Compressing and Indexing Highly Similar Strings using LZW

Tato práce se zabývá vývojem nové kompresní metody založené na LZW a zarovnání řetězců. Algoritmus je pojmenován ALZW a je navržen pro kompresi velmi podobných řetězců. Daná množina řetězců je komprimována pomocí předem určeného referenčního řetězce. V porovnání s podobně zaměřeným RLZ a všeobecně použitelným GZipem umožňuje ALZW velmi rychlou kompresi a pro podobné genetické sekvence dosahuje dobrých kompresních poměrů. V případě lidského chromozomu 20 dosahuje algoritmus dokonce lepších výsledků, něž podobně zaměřený algoritmus RLZ.A new compression method based on LZW and sequence alignment is presented in this thesis. The algorithm is called ALZW and it is designed for compression of Highly Similar Strings. Strings in a given set are compressed relatively to a given reference sequence. Compared to similarly targeted RLZ and general purpose GZip, the algorithm offers very fast compression and it achieves good compression ratios for similar genomic sequences. It is even able to outperform the RLZ algorithm in case of human chromosome 20

Rapid Targeted Gene Disruption in Bacillus Anthracis

Anthrax is a zoonotic disease recognized to affect herbivores since Biblical times and has the widest range of susceptible host species of any known pathogen. The ease with which the bacterium can be weaponized and its recent deliberate use as an agent of terror, have highlighted the importance of gaining a deeper understanding and effective countermeasures for this important pathogen. High quality sequence data has opened the possibility of systematic dissection of how genes distributed on both the bacterial chromosome and associated plasmids have made it such a successful pathogen. However, low transformation efficiency and relatively few genetic tools for chromosomal manipulation have hampered full interrogation of its genome. Results: Group II introns have been developed into an efficient tool for site-specific gene inactivation in several organisms. We have adapted group II intron targeting technology for application in Bacillus anthracis and generated vectors that permit gene inactivation through group II intron insertion. The vectors developed permit screening for the desired insertion through PCR or direct selection of intron insertions using a selection scheme that activates a kanamycin resistance marker upon successful intron insertion. Conclusions: The design and vector construction described here provides a useful tool for high throughput experimental interrogation of the Bacillus anthracis genome and will benefit efforts to develop improved vaccines and therapeutics.Chem-Bio Diagnostics program from the Department of Defense Chemical and Biological Defense program through the Defense Threat Reduction Agency (DTRA) B102387MNIH GM037949Welch Foundation F-1607Cellular and Molecular Biolog

Czech Sacred Places in Texas as the Key Element for Preserving Czech Identity

The process of Czech and Moravian immigration to Texas is a well-known phenomenon. Since 1848, tens of thousands decided to cross the ocean to seek a better future in the “Lone Star state.“ Although their history is well documented, there are still themes to be explored. Their religious activity and the connection it has created with their metropolis is one of them. The church and its institutions sent priests to America to attend to the immigrants in their mother tongue and helped them preserve their cultural identity. Furthermore, they organized the construction of their sacred places that would remind the parishioners of their home country. One example could be the famous painted churches still present in Texas today. This topic has not received proper attention from historians because it requires studying sources on both sides of the Atlantic. The presented contribution tries to change this unflattering fact using the microhistorical approach. Its aim is threefold. First, explain the historical dimension of the religious connection between the Czech and Moravian immigrants in Texas with their metropolis. Second, describe the sacred places of the immigrants, how they were built, what role they played in their everyday life, and how they established a bond with their country of origin. Third, what importance did the sacred places of the Czechs and Moravians have in preserving their language and cultural identity? The microhistorical approach demands the use of various and fragmented sources, and this study will be no exception. It will use archive material from Austria and the Czech Republic, principally the funds of the religious organizations that supported the immigrants in Texas, such as the Leopoldine Society. Furthermore, the article will use published contemporary personal recounts and secondary literature. The content of these sources will be critically analysed to answer the research questions and hopefully contribute to the theme of religion and its invaluable role in an immigrant society

Value stream analysis

Předmětem diplomové práce „Analýza hodnotového toku“ je analyzovat montážní pracoviště firmy IFE-CR, a.s. z hlediska toku hodnoty a metod štíhlé výroby. Cílem práce je zvolit priority pro uplatňování metod štíhlé výroby na montážním pracovišti a navrhnout konkrétní opatření za účelem snížení plýtvání. První část práce se zabývá teoretickou přípravou, porozumění hlavních principů a zásad štíhlé výroby a metodě mapování hodnotového toku. Druhá část se zabývá analýzou hodnotového toku na montážním pracovišti a konkrétními návrhy opatření na snížení plýtvání a zefektivnění výroby resp. zlepšení materiálového toku implementací vybraných metod štíhlé výroby v montážním pracovišti.The aim of the diploma thesis “Value stream mapping” is to analyse the montage workplace of the company IFE-CR, a.s. with focus on the value stream and the methods of lean production. The thesis aims to identify priorities for applying lean production methods at the montage workplace and to propose concrete measures in order to reduce different types of wasting. The first part of the thesis is dealing with the theory, understanding the main principles and methods of lean production, as well as with the method of value stream mapping. The second part is dealing with value stream analysis of the montage workplace and proposes concrete measures to reduce wasting and to increase the production effectiveness, respectively to improve the material stream trough implementation of selected lean production methods in the montage workplace.

BRAZILSKÝ POBYT FERDINANDA HÝŽI

ABSTRAKT:Po vytvoření samostatného československého státu, musela nová středoevropská republika vyřešit, kromě jiných věcí, i své mezinárodní vztahy. Ministr Edvard Beneš se soustředil spíše na Evropu, proto zbytek světa nehrál v jeho záměrech důleţitou roli. Vytvořila se sice síť diplomatických misí, nicméně k prohloubení vztahů ve dvacátých letech nedošlo. Jedním z prvních, kdo se snaţili tento stav napravit, byl Ferdinand Hýţa, rada z ministerstva obchodu, který se vydal do Jiţní Ameriky v letech 1927-1928. Mimo španělsky hovořících zemí pobýval také měsíc a půl v Brazílii, kde svým působením učinil mnoho pro budoucí rozvoj, především hospodářských vztahů mezi oběma republikami. Tento článek vychází obzvláště z dobového tisku a nevydaných pramenů z Archivu Ministerstva zahraničních věcí České republiky, které jsou doplněny sekundární literaturou. Práce se opírá zejména o jeho vlastní vzpomínky, které zasílal do valašskomeziříčských Novin z pod Radhoště svému příteli a vydavateli Eduardu Kavanovi. Právě v nich Hýţa vykresluje pozoruhodné detaily brazilské společnosti, její hospodářství a také prostředí dvou velice důleţitých měst Rio de Janeira a Santosu. Ve svých poznámkách Hýţa neopomněl ani na pestrou brazilskou tropickou přírodu, s níţ se seznámil hlavně u slavného přírodního divu, vodopádů Iguazú. Snahou článku je přiblíţit osobnost Ferdinanda Hýţi a jeho pobyt v Brazílii, kam se podíval během své výpravy celkem třikrát. Předkládaná práce se také pokouší vyzdvihnout jeho význam pro Brazilsko-Československé vztahy, neboť ve dvacátých letech uplynulého století byl sice přirovnáván ke slavnějšímu vyslanci Vlastimilu Kybalovi, ovšem v naší době se na jeho osobu a jeho význam neoprávněně pozapomnělo

Implementation of DNSSEC to Verse network protocol

katedra: NTI; přílohy: 1 CD; rozsah: 43Tato bakalářská práce se zabývá rozšířením síťového protokolu Verse, zabývajícím se real-timovým sdílením dat, o podporu DNSSEC (zabezpečeným DNS). Toto rozšíření Verse protokolu je důležité pro zvýšení bezpečnosti Verse protokolu. V úvodu práce je stručně popsána podstata fungování DNSSEC. Následně je předložen stručný přehled knihoven umožňujících DNSSEC a výběr nejvhodnější knihovny pro implementaci do knihovny, implementující protokol Verse. Jedním z hlavních účelů práce bylo vytvoření dostatečně komplexní callback funkce, která by byla schopna předávat programátorovi Verse klienta bezpečnostní informace o DNSSEC a certifikátech. Bylo tedy nutné aby funkce byla dostatečně univerzální. Práce se také zabývá vhodným rozšířením Verse API, tak aby bylo možné nové funkce používat. Funkčnost a správnost rozšířeného Verse protokolu je v závěrečné části práce vyzkoušena na vzorové aplikaci, která byla nově rozšířena za účelem testování nových funkcí. Jelikož se DNSSEC zatím v praxi příliš nepoužívá a není mnoho ?podepsaných? domén, bylo testování provedeno připojením pouze ke dvěma podepsaným doménám.The thesis is focused on extension of Verse network protocol which is used for real-time data sharing. The extension should base on including a support for DNSSEC (secured DNS) which is very important in context of security enhancement. Introduction of the thesis briefly describes the nature of the DNSSEC. Latter a brief overview of libraries which enable DNSSEC is offered following by a selection of the best library to be used for implementation into the Verse protocol library. One of the main purposes of the study was to create a callback function complex enough which would be able to submit security information about DNSSEC and certificates to a programmer of Verse client, keeping in mind that the function has to be sufficiently universal. The propriate extension of Verse API is also included so that it would be possible to use the new functions. Functionality of the extended Verse protocol was checked on a sample application in the final parts of the thesis. A sample application already written was also extended in order to test new functions. Testing was proceeded by connecting to two signed and one unsigned domains