Room for improvement in the initial martini 3 parameterization of peptide interactions

Funding Information: We thank T. Cordeiro for bringing to our attention the coiled coil system that motivated part of this study. J.K.S. acknowledges an internship sponsored by Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento through its Study in Portugal Network. M.N.M. thanks Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal for fellowship CEECIND/04124/2017 , and for funding project MOSTMICRO-ITQB with references UIDB/04612/2020 and UIDP/04612/2020 . Publisher Copyright: © 2023 The AuthorsThe Martini 3 coarse-grain force field has greatly improved upon its predecessor, having already been successfully employed in several applications. Here, we gauge the accuracy of Martini 2 and 3 protein interactions in two types of systems: coiled coil peptide dimers in water and transmembrane peptides. Coiled coil dimers form incorrectly under Martini 2 and not at all under Martini 3. With transmembrane peptides, Martini 3 represents better the membrane thickness–peptide tilt relationship, but shorter peptides do not remain transmembranar. We discuss related observations, and describe mitigation strategies involving either scaling interactions or restraining the system.publishersversionpublishe

Aspectos comportamentais e desempenho produtivo de ovinos mantidos em pastagens de capim-tanzânia manejado sob lotação intermitente.

O trabalho foi desenvolvido objetivando avaliar o comportamento e desempenho produtivo de ovinos mantidos em pastagens de capim-tanzânia (Panicum maximum) manejadas sob períodos de descanso (PD ) correspondentes aos tempos necessários para expansão de 1,5 (1,5F), 2,5 (2,5F) ou 3,5 (3,5F) novas folhas/perfilho. Foram avaliados aspectos comportamentais como o tempo em que os animais se mantinham sob a sombra e o tempo despendido para pastejo, ruminação e em ócio, além do número de defecações, urinação, ingestão de água e sal e a taxa de bocados (TXB). Para avaliação do desempenho produtivo, avaliaram-se o ganho de peso médio diário (GMD) e a taxa de lotação expressa em número de animais por hectare (TLA), além da produção por hectare, expressa em kg de peso vivo (PPVH ). Os animais mantidos em pastagens manejadas sob PD de 3,5F permaneceram 21% do tempo compreendido de 5 às 18 horas sob a sombra. Os animais mantidos nos piquetes com PD de 2,5F despenderam menor porcentagem de tempo pastejando, indicando que, nessa condição, os animais conseguiram ingerir maior quantidade de forragem num menor intervalo de tempo. Quanto às TXB, observou-se que nos períodos de 8 às 11 horas e 17 às 18 horas elas foram semelhantes para todos os PD s adotados. Para o PD de 2,5F as taxas de bocados não diferiram entre os intervalos de tempo avaliados, enquanto no PD de 3,5F as taxas de bocados foram menores em todos os períodos analisados. Quanto ao desempenho produtivo, observou-se que os animais mantidos em piquetes sob PD de 1,5F apresentaram maior GMD, porém as TLA e TLUA foram menores que as observadas nos piquetes mantidos sob PD de 3,5F. Já as PPVH das pastagens mantidas sob PD s de 1,5F e 2,5F foram semelhantes e superiores às pastagens mantidas sob PD de 3,5F. Conclui-se que as pastagens de capim-tanzânia devem ser manejadas sob PDs de 2,5 folhas, pois apresentam boa PPVH e permitem aos animais consumirem mais forragem em menor intervalo de tempo

Composição bromatológica de silagens de híbridos de sorgo cultivados em diferentes densidades de plantas.

Avaliou-se a composição bromatológica das silagens de dois híbridos de sorgo, AG-2005 (duplo propósito) e VOLUMAX (forrageiro), cultivados nos espaçamentos de 0,50; 0,75 e 1,00 m, resultando nas densidades de 140.000; 186.666 e 280.000 plantas por ha, respectivamente. A silagem do híbrido AG-2005 apresentou matéria seca (MS) superior no espaçamento de 1,00 m e foi mais elevada ao da silagem de VOLUMAX em todos os espaçamentos. A proteína bruta (PB) elevou-se com a redução dos espaçamentos (6,6; 6,8 e 8%, respectivamente), com maior valor médio no AG-2005 (7,7 vs 6,5%). A fibra em detergente neutro (FDN) foi menor no AG-2005 (59,25 vs 62,3%) e no espaçamento 0,75 m. Para fibra em detergente ácido (FDA) ocorreu diferença entre os dois híbridos no espaçamento 0,5 m, sendo de 33,5 e 39,3 %, respectivamente, para o AG-2005 e VOLUMAX. O EE apresentou diferença significativa (P < 0,05) entre os dois híbridos no espaçamento 0,75 m, sendo maior no AG-2005 (2,05 vs 1,61%). Conclui-se que o híbrido AG-2005 é mais recomendado para ensilagem, pois a sua silagem apresenta características qualitativas melhores que do VOLUMAX. O espaçamento de 0,5 m é o mais indicado no plantio dos híbridos, pois melhora a composição química das silagens. Chemical composition of silage sorghum hybrids grown at different densities. AbstractT - The objective of the experiment was to evaluate the nutritive value of silages from two sorghum hybrids, AG-2005 (double purpose) and VOLUMAX (forage) cultivated with different row spacings (0.50 m; 0.75 m and 1.00 m), resulting in 140,000; 186,666 e 280,000 plants per ha, respectively. Dry matter content of AG-2005 silage was higher for 1 m row spacing, and was higher than for VOLUMAX silage in all row spacings. Crude protein increased as the row spacing was reduced (6.6; 6.8 and 8%, respectively), with higher average value for AG-2005 (7.7 vs 6.5%). Neutral detergent fiber was lower for AG-2005 (59.25 vs 62.3%) and for .75 m spacing. Acid detergent fiber differed between hybrids in .5 m row spacing, being 33.5 and 39.3%, respectively, for AG-2005 and VOLUMAX. Ether extract was significantly different between hybrids in .5 m row spacing, being higher for AG-2005 (2.05 vs 1.61%). The use of AG-2005 is recommended for silage production due to its better qualitative characteristics than the VOLUMAX. The .5 m row spacing is recommended for both hybrids, since it improves the chemical composition of the silages

Valor nutritivo de silagens de capim elefante (Pennisetum purpureum Schum.) com adição de diferentes níveis dos subprodutos do processamento de acerola (Malpighia glabra L.) e de goiaba (Psidium guajava L.).

Dois experimentos foram conduzidos no Núcleo de Pesquisa em Forragicultura da Universidade Federal do Ceará, localizado na cidade de Fortaleza . CE. Objetivou-se avaliar o valor nutritivo de silagens de capim elefante com diferentes níveis de adição (0, 5, 10, 15 e 20%) dos subprodutos desidratados da acerola (Malpighia glabra) e da goiaba (Psidium guajava) em delineamento inteiramente casualizado com 4 repetições. Após 40 dias da ensilagem, os silos (tubos de PVC de 100 mm de diâmetro por 340 mm de comprimento) foram abertos e coletadas amostras para determinação dos teores de Matéria Seca (MS), Proteína Bruta (PB), Fibra em Detergente Neutro (FDN), Fibra em Detergente Ácido (FDA), Hemicelulose (HC) e valores de pH das silagens. No nível de adição de 15% de subproduto da acerola e subproduto da goiaba as silagens alcançaram a faixa ideal de MS (30 . 35%) indicada para a ocorrência de um bom processo fermentativo. O nível mínimo de 7% de PB não foi alcançado em nenhum nível de adição de subproduto da goiaba às silagens. Já com a adição de 6,32% de subproduto da acerola este nível foi alcançado. Os teores de FDN não variaram com adição de ambos os subprodutos. No que diz respeito aos teores de FDA, apenas a adição do subproduto da acerola às silagens proporcionou elevações significativas desta variável. Em todos os níveis de adição dos subprodutos, as silagens se mantiveram dentro da faixa ideal de pH considerada para silagens bem conservadas (3,8 . 4,2)

Consumo voluntário das silagens de capim elefante com diferentes níveis de subprodutos da indústria do suco de caju.

O trabalho foi realizado com objetivo de avaliar o consumo voluntário das silagens de capim elefante (Pennisetum purpureum Schum) confeccionadas com adição de 0, 12, 24, 36 e 48% de bagaço de caju (subproduto da agroindústria de suco caju) em relação à matéria natural. O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado com quatro repetições. O consumo das silagens ( g/animal/dia e g/UTM) foram efetuados utilizando carneiros machos sem raça definida (SRD). Os animais foram mantidos em gaiolas de metabolismo individuais, durante 21 dias, sendo, 14 dias para adaptação dos animais e 7 dias para determinação do consumo voluntário. Nesse período foram coletadas amostras de silagens e sobras para determinação do consumo de matéria seca (CMS), proteína bruta (CPB), fibra em detergente neutro (CFDN), fibra em detergente ácido (CFDA) e carboidratos totais (CCT). A adição de bagaço de caju (BC) promoveu aumento no consumo de CMS, CPB, CFDN, CFDA e CCT, evidenciados nos tratamentos com 36 e 48%. Pelos resultados obtidos conclui-se que o bagaço de caju melhora o valor nutritivo, embora os valores tenham sido inferiores, quando comparados com silagens convencionais

Utilização de subprodutos da indústria frutífera na alimentação de caprinos e ovinos.

Subprodutos da indústria frutífera; Rendimentos médios de subprodutos do processamento de frutas; Valor nutricional dos subprodutos; Desempenho animal.bitstream/item/36517/1/DOC-42.pd

Comparação entre cinco métodos para avaliação de susceptibilidade à oxacilina em cepas de Staphylococcus aureus isoladas de pacientes com fibrose cística

Staphylococcus aureus resistentes à oxacilina (MRSA) são, atualmente, um problema global. Pacientes com fibrose cística (FC) são frequentemente colonizados e infectados por MRSA. A realização de testes de susceptibilidade acurados é extremamente importante para o manejo da terapia antimicrobiana nesses indivíduos. Nesse estudo, realizamos comparação entre as acurácias de diversos testes de susceptibilidade à oxacilina, em cepas de S. aureus isoladas de pacientes com fibrose cística, tanto sensíveis como resistentes à oxacilina, com diferentes tipos de SCCmec, e utilizando a detecção do gene mecA como método padrão. A sensibilidade e a especificidade do disco de oxacilina, do Etest, e da placa de agar screening com oxacilina foram de 100%. A sensibilidade do disco de cefoxitina foi 85%, com especificidade de 100%. Em cepas clinicamente relevantes, a utilização combinada de mais de um método deveria ser considerada.Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are now a worldwide problem. Cystic fibrosis (CF) patients are commonly colonized and infected by MRSA. Accurate oxacillin susceptibility testing is mandatory for the adequate management of these patients. We performed a comparison of the accuracy of different tests in CF isolates, including methicillin-susceptible S. aureus and MRSA with different SCCmec types, and using the mecA gene as the gold-standard. The sensitivity and specificity of oxacillin disc, Etest, and oxacillin agar screening plate were 100%. Sensitivity of the cefoxitin disc was 85% and specificity was 100%. For clinically relevant isolates, laboratories may consider the use of a combination of two phenotypic methods

Avaliação do valor nutritivo do bagaço de cana-de-açúcar amonizado com uréia.

Resumo: O trabalho foi desenvolvido objetivando-se avaliar o efeito da adição de uréia em doses crescentes, na presença ou ausência de urease, sobre o valor nutritivo do bagaço de cana-de-açúcar. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado em arranjo fatorial (4 x 2) + 1 (controle), com quatro repetições. Os fatores avaliados foram níveis de uréia (2,0; 4,0; 6,0; e 8,0% da matéria seca), níveis de urease (presença, 20,0% da matéria fresca da uréia, e ausência) e um tratamento controle (0,0% de uréia e ausência de urease). Houve efeito da adição de uréia (63,3%) em relação ao controle (69,6%) e efeito da presença de urease (64,4%) em relação à sua ausência (62,1%), para o teor de matéria seca (MS). O menor teor de MS (62,5%) foi observado no nível de 6,2% de uréia. O teor de proteína bruta (PB) cresceu linearmente com a adição de uréia (12,0%) em relação ao controle (1,2%), sem urease. O teor de fibra em detergente neutro (FDN) dos materiais amonizados (81,4%) foi menor que o controle (84,7%), com efeito linear negativo das doses crescentes de uréia. Houve teores mais elevados de FDN nos tratamentos com presença de urease (82,1%) em relação aos tratamentos sem a mesma (80,8%). A digestibilidade in vitro da matéria seca (DIVMS) média do tratamento controle (23,2%) foi inferior à DIVMS média dos tratamentos com uréia (28,5%), com efeito linear positivo dos níveis crescentes de uréia. Não houve efeito da urease sobre a DIVMS do bagaço. A amonização com uréia melhorou o valor nutritivo do bagaço de cana-de-açúcar, sem a necessidade de adição de urease. [Evaluation of the Nutritive Value of Sugarcane Bagasse Ammoniated with Urea]. Abstract: The objective of this work was to evaluate the effect of the addition of crescent levels of urea, with or without urease, on sugarcane bagasse nutritive value. The experimental design was a completely randomized design in a factorial arrangement (4 x 2) + 1 (control), with four replicates. The evaluated factors were urea levels (2.0, 4.0, 6.0 and 8.0% DM), urease levels (presence - 20% of urea fresh matter - and absence) and a control treatment (0.0% urea and without urease). There was an effect of urea addition (63.3%) on the control (69.6%) and effect of urease presence (64.4%) on its absence (62.1%) for the dry matter (DM) content. The smallest estimated DM content (62.5%) was observed at 6.2% urea level. The crude protein (CP) content linearly increased with the addition of crescentlevels of urea (12.0%) as compared to the control (1.2%), without urease effect. The neutral detergent fiber (NDF) content of ammoniated materials (81.4%) was smaller than the control (84.7%), with a negative linear effect of the crescent levels of urea. There was higher NDF content in the treatments with the presence of urease (82.1%) than on the treatments without urease (80.8%). The average in vitro dry matter disappearance (IVDMD) of the control treatment (23.2%) was lower than average urea addition treatments (28.5%), with positive linear effect by the crescent addition of the urea levels. There was no urease effect on IVDMD. The ammoniation with urea improved the sugar cane bagasse nutritive value, without necessity to add urease