Establishment of the 1st World Health Organization International Standard for Plasmodium falciparum DNA for nucleic acid amplification technique (NAT)-based assays

BACKGROUND: In order to harmonize results for the detection and quantification of Plasmodium falciparum DNA by nucleic acid amplification technique (NAT)-based assays, a World Health Organization (WHO) collaborative study was performed, evaluating a series of candidate standard preparations. METHODS: Fourteen laboratories from 10 different countries participated in the collaborative study. Four candidate preparations based upon blood samples parasitaemic for P. falciparum were evaluated in the study. Sample AA was lyophilized, whilst samples BB, CC and DD were liquid/frozen preparations. The candidate standards were tested by each laboratory at a range of dilutions in four independent assays, using both qualitative and quantitative NAT-based assays. The results were collated and analysed statistically. RESULTS: Twenty sets of data were returned from the participating laboratories and used to determine the mean P. falciparum DNA content for each sample. The mean log10 "equivalents"/ml were 8.51 for sample AA, 8.45 for sample BB, 8.35 for sample CC, and 5.51 for sample DD. The freeze-dried preparation AA, was examined by accelerated thermal degradation studies and found to be highly stable. CONCLUSION: On the basis of the collaborative study, the freeze-dried material, AA (NIBSC code No. 04/176) was established as the 1st WHO International Standard for P. falciparum DNA NAT-based assays and has been assigned a potency of 10(9) International Units (IU) per ml. Each vial contains 5 x 10(8) IU, equivalent to 0.5 ml of material after reconstitution

Dried blood spots as a source of anti-malarial antibodies for epidemiological studies

BACKGROUND: Blood spots collected onto filter paper are an established and convenient source of antibodies for serological diagnosis and epidemiological surveys. Although recommendations for the storage and analysis of small molecule analytes in blood spots exist, there are no published systematic studies of the stability of antibodies under different storage conditions. METHODS: Blood spots, on filter paper or glass fibre mats and containing malaria-endemic plasma, were desiccated and stored at various temperatures for different times. Eluates of these spots were assayed for antibodies against two Plasmodium falciparum antigens, MSP-119 and MSP2, and calculated titres used to fit an exponential (first order kinetic) decay model. The first order rate constants (k) for each spot storage temperature were used to fit an Arrhenius equation, in order to estimate the thermal and temporal stability of antibodies in dried blood spots. The utility of blood spots for serological assays was confirmed by comparing antibodies eluted from blood spots with the equivalent plasma values in a series of samples from North Eastern Tanzania and by using blood spot-derived antibodies to estimate malaria transmission intensity in this site and for two localities in Uganda. RESULTS: Antibodies in spots on filter paper and glass fibre paper had similar stabilities but blood was more easily absorbed onto filter papers than glass fibre, spots were more regular and spot size was more closely correlated with blood volume for filter paper spots. Desiccated spots could be stored at or below 4 degrees C for extended periods, but were stable for only very limited periods at ambient temperature. When desiccated, recoveries of antibodies that are predominantly of IgG1 or IgG3 subclasses were similar. Recoveries of antibodies from paired samples of serum and of blood spots from Tanzania which had been suitably stored showed similar recoveries of antibodies, but spots which had been stored for extended periods at ambient humidity and temperature showed severe loss of recoveries. Estimates of malaria transmission intensity obtained from serum and from blood spots were similar, and values obtained using blood spots agreed well with entomologically determined values. CONCLUSION: This study has demonstrated the suitability of filter paper blood spots paper for collection of serum antibodies, and provided clear guidelines for the treatment and storage of filter papers which emphasize the importance of desiccation and minimisation of time spent at ambient temperatures. A recommended protocol for collecting, storing and assaying blood spots is provided

The Preterm Clinical Network (PCN) Database: a web-based systematic method of collecting data on the care of women at risk of preterm birth

Background: Despite much research effort, there is a paucity of conclusive evidence in the field of preterm birth prediction and prevention. The methods of monitoring and prevention strategies offered to women at risk vary considerably around the UK and depend on local maternity care provision. It is becoming increasingly recognised that this experience and knowledge, if captured on a larger scale, could be a utilized as a valuable source of evidence for others. The UK Preterm Clinical Network (UKPCN) was established with the aim of improving care and outcomes for women at risk of preterm birth through the sharing of a wealth of experience and knowledge, as well as the building of clinical and research collaboration. The design and development of a bespoke internet-based database was fundamental to achieving this aim. Method: Following consultation with UKPCN members and agreement on a minimal dataset, the Preterm Clinical Network (PCN) Database was constructed to collect data from women at risk of preterm birth and their children. Information Governance and research ethics committee approval was given for the storage of historical as well as prospectively collected data. Collaborating centres have instant access to their own records, while use of pooled data is governed by the PCN Database Access Committee. Applications are welcomed from UKPCN members and other established research groups. The results of investigations using the data are expected to provide insights into the effectiveness of current surveillance practices and preterm birth interventions on a national and international scale, as well as the generation of ideas for innovation and research. To date, 31 sites are registered as Data Collection Centres, four of which are outside the UK. Conclusion: This paper outlines the aims of the PCN Database along with the development process undertaken from the initial idea to live launch

De ontwikkelingen in de polder Breebaart resultaten van de monitoring in 2003 en 2004 en een vergelijking met 2001 en 2002

In January 2001 a reduced tidal regime was introduced in Polder Breebaart, a polder located in the northern-east part of the Province of Groningen (The Netherlands). This reduced tidal regime was achieved by building a culvert in the seawall, connecting the polder with the seawater from the Dollard, a part of the Ems-estuary. The aim was (1)to develop and restore a brackish water area with natural abiotic and biotic processes. (2)to create an opportunity for migratory fishes to migrate from the sea into freshwater and vice versa. (3) to increase environmental awareness and public support for conservation. A monitoring program was carried out in order to follow the changes in morphological, physical and biological processes. The results of the bottomdepth measurements show that sediment accumulates in the channel. This channel had been dug out as part of the restoration operation. In the first two years (2001-2002) sedimentation was about 30 cm. In order to stop this deposition, the maximum water level in the polder was lowered approximately 15cm from April 2003 onward, to force higher water velocities at outgoing tide causing more resuspension. Despite this, sedimentation was still about 15cm in the period 2003-2004. The distribution of salinity-concentrations within the polder shows a weak fresh-to-salt gradient over a short distance of approximately 600m between the outflow of the freshwater supply of the fish ladder and the culvert in the seawall. Within time salinity varies from 0,7 to 24. This salinity-range is similar to that of a nearby location in the Dollard, outside the polder. Nutrient concentrations (phosphate, nitrate) and concentrations of suspended matter correspond likewise between the two sites. The original vegetation at the borders of the channel disappeared completely. Species adapted to salt water appeared, such as Glasswort (Salicornia sp.), Annual seablite (Suaeda maritima), Lesser sea spurrey (Spergularia salina) and Sea aster (Aster tripolium). The rather rare species of Cotula coronopifolia (Common brassbuttons) settled on several locations on the transition to the grassland. Benthic fauna consisted mainly of about four species (max 8) of which the ragworm Nereis diversicolor was the most important one. In 2004 total density of benthic individuals decreased drastically compared with 2003. Moreover nearly 95% of these individuals consisted of ragworms. The ragworm isCivil Engineering and Geoscience

Ecologisch profiel van de litorale kokkelbank

(See below for an English summary. Although the main content of this rapport is in Dutch) De Kokkel is een tweekleppig schelpdier dat algemeen voorkomt in de ondiepe kustwateren en estuaria van Nederland. Het dier leeft ondiep ingegraven in de bodem en komt vooral voor op bij laagwater droog vallende platen. Zijn voedsel bestaat uit in het water zwevende partikeltjes (plankton, detritus). De Kokkel komt niet regelmatig verspreid voor, maar in, soms zeer dichte, concentraties: de zogenoemde kokkelbanken. De kokkelbank die voorkomt op de bij laagwater droogvallende platen (litorale kokkelbank) is in het project Watersysteemverkenningen (WSV) gekozen als een van de biologische doelvariabelen voor het toetsen van de milieukwaliteit van de Nederlandse zoute wateren. In het Ecoprofiel komt naar voren dat het kokkelbestand in onze kustwateren grote jaarlijkse verschillen vertoont. Strenge winters en ijsgang hebben een sterk negatieve invloed op het voorkomen van kokkelbanken. Daarnaast wordt het kokkelbestand in sterke mate afgeroomd door de kokkelvisserij, met name in kokkelarme jaren. In het kader van de Structuurnota Zee- en kustvisserij zijn thans delen van de Waddenzee en de Oosterschelde gesloten voor de kokkelvisserij, en is tevens een regeling getroffen om in kokkelarme jaren een deel van het kokkelbestand te reserveren voor de daarop fouragerende steltlopers (o.a. Scholekster). -English- The Edible Cockle (Cerastoderma edule) is a common bivalve mollusc in Dutch estuarine and coastal waters. It lives very shallow in the sediment, mainly at intertidal flats. The species is a suspension feeder utilising suspended particles such as phytoplankton and detritus from the water column. Cerastoderma edule is not evenly distributed, but occurs aggregated in beds. In the 'Aquatic Outlook' project littoral beds with a density of more than 50 individuals per m^2 have been chosen as a sentinel for environmental quality of coastal waters. The Cockle stock shows large year-to-year fluctuations. Littoral beds of cockles are strongly affected by low winter temperatures and ice scour. Furthermore, cockle beds are intensively exploited by cockle fishers. Recent Dutch policy regarding fishery in coastal and marine waters provides in certain areas of the Wadden Sea and Oosterschelde to be closed for cockle fishery. In lean cockle years, in the area open for fishery a certain amount of cockles is withdrawn from fishery to become available for wader birds, such as the Oystercatcher (haematopus ostralegus).Watersysteemverkenningen (WSV) 199

De Polder Breebaart: De ontwikkelingen in de polder Breebaart resultaten van de monitoring in 2003 en 2004 en een vergelijking met 2001 en 2002

Eén van de proefgebieden waar binnen het Europese INTERREG-project ComCoast informatie wordt verzameld over de gevolgen van de blootstelling van binnendijkse gebieden aan zeewater, is de Breebaartpolder, een ca 60 ha grote polder in het noordoostelijk kustgebied van de provincie Groningen. De polder is geheel omsloten door dijken en is mede daardoor zeer geschikt als pilot voor één van de alternatieve methoden om onze kust in de toekomst tegen wateroverlast door overstromingen te beschermen: de \u91overslagdijk\u92. In polder Breebaart is in 2001 gedempt getij gerealiseerd door op gecontroleerde wijze zeewater vanuit de Dollard de polder te laten in- (tijdens vloed) en uitstromen (tijdens eb) via een regelbare duikeropening in de zeedijk. Tegelijkertijd werd een vishevel aangelegd die vissen de mogelijkheid biedt om van polder Breebaart naar het zoete water in het boezemkanaal te komen en omgekeerd. Het initiatief voor de inrichting van deze zoet-zout overgang kwam van de stichting Het Groninger Landschap, eigenaar/beheerder van het gebied, en het Waterschap Hunze en Aa\u92s. Doelstelling hierbij was: - Het ontwikkelen en herstellen van een brakwatergetijdengebied met natuurlijke abiotische en biotische processen. - Het weer mogelijk maken van vismigratie tussen de Dollard en het achterland van Breebaart. - Het vergroten van de mogelijkheden voor natuurbeleving en draagvlak vergroting voor natuurbescherming (door middel van de aanleg van een bezoekerscentrum, een wandelpad en een vogelobservatiehut) Om de ontwikkelingen in het proefgebied goed te kunnen volgen werd door de stichting Het Groninger Landschap, het Waterschap Hunze en Aa\u92s en het Rijksinstituut voor Kust en Zee een monitoringsplan opgesteld. In het kader hiervan worden sinds 2001 in de polder morfologische, fysisch-chemische en biologische gegevens verzameld. Realisatie doelstellingen: Voor wat betreft doelstelling 1, instellen van een brakwatergetijdengebied, geldt, dat er binnen de polder sprake was van een gering gradiënt in zoutgehalte over een betrekkelijk korte afstand van ongeveer één derde van de totale geullengte. In de geul was het \u91compartiment\u91 met lagere zoutgehaltes (tussen ca 0 en 10\u89) ondervertegenwoordigd. De voor dit habitat kenmerkende bodemdiersoorten zijn daardoor tot nu toe niet aangetroffen. Van de mogelijkheid voor vissen om te kunnen migreren tussen Dollard en achterland van Breebaart (doelstelling 2) werd vooral in het voorjaar duidelijk gebruik gemaakt (Wintermans et al., 2004). Oorzaak van de dalende trend in aantallen trekvissen tijdens de voorjaarstrek is nog onduidelijk. Aangaande doelstelling 3 (vergroten natuurbelevingsmogelijkheden en draagvlak) kan worden gesteld dat het monitoringsproject een interessant educatief project is, waar door veel vrijwilligers enthousiast aan wordt gewerkt (Peletier et al., 2004). Excursies, lezingen, workshops en voorlichting aan publiek en schoolklassen dragen bij aan het vergroten van de mogelijkheden voor natuurbeleving en het creëren van draagvlak voor natuurbescherming.INTERRE

Het macrozoobenthos op vijf permanente quadraten op het Groninger wad in 1998

Sinds 1974 wordt de toestand van de bodemfauna op het Groninger wad enkele malen per jaar vastgelegd. Deze monitoring heeft een tweeledig doel: - Vinger aan de pols functie - Verzamelen van informatie over de ontwikkeling van de bodemfauna in de Waddenzee op korte en langere termijn, en bij het signaleren van plotselinge of trend-matige veranderingen trachten verbanden te leggen met natuurlijke danwel met door de mens beïvloede omstandigheden. Hierbij valt te denken aan strenge winters, immigratie van nieuwe soorten, visserij op schelpdieren e.d. Het voorliggende rapport bevat de resultaten van de twee halfjaarlijkse bemonsteringen van de bodemfauna op het Groninger wad in het jaar 1998. In hoofdstuk 2 is de gevolgde methode van bemonsteren en analyseren beschreven. Hoofdstuk 3 bevat een toelichting op de verkregen resultaten