r_(sp). We discuss the progress needed to understand the systematic uncertainties and fully exploit forthcoming data from DES and future surveys, emphasizing the importance of more realistic mock catalogs and independent cluster samples

FPGA-Based High-Speed Optical Fiber Sensor Based on Multitone-Mixing Interferometry

We report a real-time high-speed fiber Bragg grating (FBG) interrogator based on a fiber-optic interferometer. The signal processing is performed by using a low-cost field-programmable gate array (FPGA) system, which is programed to implement a phase-generated carrier (PGC) demodulation algorithm with multitone mixing (MTM) to provide distortion-free signals with high tolerance to modulation depth variations and light intensity fluctuations. The system can stream data at rates up to 1 MS/s and allows multiplexed processing up to two channels. Experimental results show simultaneous measurements of two FBGs, one of which was actuated at frequencies up to 100 kHz. The system features a 3-dB bandwidth of 280 kHz, and a dynamic wavelength resolution of 4.7 fm/Hz ^{mathrm {1/2}}. We also demonstrate a strong reduction of distortion using the MTM approach with respect to the standard technique. Finally, we study the origin of the noise, demonstrating a reduction in common noise sources by using one of the FBGs as a reference. The system can measure FBGs centered at any position within the spectral band of the source, is polarization-independent, and is easily scalable to more than two measurement channels from the same interferometer

Secuenciación Parcial del Genoma de Xanthomonas translucens pv. undulosa Empleando Nuevas Tecnologías

La espiga negra o rayado bacteriano es una enfermedad causada por la bacteria Xanthomonas translucens pv. undulosa. Esta enfermedad se manifiesta sobre las hojas con manchas estriadas marrones, mientras que los granos y tallos adquieren un aspecto marrón oscuro de apariencia húmeda. Se manifiesta en cultivos de trigo (Triticum spp), cebada (Hordeum vulgare), centeno (Secale cereale) y avena (Avena sp), donde las epidemias son de carácter esporádico, dependiendo del manejo del cultivo, condiciones climáticas y genotipos utilizados. Eventualmente podrían representar una limitante para la producción en estos cultivos.Hasta el momento, no se ha secuenciado ningún aislamiento de esta bacteria en Argentina, limitando estudio y comprensión de su patogenicidad. Con el objetivo de conocer aspectos genómicos básicos de dicha bacteria, se purificó ADN a partir de colonias aisladas a partir de trigo con síntomas y se secuenció empleando la tecnología MinION (Oxford Nanopore), de pequeño tamaño y bajo costo. Como resultado se obtuvieron 2.9x103 lecturas contabilizando un total de 500Mb secuenciados. En el ensamblaje final se obtuvo un solo contig de aproximadamente 4.5Mb con una cobertura promedio de 70X y con una identidad a nivel de nucleótidos cercanas al 96% respecto de la secuencia referencia de Xanthomonas translucens pv. undulosa cepa ICMP11055 (CP009750). En el proceso de anotación de genes se identificaron 6 rDNA, 57 RNAt y más de 5000 CDSs (secuencias codificantes). Se continúa trabajando en la determinación del repertorio de genes que codifican para proteínas efectorasy otras regiones genómicas asociadas a la patogenicidad.Los resultados expuestos permiten valorar el empleo de las nuevas tecnologías de secuenciación para el conocimiento de diferentes genomas. Las mismas deben ser consideradas como una herramienta económicamente accesible, versátiles ya que no requieren de equipo pesado ni condiciones exigentes para su uso y rápidas, indispensables para el estudio de diferentes agentes fitopatógenos

First report of Oxalis conorrhiza as alternate host of Puccinia sorghi, causal agent of common rust of Maize

A high genetic variability has been recognized in Puccinia sorghi in Argentina (Gonzalez et al. 2011), although its origin remains unclear since the different reported alternate hosts (Oxalis corniculata L., O. stricta L., O. bowiei Herb. ex Lindl.) have never been detected with this disease in the region. In the spring of 2013 and 2014, the spermagonium and aecial estages of a Puccina sp., were observed on O. conorrhiza Jacq. (syn. O. cordobensis R. Knuth) in Córdoba Province, in central Argentina. Those structures were found in 22 sampling sites, under natural infections, in a radius of 175 km of Córdoba City. O. conorrhiza is a bulbous perennial plant native to South America in the Oxalidaceae family, with a low, moderate growth habit. It is distributed in several provinces of central Argentina. O. conorrhiza can usually be found in alluvial flatlands, riverbanks, wasteland, roadsides, pastures, as well as farmlands. The confirmation of the O. conorrhiza species was carried out by the ACCOR Herbarium of the National University of Córdoba, Argentina. On approximately one-third of the leaves of each infected plant, ampulliform, subepidermal, amphigenous spermagonia, arranged in small clusters of 0.5 mm were observed. Spermagonia containing spermatia and receptive hyphae were golden yellow to orange yellow with abundant nectar exuding. Those in the center of the lesion are surrounded by annular groups of aecia, formed exclusively on the abaxial surface of the leaves. Aecia were orange, cylindrical short, with irregular opening at the apex. To determine the causal organism, aesciospores were inoculated in sweet corn plants. Fifty aeciospores from disease samples were suspended per ml of sterile water and sprayed on 5 sweet corn plants. As a negative control, 5 plants were inoculated with sterile water. All plants were kept in the dark at saturated humidity for 24 h at 24°C. After that, the plants were kept at 25 to 27°C and 70 to 80% humidity with a photoperiod of 16 h light. Seven days after inoculation, typical symptoms of corn common rust were observed: orange uredia with abundant urediospores production. At 21 days, typical teleutospores were observed. The rust matched the morphological characteristics of P. sorghi Schwein (Lindquist 1982). DNA from aeciospores from O. conorrhiza was extracted with NucleoSpin Plant II kit. A fragment from the 28S subunit regions rRNA gene was amplified and sequenced with primers Rust1 and F36 (Kropp et al. 1995). BLAST analysis of 28S sequence data (GenBank Accession Nos. HQ412650.1, GU057994.1, and AY114291.1) showed 99% identity to P. sorghi. To our knowledge, this is the first report of P. sorghi isolated from O. conorrhiza worldwide. The report contributes to an improved understanding of variability of P. sorghi which will be useful for exploring appropriate disease management, epidemiology, and breeding strategies.Fil: Guerra, Fernando Andres. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Brücher, Elsa. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: de Rossi, Roberto Luis. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Plazas, M. C.. Universidad Católica de Córdoba; ArgentinaFil: Guerra, Gustavo Dario. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ducasse, Daniel Adrián. Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentin

Informe de SITUACIÓN FITOSANITARIA - Región Centro Norte de Córdoba 22 de Marzo de 2014

Como avisáramos en el anterior informe, las enfermedades más importantes de los dos cultivos avanzaron de manera muy marcada en estos últimos días, se debe estar muy atento para no tener sorpresas. El caso más importante es el tizón de maíz, que avanza de manera agresiva

Fitoplasmas en Argentina. Situación actual

Los fitoplamas (Mollicutes) son bacterias sin pared celular, no cultivables, habitantes exclusivos del floema en plantas infectadas. Se encuentran también en sus insectos vectores (Hemiptera), donde además se multiplican. Son agentes causales de enfermedades que producen pérdidas en diferentes cultivos de gran importancia económica. Han sido citadas en más de 1000 especies de plantas en el planeta. Su clasificación está asociada al análisis de diversos genes que permitieron establecer con que grupo de procariotas están asociados los fitoplasmas y además demostrar su diversidad. Así se demostró que estos patógenos derivan de Lactobacilus (Gram+), por evolución reductiva han perdido una importante cantidad de genes vitales, presentando importante cantidad de genes para el transporte. El análisis de secuencias y RFLP del gen 16Sr ribosomal ha permitido establecer una clasificación en grupos y subgrupos los que presentan distribuciones irregulares en el planeta. Así, en Argentina hemos detectado hasta el momento cinco grupos 16Sr (16SrI; III; VII; X; XIII) y numerosos subgrupos propios del cono sur americano, afectando cultivos tan importantes como ajo (Allium sativa), duraznero (Prunus persicae), remolacha (Beta vulgaris), alfalfa (Medicago sativa), frutilla (Fragaria x ananassa), peral (Pyrus spp.), paraíso (Melia azedarach), entre otros. Los síntomas son variables, aunque acortamiento de entrenudos, escoba de bruja (sobrebrotamiento), amarillamientos y enrojecimientos son los más frecuentes. Se han detectado en numerosas malezas, las que podrían estar funcionando como hospedantes alternativos del patógeno y ser refugio para los insectos vectores. Poco se sabe en la región acercade los insectos involucrados en cada patosistema, tampoco los mecanismos de patogenicidad operando en estos agentes propios de la región. El proyecto continúa estudiando la diversidad de fitoplasmas presentes, intentado la cría y transmisión experimental con diferentes hemipteros y analizando algunos genes que podrían estar involucrados en la patogenicidad de este tipo de bacterias en nuestros cultivos

Informe de SITUACIÓN FITOSANITARIA - Región Centro Norte de Córdoba 23 de Enero de 2015

Tanto el cultivo de soja como el de maíz se han vistos favorecidos por las lluvias recibidas en estos últimos días. Las precipitaciones registradas generan buenas condiciones para el desarrollo de los mismos. Al mismo tiempo propician condiciones que son conducentes a varios patógenos, por lo que comienza un período para estar más atentos y seguir de cerca lo que pasa en los lotes

Informe de SITUACIÓN FITOSANITARIA - Région Centro Norte de Córdoba 7 de Mayo de 2015

Finaliza la campaña transcurriendo la cosecha y llegando a su fin los monitoreos. El otoño se presenta húmedo, pero diferente al del año anterior. Las precipitaciones en el ciclo estival fueron buenas y se reflejan en la mayoría de los lotes cosechados.Sin embargo al finalizar los ciclos de cultivos encontramos una serie de patologías que nos generan la siguiente pregunta...¿llegaron para quedarse

Informe de SITUACIÓN FITOSANITARIA - Región Centro Norte de Córdoba 16 de Febrero de 2015

Las precipitaciones de esta última semana han sido muy abundantes en toda la región y los cultivos se encuentran en excelente estado general. Al mismo tiempo continúan condiciones climáticas que son conducentes a varios patógenos y en general el avance de las enfermedades se registra adelantada dos semanas con respecto a la campaña anterior. Luego de este período de alta humedad, será cuando comenzaremos a ver importantes variaciones en la severidad de las enfermedades, ya que durante días con vientos y más secos, las esporas que se han generado con esta humedad, se dispersaran y se comenzarán a observarse cambios notorios en la sintomatología de cada una. Es por esto que se debe estar más atento y seguir de cerca lo que pasa en los lotes

Location of chlorogenic acid biosynthesis pathway and polyphenol oxidase genes in a new interspecific anchored linkage map of eggplant

© Gramazio et al.; licensee BioMed Central. 2014. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly credited. The Creative Commons Public Domain Dedication waiver (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) applies to the data made available in this article, unless otherwise stated