MODULAÇÃO TRANSCRICIONAL DE GENES ASSOCIADOS AO SISTEMA ANTIOXIDANTE EM PACIENTES COM COVID-19: IMPACTO POTENCIAL NO SISTEMA NERVOSO CENTRAL

Introdução: O SARS-CoV-2 é capaz de infectar as células do sistema nervoso central (SNC), promovendo estresse oxidativo e inflamação. Múltiplas manifestações neurológicas como cefaléia, confusão mental, fadiga, anosmia e ageusia tem sido descritas. O mecanismo pelo qual o SARS-CoV-2 causa estas manifestações, ainda não está estabelecido. Neste sentido, o transcriptoma de indivíduos com COVID-19 pode indicar modulação transcricional que, no futuro, pode ser utilizada como biomarcador de alterações clínicas. Objetivos: Investigar a modulação transcricional de genes associados ao sistema antioxidante endógeno (KEGG N00243) no córtex pré-frontal de pacientes com COVID-19. Métodos: Utilizamos dois bioprojetos (PRJNA755712 e PRJNA755713), disponíveis no NCBI, de autópsias de córtex pré-frontal de indivíduos infectados e não infectados, totalizando 10 transcriptomas. Após, foram baixadas as sequências de mRNA e as sequências codificadoras foram utilizadas para o mapeamento das leituras dos transcriptomas. O mapeamento e a análise de expressão diferencial foram realizados no CLC Genomics Workbench 23.0.4. Foram considerados diferencialmente expressos, os genes que apresentaram p < 0,05. Resultados e discussão: A infecção pelo SARS-CoV-2 induziu um aumento na transcrição da Gpx4 (FC = 7,71) e da Nqo1 (FC = 5,83) indicando uma adaptação do organismo no combate ao estresse oxidativo. Em contrapartida, houve uma diminuição na transcrição da GstA4 (FC = -19,33), GstM2 (FC = -2,21), GstM4 (FC = -16,6), GstT1 (FC = -10,52). A glutationa S-transferase (GST) é uma enzima de fase 2 de detoxificação, que conjuga a glutationa com moléculas xenobióticas (substâncias estranhas ao organismo humano). A redução na transcrição de GSTs pode resultar em uma detoxificação ineficaz. Polimorfismos neste gene são considerados fatores de risco para esquizofrenia, transtorno bipolar e ansiedade. Além disso, estudos in vitro indicam que a perda da GSTA4 prejudica a diferenciação, remielinização e sobrevivência de oligodendrócitos, o que pode contribuir para a neurodegeneração. Conclusão: O SARS-CoV-2 pode provocar uma modulação transcricional comparável àquela observada em patologias que comprometem o SNC. As implicações de longo prazo da COVID-19 parecem incluir uma gama de distúrbios, sobretudo no SNC. Estudos complementares são necessários para aprofundar estes achados e os correlacionar com as manifestações neurológicas dos pacientes acometidos por COVID-19

ANÁLISE RETROSPECTIVA DAS MUTAÇÕES NA ORF8 DO SARS-COV-2 NA REGIÃO CENTRAL DO RIO GRANDE DO SUL, BRASIL: IMPLICAÇÕES PARA O PROGNÓSTICO DA COVID-19

Introdução: Algumas proteínas do coronavírus desempenham um papel importante na modulação da imunidade inata do hospedeiro, mas poucos estudos foram conduzidos sobre SARS-CoV-2. Neste estudo, examinamos a proteína viral ORF8, que é capaz de mimetizar a IL-17A causando a tempestade de citocinas e, ainda, é potencial inibidora da via de sinalização do interferon tipo I (IFN-1), um componente chave para a resposta antiviral da imunidade inata do hospedeiro. A Orf8 é uma região genômica hipervariável e pouco conservada entre os coronavírus, os quais podem persistir sem uma Orf8 funcional. As mutações na Orf8 do SARS-CoV-2 podem ser preditoras do prognóstico da COVID-19. Assim, o paciente pode apresentar diferentes estágios clínicos da COVID-19. Objetivos: Analisar retrospectivamente as mutações na Orf8 do SARS-CoV-2 circulante na região central do Rio Grande do Sul, Brasil. Métodos: Foram sequenciadas 1449 amostras positivas para SARS-CoV-2 de laboratórios públicos e privados da 4ª Coordenadoria Regional de Saúde do estado do Rio Grande do Sul das semanas epidemiológicas 26/2021 a 17/2023. O sequenciamento foi realizado pela tecnologia MinION ou Illumina iSeq 100 no LABIOMIC. As sequências consenso foram montadas utilizando o protocolo de bioinformática ARTIC nCoV-2019 ou Dragen COVID. Os clados e linhagens foram determinados pelo Nextclade e Pangolim, respectivamente. As mutações na região da Orf8 foram analisadas na plataforma Nextclade. Resultados: Das amostras sequenciadas, 75 foram classificadas como Gamma, 293 Delta, 982 Ômicron e 105 recombinantes, destas 67 eram XBB. A mutação E92K foi observada em 97% das sequências Gamma. Todas as Delta possuíam as deleções D119- e D120-. Na Ômicron, 7% das Orf8 possuíam alguma mutação. Foram encontradas as mutações P36L, V62L, E64D, L95F (Delta), V62L, A65S, S67F, F120V, I121L, I121F, T11I (Ômicron) e A65V (XBB). Na literatura, T11I está associada a maior severidade da doença. Já as demais, a uma atenuação dos sintomas da COVID-19. A mutação G8*, que interromperia o processo de transcrição gerando uma proteína truncada, foi observada em 85,6% das XBB. As mutações encontradas aqui, possivelmente abrandaram ou suprimiram os efeitos causados pela ORF8. Conclusão: Foram encontradas mutações que, hipoteticamente, podem alterar o fenótipo viral e interferir na resposta do hospedeiro. Estudos posteriores são necessários para demonstrar correlação clínica das diferentes evoluções dos casos de covid-19 com essas mutações

Pipeline validation for the identification of antimicrobial-resistant genes in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae

Abstract Antimicrobial-resistant Klebsiella pneumoniae is a global threat to healthcare and an important cause of nosocomial infections. Antimicrobial resistance causes prolonged treatment periods, high mortality rates, and economic impacts. Whole Genome Sequencing (WGS) has been used in laboratory diagnosis, but there is limited evidence about pipeline validation to parse generated data. Thus, the present study aimed to validate a bioinformatics pipeline for the identification of antimicrobial resistance genes from carbapenem-resistant K. pneumoniae WGS. Sequences were obtained from a publicly available database, trimmed, de novo assembled, mapped to the K. pneumoniae reference genome, and annotated. Contigs were submitted to different tools for bacterial (Kraken2 and SpeciesFinder) and antimicrobial resistance gene identification (ResFinder and ABRicate). We analyzed 201 K. pneumoniae genomes. In the bacterial identification by Kraken2, all samples were correctly identified, and in SpeciesFinder, 92.54% were correctly identified as K. pneumoniae, 6.96% erroneously as Pseudomonas aeruginosa, and 0.5% erroneously as Citrobacter freundii. ResFinder found a greater number of antimicrobial resistance genes than ABRicate; however, many were identified more than once in the same sample. All tools presented 100% repeatability and reproducibility and > 75% performance in other metrics. Kraken2 was more assertive in recognizing bacterial species, and SpeciesFinder may need improvements

ANÁLISE DO ESQUEMA VACINAL EM PACIENTES INFECTADOS COM A LINHAGEM XBB NA REGIÃO CENTRAL DO RIO GRANDE DO SUL, BRASIL

Introdução: A linhagem recombinante XBB, em circulação no Brasil, evade a imunidade mediada por anticorpos adquiridos pela vacinação ou infecções prévias por SARS-CoV-2 devido a múltiplas mutações no gene S. Indivíduos com esquema vacinal completo permanecem protegidos contra a forma grave, hospitalização e morte por COVID-19. No entanto, aqueles com doses insuficientes ou passados mais de seis meses podem ter proteção reduzida contra o vírus. Objetivo: Realizar a genotipagem de amostras positivas para SARS-CoV-2 e investigar o esquema vacinal de indivíduos infectados com a linhagem XBB na região central do RS, Brasil. Métodos: Foram sequenciadas amostras positivas para SARS-CoV-2 de laboratórios públicos e privados da 4ª Coordenadoria Regional de Saúde do RS, das semanas epidemiológicas 47/2022 a 17/2023. As tecnologias MinION ou Illumina iSeq 100 foram empregadas para realizar o sequenciamento no LABIOMIC. Utilizou-se o protocolo de bioinformática ARTIC nCoV-2019 ou Dragen COVID para montar as sequências consenso. Os clados e linhagens foram determinados pelo Nextclade e Pangolin, respectivamente. Os dados epidemiológicos e clínicos dos pacientes infectados com a variante XBB foram obtidos do DATASUS, e-SUS e SIVEP GRIPE. Resultados e discussão: Das 340 amostras sequenciadas, 89 foram identificadas como XBB ou suas sublinhagens. Em relação à faixa etária, 41,6% com 40-59 anos; 33,7% com +60 anos e se recuperaram da infecção por XBB (97,7%). Apenas três pacientes foram hospitalizados (dois na UTI e um na enfermaria), resultando em dois óbitos. Ambos os pacientes tinham idade ≥80 anos, sendo um com esquema vacinal incompleto. Em relação ao esquema vacinal, 41,6% dos indivíduos receberam duas doses da vacina e um reforço, enquanto 27% receberam dois reforços. No entanto, 55% dos indivíduos receberam sua última dose há mais de um ano. Cinco indivíduos não foram vacinados. A capacidade de neutralização da dose de reforço (Pfizer-BioNTech BNT162b2) é 66 vezes menos eficaz contra a cepa XBB.1.5 em comparação com a cepa WA.1. Conclusão: A maioria dos pacientes infectados com XBB se recuperou, porém, receberam sua última dose de vacina ou reforço há mais de um ano, indicando possível declínio ou ausência de anticorpos contra o vírus. Portanto, é importante enfatizar a importância de completar o esquema vacinal