In silico structural evaluation of short cationic antimicrobial peptides

© 2018 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. This is an open access article distributed under the terms and conditions of the Creative Commons Attribution (CC BY) license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).Cationic peptides with antimicrobial properties are ubiquitous in nature and have been studied for many years in an attempt to design novel antibiotics. However, very few molecules are used in the clinic so far, sometimes due to their complexity but, mostly, as a consequence of the unfavorable pharmacokinetic profile associated with peptides. The aim of this work is to investigate cationic peptides in order to identify common structural features which could be useful for the design of small peptides or peptido-mimetics with improved drug-like properties and activity against Gram negative bacteria. Two sets of cationic peptides (AMPs) with known antimicrobial activity have been investigated. The first reference set comprised molecules with experimentally-known conformations available in the protein databank (PDB), and the second one was composed of short peptides active against Gram negative bacteria but with no significant structural information available. The predicted structures of the peptides from the first set were in excellent agreement with those experimentally-observed, which allowed analysis of the structural features of the second group using computationally-derived conformations. The peptide conformations, either experimentally available or predicted, were clustered in an “all vs. all” fashion and the most populated clusters were then analyzed. It was confirmed that these peptides tend to assume an amphipathic conformation regardless of the environment. It was also observed that positively-charged amino acid residues can often be found next to aromatic residues. Finally, a protocol was evaluated for the investigation of the behavior of short cationic peptides in the presence of a membrane-like environment such as dodecylphosphocholine (DPC) micelles. The results presented herein introduce a promising approach to inform the design of novel short peptides with a potential antimicrobial activity.Peer reviewedFinal Published versio

Avaliação da produção de amilase e protease por bactérias de ambientes extremos

Anais do VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2017 - 04 a 06 de outubro de 2017 - temática OutrosA flexibilidade enzimática atribuída à micro-organismos psicrofílicos, é uma característica adaptativa de grande aplicabilidade em diversos setores industriais e com promissor interesse científico para aplicações voltadas a indústria biotecnológica. As amostras marinhas e de sedimentos do solo Antártico, possuem um alto potencial de conterem micro-organismos com características única no que se refere a adaptação microbiana em ambientes extremos, o que torna estas comunidades microbianas promissoras na obtenção de produtos metabólicos diferenciados dos já encontrados a partir de células originárias de ambientes com temperaturas amenas. Neste sentido, o presente estudo objetivou a busca das enzimas amilases e proteases produzidas bactérias associados à ambientes de baixa temperatura bem como a avaliação das estruturas morfológicas destas linhagens proporcionando a estruturação de um acervo de linhagens bacterianas com​ ​ potencial ​ aplicação​ ​ biotecnológicaUniversidade Federal da Integração Latino-Americana (Unila); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Fundação Araucária; Parque Tecnológico Itaipu (PTI) e Companhia de Saneamento do Paraná (SANEPAR

Extração de hidrocarbonetos produzidos por bactérias de ambientes frios

Anais do V Encontro de Iniciação Científica e I Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2016 - 05 e 07 de outubro de 2016 – Sessão BiológicasA utilização e desperdício dos recursos fósseis em processos industriais e rotineiros, vêm cada vez mais, acarretando em um grande impacto ambiental. Como medida de minimizar esses problemas, cresce o interesse na busca por fontes energéticas mais sustentáveis. Os micro-organismos têm tido um papel fundamental em vários processos tecnológicos, com o avanço da biotecnologia e a especialização da microbiologia industrial, estão se tornando alvos de estudos para a descoberta de diversos compostos utilizados na indústria. Micro-organismos psicrofílicos possuem características metabólicas únicas que garantem sua sobrevivência em regiões extremas, como o continente Antártico. Bactérias psicrofílicas apresentam potencial na produção de hidrocarbonetos, que possibilita uma nova fonte sustentável para a produção de biocombustível. O presente trabalho objetivou a extração de hidrocarbonetos á partir de bactérias isoladas de amostras marinhas do continente Antártico bem como a avaliação morfológica destas linhagens bacterianas e avaliação do peso seco

Triagem de hidrocarbonetos em bactérias isoladas de amostras da Antártida

Anais do V Encontro de Iniciação Científica e I Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2016 - 05 e 07 de outubro de 2016 – Sessão BiológicasVive-se um momento em que se faz necessário o aumento da produção energética no globo. Este quadro leva à exploração dos recursos naturais. Diante disso, buscam-se fontes renováveis de energia. Uma dessas alternativas são os chamados micro-organismos psicrofílicos. Estes apresentam características singulares, sendo capazes de sobreviver às baixas temperaturas de biomas como o continente Antártico. Existem estudos que procuram obter células microbianas com o intuito de sintetizar hidrocarbonetos ou outros compostos que derivam de hidrocarbonetos no propósito de utilizá-los como biocombustíveis. Esta opção apresentaria uma possibilidade de produção de combustíveis tidos como ecologicamente corretos, uma substituição aos combustíveis derivados do petróleo – fato que torna essas fontes de energia a partir de sistemas microbianos alternativas emergentes. O presente trabalho utilizou micro-organismos psicrofílicos ou psicrotolerantes isolados de amostras do continente Antártico com o objetivo de realizar a prospecção de hidrocarbonetos com potencial de utilização em processos de produção de biocombustíveis

Movilidad académica de estudiantes y docentes de la FVet de la UDELAR

O CONGRESSO DE INTERNACIONALIZAÇÃO DA EDUCAÇÃO SUPERIOR – CIES 2019 é um evento in- ternacional, que reúne professores, pesquisadores e estudantes de graduação e pós-graduação para divulgar a produção científica no campo da Internacionalização do Ensino Superior e fortalecer a cooperação internacional entre diferentes instituições de ensino e grupos de pesquisa no âmbito do MERCOSUL. A iniciativa é fruto de uma parceria entre pesquisadores da Universidade Federal da Integra- ção Latino-Americana (UNILA - Brasil), a Universidad Nacional del Litoral (UNL - Argentina), a Uni- versidad Nacional de Asunción (UNA - Paraguay) e a Universidad de la República (UDeLaR - Uru- guay), que atuam em projetos vinculados ao Setor Educacional do MERCOSUL, no Núcleo de Estudos e Investigações em Educação Superior. O evento será realizado nos dias 4, 5 e 6 de Setembro de 2019 no campus PTI da UNILA, dentro do Parque Tecnológico da Usina Hidrelétrica de Itaipu, na cidade de Foz do Iguaçu, Paraná, Brasil. A UNILA, sede do evento, é uma universidade temática criada em 2010 pelo governo federal do Brasil com a missão institucional de formar recursos humanos aptos a contribuir com a integra- ção latino-americana, com o desenvolvimento regional e com o intercâmbio cultural, científico e educacional da América Latina, especialmente no MERCOSUL. Sua finalidade, portanto, é conver- ter-se em um espaço de encontros, de trocas e de aprendizagem mútua, que reforçam o compro- misso em prol da pertinência, da excelência e da construção sustentável de um mundo melhor.Los procesos de Acreditación son resultado de evaluaciones por las cuales se certifica la calidad académica de las Carreras Universitarias. Sus principales objetivos son favorecer los procesos de mejora continua académica, facilitar la movilidad docente y estudiantil entre los países de la región así como el reconocimiento de Títulos entre las Carreras Acreditadas. La Red de Agencias Nacionales de Acreditación del Mercosur (RANA) establece para cada carrera a acreditar una serie de criterios e indicadores de calidad, que se dividen en dimensiones, cada una de estas dimensiones en componentes y estos en indicadores. En la acreditación de la carrera de Veterinaria bajo el Sistema ARCU-SUR se compone de 155 criterios e indicadores de calidad de los cuales solo se encuentran 2 referidos a la temática de movilidad e intercambio académico, ambos en la dimensión Población Universitaria (uno en Docentes y uno en Estudiantes). A pesar de ello tanto la Facultad de Veterinaria (FVet) como la propia Universidad de la Republica (Udelar) entienden que este tipo de intercambios y movilidades es fundamental para mejorar la calidad académica de la institución así como favorecer el contacto con la realidad de la profesión en otras regiones. La Udelar, a través de la Dirección General de Relaciones y Cooperación (DGRC), desarrolla una política activa de convenios con diversos actores: Estado y entes autónomos, asociaciones, empresas privadas y sector productivo en general, así como Universidades, de 57 países. Estos convenios constituyen el marco para que la Facultad de Veterinaria establezca acuerdos específicos con organismos vinculados con sus actividades. Por lo que la Facultad suscribe y mantiene en vigencia una variada lista de convenios que permiten la movilidad y el intercambio académico tanto de docentes y estudiantes como de funcionarios. A nivel nacional, se mantienen convenios vigentes con 10 dependencias de 5 Ministerios, 5 Intendencias, 5 servicios universitarios, con ANEP, ANII, 5 organismos paraestatales (LATU, SUL, INAC, INIA, INC) y 19 empresas privadas. Los convenios internacionales implican a 599 Universidades, Escuelas o Centros de Investigación extranjeros (DGRC, lista actualizada 2019).Núcleo de Estudios e Investigaciones en Educación Superior del Mercosur - NUCLEO Grupo Interdisciplinar de Pesquisa em Educação na América Latina – EducAL/UNILA Instituto Mercosul de Estudos Avançados – IMEA/UNILA Pró-Reitoria de Relações Institucionais e Internacionais – PROINT/UNIL

Triagem enzimática e caracterização morfológica de fungos filamentosos isolados de amostras de indústria têxtil

Anais do VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro Anual de Iniciação ao Desenvolvimento Tecnológico e Inovação – EICTI 2017 - 04 a 06 de outubro de 2017 - temática Ciências BiológicasA atividade industrial para a produção têxtil utiliza-se de etapas de operações unitárias geradoras de grandes cargas de efluentes com alto potencial poluidor. Apesar de tais efluentes receberem um tratamento que precede o lançamento em um corpo hídrico, muitas vezes o mesmo apresenta resultados insatisfatórios na remoção de determinados agentes poluentes, devido ao desconhecimento por parte dos operadores da natureza química dos produtos utilizados, bem como a infinidade de produtos utilizados durante cada etapa industrial. Desta forma, efluentes originários da produção de tecidos têm se apresentado como um causador de impactos ambientais diversos em corpos d’agua e em suas áreas de entornoUniversidade Federal da Integração Latino-Americana (Unila); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Fundação Araucária; Parque Tecnológico Itaipu (PTI) e Companhia de Saneamento do Paraná (SANEPAR

Material flow analysis of aluminium, copper, and iron in the EU-28

The EC Raw Materials System Analysis (MSA) was carried out in 2015 for 28 materials . The MSA study investigates the flows of materials through the EU economy in terms of entry into the EU, flows through the economy, stock accumulation, and end-of-life management, e.g., through disposal or recovery in the EU-28. The MSA study is a follow-up of the “Study on Data Needs for a Full Raw Materials Flow Analysis” , launched by the European Commission in 2012 within the context of the European Raw Materials Initiative’s (RMI) strategy. This strategy, which is a part of the Europe 2020’s strategy for smart, sustainable, and inclusive growth, aims at securing and improving access to raw materials for the EU. The MSA is a key building block of the European Union Raw Materials Knowledge Base (EURMKB). MSAs are an important data provider for a variety of raw material policy knowledge needs, as also reflected in the Raw Materials Information System (RMIS). The RMIS aims to support the broad range of EU policy knowledge needs of, e.g., the EU Raw Materials (RM) Scoreboard, EU Critical Raw Materials (CRM) assessment, and EU trade negotiations. In addition, it also aims to support broader coordination beyond these needs of other EU level data and information on raw materials. For both of these EUKBRM/RMIS roles, MSA is a vital backbone. The MSA data sets contain key, material specific data and information that will support the development of a database for the RMIS. However, currently only 28 MSA studies exist (mostly for CRMs) which are quickly becoming outdated. So far, no MSA studies exist for some of the major metals (e.g., iron, copper, aluminium, zinc, or nickel) which are important to the EU economy, e.g., due to the large quantities in which find use as well as due to their use in special application, e.g., as alloying elements. Against this background, this report presents, firstly, detailed MSA studies for aluminium (Al), copper (Cu), and iron (Fe) and discusses, secondly, possibilities for future MSA update and maintenance in the RMIS. Overall, the results show that the EU-28 has a well-established industrial chain for all the three metals covering the major value chain steps (from extraction to end-of-life). However, modest natural deposits make the region strongly dependent on imports to meet the domestic demand of primary material . Only a small fraction of total primary metal input to processing in the EU-28 is supplied from domestic extraction ranging from 10% (Al) to 13% (Fe). Demand-supply dynamics and product lifetime determine the accumulation of materials as in-use stocks and scrap generation at end-of-life. Iron, aluminium, and copper are used in large quantities (compared to other metals) and their major application segments have relatively long in-use lifetimes (e.g., 50-75 years for building and construction). In-use stock for the three metals in EU-28 were estimated at about 5,300 Tg for iron (or around 10 t per capita), 132 Tg for aluminium (around 260 kg per capita), 73 Tg for copper (around 140 kg per capita). A consolidated recycling industry supplements primary supply of aluminium, copper and iron with inputs from secondary sources (i.e., new scrap and old scrap ). In particular, old scrap recycling performance attests respectable end-of-life recycling rates (EOL-RR) for the three metals (i.e., 69% aluminium, 61% copper, 75% iron), but they are still far from “perfect” recycling. In addition, not all old scrap collected for recycling is processed in the EU-28, with the region being a net-exporter of secondary material. Material loss in products at end-of-life and net-exports of secondary material forms constraint the closure of material cycles and prevent the implementation of a circular economy in the EU-28 requiring the adoption of resource efficiency strategies priority. Because of its system-wide perspective on raw materials issues (encompassing all life-cycle stages of a raw material), the MSA provides an overarching data structure that could be based inside the RMIS database (DB) core to collect, store, and provide data also for other policy knowledge needs (i.e., EU CRM assessment, Circular Economy Monitoring, Trade, Minventory, RM Scoreboard). Flows/stocks parameters of the MSA can also be important to satisfy knowledge needs that may arise as a result of future policy needs, e.g., through resilience, determining urban stocks, and other emerging issues. Equally, complete MSAs can help in the quality assurance of the underlying mass balance/data and increasing harmonization of the various data sources – which cannot be guaranteed if only a partial picture exists. Results from an assessment of data overlaps between MSA and other policy-related outputs show that current policy knowledge needs often require data on various flows related to the early stages of a raw material’s life-cycle. For example, a total of 12 flows (out of 40 in total) of the MSA are also required for the 2017 CRM assessment. Data on secondary raw materials are essential for current circular economy monitoring, but generally difficult to obtain without MSAs. Possibilities for MSA update and maintenance range from partial data updates (harvesting data synergies with current policy-related outputs, e.g., the CRM assessment, Scoreboard, and Trade module in RMIS) to carrying out full/systematic MSAs for most candidate materials of the CRM assessment (through European Commission (EC) internal research projects and outsourcing via external contracts).JRC.D.3-Land Resource

Evaluación de la producción de amilasa y proteasa por bacterias de la Antártica

Este número da Revista Brasileira de Iniciação Científica publica os artigos com os resultados das pesquisas de Iniciação Científica 2016/17 da Universidade Federal da Integração Latino-Americana (UNILA). A UNILA é uma das novas universidades federais brasileiras, iniciando suas atividades em 2010. Já em 2011, começa a funcionar seu Programa de Iniciação Científica (IC). A IC é uma das prioridades da política de pesquisa da UNILA. Seu aporte em bolsas de IC é superior ao de fontes externas como CNPq e Fundação Araucária. Em seus seis anos de existência, o Programa de IC tem promovido a difusão da cultura científica entre os estudantes, contribuído com sua formação e os estimulado ao ingresso na pós-graduação.A Antártica representa um importante habitat na busca por micro-organismos adaptados a ambientes extremos. O presente estudo avaliou a produção das enzimas amilases e proteases por bactérias isoladas do ambiente frio. De 100 bactérias triadas, 8 e 4 formaram halo nos meios de seleção para protease e amilase, respectivamente. Dois isolados formaram halo para as duas enzimas. Os resultados encorajam estudos futuros de produção, otimização e purificação enzimática para aplicações biotecnológicas.Antarctica represents an important habitat in the search for microorganisms adapted to extreme environments. The study aimed to evaluate the production of amylases and proteases by bacteria from the cold environment. From 100 bacteria screened, 8 and 4 produced halo on the protease and amylase selection media, respectively. Two isolates formed halo for the two enzymes. The results encourage future studies of production, optimization and enzymatic purification for biotechnological applications.La Antártica representa un importante hábitat en la búsqueda de microorganismos adaptados a ambientes extremos. El presente estudio evaluó la producción de las enzimas amilasa y proteasa por bacterias aisladas del ambiente frío. De las 100 bacterias estudiadas, 8 e 4 formaron halo en los medios de selección para proteasa y amilasa, respectivamente. Dos aislados formaron halo para las dos enzimas. Los resultados alientan estudios futuros de producción, optimización y purificación enzimática para aplicaciones biotecnológicas

El impacto de la internacionalización en la Educación Superior a través de la opinión de egresados y docentes

O CONGRESSO DE INTERNACIONALIZAÇÃO DA EDUCAÇÃO SUPERIOR – CIES 2019 é um evento in- ternacional, que reúne professores, pesquisadores e estudantes de graduação e pós-graduação para divulgar a produção científica no campo da Internacionalização do Ensino Superior e fortalecer a cooperação internacional entre diferentes instituições de ensino e grupos de pesquisa no âmbito do MERCOSUL. A iniciativa é fruto de uma parceria entre pesquisadores da Universidade Federal da Integra- ção Latino-Americana (UNILA - Brasil), a Universidad Nacional del Litoral (UNL - Argentina), a Uni- versidad Nacional de Asunción (UNA - Paraguay) e a Universidad de la República (UDeLaR - Uru- guay), que atuam em projetos vinculados ao Setor Educacional do MERCOSUL, no Núcleo de Estudos e Investigações em Educação Superior. O evento será realizado nos dias 4, 5 e 6 de Setembro de 2019 no campus PTI da UNILA, dentro do Parque Tecnológico da Usina Hidrelétrica de Itaipu, na cidade de Foz do Iguaçu, Paraná, Brasil. A UNILA, sede do evento, é uma universidade temática criada em 2010 pelo governo federal do Brasil com a missão institucional de formar recursos humanos aptos a contribuir com a integra- ção latino-americana, com o desenvolvimento regional e com o intercâmbio cultural, científico e educacional da América Latina, especialmente no MERCOSUL. Sua finalidade, portanto, é conver- ter-se em um espaço de encontros, de trocas e de aprendizagem mútua, que reforçam o compro- misso em prol da pertinência, da excelência e da construção sustentável de um mundo melhor.La internacionalización universitaria no es un fenómeno nuevo, sin embargo en el ámbito de los estudios académicos ha ganado relevancia a partir de la década de los 80 del siglo XX principalmente en los países centrales, debido a cambios cualitativos y cuantitativos en la dinámica de vinculación internacional. Según Knight (2003), la internacionalización de la Educación Superior es “el proceso de desarrollo e implementación de políticas y programas para integrar las dimensiones internacional, intercultural y global en los propósitos y funciones de la educación superior”. Se parte de considerar que la Internacionalización Universitaria es transversal a las funciones sustantivas de la universidad, es decir, investigación, docencia, extensión y gestión. Las universidades se constituyen en los principales centros de producción de conocimiento de la región en la cual se encuentran insertas y por ende es importante estudiar la internacionalización de la docencia y de la investigación en la universidad (Theiler, 2009). Todas estas actividades son desarrolladas dentro de la universidad y sus principales actores son, por un lado los alumnos que realizan intercambios estudiantiles y, por el otro, los docentesinvestigadores. Este trabajo tiene como eje de análisis el impacto de las movilidades académicas de grado y para ello se elaboró un formulario de encuesta semiestructurada (con preguntas cerradas y preguntas abiertas) que contempló diferentes aspectos de los alumnos y de los docentes (Passarini y colaboradores, 2017). La encuesta se montó en un formulario de Google y se les envió el link a los estudiantes de las cuatro Universidades que participaron en los intercambios entre los años 2009 y 2014 y a los docentes que recibieron estudiantes extranjeros en sus aulas (Ojeda y colaboradores, 2017) . A partir de esta vía se lograron 196 respuestas de estudiantes avanzados y egresados y 68 respuestas de docentes. Entre los resultados de los aspectos relevados se encontró que el 33,2% de los alumnos consultados fue el primero que accedió a educación terciaria en su familia, el 90,8% manejaba otro idioma al momento de realizar el intercambio y el 38,3% se encuentra realizando o ha realizado algún posgrado. Con respecto a la movilidad realizada, el 28,1% regresó al lugar donde realizó el intercambio, la mayoría para visitar amigos y en menor medida para continuar con vínculos académicos. Si bien solo un 8,2% pudo realizar un nuevo intercambio, el 88,9% plantea que le hubiera gustado participar de otra movilidad.Núcleo de Estudios e Investigaciones en Educación Superior del Mercosur - NUCLEO Grupo Interdisciplinar de Pesquisa em Educação na América Latina – EducAL/UNILA Instituto Mercosul de Estudos Avançados – IMEA/UNILA Pró-Reitoria de Relações Institucionais e Internacionais – PROINT/UNIL

Conservation of core complex subunits shaped the structure and function of photosystem I in the secondary endosymbiont alga Nannochloropsis gaditana

Photosystem I (PSI) is a pigment protein complex catalyzing the light-driven electron transport from plastocyanin to ferredoxin in oxygenic photosynthetic organisms. Several PSI subunits are highly conserved in cyanobacteria, algae and plants, whereas others are distributed differentially in the various organisms. Here we characterized the structural and functional properties of PSI purified from the heterokont alga Nannochloropsis gaditana, showing that it is organized as a supercomplex including a core complex and an outer antenna, as in plants and other eukaryotic algae. Differently from all known organisms, the N. gaditana PSI supercomplex contains five peripheral antenna proteins, identified by proteome analysis as type-R light-harvesting complexes (LHCr4-8). Two antenna subunits are bound in a conserved position, as in PSI in plants, whereas three additional antennae are associated with the core on the other side. This peculiar antenna association correlates with the presence of PsaF/J and the absence of PsaH, G and K in the N. gaditana genome and proteome. Excitation energy transfer in the supercomplex is highly efficient, leading to a very high trapping efficiency as observed in all other PSI eukaryotes, showing that although the supramolecular organization of PSI changed during evolution, fundamental functional properties such as trapping efficiency were maintained