Using graphics processors to accelerate the computation of the matrix inverse

We study the use of massively parallel architectures for computing a matrix inverse. Two different algorithms are reviewed, the traditional approach based on Gaussian elimination and the Gauss-Jordan elimination alternative, and several high performance implementations are presented and evaluated. The target architecture is a current general-purpose multi-core processor (CPU) connected to a graphics processor (GPU). Numerical experiments show the efficiency attained by the proposed implementations and how the computation of large-scale inverses, which only a few years ago would have required a distributed-memory cluster, take only a few minutes on a hybrid architecture formed by a multi-core CPU and a GPU

Análisis comparativo de estimación de esfuerzo en el desarrollo de software

Las diversas metodologías de estimación de esfuerzo en el proceso de desarrollo de software han surgido como una necesidad temprana de poder evaluar la factibilidad económica de un proyecto. La evolución de los métodos de estimación no han sido como consecuencia de su invalidez o resultados erróneos, sino de la misma evolución de la tecnología, del acotamiento de los márgenes de error y de las exigencias del mercado en busca de productos de mayor calidad. Este trabajo propone modificar la metodología de Puntos de Casos de Uso de Gustav Karner para estimar el esfuerzo en el desarrollo de un producto de software, utilizando la Especificación de Requerimientos en vez de Caso de Uso. En este sentido, se presentan casos de estudio con resultados concretos.Presentado en el VIII Workshop Ingeniería de Software (WIS)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Análisis de Estimación de Esfuerzo aplicando Puntos de Caso de Uso

Las diversas metodologías de estimación de esfuerzo en el proceso de desarrollo de software han surgido a raíz de fracasos y aciertos en los proyectos. La evolución de los métodos de estimación no ha sido como consecuencia de su invalidez o resultados erróneos, sino de la misma evolución de la tecnología, del acotamiento de los márgenes de error y de las exigencias del mercado en busca de productos de mayor calidad. Este trabajo muestra que la metodología de Puntos de Casos de Uso propuesta por Frohnhoff y Engels, con claras y fehacientes muestras de éxito en momentos de su desarrollo, necesita de ajustes y/o mejoras. En este sentido, se presentan casos de estudio concretos.Presentado en el VII Workshop Ingeniería de Software (WIS)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Análisis de Estimación de Esfuerzo aplicando Puntos de Caso de Uso

Las diversas metodologías de estimación de esfuerzo en el proceso de desarrollo de software han surgido a raíz de fracasos y aciertos en los proyectos. La evolución de los métodos de estimación no ha sido como consecuencia de su invalidez o resultados erróneos, sino de la misma evolución de la tecnología, del acotamiento de los márgenes de error y de las exigencias del mercado en busca de productos de mayor calidad. Este trabajo muestra que la metodología de Puntos de Casos de Uso propuesta por Frohnhoff y Engels, con claras y fehacientes muestras de éxito en momentos de su desarrollo, necesita de ajustes y/o mejoras. En este sentido, se presentan casos de estudio concretos.Presentado en el VII Workshop Ingeniería de Software (WIS)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Análisis de Estimación de Esfuerzo aplicando Puntos de Caso de Uso

Las diversas metodologías de estimación de esfuerzo en el proceso de desarrollo de software han surgido a raíz de fracasos y aciertos en los proyectos. La evolución de los métodos de estimación no ha sido como consecuencia de su invalidez o resultados erróneos, sino de la misma evolución de la tecnología, del acotamiento de los márgenes de error y de las exigencias del mercado en busca de productos de mayor calidad. Este trabajo muestra que la metodología de Puntos de Casos de Uso propuesta por Frohnhoff y Engels, con claras y fehacientes muestras de éxito en momentos de su desarrollo, necesita de ajustes y/o mejoras. En este sentido, se presentan casos de estudio concretos.Presentado en el VII Workshop Ingeniería de Software (WIS)Red de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Unleashing GPU acceleration for symmetric band linear algebra kernels and model reduction

Linear algebra operations arise in a myriad of scientific and engineering applications and, therefore, their optimization is targeted by a significant number of high performance computing (HPC) research efforts. In particular, the matrix multiplication and the solution of linear systems are two key problems with efficient implementations (or kernels) for a variety of high per- formance parallel architectures. For these specific prob- lems, leveraging the structure of the associated matrices often leads to remarkable time and memory savings, as is the case, e.g., for symmetric band problems. In this work, we exploit the ample hardware concurrency of many-core graphics processors (GPUs) to accelerate the solution of symmetric positive definite band linear systems, introducing highly tuned versions of the corre- sponding LAPACK routines. The experimental results with the new GPU kernels reveal important reductions of the execution time when compared with tuned imple- mentations of the same operations provided in Intel’s MKL. In addition, we evaluate the performance of the GPU kernels when applied to the solution of model or- der reduction problems and the associated matrix equa- tions.Ernesto Dufrechou and Pablo Ezzatti acknowledge the support from Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas, and Agencia Nacional de Investigación e Innovacioón, Uruguay. Enrique S. Quintana-Ortí was sup- ported by project TIN2011-23283 of the Ministry of Science and Competitiveness (MINECO) and EU FEDER, and project P1-1B2013-20 of the Fundació Caixa Castelló-Bancaixa and UJI

Estudios de redes de regulación genéticas con modelos discretos

Las distintas fases del ciclo celular están dirigidas por una red de regulación. La evoluciónde las moléculas involucradas en la red se puede modelizar como variables acopladas a través deinteracciones. El modelo de ciclo celular que se utiliza es una red de corrientes de actividad, convariables cualitativas lógicas que representan las proteínas reguladoras del ciclo y los complejoscdk/ciclina de la célula. Se estudia la evolución de complejos cdk/ciclina porque se conocen susinteracciones con las proteínas reguladoras. Además, la periodicidad de estas moléculas sigue lasdistintas fases del ciclo celular.Un método clásicamente utilizado en biología de sistemas para la resolución de la evolución deredes de regulación es el algoritmo de Gillespie. Una herramienta basada en este algoritmo en laque además ya se ha conseguido reproducir el modelo del ciclo celular es el entorno MaBoSS [1].Por otra parte, se busca aplicar el método de Aproximación Variacional en Clúster, que hasta elmomento no se ha utilizado nunca para redes de regulación genéticas. Este método se ha utilizadoen tratamiento de sistemas como modelos epidémicos SIS o al estudio de transiciones en materialescon estructuras cristalinas. El objetivo es estudiar el modelo del ciclo celular con esta herramienta,comparándolo con MaBoSS, un método clásico en biología de sistemas.Con motivo de estudiar cómo se comporta el método CVM en este nuevo ámbito, se evalúanejemplos típicos de sistemas de redes de regulación de complejidad creciente.En primer lugar, se trata un modelo de dos nodos que conforman un bucle entre cuatro estadosdel sistema. Después, se estudia el modelo resultante de añadir un tercer nodo, de forma queel sistema tiene un estado atractor alcanzado escapando del bucle de cuatro estados anterior osiguiendo un árbol de estados. Con estos dos modelos sencillos se identifican algunos de los objetosque suelen aparecer en redes de regulación: bucles, atractores o árboles. Finalmente se ha estudiadola evolución del modelo de ciclo celular en CVM, comparándola con los resultados de la herramientaMaBoSS.Tras estudiar los tiempos de ejecución de los dos métodos y cómo de cercanos son los resultadosdel CVM a la teoría sobre el ciclo celular, se prueba que esta técnica es aplicable sin utilizar métodosclásicos como MaBoSS de forma auxiliar.<br /

Efficacy and safety of temozolomide in the treatment of aggressive pituitary neuroendocrine tumours in Spain

Carcinoma pituitario; RadioterapiaCarcinoma pituïtari; RadioteràpiaPituitary carcinoma; RadiotherapyCurrent guidelines recommend temozolomide as the first-line chemotherapy for aggressive pituitary neuroendocrine tumours. However, no clinical trials have been conducted to date and clinical experience is quite limited. We retrospectively analyzed 28 patients (9 women and 19 men), aged 46.6 + 16.9, with aggressive pituitary tumours (4 pituitary carcinomas and 24 aggressive adenomas) treated with temozolomide in 10 Spanish pituitary reference centres. Four patients had Cushing’s disease, 9 prolactinomas and 15 clinically non-functioning pituitary tumours (seven silent corticotroph, three silent somatotroph, one silent lactotroph, one silent gondotroph and three null-cell tumours). Median size at diagnosis was 10.5 cm3 (IQR 4.7-22.5), with cavernous sinus invasion in 88% and no metastases. Pre-temozolomide treatment, these data were 5.2 cm3 (IQR 1.9-12.3), 89.3% and 14.3% (2 intracranial and 2 spinal metastases). All patients had undergone surgery (1-5 surgeries), 25 (89.3%) had received radiotherapy (7 of them reirradiated) and 13(46.4%) had received cabergoline. One patient interrupted temozolomide prematurely. The remaining 27 patients received a median of 13 cycles (range 3-66) of 5 days every 28 days, with a mean initial dose of 265 ± 73 mg when administered alone and of 133 ± 15 mg when co-administered with radiotherapy. Eight patients (29.6%) had a significant reduction (>30%) in tumour volume and 14 (51.9%) attained tumour stabilization. After a median follow-up of 29 months (IQR 10-55), 8 out of these 22 showed disease progression. A longer progression-free survival was found in the five patients who received concomitant radiotherapy. Seven patients (25%) died (all of them because of tumour progression or complications of treatments) at 77 months (IQR 42-136) after diagnosis and 29 months (IQR 16-55) after the first dose of temozolomide. Adverse effects occurred in 18 patients (14 mild and 4 moderate or severe). In conclusion, temozolomide is an effective medical treatment for aggressive pitNET and pituitary carcinomas but is sometimes followed by tumour progression. Co-administration with radiotherapy may increase progression-free survival

Solving Algebraic Riccati Equations on Hybrid CPU-GPU Platforms

The solution of Algebraic Riccati Equations is required in many linear optimal and robust control methods such as LQR, LQG, Kalman filter, and in model order reduction techniques like the balanced stochastic truncation method. Numerically reliable algorithms for these applications rely on the sign function method, and require O(8n3) floating-point arithmetic operations, with n in the range of 103 −105 for many practical applications. In this paper we investigate the use of graphics processors (GPUs) to accelerate the solution of Algebraic Riccati Equations by off-loading the computationally intensive kernels to this device. Experiments on a hybrid platform compose by state-of-the-art general-purpose multi-core processors and a GPU illustrate the potential of this approach.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

¿Se puede comprar la prevención?

Sr. Director: Existen múltiples reflexiones sobre ética y salud pública, pero la respuesta a la pregunta de cómo combinar la autonomía de las personas con la efectividad y la justicia distributiva en las intervenciones preventivas sigue siendo un reto de todos los involucrados en la toma de decisiones: desde las autoridades sanitarias hasta los ciudadanos. A las intervenciones preventivas de carácter poblacional deben exigirse los requerimientos que se exigen a toda actividad clínica, pero además, dado que se ofertan a toda la población, los de precaución, sostenibilidad, transparencia y rendimiento de cuentas..