Data Science applied to arca: development and availability of tools for information retrieval in the Institutional Repository of Fundação Oswaldo cruz

The Arca institutional repository is the main instrument of open access at the Oswaldo Cruz Foundation, with the mission of gathering, hosting, preserving, making available and giving visibility to the institution’s intellectual production. The thematic diversity and institutional complexity of the Foundation foster a methodological challenge related to the classification and retrieval of deposited digital objects and the governance of the metadata recorded by the communities that make up the repository. In 2016, the Arca search engine counted more than 400 thousand queries. An Information Retrieval system is needed that meets the specificities of indexing the repository and the growing demand for information from users internal and external to Fiocruz. In this work we propose the use of Data Science tools, especially Data Mining and Machine Learning techniques, with the objective of improving Information Retrieval by means of automatic classification of digital objects deposited in the Arca and the development and availability of the system of IR based on quality metrics related to precision and recall concepts

Influência da poda radicial e recipientes na aclimatização ex vitro de Cattleya loddigesii Lindl. (Orchidaceae)

This study aimed to examine the influence of root pruning and the using of different containers in seedlings development of Cattleya loddigesii in acclimation period. Seedlings of 180 days after the in vitro cultivation were subjected to root pruning of 25, 50 and 75% and kept in individual and collective cells trays. It were evaluated: survival percentage, number and length of the largest root and leaf, height, fresh mass and number of buds. Intermediate pruning (25-50%) caused significant increase on survival, number and length of largest root, total length of seedlings and fresh mass; 75% pruning caused positive effects only on the number of buds. In relation to containers, the individual one provided better results, except on leaves number and total height. It concluded that root pruning is an efficient technique for this species and that the best combination is 25% root pruning and the cultivation in individual trays.Este estudo teve por objetivo avaliar a influência da poda radicial e a utilização de diferentes recipientes no desenvolvimento de plântulas de Cattleya loddigesii em período de aclimatação. Plântulas de 180 dias após cultivo in vitro foram submetidas a podas radiciais de 25, 50 e 75% e mantidas em bandejas coletivas de células individuais e comunitárias. Nos tratamentos foram avaliados: porcentagem de sobrevivência, número e comprimento da maior raiz e folha, altura, massa fresca e número de brotos. Podas intermediárias (25-50%) causaram aumento na sobrevivência, número e comprimento da maior raiz, altura da plântula e peso da matéria fresca; podas de 75% influenciaram positivamente somente o número de brotos. Tratando-se dos recipientes, as bandejas individuais apresentaram melhores resultados, exceto no número de folhas e altura. Conclui-se que a poda radicial mostra-se eficiente nessa espécie e que a melhor combinação seria poda de 25% e cultivo em bandejas individuais

Investigation on the Anticonvulsant Potential of Luteolin and Micronized Luteolin in Adult Zebrafish (Danio rerio)

Epilepsy affects around 50 million people worldwide, and an important number of patients (30%) fail to respond to any available antiepileptic drug. Previous studies have shown that luteolin presents a promising potential as an anticonvulsant. On the other hand, different studies showed that luteolin does not promote anticonvulsant effects. Therefore, there is a lack of consensus about the use of luteolin for seizure control. Luteolin low bioavailability could be a limiting factor to obtain better results. Attractively, micronization technology has been applied to improve flavonoids bioavailability. Thus, the present study aimed to investigate the effects of luteolin on its raw form and micronized luteolin in a PTZ-induced seizure model in adult zebrafish (Danio rerio). Our results demonstrate that luteolin and micronized luteolin did not block PTZ-induced seizures in adult zebrafish. Also, luteolin and micronized luteolin did not provoke behavioral changes. Finally, our results show that 24 h after seizure occurrence, no changes were detected for p70S6Kb, interleukin 1β, and caspase-3 transcript levels. Altogether, we failed to observe an anticonvulsant potential of luteolin in adult zebrafish, even in its micronized form. However, we recommend new studies to investigate luteolin benefits in epilepsy.Fil: Garbinato, Cristiane. No especifíca;Fil: Alves Lima Rezende, Cássia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; ArgentinaFil: Schneider, Sabrina Ester. No especifíca;Fil: Pedroso, Jefferson. No especifíca;Fil: dos Santos, Aline E.. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Petry, Fernanda. No especifíca;Fil: Aguiar, Gean Pablo S.. No especifíca;Fil: Girardi Müller, Liz. No especifíca;Fil: Lanza, Marcelo. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Piato, Angelo. Universidade Federal do Rio Grande do Sul; BrasilFil: Vladimir Oliveira, J.. Universidade Federal de Santa Catarina; BrasilFil: Siebel, Anna Maria. No especifíca

Transmission of anogenital warts in children and association with sexual abuse

INTRODUÇÃO: A incidência do condiloma acuminado anogenital em crianças mostra notável aumento nas últimas duas décadas, bem como o interesse por sua associação com o abuso sexual. No entanto, essa relação apresenta controvérsias quanto à etiologia da infecção, o que torna o atendimento desafiador, particularmente nos aspectos ético-legais. OBJETIVO: Revisão da literatura sobre transmissão do HPV em crianças e relação com abuso sexual. MÉTODO: Síntese de dados da consulta ao Journal Citation Reports (JCR-ISI), Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (Medline), Scientific Eletronic Library Online (Scielo) e Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde (Lilacs). Foram utilizados descritores MeSH Terms com sintaxes (HPV [All Fields]) AND ("Child Abuse, Sexual" [MeSH Terms]). Artigos relevantes entre 1989 e 2009 foram selecionados. Aspectos ético-legais foram consultados na legislação penal e Estatuto da Criança e do Adolescente. RESULTADOS: Diferentes formas de transmissão não sexual do HPV em crianças estão documentadas, destacando-se a transmissão vertical, auto e heteroinoculação de verrugas cutâneas, e aquisição por instrumentos. Estudos são discordantes quanto à aplicabilidade do DNA-HPV para diferenciar a transmissão sexual e não sexual das verrugas anogenitais. CONCLUSÃO: Evidências indicam que em crianças com menos de dois anos de idade a transmissão não sexual do HPV deve ser fortemente considerada na ausência de lesões genitais, de outra DST, ou de história consistente de abuso. A probabilidade de associação entre HPV e abuso sexual aumenta diretamente com a idade, principalmente após os cinco anos.INTRODUCTION: the incidence of anogenital condyloma acuminata in children shows remarkable increase in the last two decades, as well as by its association with sexual abuse. However, this relationship presents controversies regarding the etiology of infection, which makes answering challenging, particularly in legal-ethical aspects. OBJECTIVE: review of the literature about HPV transmission in children and relationship with sexual abuse. METHODS: synthesis of data from the query to Journal Citation Reports (JCR-ISI), Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (Medline), Scientific Electronic Library Online (Scielo) and the Latin American and Caribbean Health Sciences (Lilacs). MeSH descriptors were used Terms with syntax (HPV [All Fields]) AND ("Child Sexual Abuse," [MeSH Terms]). Relevant articles between 1989 and 2009 were selected. Legal-ethical aspects were consulted in the criminal law and Brazilian Child and Adolescent Statute. RESULTS: different forms of non-sexual transmission of HPV in children are documented, including the vertical transmission, self and hetero inoculation of cutaneous warts, and acquisition by instruments. Studies are conflicting as to the applicability of HPV-DNA to differentiate the sexual transmission and not sexual anogenital warts. CONCLUSION: evidence indicates that in children under two years non-sexual transmission of HPV should be strongly considered in the absence of genital lesions, another STD, or consistent history of abuse. The likelihood of association between HPV and sexual abuse increases directly with age, especially after five years

Juridical perspectives of interruption of pregnancy with zika virus infection regarding medical, emotional and social consequences

 Uganda and isolated in humans in 1952 in the same country. Up to 2007 there were few cases of human infection in African and Asian countries. The first outbreak of the Zika virus occurred in Brazil in 2015, becoming a serious public health problem due to the increase in the number of cases of microcephaly in infected pregnant women. Objective: To describe the legal abortion at Zika virus infection during pregnancy regarding medical, emotional and social consequences. perspectives of abortion for the pregnant woman with Zika virus regarding the medical, emotional and social consequences. Methods: This is a documentary study based on documents about abortion and its outcomes in Brazil. Technical norms, textbooks, indexed articles of Scopus and PubMed, documents extracted from international human rights treaties and conventions, and legal documents on the subject were used. It was decided to direct the text based on the experiences of each theme on abortion and its outcomes in Brazil, with a synthesis of the current scenario. Results: Recognizing the exceptional nature of this situation, it is sought to confer an interpretation according to the Constitution and Article 128 of the Criminal Code, based on an analogical application, which seeks to protect the physical and mental health of women infected by the Zika virus. It is possible to qualify the practice of abortion in these circumstances as atypical conduct by the state of necessity, excluding the unlawfulness by comparing with articles 23, I and 24 of the Penal Code. Conclusion: Authorizing the termination of pregnancy after diagnosis of the virus Zika guarantees women the free exercise of their reproductive rights, which is not confused with state imposition of abortion or eugenic practice.  Introduction: The Zika virus was identified in 1947 in Rhesus monkeys in the Republic of Uganda and isolated in humans in 1952 in the same country. Up to 2007 there were few cases of human infection in African and Asian countries. The first outbreak of the Zika virus occurred in Brazil in 2015, becoming a serious public health problem due to the increase in the number of cases of microcephaly in infected pregnant women. Objective: To describe the legal abortion at Zika virus infection during pregnancy regarding medical, emotional and social consequences. perspectives of abortion for the pregnant woman with Zika virus regarding the medical, emotional and social consequences. Methods: This is a documentary study based on documents about abortion and its outcomes in Brazil. Technical norms, textbooks, indexed articles of Scopus and PubMed, documents extracted from international human rights treaties and conventions, and legal documents on the subject were used. It was decided to direct the text based on the experiences of each theme on abortion and its outcomes in Brazil, with a synthesis of the current scenario.  Results: Recognizing the exceptional nature of this situation, it is sought to confer an interpretation according to the Constitution and Article 128 of the Criminal Code, based on an analogical application, which seeks to protect the physical and mental health of women infected by the Zika virus. It is possible to qualify the practice of abortion in these circumstances as atypical conduct by the state of necessity, excluding the unlawfulness by comparing with articles 23, I and 24 of the Penal Code.  Conclusion: Authorizing the termination of pregnancy after diagnosis of the virus Zika guarantees women the free exercise of their reproductive rights, which is not confused with state imposition of abortion or eugenic practice.

Pregnancy resulting from sexual abuse: Reasons alleged by Brazilian women for carrying out the abortion - Pregnancy and violence

http://www.healthmedjournal.com/vol06-no3.pd

Hydatidiform mole resulting from sexual violence

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Hydatidiform mole (HM) is characterized by abnormal proliferation of human trophoblast with producers functioning tissues of human chorionic gonadotropin. It can evolve with ovarian cysts tecaluteínicos, hypertension of pregnancy or hyperthyroidism. The incidence of HM is variable and its etiology poorly known, associated with nutritional factors, environmental, age, parity, history of HM, oral contraceptives, smoking, consanguinity or defects in germ cells. There is no reference in literature on HM resulting from sexual violence, objective of this report.</p> <p>Method</p> <p>Description of two cases of HM among 1146 patients with pregnancy resulting from sexual violence treated at Hospital Pérola Byington, São Paulo, from July 1994 to August 2011.</p> <p>Results</p> <p>The cases affected young, white, unmarried, low educated and low parity women. Sexual violence was perpetrated by known offenders unrelated to the victims, under death threat. Ultrasound and CT of the pelvis showed bulky uterus compatible with HM without myometrial invasion. One case was associated with theca lutein cysts. The two cases were diagnosed in the second trimester of pregnancy and evolved with hyperthyroidism. There was no hypertension, disease recurrence, metastasis or sexually transmitted infection.</p> <p>Conclusion</p> <p>The incidence of HM was 1:573 pregnancies resulting from rape, within the range estimated for Latin American countries. Trophoblastic material can be preserved to identify the violence perpetrator, considering only the paternal HM chromosomes. History of sexual violence should be investigated in cases of HM in the first half of adolescence and women in a vulnerable condition.</p

A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru

A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru

A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru