Foundation characteristics of edible Musa triploids revealed from allelic distribution of SSR markers

Background and Aims The production of triploid banana and plantain (Musa spp.) cultivars with improved characteristics (e.g. greater disease resistance or higher yield), while still preserving the main features of current popular cultivars (e.g. taste and cooking quality), remains a major challenge for Musa breeders. In this regard, breeders require a sound knowledge of the lineage of the current sterile triploid cultivars, to select diploid parents that are able to transmit desirable traits, together with a breeding strategy ensuring final triploidization and sterility. Highly polymorphic single sequence repeats (SSRs) are valuable markers for investigating phylogenetic relationships. Methods Here, the allelic distribution of each of 22 SSR loci across 561 Musa accessions is analysed. Key Results and ConclusionsWe determine the closest diploid progenitors of the triploid 'Cavendish' and 'Gros Michel' subgroups, valuable information for breeding programmes. Nevertheless, in establishing the likely monoclonal origin of the main edible triploid banana subgroups (i.e. 'Cavendish', 'Plantain' and 'Mutika- Lujugira'), we postulated that the huge phenotypic diversity observed within these subgroups did not result from gamete recombination, but rather from epigenetic regulations. This emphasizes the need to investigate the regulatory mechanisms of genome expression on a unique model in the plant kingdom. We also propose experimental standards to compare additional and independent genotyping data for reference. (Résumé d'auteur

Modélisation du devenir des micropolluants dans les stations d’épuration : état de l’art et évolutions futures

National audienceLa réglementation française induite par la directive cadre européenne sur l’eau (DCE) impose actuellement un suivi des émissions d’une centaine de micropolluants pour les stations d’épuration (STEP) de plus de 10 000 équivalents habitants. Bien que non conçues pour cet objectif de traitement, les STEP éliminent une quantité non négligeable de micropolluants, notamment par sorption sur les matrices solides organiques (i.e. boues primaires ou secondaires), associée pour certains à une biotransformation. Si la réduction à la source limite les apports de substances chimiques dans les réseaux d’assainissement (p. ex. application de la directive REACH), cette seule action ne pourra apporter de solutions au cas des micropolluants issus du lessivage des sols (ex. HAP, pesticides) ou de substances à large consommation humaine (ex. détergents, produits pharmaceutiques et cosmétiques, plastifiants). L’optimisation des procédés de traitement existants et/ou la mise en place de traitements dédiés sont des solutions technologiques actuellement très étudiées pour limiter les concentrations en micropolluants dans les rejets de STEP. Pourtant, il est difficile de proposer des solutions économiquement pertinentes dans le domaine des STEP domestiques vis-à-vis des enjeux que soulève la DCE, considérant de surcroît les enjeux liés à la maîtrise des consommations énergétiques. Dans ce contexte, la modélisation dynamique apporte une aide précieuse, en s’appuyant sur une représentation numérique des différents processus [changement de phase liquide/solide (biosorption), liquide/gaz (volatilisation), réaction (oxydation, biotransformation)] et des phénomènes limitants associés. Très utilisée par les chercheurs et les ingénieurs dans le monde entier pour le traitement des paramètres classiques, la modélisation dynamique est un outil permettant d’explorer différentes stratégies de gestion des STEP (scénarii) et ainsi optimiser leur fonctionnement vis-à-vis des micropolluants. Les modèles de prédiction du devenir des micropolluants en STEP (ex. Simpletreat, Toxchem, Epiwin, …) utilisent les caractéristiques physico-chimiques des micropolluants pour prévoir la volatilisation, la sorption et la dégradation pour prédire, en régime stationnaire, la répartition de micropolluants entre les différents compartiments eau/air/boue. Mais ces outils n’ont pas atteint la maturité des modèles concernant l’azote par exemple, ce qui limite leur utilisation à des fins opérationnelles. Ainsi, plusieurs équipes de recherche françaises et internationales travaillent sur de nouveaux modèles, et leur intégration aux plateformes de simulations existantes. Les travaux portent sur une meilleure connaissance des comportements des micropolluants en STEP, et pour lesquels les capacités physicochimiques sont très variées (ex. biodégradabilité, solubilité, adsorption, …). Le groupe ASTEE modélisation a ainsi organisé début juillet une journée d’échanges pour recenser et discuter les différents concepts décrivant les processus d’élimination des micropolluants (schémas réactionnels) et les variables associées, et les moyens pour les décrire (p. ex. méthodologies d’échantillonnage, fréquence et durée de suivi, association à des mesures complémentaires en batch). La nécessité de faire appel à de nouveaux concepts (ex. cométabolisme pour établir le lien avec le traitement des polluants majeurs), et/ou la nécessité d’intégrer de nouvelles fractions décrivant le milieu réactionnel (ex. compartimentation, de la matière organique des boues, exopolymères) ont été discutées. La présentation orale de la conférence ASTEE, et l’article technique associé, sont réalisés par des experts du domaine de la modélisation, d’origines techniques et scientifiques variées (laboratoires de recherche, praticiens). Ils consistent en une synthèse des principaux acquis et des connaissances récentes concernant la modélisation du comportement des micropolluants en STEP. Les développements de modèle liés aux nouveaux concepts, et leur intégration dans la filière de traitement des eaux usées et des boues, sont illustrés avec quelques exemples choisis parmi plusieurs familles de micropolluants (métaux, hydrocarbures aromatiques, alkylphénols, pesticides, pharmaceutiques). La description temporelle de la composition des eaux usées, et la confrontation des résultats de simulation à des données de terrain, font également l’objet de discussions permettant de faire évoluer les modèles et la qualité des simulations. Les principales retombées pratiques de ce travail concernent l’optimisation (dimensionnement, exploitation) des traitements existants (filière eaux et boues) et l’aide au développement de traitements nouveaux (type tertiaire) en vue de disposer à terme d’un outil d’aide à la décision. La réflexion identifie plusieurs points de perspectives, en particulier l’impact de la qualité des données sur les résultats de simulation, la prise en compte des micropolluants en mélange, et la réflexion à l’échelle réseau d’assainissement - station d’épuration de manière à mettre en balance les solutions de traitement et de contrôle à la source

Fingerprinting data musa accessions with SSR

561 accessions fingerprinted at CIRAD with 22 SSRs