Evaluation Of Machine Learning Classification Methods For Rice Detection Using Earth Observation Data: Case Of Senegal

Agriculture is considered one of the most vulnerable sectors to climate change. In addition to rainfed agriculture, irrigated crops such as rice have been developed in recent decades along the Senegal River. This new crop requires reliable information and monitoring systems. Remote sensing data have proven to be very useful for mapping and monitoring rice fields. In this study, a rice classification system based on machine learning to recognize and categorize rice is proposed. Physical interpretations of rice with other land cover classes in relation to the spectral signature should identify the optimal periods for mapping rice plots using three machine learning methods including Support Vector Machine (SVM), Random Forest (RF), and Classification and Regression Trees (CART). The database is composed of field data collected by GPS and high spatial resolution (10 to 30 m) satellite data acquired between January and May 2018. The analysis of the spectral signature of different land cover show that the ability to differentiate rice from other classes depends on the level of rice development. The results show the efficiency of the three classification algorithms with overall accuracies and Kappa coefficients for SVM (96.2%, 94.5%), for CART (97.6%, 96.5%) and for RF (98% 97.1%) respectively. Unmixing analysis was made to verify the classification and compare the accuracy of these three algorithms according to their performance

Enseignement de la migration au Sénégal

Introduction Le fait migratoire a fait l’objet d’une nouvelle sémantique dans le champ scientifique (Pennec, 2014). Composée désormais des notions de « champs migratoires », d’« espaces migratoires », de « territoires de la mobilité » ou encore de « migration circulaire » et de « système migratoire », cette sémantique traduit un tournant épistémologique de la géographie. Ce tournant est néanmoins décalé par rapport aux contenus des programmes scolaires. Au Sénégal, ceux-ci restent marqués pa..

Présentations inhabituelles d’un syndrome de Plummer-Vinson chez l’africain de race noire: à propos de deux observations

Le syndrome de Plummer Vinson (SPV) est une affection rare caractérisée par une dysphagie cervicale  associée à une anémie ferriprive et un anneau sur l’oesophage supérieur. Parfois, son mode de   présentation inhabituelle peut faire errer le diagnostic. Le rétrécissement annulaire peut être de découverte fortuite lors d’une endoscopie digestive haute. Nous rapportons deux observations de  syndrome de Plummer-Vinson chez des sujets de genre masculin et féminin. Celles-ci ont comme point  commun une découverte fortuite lors d’une endoscopie digestive haute. La première observation   concernait un garçon de 14 ans aux antécédents de brûlure caustique de l’oesophage dans l’enfance avec  dysphagie haute passagère ne l’inquiétant pas depuis lors. Il était reçu en urgence pour une endoscopie  digestive haute motivée par une dysphagie de survenue brutale secondaire à une prise d’aliment solide.  L’examen clinique avait objectivé une chéilite angulaire. La biologie montrait un abaissement de la  ferritinémie sans anémie. L’endoscopie avait mis en évidence un anneau circulaire franchi avec ressaut au niveau de la bouche de Killian. Elle avait également permis l’extraction d’un corps étranger à type de noyau de « pain de singe » mais la lumière de l’oesophage était infranchissable à partir du niveau d’arrêt. Le transit oesophagien montrait un ralentissement du produit de contraste au niveau de l’sophage cervical et thoracique sans lésions morphologiques. Dans la deuxième observation, il s’agissait d’une jeune femme de 35 ans adressée à l unité d’endoscopie digestive pour objectiver une gastrite atrophique sur une suspicion de la maladie de Biermer. La fibroscopie mettait alors en évidence, un rétrécissement annulaire infranchissable à 18 centimètres des arcades dentaires. La biologie montrait une anémie avec   augmentation de la ferritinémie. Dans les deux cas, le traitement martial était systématique associé à des séances de dilatation aux bougies de Savary-Gilliar. L’évolution à court terme était favorable avec une amélioration de la dysphagie et une correction des anomalies biologiques. La dysphagie passagère peut  faire errer le diagnostic d’un syndrome de Plummer-Vinson. Son association soit avec une sténose  caustique de l sophage soit avec une maladie de Biermer est possible. Le risque de dégénérescence accru devrait motiver une surveillance rapprochée.Key words: Plummer Vinson, dysphagie, brulure caustique, maladie de Bierme

Ascite fébrile chez la femme, ne pas méconnaitre une tumeur de Krukenberg

Les tumeurs de Krukenberg (TK) se définissent comme des métastases ovariennes d'un cancer, le plus souvent digestif. Elles représentent 5 à 15% des tumeurs malignes ovariennes. Notre objectif était de décrire les caractéristiques épidémiologiques, diagnostiques, thérapeutiques et évolutives.Nous  rapportons deux observations de tumeur de Krukenberg découvertes à l'occasion de l'exploration d'une ascite fébrile.Il s'agit de deux patientes multipares âgées respectivement de 32 ans et 50 ans. Les signes d'appel étaient essentiellement digestifs. La découverte de ces métastases ovariennes était survenue à distance des foyers primitifs. L'atteinte des ovaires était bilatérale dans le premier cas et unilatérale  droite dans le second cas. Le diagnostic est apporté par la tomodensitométrie abdominopelvienne dans les deux cas. La fibroscopie oesogastroduodénale avait permis de retrouver le foyer primitif  respectivement sous forme d'un processus bourgeonnant et d'un ulcère en position antrale avec des stigmates d'hémorragies. L'examen anatomopathologique des biopsies réalisées mettait en évidence un adénocarcinome tubuleux moyennement différencié de l'estomac avec composante mucineuse dans la première observation et un adénocarcinome de type intestinal moyennement différencié dans la seconde. Le traitement chirurgical confirme le diagnostic histologique. Dans notre série, le traitement n'a pu être que symptomatique en raison de l'existence constante d'une carcinose péritonéale et de l'altération profonde de l'état général. Les deux patientes ont été confiées à l'institut de cancérologie pour une chimiothérapie palliative. La première est décédée 1 mois après. La tumeur de Krukenberg est une  maladie rare. Le diagnostic est facilité par la radiologie et confirmé par l'histologie. Son pronostic  demeure encore très sombre. Le seul espoir réside dans les mesures préventives.Key words: Métastases ovariennes, tumeur de Krukenberg, pronostic sombre

Étude in vitro de l’effet antifalcémiant des globules rouges et de l’activité antioxydante d’extraits de la poudre de racines de Maytenus senegalensis Lam (Celestraceae)

La drépanocytose est une hémoglobinopathie largement répandue chez les populations africaines noires. Actuellement, très peu de traitements conventionnels existent sur le marché, d’où le recours à la médecine traditionnelle. Maytenus senegalensis est une plante prescrite par les tradipraticiens dans la prise en charge de la drépanocytose. L’activité antifalcémiante des extraits de la poudre de racines de Maytenus senegalensis a été étudiée dans ce travail. Après obtention de l’extrait hexanique par extraction à l’aide d’un Soxhlet, le marc est macéré dans de l’acétate d’éthyle puis dans du méthanol pour donner les extraits correspondants. L’activité des fractions a été évaluée sur des drépanocytes de type SS. Les activités antifalcémiantes les plus importantes ont été observées pour les fractions polaires du méthanol et de l’acétate d’éthyle avec des taux d’inversion de la falciformation respectivement de 77% et de 65% à 10 mg/mL. Les activités antioxydantes de M. senegalensis (CI50 = 0,195 ± 0,004 mg/mL) et de l’acide ascorbique (CI50 = 0,078 ± 0,002 mg/mL) ont été déterminées. Les pouvoirs antioxydants (PA) montrent que l’activité antiradicalaire de l’acide ascorbique (PA = 12,85) est 2,5 fois meilleure que celle de M. senegalensis (PA = 5,14). Les résultats de l’étude justifient l’utilisation traditionnelle des racines de Maytenus senegalensis dans la prise en charge de la drépanocytose.Mots clés : Hémoglobine, drépanocytose, Maytenus senegalensis, activité antifalcémiante, stress oxydant, radicaux libres, activité antioxydante

Dietary Intakes and Nutritional Status of Mother-Child (6-23 Months Old) Pair Targeted through the "Organic Residual Products for Biofortified Foods for Africa Project" in Rural Area in Senegal

Background: Despite micronutrient supplementation and food fortification strategies carried out for decades, micronutrient deficiencies remain prevalent among children under 5 years old in rural area in Senegal. The OR4FOOD project was implemented as a preventive and long-term approach to reduce malnutrition through biofortification. Objective: We aimed to assess the baseline dietary intakes and nutritional status of the mother-child (6-23 months old) pair in a rural community in Senegal. Methods: Dietary intakes were assessed using dietary recall questionnaires and weight food records. All foods and beverages consumed from waking to bedtime were quantified, and nutrient intakes were calculated. The nutritional status was measured by anthropometry. Results: Results showed that 77.2% of children had low dietary diversity score. Only 18% of them received an appropriate complementary feeding according to the minimum acceptable diet. Cereals and legumes were among the most consumed food groups, whereas orange-fleshed sweet potato (OFSP) and animal food products were rarely consumed. Median dietary intakes of iron, zinc, and vitamin A were lower than the recommended dietary allowances. Acute malnutrition and stunting affected 14.6% and 16.9% of children, respectively. Overall, 20.8% of mothers were underweighted, and overweight/obesity affected 23.1% of them. Conclusion: Malnutrition remains prevalent in rural areas of Senegal and affects both mothers and children. Furthermore, their nutrient requirements were not covered by the diet. Millet and cowpea being widely consumed, optimizing their iron and zinc content through biofortification and the introduction of OFSP might improve micronutrient intakes and would be promising strategies to prevent child malnutrition

L’éléphantiasis vulvo-clitoridien: à propos d’un nouveau cas

L'éléphantiasis vulvo-clitoridien d'origine filarienne est une affection très rare. Nous rapportons un nouveau cas chez une femme de 33 ans suivie dans un service de Maladies Infectieuses pour filariose lymphatique. Elle avait une masse vulvo-clitoridienne qui évoluait depuis plus de 10 ans. Une résection clitoridienne et une plastie vulvaire a été réalisée. Les résultats fonctionnels et esthétiques étaient satisfaisants.Key words: Eléphantiasis, filariose, vulvo-clitoridie

Burnout among surgeons before and during the SARS-CoV-2 pandemic: an international survey

Background: SARS-CoV-2 pandemic has had many significant impacts within the surgical realm, and surgeons have been obligated to reconsider almost every aspect of daily clinical practice. Methods: This is a cross-sectional study reported in compliance with the CHERRIES guidelines and conducted through an online platform from June 14th to July 15th, 2020. The primary outcome was the burden of burnout during the pandemic indicated by the validated Shirom-Melamed Burnout Measure. Results: Nine hundred fifty-four surgeons completed the survey. The median length of practice was 10 years; 78.2% included were male with a median age of 37 years old, 39.5% were consultants, 68.9% were general surgeons, and 55.7% were affiliated with an academic institution. Overall, there was a significant increase in the mean burnout score during the pandemic; longer years of practice and older age were significantly associated with less burnout. There were significant reductions in the median number of outpatient visits, operated cases, on-call hours, emergency visits, and research work, so, 48.2% of respondents felt that the training resources were insufficient. The majority (81.3%) of respondents reported that their hospitals were included in the management of COVID-19, 66.5% felt their roles had been minimized; 41% were asked to assist in non-surgical medical practices, and 37.6% of respondents were included in COVID-19 management. Conclusions: There was a significant burnout among trainees. Almost all aspects of clinical and research activities were affected with a significant reduction in the volume of research, outpatient clinic visits, surgical procedures, on-call hours, and emergency cases hindering the training. Trial registration: The study was registered on clicaltrials.gov "NCT04433286" on 16/06/2020

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Occlusion intestinale aiguë révélant une grossesse abdominale: à propos d'un cas

La grossesse abdominale (GA) se définit comme la nidation et le développement de l'œuf fécondé dans la cavité péritonéale. Elle reste une variété rare de grossesse ectopique, dont la découverte peut être fortuite simulant une urgence chirurgicale. Nous rapportons un cas rare d'une occlusion intestinale aiguë fébrile révélant une grossesse abdominale chez une patiente âgée de 27ans sans antécédents pathologiques particuliers, reçue pour la prise en charge d'un syndrome occlusif évoluant depuis une semaine. L'examen physique retrouvait un abdomen distendu luisant, sensible dans son ensemble et météorisé. Le bilan biologique montrait des globules blancs à 20300, le taux d'hémoglobine à 7,2g/dL. L'exploration chirurgicale avait objectivé un hémopéritoine de 2000ml, une masse retro-utérine encapsulée, adhérent fortement au méso-sigmoïde et au sigmoïde responsable d'une sténose du colon descendant. Il a été réalisé une exérèse monobloc dont l'effraction montrait un placenta accolé au méso-sigmoïde relié au fœtus une annexectomie droite, une colostomie