The 2014 BFA Graduating Class Department of Visual Arts

Congratulations on the opening of this, your graduate exhibition. Your presence in this catalogue not only celebrates your achievements while you’ve been with us, but also serves to signal your transition to the next chapter of your life and career. Whatever your goals, whatever your desire in life, it is my hope that your studies with the visual arts program serve you well, that you continue to explore, search, question, and, it is also my hope that you keep making art. The Division of Fine Arts is extremely proud of all its graduates and this catalogue, and your presence in it, will serve as a reminder over the years that you were here, and that you made a contribution and a difference to the visual arts program. All the very best and please keep in touch

Finishing the euchromatic sequence of the human genome

The sequence of the human genome encodes the genetic instructions for human physiology, as well as rich information about human evolution. In 2001, the International Human Genome Sequencing Consortium reported a draft sequence of the euchromatic portion of the human genome. Since then, the international collaboration has worked to convert this draft into a genome sequence with high accuracy and nearly complete coverage. Here, we report the result of this finishing process. The current genome sequence (Build 35) contains 2.85 billion nucleotides interrupted by only 341 gaps. It covers ∼99% of the euchromatic genome and is accurate to an error rate of ∼1 event per 100,000 bases. Many of the remaining euchromatic gaps are associated with segmental duplications and will require focused work with new methods. The near-complete sequence, the first for a vertebrate, greatly improves the precision of biological analyses of the human genome including studies of gene number, birth and death. Notably, the human enome seems to encode only 20,000-25,000 protein-coding genes. The genome sequence reported here should serve as a firm foundation for biomedical research in the decades ahead

รายงานวิจัยฉบับสมบูรณ์โครงการการจำแนกชนิดค้างคาวกินแมลงในภาคใต้ของประเทศไทยโดยอาศัยคลื่นเสียง

Acoustic identification of free flying bats is a vital component of acoustic bat survey using bat detector which is increasing popular in studying distribution, activity level, habitat use of a particular insectivorous species or bat community. This study has objectives to establish the comprehensive reference collection of call recorded by time expansion bat detector, and to determine the performance of Discriminant Function Analysis in identification of bat echolocation call in species-rich bat community of southern Thailand. A large reference collection of calls (>1500) were established together with voucher specimens in Princess Maha Chakri Siridhorn Natural History Museum. 187 calls from 26 species of insectivorous bats using frequency modulated call (FM) and 380 Calls of 19 species of bats using constant frequency call (CF) recording via time expansion bat detectors were examined. Call duration, frequency at maximum energy, frequency at half of the call’s duration, frequency at the beginning of call, highest frequency in that harmonic, minimum frequency and interpulse interval were determined from each call, mostly each call is from one bat. DFA was applied to identify these calls to species. Within FM bats, DFA correctly classified 79.1% of calls. After subdivision of FM calls to those bats with quasi-constant frequency and bats withsteep FM, DFA resulted in 97.6% and 69.9% correctly identified, respectively. For Myotis, DFA correctly classified 100% of calls. For bats using constant frequency, 76.3 % was correctly identified with DFA. Practically, division field recorded calls into call types will improve percent of correct identification in DFA in certain bat groups. Taxonomic clarification is urgently needed in Miniopterus. Geographical variation in call frequency make their call identification less accurate, even in CF bats, and further study should be done to explore such pattern.การจำแนกชนิดค้างคาวจากเสียงเป็นส่วนสำคัญของการสำรวจการกระจาย ความเข้มข้นของกิจกรรมและการใช้พื้นที่ของค้างคาวโดยอาศัยคลื่นเสียงซึ่งเป็นที่นิยมมากขึ้น โดยสามารถเลือกทำการศึกษาได้เฉพาะชนิดหรือทั้งสังคมของค้างคาวกินแมลงการศึกษานี้มีวัตถุประสงค์ที่จะจัดทำข้อมูลเสียงอ้างอิงของค้างคาวโดยอาศัยเครื่องฟังคลื่นเสียงค้างคาว (bat detector) แบบ time expansion และศึกษาถึงเปอร์เซนต์ความถูกต้องในการใช้สถิติเพื่อการจำแนกกลุ่ม (Discriminant Function Analysis) ในการทำนายชนิดค้างคาวกินแมลงในภาคใต้ของไทยจากคลื่นเสียงเก็บรวบรวมเสียงตัวอย่างได้มากกว่า 1,500 เสียง พร้อมทั้งตัวอย่างค้างคาวที่เก็บรวบรวมไว้ที่พิพิธภัณฑสถานธรรมชาติวิทยา 50 พรรษาเฉลิมบรมราชกุมารี ทำการวิเคราะห์คลื่นเสียงค้างคาวที่มีคลื่นเสียงแบบความถี่แปรเปลี่ยน (Frequency Modulated, FM)187 เสียง จาก 26 ชนิด และค้างคาวที่มีคลื่นเสียงแบบความถี่คงที่ (constant frequency, CF)380 เสียง จาก 21 ชนิด โดยวัดคุณลักษณะของคลื่นเสียงประกอบด้วย ระยะเวลาของคลื่นเสียง ความถี่ที่ใช้พลังงานสูงสุด ความถี่ที่ครึ่งหนึ่งของระยะเวลาคลื่นเสียง ความถี่เริ่มต้น ความถี่ต่ำสุด ความถี่สูงสุด และ ระยะเวลาระหว่างคลื่นเสียง โดยใช้เพียง 1 คลื่นเสียงต่อค้างคาวหนึ่งตัว พบว่า สถิติดังกล่าวสามารถทำนายชนิดค้างคาวที่คลื่นเสียงแบบความถี่แปรเปลี่ยนได้ถูกต้อง 79.1 เปอร์เซ็นต์ เมื่อแยกย่อยเป็นกลุ่มพบว่าในกลุ่มที่มีคลื่นเสียงเกือบคงที่ (Quasi constant frequency) มีความถูกต้องในการทำนาย 97 เปอร์เซ็นต์ ในขณะที่กลุ่มที่มีคลื่นเสียงแปรเปลี่ยนชัดเจน (Steep FM) มีความถูกต้องในการทำนาย 69.9 เปอร์เซ็นต์ ค้างคาวในสกุลค้างคาวหูหนูมีความถูกต้องในการทำนาย 100 เปอร์เซ็นต์ สำหรับค้างคาวที่มีความถี่คงที่มีความถูกต้องในการทำนาย 76.3 เปอร์เซ็นต์ การแบ่งคลื่นเสียงเป็นกลุ่มตามรูปร่างของคลื่นเสียงช่วยเพิ่มความถูกต้องในการทำนาย จากการศึกษานี้สนับสนุนว่าสถิติเพื่อการแบ่งกลุ่มสามารถใช้ในการทำนายชนิดค้างคาวจากเสียงได้ดีมากในบางกลุ่ม ควรทำการศึกษาอนุกรมวิธานของค้างคาวปีกพับอย่างเร่งด่วน ขณะที่ควรศึกษาต่อไปในเรื่องความผันแปรตามพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ของคลื่นเสียงในค้างคาวชนิดเดียวกัน เพื่อทำให้การจำแนกทำได้ถูกต้องยิ่งขึ้

Analysis of the whole mitochondrial genome: translation of the Ion Torrent Personal Genome Machine system to the diagnostic bench?

Next-generation sequencing (NGS), an innovative sequencing technology that enables the successful analysis of numerous gene sequences in a massive parallel sequencing approach, has revolutionized the field of molecular biology. Although NGS was introduced in a rather recent past, the technology has already demonstrated its potential and effectiveness in many research projects, and is now on the verge of being introduced into the diagnostic setting of routine laboratories to delineate the molecular basis of genetic disease in undiagnosed patient samples. We tested a benchtop device on retrospective genomic DNA (gDNA) samples of controls and patients with a clinical suspicion of a mitochondrial DNA disorder. This Ion Torrent Personal Genome Machine platform is a high-throughput sequencer with a fast turnaround time and reasonable running costs. We challenged the chemistry and technology with the analysis and processing of a mutational spectrum composed of samples with single-nucleotide substitutions, indels (insertions and deletions) and large single or multiple deletions, occasionally in heteroplasmy. The output data were compared with previously obtained conventional dideoxy sequencing results and the mitochondrial revised Cambridge Reference Sequence (rCRS). We were able to identify the majority of all nucleotide alterations, but three false-negative results were also encountered in the data set. At the same time, the poor performance of the PGM instrument in regions associated with homopolymeric stretches generated many false-positive miscalls demanding additional manual curation of the data