Development of a Prediction Model for COVID-19 Acute Respiratory Distress Syndrome in Patients With Rheumatic Diseases: Results From the Global Rheumatology Alliance Registry

OBJECTIVE: Some patients with rheumatic diseases might be at higher risk for coronavirus disease 2019 (COVID-19) acute respiratory distress syndrome (ARDS). We aimed to develop a prediction model for COVID-19 ARDS in this population and to create a simple risk score calculator for use in clinical settings. METHODS: Data were derived from the COVID-19 Global Rheumatology Alliance Registry from March 24, 2020, to May 12, 2021. Seven machine learning classifiers were trained on ARDS outcomes using 83 variables obtained at COVID-19 diagnosis. Predictive performance was assessed in a US test set and was validated in patients from four countries with independent registries using area under the curve (AUC), accuracy, sensitivity, and specificity. A simple risk score calculator was developed using a regression model incorporating the most influential predictors from the best performing classifier. RESULTS: The study included 8633 patients from 74 countries, of whom 523 (6%) had ARDS. Gradient boosting had the highest mean AUC (0.78; 95% confidence interval [CI]: 0.67-0.88) and was considered the top performing classifier. Ten predictors were identified as key risk factors and were included in a regression model. The regression model that predicted ARDS with 71% (95% CI: 61%-83%) sensitivity in the test set, and with sensitivities ranging from 61% to 80% in countries with independent registries, was used to develop the risk score calculator. CONCLUSION: We were able to predict ARDS with good sensitivity using information readily available at COVID-19 diagnosis. The proposed risk score calculator has the potential to guide risk stratification for treatments, such as monoclonal antibodies, that have potential to reduce COVID-19 disease progression

Allopregnanolone-induced rise in intracellular calcium in embryonic hippocampal neurons parallels their proliferative potential

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Factors that regulate intracellular calcium concentration are known to play a critical role in brain function and neural development, including neural plasticity and neurogenesis. We previously demonstrated that the neurosteroid allopregnanolone (APα; 5α-pregnan-3α-ol-20-one) promotes neural progenitor proliferation <it>in vitro </it>in cultures of rodent hippocampal and human cortical neural progenitors, and <it>in vivo </it>in triple transgenic Alzheimer's disease mice dentate gyrus. We also found that APα-induced proliferation of neural progenitors is abolished by a calcium channel blocker, nifedipine, indicating a calcium dependent mechanism for the proliferation.</p> <p>Methods</p> <p>In the present study, we investigated the effect of APα on the regulation of intracellular calcium concentration in E18 rat hippocampal neurons using ratiometric Fura2-AM imaging.</p> <p>Results</p> <p>Results indicate that APα rapidly increased intracellular calcium concentration in a dose-dependent and developmentally regulated manner, with an EC₅₀of 110 ± 15 nM and a maximal response occurring at three days <it>in vitro</it>. The stereoisomers 3β-hydroxy-5α-hydroxy-pregnan-20-one, and 3β-hydroxy-5β-hydroxy-pregnan-20-one, as well as progesterone, were without significant effect. APα-induced intracellular calcium concentration increase was not observed in calcium depleted medium and was blocked in the presence of the broad spectrum calcium channel blocker La³⁺, or the L-type calcium channel blocker nifedipine. Furthermore, the GABA_Areceptor blockers bicuculline and picrotoxin abolished APα-induced intracellular calcium concentration rise.</p> <p>Conclusion</p> <p>Collectively, these data indicate that APα promotes a rapid, dose-dependent, stereo-specific, and developmentally regulated increase of intracellular calcium concentration in rat embryonic hippocampal neurons via a mechanism that requires both the GABA_Areceptor and L-type calcium channel. These data suggest that APα-induced intracellular calcium concentration increase serves as the initiation mechanism whereby APα promotes neurogenesis.</p

Inborn errors of OAS-RNase L in SARS-CoV-2-related multisystem inflammatory syndrome in children

Multisystem inflammatory syndrome in children (MIS-C) is a rare and severe condition that follows benign COVID-19. We report autosomal recessive deficiencies of OAS1, OAS2, or RNASEL in five unrelated children with MIS-C. The cytosolic double-stranded RNA (dsRNA)-sensing OAS1 and OAS2 generate 2'-5'-linked oligoadenylates (2-5A) that activate the single-stranded RNA-degrading ribonuclease L (RNase L). Monocytic cell lines and primary myeloid cells with OAS1, OAS2, or RNase L deficiencies produce excessive amounts of inflammatory cytokines upon dsRNA or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) stimulation. Exogenous 2-5A suppresses cytokine production in OAS1-deficient but not RNase L-deficient cells. Cytokine production in RNase L-deficient cells is impaired by MDA5 or RIG-I deficiency and abolished by mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS) deficiency. Recessive OAS-RNase L deficiencies in these patients unleash the production of SARS-CoV-2-triggered, MAVS-mediated inflammatory cytokines by mononuclear phagocytes, thereby underlying MIS-C

Molecular and functional responses of soil microbial communities under grassland restoration

International audienceThe influence of ageing grassland on microbial community structure in different long-term grassland regimes compared to tillage in neighbouring fields was investigated to evaluate whether grassland restoration can be considered as a specific type of management for soil conservation in northern France. Microbial community structure was examined by analyzing the distribution of total and labile organic matter, the size of bacterial and fungal populations, and bacterial metabolic fingerprints and fungal genetic fingerprints. Results showed a gradual positive increase of total microbial biomass between the intensive management reference site and the six grassland soils, and that soil organic matter storage is associated with changes in microbial biomass. There was a large increase in fungal and bacterial populations in the permanent grassland, but bacteria were more weakly affected by agricultural management practices than the fungi. Although potential functional diversity shifts in the bacterial community seemed to be related to the ageing grassland gradient, we were not able to highlight any significant difference in bacterial genetic diversity between the sites. There was, however, a strong relationship between fungal genetic diversity and the ageing grassland. Finally, an increase in microbial activities (% mineralization) was observed according to the age of the meadow. Among agricultural management practices, grassland restoration may have a positive impact in maintaining the soil status

Optimisation de la procédure d'extraction d'ADN des sols pour caractériser la diversité microbienne tellurique par le pyroséquençage des gènes ribosomiques

Session I : Génomique et transcriptomique environnementales EA SPE GenoSol EcolDur CT?National audienceDepuis plusieurs années, les communautés microbiennes du sol (bactériennes et fongiques) sont étudiées au travers de leur ADN. Le mode d’extraction de l’ADN du sol revêt donc une importance capitale pour décrire la biodiversité microbienne. A ce jour, de nombreuses procédures d’extraction d’ADN (commerciales ou non) des sols sont disponibles et utilisées. Il est cependant difficile de comparer les résultats d’études ayant utilisés différents protocoles d’extraction. L’emploi d’une méthode d’extraction standardisée est donc devenu indispensable pour comparer les résultats de différents laboratoires, comme la norme “ISO-11063: Soil quality – Method to directly extract DNA from soil” développée pour extraire l’ADN bactérien des sols. Or, le développement récent des techniques de séquençage massif parallèle (comme le pyroséquençage), qui permettent d’aborder des inventaires taxonomiques précis et représentatifs, nous conduit à revisiter les biais associés à ces procédures d’extraction d’ADN. L’objectif de cette étude a donc été de définir le protocole d’extraction d’ADN du sol le plus approprié pour accéder au maximum de diversité microbienne (bactérienne et fongique) tellurique. Dans ce contexte, trois procédures ont été testées (dont la norme ISO) sur cinq sols différents de par leurs propriétés physicochimiques et leur mode d’usage. La qualité des ADN extraits a été évaluée en termes de rendement d’extraction, d’abondance (biomasse moléculaire et densité par qPCR) et de diversité (pyroséquençage 454 des gènes ribosomiques 16S et 18S) des communautés bactériennes et fongiques. L’analyse de ces résultats nous a permis de définir le protocole le plus adapté pour caractériser au mieux la diversité taxonomique des microorganismes telluriques

Etude de matériaux carbonés enrichis en azote pour la réalisation de préleveurs passifs des gaz du sol

International audienc

Projet RESSOLV : REstauration des Sédiments et des SOLs Vulnérables.

International audienceLe projet structurant RESSOLV (REstauration des Sédiments et des SOLs Vulnérables) initié en 2008 dans le cadre du réseau SCALE (GRR SER) s'inscrit dans les préoccupations actuelles concernant la maîtrise des risques et la préservation de l'environnement. Il répond aux besoins de connaissances sur les sites et les sols pollués (reconnaissance, prévention, traitement) et aux demandes concernant l'occupation des sols, l'aménagement du territoire, les ressources en eau et les risques liés aux sols ou sédiments contaminés. La contamination des sols est une menace importante pesant sur la préservation durable de la qualité des sols et de leurs fonctions environnementales. Dans sa stratégie thématique en faveur de la protection des sols, la Commission européenne a identifié la contamination des sols comme étant l'une des menaces majeures pour la qualité des sols : le coût estimé de ce type de dégradation se situe dans une fourchette de 2,4 à 17,3 Mrd EUR par an à l'échelle européenne. En contexte Haut-Normand, les pratiques de dragage constituent, par ailleurs, un enjeu majeur pour le développement et le maintien des activités portuaires. Elles présentent également un risque de contamination des eaux côtières pouvant affecter durablement les écosystèmes. Le projet RESSOLV a donc pour objectifs à moyen et long terme : 1. d'élaborer des procédés de remédiation des sols et des sédiments contaminés de Haute-Normandie ; 2. de mettre au point des outils de suivi de la performance de ces procédés ; 3. de proposer, pour les sédiments, des voies de valorisation après atténuation de leur contamination. Il est subdivisé en 2 axes de recherche :-l'axe 1 se consacre à la restauration des sols (RESSOLV-sols),-l'axe 2 se consacre à la restauration des sédiments (RESSOLV-sédiments). L'axe RESSOLV-sols a pour but (1) l'élaboration d'un procédé de remédiation biologique de sols contaminés et (2) la mise au point d'outils de suivi de la performance de ce procédé in situ. Au-delà du procédé de bioremédiation en lui-même, cet axe a également pour finalité d'améliorer les connaissances concernant la (bio)disponibilité des polluants cibles et persistants présents dans les sols agricoles, urbains ou industriels contaminés. Ce dernier aspect est actuellement l'un des points clés de la définition du risque potentiel vis-à-vis des sols contaminés. L'axe RESSOLV-sédiments a pour but (1) le développement d'un procédé de remédiation chimique (électromigration) des sédiments pollués, (2) l'analyse du risque du dépôt à terre (relargage des contaminants) ainsi que (3) leur valorisation en matériaux de remblaiement ou de construction routière. Chaque axe est organisé en volets correspondant à un ensemble d'actions de recherche cherchant à répondre à une (ou des) question(s) scientifiques. Les volets ont une programmation pluriannuelle sur la période 2008-2016. Pour les deux axes, les polluants cibles sont les Eléments Traces Métalliques (ETM) et les Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP), contaminants toxiques présents partout dans l'environnement (air, eau, sols et sédiments) en raison de la multiplicité de leurs sources (principalement anthropogéniques) et de leur forte persistance. Les actions de recherche sont réalisées sur des échantillons provenant de sites ateliers localisés en Haute-Normandie et combinent des travaux en conditions contrôlées au laboratoire avec des travaux in situ permettant de tester les procédés de remédiation proposés