Evaluating Pre-trained Word Embeddings in domain specific Ontology Matching

Tese de mestrado, Ciência de Dados, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2022The ontology matching process focuses on discovering mappings between two concepts from distinct ontologies, a source and a target. It is a fundamental step when trying to integrate heterogeneous data sources that are described in ontologies. This data represents an even more challenging problem since we are working with complex data as biomedical data. Thus, derived from the necessity of keeping on improving ontology matching techniques, this dissertation focused on implementing a new approach to the AML pipeline to calculate similarities between entities from two distinct ontologies. For the implementation of this dissertation, we used some of the OAEI tracks, such as Anatomy and LargeBio, to apply a new algorithm and evaluate if it improves AML’s results against a refer ence alignment. This new approach consisted of using pre-trained word embeddings of five different types, BioWordVec Extrinsic, BioWordVec Intrinsic, PubMed+PC, PubMed+PC+Wikipedia and English Wikipedia. These pre-trained word embeddings use a machine learning technique, Word2Vec, and were used in this work since it allows to carry the semantic meaning inherent to the words represented with the corresponding vector. Word embeddings allowed that each concept of each ontology was represented with a corresponding vector to see if, with that information, it was possible to improve how relations between concepts were determined in the AML system. The similarity between concepts was calculated through the cosine distance and the evaluation of the new alignment used the metrics precision recall and F-measure. Although we could not prove that word embeddings improve AML current results, this implementation could be refined, and the technique can be still an option to consider in future work if applied in some other way

Processos de separação com membranas na reciclagem e tratamento de efluentes da indústria têxtil

Numa era em que a destruição de determinados recursos naturais começa a se constituir numa ameaça e em que o desenvolvimento sustentável é a palavra de ordem, a implantação de tecnologias mais limpas e o tratamento das águas residuais tornou-se um dos problemas mais prementes da indústria. O projecto de sistemas de reciclagem e tratamento de efluentes líquidos de uma unidade industrial tem como pressuposto o conhecimento dos níveis de qualidade da água para cada processo e as normas a que deve obedecer a descarga final de águas residuais em meios aquáticos ou no solo. A primeira etapa é a análise quantitativa e qualitativa da água consumida e rejeitada, seguida da definição dos balanços de massa dos diversos processos. Este passo deve permitir definir melhores regras de operação, identificar medidas internas que minimizem o consumo de água e a carga poluente rejeitada, assim como avaliar as consequências tecnológicas e económicas resultantes da adopção de novas tecnologias no processo de produção. A fase seguinte incide na abordagem das medidas externas necessárias para a unidade industrial cumprir as normas de rejeição do efluente final, a concepção do sistema de tratamento. Actualmente, quando da hierarquização e avaliação das diversas soluções propostas para efectuar a reciclagem e o tratamento de efluentes, a técnica de separação com membranas é proposta como uma das soluções tecnológicas mais adequada. A aplicação destes processos na indústria têxtil iniciou-se nos anos setenta nos EUA, sendo pioneiro o trabalho desenvolvido na Universidade de Clemson, NC, nomeadamente pelo professor J. F. Porter. No final dessa década a aplicação das membranas na recuperação de produtos do sector têxtil, nomeadamente os encolantes começa a generalizar-se. Em simultâneo, o grupo do Instituto Têxtil de Denkendorf na Alemanha liderado pelo professor J. Trauter e o grupo da Universidade de Natal na África do Sul, que tem como lider o professor C. A. Buckley que desenvolvem trabalhos de destaque e relatam a implantação de sistemas de membranas na recuperação de produtos no sector têxtil. Recentemente, os trabalhos de investigação em curso e as aplicações industriais apresentam um crescimento em exponencial, quer pelo desenvolvimento de novas membranas mais resistentes e com uma maior selectividade e fluxo, quer pelo decréscimo no custo das membranas e respectivos módulos.Uma nova vertente da investigação centra-se na modificação de membranas de forma a diminuir o fouling permitindo assim um acréscimo da performance das membranas. Nesta comunicação é apresentado um resumo histórico da aplicação das membranas na reciclagem e recuperação de produtos e água no sector têxtil e os novos desenvolvimentos no sector, com destaque para os trabalhos desenvolvidos na Universidade do Minho relativos à modificação de membranas e ao tratamento de efluentes do processo de tingimento com corantes reactivos

Surface modification of polyethersulfone membranes by catechol and polyethyleimine to removal reactive dyes from textile wastewater

The application of ionic adsorbent to the microfiltration membrane to remove reactive dyes from industrial wastewaters from cotton dyeing process is an environmentally friendly technique which allows significant reductions in energy consumption as compared with the conventional process required for the removal of these dyes the nanofiltration membranes This work studies the co-deposition of catechol and polyethyleneimine on porous polyethersulfone microfiltration membranes (PMM), and their application to removal of color from textile effluents. The PMM was a commercial product from Sartorious Stedim Biotech, with an average pore size of 0.2 µm, hydrophobic. Catechol (Cc) and Polyethyleneimine (PEI) were dissolved in Tris buffer solution and the concentration of catechol was fixed at 1 mg mL-1. PMM samples were pre-wetted and then immersed into the freshly prepared reaction solutions (1 : 0.2 and 1 : 0.5 ratio of Cc-PEI). This method is adapted already described in literature, and the textile industry wastewater dyeing result from a trichromy of Novacron® reactive dyes. Until now, the characterization/monitoring of the membranes was realized by FT-IR/ATR (wavenumber 600 – 4000 cm-1), hydraulic permeability, hydraulic flux, membrane resistance, UV-VIS. absorption (436, 525 and 620 nm), pH and conductivity. The experiments were carried in a stirred cell (Sterlitech®, model HP 4750). Filtrates were collected until 25 minutes, for each experiment, the filtration was repeated 3 times with the same membrane and during all experiments. The driving force is the height of the water/wastewater column in stirred cell (7 cm) and the pH of industrial wastewater is not adjusted (pH 9,7). Please click Additional Files below to see the full abstract

The placebo and nocebo responses in multiple system atrophy : a systematic review and meta-analysis

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2021Introdução: A Atrofia Multissistémica é uma doença neurodegenerativa rapidamente progressiva e potencialmente fatal, para a qual ainda não foi identificado um tratamento eficaz. Estimar as respostas Placebo e Nocebo irá providenciar informações úteis para um melhor desenho e interpretação de ensaios clínicos, de forma a assegurar a eficácia e a segurança das intervenções estudadas. Objetivo: Estimar as respostas placebo e nocebo na Atrofia Multissistémica e explorar os seus determinantes. Métodos: Base de dados eletrónicas foram pesquisadas até novembro de 2020. Foram incluídos ensaios clínicos randomizados, duplamente cegos, se houvesse data extraível do braço placebo. O outcome primário foi: resposta placebo, definido pela diferença intra-grupo a partir do início do estudo, usando qualquer escala a avaliar o domínio motor; e a resposta nocebo, definida como a proporção de doentes a experienciar efeitos adversos no braço placebo. Foi utilizada uma meta-análise de efeitos-aleatórios para agrupar os dados. Várias análises de subgrupo predeterminadas e meta-regressões foram realizadas. Número de registo PROSPERO: CRD42021222915. Resultados: Foram incluídos 21 ensaios clínicos randomizados (614 doentes no braço placebo). A resposta placebo agregada foi de um aumento nas partes I e II da Unified Multiple System Atrophy Rating Scale de 9.09 pontos (95% CI 7.78 to 10.31, I2=94.00%, 9 estudos, 304 participantes). A resposta nocebo agregada foi de 63.88% (CI 95% 41.15 to 84.05, I2 =93.03%, 13 studies, 331 participants). Ambas as respostas placebo e nocebo foram maiores em estudos de maior duração, enquanto a resposta nocebo foi também maior em estudos sobre intervenções farmacológicas quando comparadas com intervenções não-farmacológicas. Conclusões: Parece haver uma resposta favorável associada com o placebo, mas estes dados precisam de ser comparados com um “grupo de não tratamento” de maneira a validar o seu impacto real, e a resposta placebo é de um alto impacto e deverá por isso ser tomada em consideração aquando da sua aplicação em ensaios clínicos nestes doentes. Estes resultados são relevantes para o desenho e interpretação de futuros ensaios clínicos, e existe uma margem significante de melhoria do desenho dos estudos nesta patologia.BACKGROUND: Multiple System Atrophy is a rapidly progressive and fatal neurodegenerative disease, for which there has not yet been identified an effective treatment. Estimating the placebo and nocebo responses will help us better design and interpret clinical studies in order to assure the efficacy and security of the studied interventions. Objective: To estimate the placebo and nocebo responses in Multiple System Atrophy (MSA) and explore their determinants. METHODS: Electronic databases were searched up to November 2020. Randomized, double-blind, placebo-controlled trials of patients with MSA were included if quantitative data were extractable in the placebo arm. The primary outcomes were: placebo response was defined as the within-group change from baseline, using any scale measuring motor domain; and nocebo response was defined as the proportion of patients experiencing adverse effects in the placebo arm. Random-effects meta-analysis was used to pool data. Several predetermined subgroup analyses and metaregressions were performed. PROSPERO registration number: CRD42021222915. RESULTS: We included 21 randomized controlled trials (614 participants in the placebo arm). Pooled placebo response was an increase in the Unified MSA Rating Scale (UMSARS) parts I and II of 9.09 points (95% CI 7.78 to 10.31, I2=94.00%, 9 studies, 304 participants). Pooled nocebo response was 63,88% (CI 95% 41.15 to 84.05, I2 =93.03%, 13 studies, 331 participants). Both the placebo and nocebo responses were greater in trials with longer duration, whereas the nocebo response was also higher in studies testing pharmacological interventions when compared with non-pharmacological interventions. CONCLUSIONS: There seems to be a favorable response associated with the placebo, but this data needs to be compared with a “no treatment group” in order to validate its real impact, and the nocebo response is of a high impact and therefore should be considered when considering its applicability in the clinical setting of these patients. These results are relevant for the design and interpretation of future clinical trials, and there is significant room of improvement in the studies’ design

Hedonic and utilitarian attitudes towards technology and innovation : purchase Intentions of Audio Devices : the AirPods Case

The substantial technological growth that defines the era we are living in, involves not only improvement of current electronics features, but also launches of innovative products in the market, and both situations from the consumer electronics segment hold an uncertainty regarding the new product acceptance. As to minimize this uncertainty, brands must be aware of preferences and characteristics which drive consumers to their products, addressing properly the potential key target groups. This dissertation relies on identifying relevant dissimilarities across hedonic and utilitarian behaviour profiles concerning the smartphone consumption, the attributes most valued in electronics, and assess whether these profiles influence the consumers’ attitudes towards technology and innovation in general. On a further analysis, the research is applied to the practical case of AirPods, the new wireless earbuds from Apple, limited to the Portuguese market. From the outcomes of the study it was possible to properly differentiate two groups of smartphone users related to hedonic and utilitarian behaviours. The main findings suggest that these consumer profiles do not constitute the main driver in influencing attitudes towards technology and innovation, although they disclose a relative impact on purchase intentions of the innovative audio device from Apple. Nonetheless, demographic aspects, such as age and gender, are also highlighted due to the relatively influence they have in these attitudes. The collected analyzed data might also contribute for brand managers to better communicate to their target groups, enhancing in their products the ‘emotional side’ for the hedonics and the ‘feature side’ for the utilitarians.O crescimento tecnológico substancial que define a era em que vivemos, envolve não só uma melhoria das atuais características eletrónicas, mas também lançamentos de produtos inovadores no mercado, tendo em conta que ambas as situações no segmento de produtos de eletrónica detêm uma incerteza associada à aceitação do novo produto. Para minimizar esta incerteza, as marcas devem estar atentas às preferências e características que levam os consumidores até aos seus produtos, de forma a atrair os potenciais grupos target desejados. Esta dissertação centra-se em identificar diferenças significativas entre os perfis de comportamento hedónico e utilitário relativamente a smartphones, os atributos mais valorizados em eletrónica, e verificar se estes perfis influenciam as atitudes dos consumidores perante tecnologia e inovação em geral. Numa análise mais profunda, o estudo é aplicado ao caso prático dos AirPods, os novos phones wireless da Apple, limitado ao mercado português. Dos resultados foi possível diferenciar dois grupos de utilizadores de smartphone relacionados com comportamentos hedónicos e utilitários. As principais conclusões sugerem que estes perfis comportamentais não constituem o fator principal em determinar atitudes perante tecnologia e inovação, apesar de revelarem um relativo impacto em intenções de compra do inovador acessório de áudio da Apple. No entanto, aspetos demográficos, como idade e género, destacam-se também devido ao seu relativo impacto nas atitudes em questão. A informação analisada poderá fornecer dados aos gestores de marca para comunicarem efetivamente aos seus grupos target, evidenciando nos seus produtos o ‘lado emocional’ para os hedónicos e o ‘lado técnico’ para os utilitários

Experiencing AR in retail: The influence of moment marketing and avatars on consumer behaviour

The development of augmented reality experiences is growing, as its adoption from companies and consumers registers a steady rise. As research is still catching up with the fast adoption of augmented reality solutions, the aim of this study was to investigate the effects of using a shopping assistant, through augmented reality technology, on the consumers’ emotional and cognitive responses, and how it would affect their buying behaviours. A prototype of an application to assist consumers inside a supermarket store was developed, applying a moment marketing strategy, and using HoloLens glasses. By studying the reactions to a number of product suggestions, it was found that whilst the level of brand-moment fit is not yet a big influencer on consumers’ responses and behaviours, the presence of the avatar as the assistant impacts their decisions and heightens their cognitive responses. The results show that a media rich augmented reality experience influences how customers behave in a retail store, and how they make their purchase decisions, ultimately changing how consumers relate to the brands involved in such experiences. At a time when managers in every industry work to capture the attention of consumers, the present study shows how relevant content remains important in every communication activity, even in an innovative augmented reality retail shopping experience.O desenvolvimento de experiências de realidade aumentada tem vindo a crescer, ao mesmo tempo que empresas e consumidores têm vindo a adotar esta tecnologia. Enquanto os investigadores estão ainda a tentar acompanhar a rápida adoção de soluções que envolvem tecnologia de realidade aumentada, o objetivo deste estudo foi investigar que efeitos se poderiam verificar nas respostas emocionais e cognitivas dos consumidores, tal como nos seus comportamentos de compra, ao usar um assistente de compras, através de tecnologia de realidade aumentada. Recorrendo aos óculos HoloLens, foi desenvolvido um protótipo de uma aplicação que assiste os consumidores dentro de um supermercado, aplicando também uma estratégia de marketing em tempo-real. Ao estudar as reações às sugestões de vários produtos, concluiu-se que, enquanto uma alteração nos níveis de brand-moment fit não têm ainda influência nas respostas emocionais e cognitivas dos consumidores, a presença de um avatar como assistente tem um impacto nas decisões de compra, tal como estimula as respostas cognitivas das pessoas. Numa altura em que gestores de qualquer indústria trabalham para captar a atenção dos consumidores, o presente estudo mostra como o conteúdo permanece uma parte importante de qualquer forma de comunicação de marketing, mesmo numa experiência inovadora de realidade aumentada

Tingimento com novos corantes sulfurosos: Contribuição para uma tecnologia mais limpa

Os corantes sulfurosos constituem um exemplo dos problemas encontrados no sector têxtil. Os processos com este tipo de corante apresentam um elevado teor em sulfuretos e carga poluente. Associadas a estes salientam-se as dificuldades na quantificação de corante rejeitado. Nesta comunicação, pretende-se apresentar um contributo à alteração da situação exposta, quer pela substituição dos corantes tradicionais por corantes sulfurosos pré-reduzidos, com baixo teor em sulfuretos e sua quantificação, quer pela aplicação do tingimento com redução electroquímica indirecta

Application of cyclic voltammetric technique on dye concentration control in aqueous solutions

This communication follows a previous work concerning indirect electrochemical reduction of dyes [1] and its application on dyeing control with sulphur dyes. The study concerns the cathodic peak intensity variation with sulphur dye C.I. Leuco Sulphur Black 1 (Black Diresul RDT liq.) concentration, in the presence of a mediator, iron/triethanolamine (FeIII/TEA), in alkaline media

Aplicação da técnica de voltametria cíclica na selecção de material de eléctrodo para o sistema mediador FeIII/TEA

Enquadrada num trabalho mais amplo sobre a redução electroquímica indirecta de corantes, a presente comunicação teve, como objectivo, a selecção de um material de eléctrodo adequado ao complexo de ferro e trietanolamina (FeIII/TEA), em meio básico, usado como mediador redox. A análise dos resultados experimentais e dos voltamogramas obtidos permitiu concluir que, dos diferentes materiais testados (aço, ferro e cobre), o cobre parece ser o que permite uma transferência electrónica de maior reversibilidade

Sulphur dyes: a contribution to a new approach on the quantitative determination

An important problem with sulphur dyes application concerns his quantitative determination during dyeing process. Spectrophotometry methods are the most applied ones, although not always the most suitable for this kind of products. In this paper, we will present an approach to a new way to sulphur dye concentration control, based in a potentiometric determination