НОВІТНІ МЕТОДИ СТРИМУВАННЯ ІНФЕКЦІЙ, ЩО ПЕРЕДАЮТЬСЯ СТАТЕВИМ ШЛЯХОМ

Every day, more than 1 million people are infected with sexually transmitted infections (STIs), which constitute a significant part of human morbidity and increase the risk of acquiring human immuno­deficiency virus (HIV). Existing strategies for controlling and preventing STIs, including behavioral interventions, condom distribution and timely treatment, did not result in a significant reduction, indicating the need for new strategies. The aim of this review is to synthesize new biomedical approaches to STI prevention, including multi-purpose technologies, as well as to identify the scientific and organizational obstacles that need to be addressed. For the period from 1990 to 2018, the results of their own researches, articles found in the PubMed database, UNAIDS global reports (UNAIDS), the United Nations AIDS Action Agencies, country reports, World Health Organization (WHO) materials, were analyzed. A systematic analysis of clinical studies of female condoms, local gel-based microbicides, vaginal rings, tablets, films and nanofibers was conducted. The state of chemical prophylaxis of genital herpes, trichomonas was analyzed. The principles of multi-purpose prevention technology (MPT) and prospects of research was presented. Conclusion. HIV and other STIs are part of global health crises. At the present time, new MPT are being developed for protection against HIV and STIs, taking into account mechanisms of infection, cultural and social factors.Кожен день більше 1 млн осіб заражаються на інфекції, що передаються статевим шляхом (ІПСШ), які становлять значну частину захворюваності людства, а також підвищують ризик придбання вірусу імунодефіциту людини (ВІЛ). Існуючі стратегії профілактики та запобігання ІПСШ, включаючи зміну поведінки, розповсюдження презервативів і своєчасну терапію, не привели до їх суттєвого скорочення, що вказує на необхідність пошуку нових стратегій. Мета цього огляду – узагальнити нові біомедичні підходи до профілактики ІПСШ, включаючи багатоцільові технології, а також виявити наукові та організаційні перешкоди, які необхідно подолати. Матеріали і методи. За період 1990-2018 рр. аналізувалися результати власних досліджень, статті, знайдені в базі даних PubMed, глобальні звіти UNAIDS (ЮНЕЙДС) – агентства об’єднаних націй з боротьби зі СНІДом, звіти окремих країн, матеріали Всесвітньої організації охорони здоров’я (ВООЗ). Результати. Проведено систематичний аналіз клінічних досліджень жіночих презервативів, місцевих мікробіцидів на основі гелю, вагінальних кілець, таблеток, плівок та нановолокон. Проаналізовано стан хімічної профілактики генітального герпесу, трихомонозу. Наведено принципи багатоцільової технології профілактики (БТП) та перспективи досліджень. Висновок. ВІЛ та інші ІПСШ є частиною глобальної кризи охорони здоров’я. В даний час розробляються нові БТП для захисту від ВІЛ й ІПСШ з урахуванням механізмів зараження та культурних і соціальних чинників

Characterisation and validation of insertions and deletions in 173 patient exomes.

Recent advances in genomics technologies have spurred unprecedented efforts in genome and exome re-sequencing aiming to unravel the genetic component of rare and complex disorders. While in rare disorders this allowed the identification of novel causal genes, the missing heritability paradox in complex diseases remains so far elusive. Despite rapid advances of next-generation sequencing, both the technology and the analysis of the data it produces are in its infancy. At present there is abundant knowledge pertaining to the role of rare single nucleotide variants (SNVs) in rare disorders and of common SNVs in common disorders. Although the 1,000 genome project has clearly highlighted the prevalence of rare variants and more complex variants (e.g. insertions, deletions), their role in disease is as yet far from elucidated.We set out to analyse the properties of sequence variants identified in a comprehensive collection of exome re-sequencing studies performed on samples from patients affected by a broad range of complex and rare diseases (N = 173). Given the known potential for Loss of Function (LoF) variants to be false positive, we performed an extensive validation of the common, rare and private LoF variants identified, which indicated that most of the private and rare variants identified were indeed true, while common novel variants had a significantly higher false positive rate. Our results indicated a strong enrichment of very low-frequency insertion/deletion variants, so far under-investigated, which might be difficult to capture with low coverage and imputation approaches and for which most of study designs would be under-powered. These insertions and deletions might play a significant role in disease genetics, contributing specifically to the underlining rare and private variation predicted to be discovered through next generation sequencing

Клініко-епідеміологічні характеристики і морфологічні особливості сучасного сечостатевого трихомонозу

 Importance of the topic is stipulated with the current significant spread of infectious diseases of the urogenital tract, caused by the representatives of the protozoa genus Trichomonas.Aim. Evaluate the prevalence and peculiarities of contemporary trichomonas infection (Trichomonas vaginalis, Pentatrichomonas hominis, Trichomonas tenax), with the consideration of the associated bacterial infections that cause the urogenital pathology and the ultrastructural peculiarities of Trichomonas vaginalis morphotypes in the patients with chronic infectious diseases of the genitourinary organs.Material and methods. The research was carried out among 377 patients with chronic infectious diseases of the genitourinary organs. Routine bacterioscopic and bacteriological methods were applied. In addition, Trichomonas tenax and Pentatrichomonas hominis were detected using real-time polymerase chain reaction and applying original experimental primers. The ultrastructure of the trichomonads was studied using a PEM-125K electron microscope equipped with the SAI-01A (SELMI) system, using a CCD camera DX 2 and KAPPA software package.Results. Trichomonas vaginalis was detected in 48.3 % using the methods of optical microscopy and culture media inoculation. Trichomonas tenax was detected in 18.2 % and Pentatrichomonas hominis was detected in 67.1 % with the polymerase chain reaction. Development of the pathological process in the urogenital system of the studied patients (up to 90 %) was caused with the microbial associations, in particular, with Ureaplasma urealyticum (26.1 %), Chlamydia trachomatis (16.7 %), Mycoplasma hominis and Mycoplasma genitalium (13.9 %) and various kinds of opportunistic pathogenic microflora (up to 60 %), which lead to dysbiosis of urogenital system. It was proved that the oval morphotype Trichomonas vaginalis may be referred to the virulent forms; it was detected more often (68 %) than the piriform morphotype.Conclusions. Possible presence of trichomonads of three species: Trichomonas vaginalis, Trichomonas tenax, Pentatrichomonas hominis, in particular in pathological microbial associations, as important factors of the emergence and / or development of the pathological process, was established in the human genitourinary system. It is reasonable to refer the oval morphotype Trichomonas vaginalis to the virulent forms of this agent.  Актуальність теми зумовлена значним поширенням інфекційних захворювань сечостатевих шляхів, що викликані представниками роду найпростіших Trichomonas.Мета роботи – оцінити поширеність та особливості сучасної трихомонадної інвазії (Trichomonas vaginalis, Pentatrichomonas hominis, Trichomonas tenax), враховуючи асоційовані бактеріальні інфекції, що зумовлюють патологію урогенітального тракту, та ультраструктурні особливості морфотипів Trichomonas vaginalis у хворих на хронічні інфекційні захворювання сечостатевих органів.Матеріали та методи. Дослідження виконали у 377 пацієнтів із хронічними інфекційними захворюваннями сечостатевих органів. Використовували рутинні бактеріоскопічний і бактеріологічний методи. Крім того, за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі, використовуючи авторські експериментальні оригінальні праймери, виявляли Trichomonas tenax і Pentatrichomonas hominis. Ультраструктуру трихомонад вивчали за допомогою електронного мікроскопа ПЕМ-125К, забезпеченого системою САИ-01А (SELMI), з використанням CCD камери DX 2 і пакету програм KAPPA.Результати. За допомогою методів оптичної мікроскопії та засівів на поживне середовище Trichomonas vaginalis виявили у 48,3 % хворих. Методом полімеразної ланцюгової реакції Trichomonas tenax визначили у 18,2 %, Pentatrichomonas hominis – у 67,1 %. Розвиток патологічного процесу в сечостатевій системі обстежених (до 90 %) зумовлений мікробними асоціаціями, а саме з Ureaplasma urealyticum (26,1 %), Chlamydia trachomatis (16,7 %), Mycoplasma hominis і Mycoplasma genitalium (13,9 %) та різних видів умовно-патогенної мікрофлори (до 60 %), що спричиняють дисбіоз сечостатевої системи. Показано, що овальний морфотип Trichomonas vaginalis можна класифікувати як вірулентну форму, його виявляли частіше (68 %), ніж грушоподібний.Висновки. Встановили можливість наявності у сечостатевій системі людини, зокрема в патологічних мікробних асоціаціях, трихомонад 3 видів: Trichomonas vaginalis, Trichomonas tenax, Pentatrichomonas hominis – як важливих чинників виникнення та/або розвитку патологічного процесу. Овальний морфотип Trichomonas vaginalis доцільно вважати вірулентною формою цього збудника.  Актуальність теми зумовлена значним поширенням інфекційних захворювань сечостатевих шляхів, що викликані представниками роду найпростіших Trichomonas.Мета роботи – оцінити поширеність та особливості сучасної трихомонадної інвазії (Trichomonas vaginalis, Pentatrichomonas hominis, Trichomonas tenax), враховуючи асоційовані бактеріальні інфекції, що зумовлюють патологію урогенітального тракту, та ультраструктурні особливості морфотипів Trichomonas vaginalis у хворих на хронічні інфекційні захворювання сечостатевих органів.Матеріали та методи. Дослідження виконали у 377 пацієнтів із хронічними інфекційними захворюваннями сечостатевих органів. Використовували рутинні бактеріоскопічний і бактеріологічний методи. Крім того, за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі, використовуючи авторські експериментальні оригінальні праймери, виявляли Trichomonas tenax і Pentatrichomonas hominis. Ультраструктуру трихомонад вивчали за допомогою електронного мікроскопа ПЕМ-125К, забезпеченого системою САИ-01А (SELMI), з використанням CCD камери DX 2 і пакету програм KAPPA.Результати. За допомогою методів оптичної мікроскопії та засівів на поживне середовище Trichomonas vaginalis виявили у 48,3 % хворих. Методом полімеразної ланцюгової реакції Trichomonas tenax визначили у 18,2 %, Pentatrichomonas hominis – у 67,1 %. Розвиток патологічного процесу в сечостатевій системі обстежених (до 90 %) зумовлений мікробними асоціаціями, а саме з Ureaplasma urealyticum (26,1 %), Chlamydia trachomatis (16,7 %), Mycoplasma hominis і Mycoplasma genitalium (13,9 %) та різних видів умовно-патогенної мікрофлори (до 60 %), що спричиняють дисбіоз сечостатевої системи. Показано, що овальний морфотип Trichomonas vaginalis можна класифікувати як вірулентну форму, його виявляли частіше (68 %), ніж грушоподібний.Висновки. Встановили можливість наявності у сечостатевій системі людини, зокрема в патологічних мікробних асоціаціях, трихомонад 3 видів: Trichomonas vaginalis, Trichomonas tenax, Pentatrichomonas hominis – як важливих чинників виникнення та/або розвитку патологічного процесу. Овальний морфотип Trichomonas vaginalis доцільно вважати вірулентною формою цього збудника

Распространение сифилиса среди заключенных (анализ современных научных публикаций и собственные данные)

За даними ВООЗ, найвища захворюваність на інфекції, що передаються статевим шляхом (ІПСШ)/ВІЛ­інфекцію, зокрема сифіліс, відзначається в пенітенціарних установах, де на сьогодні у світі перебуває понад 10 млн осіб. Мета роботи. Оцінка сучасної поширеності у світі сифілітичної інфекції в місцях позбавлення волі в контексті цілісного розгляду проблеми венеричної патології, з урахуванням власних пілотних досліджень щодо пощиреності ІПСШ та ВІЛ­інфекції, а також аналізу факторів ризику зараження. Матеріали і методи. Пошук проводився згідно з рекомендаціями PRISMA 2008, 2021 (The Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta­Analyses; Переважні елементи звітування для систематичних оглядів та метааналізів). Наведено також дані власних пілотних досліджень 160 ув’язнених (80 жінок і 80 чоловіків) із ключової групи ризику щодо зараження ІПСШ/ВІЛ, які перебувають у тюремних установах України, а також проаналізовано деякі соціальні характеристики засуджених і фактори ризику поширення сифілісу. Результати. Підтверджено, що засуджені, як окрема соціальна група, мають підвищені ризики інфікування сифілісом у пенітенціарних закладах світу. При цьому захворюваність в рази вища порівняно з показником серед загального населення. За даними пілотних досліджень встановлено, що серед досліджуваних засуджених у 16,3% діагностовано серологічні маркери Treponema pallidum, у тому числі 12,5% жінок і 20% чоловіків, та маркери інших ІПСШ, а саме Chlamydia trachomatis (жінки – 37,5%, чоловіки – 15%), Ureaplasma urealyticum (5 і 62% відповідно), HSV­1 (97,5 і 95%), HSV­2 (72,5 і 50%), HCV (25 і 47,5%), HВV (12,5 і 7,5%), HIV (50 і 80%) та збудники Trichomonas vaginalis (35% – жінки) і Neisseria gonorrhoeae (17,5 і 2,5% відповідно), а також дерматологічна патологія (короста (10%), алергодерматози (15%) – у жінок; псоріаз (1,3%) – у чоловіків) і туберкульоз (7,5 і 5% відповідно). Факторами ризику зараження ІПСШ, у тому числі сифілісом, зокрема, були приховані форми інфекції, ризикована сексуальна поведінка, вживання наркотиків (жінки – 47,5%, чоловіки – 88%) та алкоголізм (52,5 і 8,4% відповідно), повторне й довгострокове ув’язнення (42,5 і 82,5% відповідно), відсутність сім’ї (73,5 та 90%), наявність татуювань (27,5 і 95%), а також нехтування презервативами, у тому числі при побаченнях під час ув’язнення. Висновки. Висока концентрація в установах пенітенціарної системи ключових груп щодо ризику зараження ІПСШ/ВІЛ, у тому числі сифілісом, створює унікальну можливість для подальших наукових досліджень і практичної реалізації цілої низки ефективних лікувально­діагностичних та організаційно­профілактичних заходів громадської охорони здоров’я.Introduction. According to the WHO, the highest incidence of STIs / HIV­infection, including syphilis, is in prisons, which currently have more than 10 million people worldwide. The objective. To assess the current state of the spread of syphilitic infection in prisons in the context of a holistic view of sexually transmitted diseases, taking into account our own pilot studies on the prevalence of sexually transmitted infections (STIs) and HIV, as well as risk factors infection. Materials and methods. The search was performed according to the recommendations of PRISMA 2008, 2021 (The Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta­Analyzes). The data of own pilot studies of 160 prisoners (80 women and 80 men) from the key risk group for STIs / HIV­infection in Ukrainian prisons are also presented, as well as some social characteristics of convicts and risk factors for syphilis are analyzed. Results. It has been confirmed that convicts as a separate social group have an increased risk of syphilis infection in penitentiary institutions of the world. At the same time, the incidence is several times higher compared to the general population. According to pilot studies, 16.3% of the surveyed convicts were diagnosed with serological markers of Treponema pallidum, including women (12.5%) and men (20%), and markers of other STIs, namely Chlamydia trachomatis (women – 37.5%, men – 15%), Ureaplasma urealyticum (5 and 62% respectively), HSV­1 (97.5 and 95%), HSV­2 (72.5 and 50%), HCV (25 and 47.5%), HBV (12.5 and 7.5%), HIV (50 and 80%), as well as the pathogens Trichomonas vaginalis (35% – women) and Neisseria gonorrhoeae (17, 5 and 2.5%, respectively) and dermatological pathology (scabies (10%), allergodermatoses (15%) – in women; psoriasis (1.3%) – in men) and tuberculosis (7.5 and 5% respectively). Risk factors for contracting STIs, including syphilis, in particular, were latent forms of infection, risky sexual behavior, drug use (women – 47.5%, men – 88%) and alcoholism (52.5 and 8.4%, respectively), repeated and long­term imprisonment (42.5 and 82.5%), no family (73.5 and 90%), tattoos (27.5 and 95%), and neglect of condom use, including number of visits while incarcerated. Conclusions. The high concentration in the institutions of the penitentiary system of key groups at risk of contracting syphilis creates a unique opportunity for scientific further research and practical application of the implementation of a number of effective therapeutic, diagnostic, organizational and preventive public health measures.По данным ВОЗ, самая высокая заболеваемость инфекциями, передающимися половым путем (ИППП)/ВИЧинфекцией, в частности сифилисом, отмечается в пенитенциарных учреждениях, где на сегодняшний день находится более 10 млн человек в мире. Цель работы. Оценка современного состояния распространенности в мире сифилитической инфекции в местах лишения свободы в контексте целостного рассмотрения проблемы венерической патологии, с учетом результатов собственных пилотных исследований по распространенности ИППП и ВИЧ­инфекции, а также анализа факторов риска заражения. Материалы и методы. Поиск проводился согласно рекомендациям PRISMA 2008, 2021 (The Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta­Analyses; Предпочтительные элементы отчетности для систематических обзоров и метаанализов). Приведены также данные собственных пилотных исследований у 160 заключенных (80 женщин и 80 мужчин) из ключевой группы риска заражения ИППП/ВИЧ­инфекцией, которые находятся в тюремных учреждениях Украины, а также проанализированы некоторые социальные характеристики осужденных и факторы риска распространения сифилиса. Результаты. Подтверждено, что осужденные, как отдельная социальная группа, имеют повышенные риски инфицирования сифилисом в пенитенциарных учреждениях мира. При этом заболеваемость в разы выше по сравнению с показателем среди общего населения. По данным пилотных исследований установлено, что среди обследованных осужденных в 16,3% диагностированы серологические маркеры Treponema pallidum, в том числе 12,5% женщин и 20% мужчин, и маркеры других ИППП, а именно Chlamydia trachomatis (женщины – 37,5%, мужчины – 15%), Ureaplasma urealyticum (5 и 62% соответственно), HSV­1 (97,5 и 95%), HSV­2 (72,5 и 50%), HCV (25 и 47,5%), HВV (12,5 и 7,5%), HIV (50 и 80%), а также возбудители Trichomonas vaginalis (35% – женщины) и Neisseria gonorrhoeae (17, 5 и 2,5% соответственно), дерматологическая патология (чесотка (10%), аллергодерматозы (15%) – у женщин, псориаз (1,3%) – у мужчин) и туберкулез (7,5 и 5% соответственно). Факторами риска заражения ИППП, в том числе сифилисом, были скрытые формы инфекции, рискованное сексуальное поведение, употребление наркотиков (женщины – 47,5%, мужчины – 88%) и алкоголизм (52,5 и 8,4% соответственно), повторное и долгосрочное заключение (42,5 и 82,5%), отсутствие семьи (73,5 и 90%), наличие татуировок (27,5 и 95%), а также пренебрежение использованием презервативов, в том числе при свидании во время заключения. Выводы. Высокая концентрация в учреждениях пенитенциарной системы ключевых групп по риску заражения ИППП/ВИЧинфекцией, в том числе сифилисом, создает уникальную возможность для дальнейших научных исследований и практического применения целого ряда эффективных лечебно­диагностических и организационно­профилактических мероприятий общественного здравоохранения