Rantai Pasok Agroindustri Sabut Kelapa pada PT. Berkat Abadi Korindo Kecamatan Matuari Kota Bitung

This study aims to determine the production process of processing, coconut coir  fishing nets and describe the flow of products, information flows and financial flows in the supply chain of fishing nets at PT. Berkat Abadi Korindo, Matuari District, Bitung City. This research was conducted for 2 months from September to October 2022. The sampling method used the purposive sampling method with the purpose and objective of the research, namely by selecting one of the staff/employees at PT. Berkat Abadi Korindo. The research uses primary data obtained from direct observation and interviews with respondents using a questionnaire. The analytical method used in this study is a descriptive analysis with a qualitative and quantitative approach. The results showed that supply chain actors in product flow, information flow and financial flow were farmers, collectors, PT. Berkat Abadi Korindo, expedition services and customers. Product flow in the Jaring Ikan supply chain, namely the supply of raw materials from coconut coir supply farmers to PT. Berkat Abadi Korindo, coconut fiber rope products has been exported to customers using expedition services. The flow of information that flows, namely information about the supply of raw materials from suppliers to factories and then product information from factories to customers. The financial flow that flows is in the form of payments made which pay to suppliers in cash/cash while for customer payments to the factory, namely the transfer payment system.

Optimization of expression, extraction & purification of the N-terminal region of ipaD gene in Shigella dysenteriae by proteomics analysis

زمینه و هدف: باکتری شیگلا دیسانتری یکی از عوامل پاتوژن مهم است که علی‌رغم تلاش‌های چندین ساله برای تهیه واکسن علیه آن هنوز مطالعات گسترده پیرامون آن ادامه دارد. محصولات پلاسمید تهاجمی شیگلا (Ipa) نقش مهمی در تهاجم باکتری ایفا می‌کنند. پروتئین IpaD یکی از اعضای این خانواده است که به عنوان کاندید واکسن شیگلا مطرح می‌باشد. مطالعات متعدد بر روی این پروتئین نشان داده که ناحیه N- ترمینال آن نقش مهمی در فرآیند تهاجمی باکتری دارد. این مطالعه با هدف بهینه سازی بیان N- ترمینال ژن IpaD به منظور افزایش تولید پروتئین نو ترکیب انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه تجربی-آزمایشگاهی باکتری E. coli BL21(DE3) حامل پلاسمید pET-28a که ژن ناحیه N- ترمینال IpaD در آن همسانه سازی شده بود جهت مطالعات مورد استفاده قرار گرفت. پس از کشت باکتری، تاثیر سه فاکتور زمان القا، دما و غلظت ماده القا کننده ایزو-پروپیل-تایوبتا دی گالاکتوپیرانوزید (IPTG) بر میزان بیان، با استفاده از ژل سدیم دو دسیل سولفات-پلی آکریل آمید (SDS-PAGE) به صورت کیفی بررسی گردید. با استفاده از تصاویر دو بعدی تهیه شده از ژل‌ها با کمک نرم افزار آنالیز ژل‌های دو بعدی بررسی کمی بیان پروتئین صورت پذیرفت. مراحل استخراج و تخلیص پروتئین نوترکیب با کمک روش شیب اوره آغاز و با عبور نمونه‌ها از ستون کروماتوگرافی پایان یافت. یافته‌ها: نتایج بر روی ژل‌های SDS-PAGE نشان داد که میزان تقریبا مشابهی از تولید پروتئین نوترکیب در زمان‌ القا، دما و غلظت های مختلف IPTG بیان وجود دارد، اما یافته‌های نرم افزاری نشان داد بهترین شرایط بیان ناحیه N- ترمینال پروتئین IpaD در وکتور pET-28a دمای 37 درجه سانتی‌گراد، غلظت 7/0 میلی مولار IPTG و زمان 3 ساعت بعد از القا می‌باشد. نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج این مطالعـــه هر پروتئین بعد از فرآیند همسانه سازی شرایط بیان مخصوص به خود را دارا می‌باشد که شرایط دمایی و طول زمان القا سلول‌ها در مقدار تولید پروتئین موثرتر می‌باشند

Cloning, bioinformatics study and evaluation expression of gene of enterotoxigenic Escherichia coli CFA/I major subunit (CfaB)

زمینه و هدف: اشرشیاکولی انتروتوکسیژنیک (ETEC) عامل اصلی اسهال کودکان در کشورهای در حال توسعه و مسافران به این مناطق می‌باشد. از طریق ساختارهای سطحی به نام فاکتورهای کلونیزاسیون به سلول‌های میزبان متصل می شود. اشرشیاکولی انتروتوکسیژنیک در بسیاری از مناطق شیوع فاکتور کلونیزاسیون نوع یک (CFA/I) از سایر فاکتورهای کلونیزاسیون بیشتر می باشد و این ترکیب به عنوان ترکیب کلیدی در تولید واکسن محسوب می‌گردد. مولکول کد کننده زیر واحد اصلی آنتی ژن فاکتور کلونیزاسیون (CfaB) به عنوان زیر واحد اصلی این فیمبریه کاندیدای مناسبی برای واکسن می‌باشد. این مطالعه با هدف همسانه سازی ژن CfaB و بررسی تولید پروتئین نوترکیب انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه توصیفی آزمایشگاهی اطلاعات مربوط به ژن فاکتور کلونیزاسیون CfaB از بانک ژن استخراج شد و پرایمرهای مناسب آن طراحی شدند. با استفاده از واکنش PCR، ژن مورد نظر تکثیر و سپس درون ناقل همسانه‌سازی (pTZ57R/T) و سپس در ناقل بیانی (pET28a(+)) همسانه سازی شد و بیان ژن CfaB مورد ارزیابی قرار گرفت. یافته‌ها: صحت همسانه سازی با استفاده از واکنش هضم آنزیمی و تعیین توالی تایید شد. بیان این توالی در شرایط مختلف مانند دما، میزبان و محیط کشت های مختلف بررسی گردید اما توالی طبیعی در pET 28a بیان نداشت. نتیجه‌گیری: در طول توالی ژن کد کننده زیر واحد اصلی آنتی ژن فاکتور کلونیزاسیون کدون های نادر پشت سرهم وجود دارد که باعث کاهش بیان این پروتئین می شود

Accuracy of 64-multidetector computed tomography in diagnosis of adnexal tumors

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Adnexal cancers are in fifth place among the tumors with the highest mortality in the female population. The aim of the present study was to evaluate the accuracy of Multi-detector computed tomography (MDCT) on a 64-multislice CT scanner in the detection and differentiation of adnexal masses stages.</p> <p>Methods</p> <p>During the present prospective study, 95 women with a primary diagnosis of ovarian mass in base of clinical examination and ultrasonographic findings underwent preoperative evaluation by a 64-slice MDCT with a section thickness of 0.6 mm, 50% overlap and reconstructed images. Afterward, results of MDCT were compared with surgical and histopathological findings, and the sensitivity, specificity, positive and negative predictive value and accuracy were determined.</p> <p>Results</p> <p>The mean age of patients was 48.63 ± 13.93 years. MDCT diagnosed 25 (26.3%) masses to be benign and 70 (73.7%) to be malignant (sensitivity, specificity, positive and negative predictive value and accuracy were 92.8%, 88.0%, 95.5%, 81.4% and 91.5% respectively). The sensitivity and specificity of MDCT in determining local extension was 72.2% and 93.4% respectively. And the sensitivity and specificity of MDCT in determining peritoneal seeding and liver extension was 81.8% and 93% respectively. Estimated stage was significantly agreed with the surgical (Cohen's Kappa (κ) = 0.891) and histopathological findings (κ = 0.858).</p> <p>Conclusion</p> <p>MDCT is a highly sensitive and specific diagnostic method in evaluation of adnexal masses and successfully stage the tumor in consistent with surgery and histopathology.</p

Study of the inhibitory effect of the small molecule Diethylthia tri carbocyanine iodide, as an anti- Alzheimer's candidate drug on human recombinant tau aggregation

Background and aims: Alzheimer’s disease is a neurodegenerative disorder that is affected by different factors. Forming aggregations of the tau proteins in the brain is one of the most commonly observation in the patients’ brains suffered from this disease. Several strategies have been devised to target the tau aggregates in the neuronal cells of the patients. Recently, chaperones have drawn the attention of the researchers as a tool to inhibit or disaggregate the tau protein aggregations. The aim of this study was to investigate the effect of small molecule chaperone called Diethylthia tri carbocyanine iodide on the formation of tau aggregates. Methods: In this basic laboratory study, Tau protein was expressed in bacteria. Then, Tau protein was purified by the ion-exchange chromatography and affinity chromatography, and its purity was evaluated by SDS-PAGE. Heparin was added as the inducer of tau aggregation, and the inductive effect of heparin on tau aggregation was examinated by circular dichroism (CD) method. Then, Diethylthia tri carbocyanine iodide chaperones was added to the aggregated tau and its effect was evaluated using SDS-PAGE and thioflavin T fluorescence assay. Results: Electrophoresis SDS-PAGE confirmed the expression of tau protein and its purity. CD validated the successful induction of tau aggregation by heparin. Following treatment of the tau aggregates with Diethylthia tri carbocyanine iodide, the results of SDS-PAGE showed that induced aggregation, remarkably reduced compared to the control sample. Thioflavin T fluorescence assay was used to confirm the results of SDS-PAGE analysis. Conclusion: The results of this study showed that Diethylthia tri carbocyanine iodide could inhibit the aggregation of the tau protein which they were produced in the presence of heparin inductor. These results can propose Diethylthia tri carbocyanine iodide as a potential treatment to target the tau aggregates in people with Alzheimer’s disease

Review on Inteins: Structures, Function, Mechanisms and Their Application in Biotechnology

زمینه و هدف: اینتئین&zwnj; ها عناصر ژنتیکی هستند که نقشی شبیه اینترون ها را از خود نشان می&zwnj;دهند. با این تفاوت که علاوه بر رونویسی ترجمه هم می&zwnj;شوند. این عناصر در سطح پروتئین از پروتئین میزبان خود جدا شده و پایین دست و بالا دست خود را به یکدیگر متصل می&zwnj;کنند&zwnj;. هدف از نگارش این مقاله&zwnj; ی مروری در ابتدا آشنایی مختصر با بیوتکنولوژی و کاربردهای آن و سپس آشنایی با عناصر ژنتیکی به نام اینتئین و کاربرد&zwnj;های آن در بیوتکنولوژی می &zwnj;باشد. روش بررسی: در این مطالعه، مقالات مرتبط با موضوع از پایگاه داده&zwnj; های معتبر خارجی مانند ISI، PubMed و Scopus و همچنین مقالات فارسی نیز از بانک اطلاعاتی ایران مدکس استخراج و مورد استفاده قرار گرفت. یافته&zwnj; ها: اولین بار اینتئین در سال 1990 در مخمر ساکرومایسس سرویزیه مورد شناسایی قرار گرفت. اینتئین&zwnj;ها پردازش پروتئین را طی یک پروسه درون مولکولی بدون نیاز به کوفاکتور و منبع انرژی متابولیکی انجام می دهند. اینتئین &zwnj;ها دارای کاربرد زیادی در بیوتکنولوژی از جمله ایجاد پروتئین&zwnj; های حلقوی به منظور تولید کتابخانه &zwnj;های بزرگ ژنی و تخلیص سریع پروتئین &zwnj;ها می &zwnj;باشد. نتیجه&zwnj;گیری: اینتئین &zwnj;ها با توجه به داشتن خاصیت جدا شدن از پروتئین &zwnj;ها و اتصال قسمت &zwnj;های بالا &zwnj;دستی و پایین &zwnj;دستی خود چه به صورت طبیعی چه به صورت مهندسی &zwnj;شده در بسیاری از فناوری&zwnj; های کاربردی ویژه مانند آنزیم &zwnj;شناسی، مهندسی پروتئین، شناسایی هدف، تولیدات ریز آرایه و تخلیص پروتئین &zwnj;های نوترکیب کاربرد دارند

Effect of insecticide poisoning of methoxychlor on the production of gonadotropin hormones in adult male rats

Background and aims: Methoxychlor pesticide is widely used to replace DDT. In this study, the possible effect of Methoxychlor was investigated on the hormone level of LH, FSH, testosterone, spermatogenesis and its possible role in male infertility. Methods: In this experimental study, 48 Wistar male rats were studied in six groups of 8. Different concentrations of the substance were injected in the experimental groups, i.e. 5, 50, 100, 500 and 1000 grams per liter per day. After 15 days, blood samples were taken and the levels of the hormone were checked. Normal distribution and statistical evaluation of data respectively was performed using ANOVA one-way analysis of variance and Paired t-test. P less than 0.05 were considered as statistically significant. Results: Results showed a significant decrease in the amount of FSH and testosterone concentrations in the experimental group injected 100, 500 and 1000 grams per liter Methoxychlor, but LH levels in groups of 500 and 1000 grams per liter Methoxychlor showed a significant decrease. Due to chlorine in the group 1000 mg per liter. The density of sperm cells in the center of the spermatogenesis tube in the experimental group which received 1000mg/lit methoxychlor decreased compared to the control group.s Conclusion: Methoxychlor causes male sexual imbalances by changing in LH, FSH hormones concentrations, sperm condense, body and tastes weigh

Shigella dysentery stxA mutant (R170L-A231D-G234E) gene design and optimization of recombinant protein expression and purification

زمینه و هدف: شیگلا دیسانتری یکی از مهمترین باکتری های بیماریزا‌ی روده‌ای انسان است. شیگاتوکسین (سم این باکتری) با ورود به سلول های اپیتلیال باعث مهار سنتز پروتئین و مرگ سلولی می شود. علیرغم مطالعات فراوان جهت تولید واکسن علیه آن، هنوز ضرورت تداوم مطالعه در حصول به پروتئین نوترکیب شیگاتوکسین نوع A (stxA) وجود دارد. این مطالعه با هدف بررسی و تعیین جایگاه های مناسب جهش و طراحی ژن سینتتیک زیر واحد stxA و سپس بیان و بهینه سازی آن و در نهایت بررسی روش تخلیص آن جهت مطالعات بعدی ایمنی زایی انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه توصیفی-آزمایشگاهی پس از طراحی و تهیه ژن صناعی pET28a/stxA موتانت (G234E– R170L -A231D)، واکنش PCR جهت کنترل صحت حضور این ژن انجام گردید. پس از انتقال این وکتور به سلول میزبان Bl21 DE3، بیان، بهینه سازی و نهایتاً تخلیص پروتئین حاصل بررسی گردید. یافته ها: نتیجه مطالعات اولیه منجر به طراحی ژن stxA موتانت گردید. نتایج واکنش PCR با استفاده از پلاسمید سنتتیک نشان از صحت ژن مورد مطالعه داشت. پس از بیان این ژن در سلول میزبان Bl21 DE3، بهینه سازی آن نیز بررسی گردید. در نتیجه تولید مقادیر زیادی از این پروتئین به شکل اجسام توده ای نشان داده شد. تخلیص انکلوژن بادی و سپس محلول سازی پروتئین های مربوطه با استفاده از روش های تلفیقی صورت گرفت. نتیجه گیری: با توجه به مکانیسم اثر شیگاتوکسین و طراحی جهش های انتخابی با آرایش جدید در این ژن، پیش بینی می شود که این پروتئین بیانی، دارای اثر سمیت کمتری نسبت به سایر موتانت های قبلی داشته باشد، در نتیجه می تواند به عنوان کاندید واکسن برتر مطرح گردد

Evaluation and comparison of immunization level between recombinant proteins of binding subunit of entrotoxigenic Escherichia coli and botulinum toxin

زمینه و هدف: در میان عوامل باکتریایی، شایع ترین عامل بیماری اسهال، باکتری اشریشیاکلی انتروتوکسیژنیک است. زیر واحد LTB سم این باکتری قادر به ایجاد مصونیتی شش ماهه است. کلستریدیوم بوتولینوم نیز عامل بیماری کشنده بوتولیسم می باشد و زیر واحد BoNT/A-Hc سم آن می تواند تا دو سال در برابر این بیماری مصونیت ایجاد کند. میزان ایمنی زایی که هر یک از این زیر واحدهای نوترکیب ایجاد می کنند، می تواند از عواملی باشد که در به وجود آمدن مصونیتی با ماندگاری متفاوت تأثیرگذار باشد. هدف از این مطالعه بررسی و مقایسه میزان تولید آنتی بادی ناشی از استفاده از دو پروتئین LTB و BONT/A-Hc در موش آزمایشگاهی بود. روش بررسی: در این مطالعه تجربی از باکتری Bl21DE3 E. Coli تراریخت شده با وکتور pET28aاستفاده گردید. این وکتور حاوی ژن نوترکیب LTB اشریشیاکلی انتروتوکسیژنیک و ژن نوترکیب BONT/A-Hc بوتولینوم به طور جداگانه بود. پس از بهینه سازی بیان و تخلیص پروتئین نوترکیب LTB از فاز نامحلول و BoNT/A-Hc از فاز محلول عصاره سلولی، محصولات آن ها بر روی ژلSDS-PAGE بررسی گردید. موش های آزمایشگاهی به وسیله پروتئین های حاصل، ایمنی زایی شدند. تیتر آنتی بادی حاصل از هر دو نوع پروتئین نوترکیب با استفاده از آزمون آماری t-Test در نرم افزار SPSS ارزیابی و مورد مقایسه قرار گرفت. یافته ها: پروتئین های نوترکیب بیان شده BoNT/A-Hc و LTB با ستون نیکل تخلیص شدند. پس از ایمنی زایی موش های آزمایشگاهی، تفاوت معناداری در تیتر آنتی بادی برای دو پروتئین BoNT/A-Hc و LTB مشاهده گردید (01/0>P). نتیجه گیری: اختلاف کمی بین تیتر آنتی بادی برای دو پروتئین BoNT/A-Hc و LTB مشاهده گردید که می تواند به دلیل خاصیت قوی ادجوانسیتی LTBو ایمنی زایی ایجاد شده تقریباً یکسان، در فاصله زمانی محدود باش