Study of Phase Reconstruction Techniques applied to Smith-Purcell Radiation Measurements

Measurements of coherent radiation at accelerators typically give the absolute value of the beam profile Fourier transform but not its phase. Phase reconstruction techniques such as Hilbert transform or Kramers Kronig reconstruction are used to recover such phase. We report a study of the performances of these methods and how to optimize the reconstructed profiles.Comment: Presented at IPAC'14 - THPME08

Reconstruction of longitudinal electrons bunch profiles at FACET, SLAC

Work supported by funding from Universite Paris Sud, program "Attractivite" and by the ANR under contract ANR-12-JS05-0003-01 - http://accelconf.web.cern.ch/AccelConf/IPAC2014/papers/thpme093.pdfInternational audienceThe E-203 collaboration is testing a device on FACET at SLAC to measure the longitudinal profile of electron bunches using Smith-Purcell radiation [1]. At FACET the electron bunches have an energy of 20 GeV and a duration of a few hundred femtoseconds [2]. Smith-Purcell radiation is emitted when a charged particle passes close to the sur- face of a metallic grating. We have studied the stability of the measurement from pulse to pulse and the resolution of the measure depending on the number of gratings used

Nearly Complete Genome Sequence of a Novel Phlebovirus-Like Virus Detected in a Human Plasma Sample by High-Throughput Sequencing.

Here, we report a novel phlebovirus-like virus sequence detected in a plasma sample from a febrile adult patient collected in the United Republic of Tanzania in 2014. A nearly complete RNA sequence was generated by high-throughput sequencing on a HiSeq 2500 instrument and further confirmed after repeating the analysis, starting from the initial sample

Longitudinal Profile Monitor Using Smith-Purcell Radiation: Recent Results from the E-203 Collaboration

TUPC38 - Work supported by seed funding from the John Fell Fund, University of Oxford, Université Paris-Sud, program "Attractivité" and by the ANR under contract ANR-12-JS05-0003-01International audienceWe report on recent measurements made at FACET by the E-203 collaboration to test a longitudinal bunch profile monitor based on Coherent Smith-Purcell radiation. The capacity of this monitor to resolve sub-picosecond bunches will be shown as well as a comparison of profile reconstructed for different beam compression settings. We will also present recent electromagnetic simulations of the interactions between the beam and the grating as well as the expected resolution of such monitor. Comparison between Coherent Smith-Purcell radiation measurement and those made with other techniques will also be discussed. Finally future upgrades of the experiment and steps toward the construction of a single shot longitudinal profile monitor will be presented

Optimal design of thermally stable proteins

Motivation: For many biotechnological purposes, it is desirable to redesign proteins to be more structurally and functionally stable at higher temperatures. For example, chemical reactions are intrinsically faster at higher temperatures, so using enzymes that are stable at higher temperatures would lead to more efficient industrial processes. We describe an innovative and computationally efficient method called Improved Configurational Entropy (ICE), which can be used to redesign a protein to be more thermally stable (i.e. stable at high temperatures). This can be accomplished by systematically modifying the amino acid sequence via local structural entropy (LSE) minimization. The minimization problem is modeled as a shortest path problem in an acyclic graph with nonnegative weights and is solved efficiently using Dijkstra's method

Comparative analysis of thermophilic and mesophilic proteins using Protein Energy Networks

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Thermophilic proteins sustain themselves and function at higher temperatures. Despite their structural and functional similarities with their mesophilic homologues, they show enhanced stability. Various comparative studies at genomic, protein sequence and structure levels, and experimental works highlight the different factors and dominant interacting forces contributing to this increased stability.</p> <p>Methods</p> <p>In this comparative structure based study, we have used interaction energies between amino acids, to generate structure networks called as Protein Energy Networks (PENs). These PENs are used to compute network, sub-graph, and node specific parameters. These parameters are then compared between the thermophile-mesophile homologues.</p> <p>Results</p> <p>The results show an increased number of clusters and low energy cliques in thermophiles as the main contributing factors for their enhanced stability. Further more, we see an increase in the number of hubs in thermophiles. We also observe no community of electrostatic cliques forming in PENs.</p> <p>Conclusion</p> <p>In this study we were able to take an energy based network approach, to identify the factors responsible for enhanced stability of thermophiles, by comparative analysis. We were able to point out that the sub-graph parameters are the prominent contributing factors. The thermophiles have a better-packed hydrophobic core. We have also discussed how thermophiles, although increasing stability through higher connectivity retains conformational flexibility, from a cliques and communities perspective.</p

Risk Assessment of Food Allergens. Part 1: Review and Validation of Codex Alimetarius Priority Allergen list Through Risk Assessment

The labelling of food allergens in pre-packaged foods plays a key role in protecting food allergic individuals, as no preventative clinical treatment is currently available. The list of major foods and ingredients known to cause hypersensitivity was included into the Codex General Standard for the Labelling of Packaged Foods (GSLPF) in 1999. There have been many scientific developments in the understanding of food allergens and their management since the original drafting of the GSLPF. Thus, in response to the request from Codex for scientific advice, including current evidence of consumer understanding of allergens, FAO and WHO convened a series of three expert meetings to provide scientific advice on this subject. The purpose of the first meeting of the Ad hoc Joint FAO/WHO Expert Consultation on Risk Assessment of Food Allergens was to review and validate the Codex priority allergen list through risk assessment. This report focuses on the deliberations and conclusions of this meeting. Resumen: El etiquetado de los alérgenos alimentarios en los alimentos preenvasados ​​juega un papel clave en la protección personas alérgicas a los alimentos, ya que actualmente no se dispone de un tratamiento clínico preventivo. Se incluyó la lista de los principales alimentos e ingredientes que causan hipersensibilidad en la Norma General del Codex para el Etiquetado de Alimentos Envasados ​​(GSLPF) en 1999. Ha habido muchos avances científicos en la comprensión de alérgenos alimentarios y su gestión desde la redacción original de la GSLPF. Por lo tanto, en respuesta a la solicitud del Codex de asesoramiento científico, incluida la actual evidencia de la comprensión del consumidor de los alérgenos, la FAO y la OMS convocaron una serie de tres reuniones de expertos para proporcionar asesoramiento científico sobre este tema. El propósito de la primera reunión de la Consulta Conjunta Especial de Expertos FAO/OMS sobre evaluación de riesgos de los alérgenos alimentarios fue revisar y validar la prioridad del Codex lista de alérgenos a través de la evaluación de riesgos. Este informe se centra en las deliberaciones y conclusiones de esta reunión.Instituto de Investigación de Tecnología de Alimentos (ITA)Fil: Baumert, Joseph. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Brooke-Taylor, Simon. Imperial College London. Instituto Nacional del Corazón y los Pulmones; Reino Unido.Fil: Che, Huilian. Universidad de Agricultura de China. Facultad de Ciencias de la Alimentación e Ingeniería Nutricional; China.Fil: Chen, Hongbing. Nanchang Universidad. Instituto Conjunto de Investigación Chino-Alemán; China.Fil: Crevel, René W.R. René Crevel Consulting Limited; Reino Unido.Fil: Houben, Geert F. Alergia alimentaria e inmunotoxicología. Científico principal de TNO; Países Bajos.Fil: Jackson, Lauren. Administración de Alimentos y Medicamentos. División de Ciencia y Tecnología del Procesamiento de Alimentos. Ingeniería de Procesos; Estados UnidosFil: Kyriakidis, Symeon. Autoridad Independiente de Ingresos Públicos. Laboratorio Estatal de Química General; Grecia.Fil: La Vieille, Sébastien. Salud Canadá. Dirección de Alimentos; Canadá.Fil: Lee, N Alice. Universidad de Nueva Gales del Sur. Escuela de Química e Ingeniería. Ciencia e ingeniería de los alimentos; Australia.Fil: López, María Cristina. Universidad Nacional de San Martín. Ingeniería de Alimentos; Argentina.Fil: Luccioli, Stefano. Administración de Alimentos y Medicamentos. Centro de Seguridad Alimentaria y Nutrición Aplicada; Estados UnidosFil: O’Mahony, Patrick. Autoridad de Seguridad Alimentaria de Irlanda . Ciencia y Tecnología de los Alimentos; Irlanda.Fil: Polenta, Gustavo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Tecnología de Alimentos; Argentina.Fil: Pöpping, Bert. Food Consulting Strategically (FOCO); Alemania.Fil: Remington, Benjamin C. Grupo BV. Consultoría Remington; Holanda.Fil: Södergren, Eva. Agencia Sueca de Alimentos. Equipo de Encuestas Dietéticas y Departamento de Nutrición para Beneficio de Riesgo Evaluación; Suecia.Fil: Srikulnath, Sirinrat. Universidad de Kasetsart (UKaset). Instituto de Investigación y Desarrollo de Productos Alimentarios. Centro de Servicio de Aseguramiento de la Calidad de los Alimentos. Unidad de Alérgenos Alimentarios; Tailandia.Fil: Taylor, Stephen L. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Turner, Paul J. Colegio Imperial de Ciencia, Tecnología y Medicina. Alergia e Inmunología Pediátricas; Inglaterra

Ad hoc Joint FAO/WHO Expert Consultation on Risk Assessment of Food Allergens Part 1: Review and validation of Codex priority allergen list through risk assessment

The objectives of the meeting is to see whether the published criteria (FAO/WHO, 2000) for assessing additions and exclusions to the list is still current and appropriate. The Expert Committee determined that only foods or ingredients that cause immune-mediated hypersensitivities such as IgE-mediated food allergies and coeliac disease should be included on the list of foods and ingredients included in section 4.2.1.4 of the GSLPF. Thus, it was recommended that foods or ingredients such as lactose, sulphite, and food additives which cause food intolerances rather than immune-mediated responses, should be excluded from this list. The Committee identified prevalence of the immune-mediated hypersensitivity to a specific food, severity (i.e. proportion of severe objective reactions to a food/ingredient such as anaphylaxis), and the potency of food/ingredient (i.e. the amount of the food/ingredient required to cause objective symptoms) as the three key criteria that should be used to establish the priority allergen list. Subgroups of the Expert Committee were established to review the literature on the prevalence, severity and potency of immune-mediated hypersensitivity of each food currently on the GSLPF list (cereals containing gluten and products of these; crustacea and products of these; eggs and egg products; fish and fish products; peanuts, soybeans and products of these; milk and milk products; tree nuts and nut products; ), as well as other foods found on priority allergen lists established in individual countries or regions (e.g. mollusks, mustard, celery, sesame, buckwheat, lupin, and others).Los objetivos de la reunión son ver si los criterios publicados (FAO / OMS, 2000) para evaluar las adiciones y exclusiones a la lista siguen vigentes y son apropiados. El Comité de Expertos determinó que solo los alimentos o ingredientes que causan hipersensibilidades inmunomediadas, como las alergias alimentarias mediadas por IgE y la enfermedad celíaca, deben incluirse en la lista de alimentos e ingredientes incluidos en la sección 4.2.1.4 de la GSLPF. Por lo tanto, se recomendó que se excluyeran de esta lista alimentos o ingredientes como lactosa, sulfito y aditivos alimentarios que causan intolerancias alimentarias en lugar de respuestas inmunomediadas. El Comité identificó la prevalencia de la hipersensibilidad inmunomediada a un alimento específico, la gravedad (es decir, la proporción de reacciones objetivas graves a un alimento / ingrediente como la anafilaxia) y la potencia del alimento / ingrediente (es decir, la cantidad de alimento / ingrediente requerida causar síntomas objetivos) como los tres criterios clave que deben utilizarse para establecer la lista de alérgenos prioritarios. Se establecieron subgrupos del Comité de Expertos para revisar la literatura sobre la prevalencia, severidad y potencia de la hipersensibilidad inmunomediada de cada alimento actualmente en la lista GSLPF (cereales que contienen gluten y productos de estos; crustáceos y productos de estos; huevos y productos de huevo ; pescado y productos de pescado; cacahuetes, soja y productos de estos; leche y productos lácteos; frutos secos y productos de frutos secos;), así como otros alimentos que se encuentran en las listas de alérgenos prioritarios establecidas en países o regiones individuales (por ejemplo, moluscos, mostaza, apio , sésamo, alforfón, altramuz y otros).Instituto de Investigación de Tecnología de AlimentosFil: Baumert, Joseph. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Brooke-Taylor, Simon. Imperial College London. Instituto Nacional del Corazón y los Pulmones; Reino Unido.Fil: Chen, Hongbing. Nanchang Universidad. Instituto Conjunto de Investigación Chino-Alemán; China.Fil: Crevel, René W.R. René Crevel Consulting Limited; Reino Unido.Fil: Geert Houben. Organización para la Investigación Científica Aplicada TNO; Países Bajos.Fil: Jackson, Lauren. División de Ciencia y Tecnología del Procesamiento de Alimentos. Ingeniería de Procesos de la Administración de Alimentos y Medicamentos de los EE. UU. (FDA); Estados Unidos de América.Fil: Kyriakidis, Symeon. Laboratorio Estatal de Química General (GCSL). Autoridad Independiente de Ingresos Públicos (IAPR); Grecia.Fil: La Vieille, Sébastien. Universidad Laval. Departamento de Ciencias de los Alimentos; Canadá.Fil: Lee, N Alice. Universidad de Nueva Gales del Sur . Escuela de Química e Ingeniería. Ciencia e ingeniería de los alimentos; Australia.Fil: López, María Cristina. Universidad Nacional de San Martín. Ingeniería de Alimentos; Argentina.Fil: Luccioli, Stefano. Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos. Centro de Seguridad Alimentaria y Nutrición Aplicada; Estados UnidosFil: O’Mahony, Patrick. Universidad College Dublin; Irlanda.Fil: O’Mahony, Patrick. Autoridad de Seguridad Alimentaria de Irlanda; Irlanda.Fil: Polenta, Gustavo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Tecnología de Alimentos; Argentina.Fil: Polenta, Gustavo Alberto. Instituto de Ciencia y Tecnología de los Sistemas Alimentarios Sustentables (ICyTeSAS) UEDD INTA-CONICET; Argentina.Fil: Pöpping, Bert. Food Consulting Strategically (FOCO); Alemania.Fil: Pöpping, Bert. Comités de Normalización ISO - CEN. Grupo de trabajo CEN Alérgenos Alimentarios (CEN TC 275 WG 12).); Alemania.Fil: Remington, Benjamin C. Remington Consulting Group B.V.; Holanda.Fil: Remington, Benjamin C. Universidad de Nebraska–Lincoln. Programa de Recursos e Investigación de Alergias Alimentarias. Estados UnidosFil: Södergren, Eva. ThermoFisher Scientific; Suecia.Fil: Srikulnath, Sirinrat. Universidad de Kasetsart (UKaset). Instituto de Investigación y Desarrollo de Productos Alimentarios. Centro de Servicio de Aseguramiento de la Calidad de los Alimentos. Unidad de Alérgenos Alimentarios; Tailandia.Fil: Taylor, Stephen L. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Turner, Paul J. Universidad de Sídney; Australia.Fil: Turner, Paul J. Colegio Imperial de Ciencia, Tecnología y Medicina. Alergia e Inmunología Pediátricas; Inglaterra

Ad hoc Joint FAO/WHO Expert Consultation on Risk Assessment of Food Allergens Part 2: Review and establish threshold levels in foods of the priority allergens

The main purpose of this second meeting was to establish threshold levels in foods of the priority allergens. Based on the defined approach, the Expert Committee discussed and agreed on the safety objective, which could be described as “to minimise, to a point where further refinement does not meaningfully reduce health impact, the probability of any clinically relevant objective allergic response, as defined by dose distribution modelling of minimum eliciting doses (MEDs) and supported by data regarding severity of symptoms in the likely range of envisioned Reference Doses (RfD)”. The Committee further identified several important considerations to guide decision-making. These included a clear definition of criteria to be met by quantitative data on which reference doses (RfD) are based, supporting data on health manifestations (severity) at the proposed RfD, quality, quantity, availability and accessibility of data (for priority allergens), as well as how to deal with priority allergens for which information supporting one or more of those considerations was lacking.El objetivo principal de esta segunda reunión fue establecer niveles umbral en los alimentos de los alérgenos prioritarios. Sobre la base del enfoque definido, el Comité de Expertos discutió y acordó el objetivo de seguridad, que podría describirse como “minimizar, hasta un punto en el que un mayor refinamiento no reduzca significativamente el impacto en la salud, la probabilidad de cualquier respuesta alérgica objetiva clínicamente relevante, como definido por el modelo de distribución de dosis de dosis mínimas provocadoras (MED) y respaldado por datos sobre la gravedad de los síntomas en el rango probable de dosis de referencia previstas (RfD) ”. El Comité identificó además varias consideraciones importantes para orientar la toma de decisiones. Estos incluyeron una definición clara de los criterios que deben cumplir los datos cuantitativos en los que se basan las dosis de referencia (RfD), datos de apoyo sobre manifestaciones de salud (gravedad) en la RfD propuesta, calidad, cantidad, disponibilidad y accesibilidad de los datos (para alérgenos prioritarios). , así como cómo tratar los alérgenos prioritarios para los que faltaba información que respaldara una o más de esas consideraciones.Instituto de Investigación de Tecnología de AlimentosFil: Baumert, Joseph. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Brooke-Taylor, Simon. Brooke-Taylor & Co. Consultor australiano de regulación alimentaria y análisis de riesgos (Pty Ltd); Australia.Fil: Crevel, René W.R. René Crevel Consulting Limited; Reino Unido.Fil: Houben, Geert F. Imperial College London. Instituto Nacional del Corazón y los Pulmones; Reino Unido.Fil: Jackson, Lauren. Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos. División de Ciencia y Tecnología del Procesamiento de Alimentos. Ingeniería de Procesos; Estados UnidosFil: Kyriakidis, Symeon. Laboratorio Estatal de Química General (GCSL).Autoridad Independiente de Ingresos Públicos (IAPR); Grecia.Fil: La Vieille, Sébastien. Universidad Laval. Departamento de Ciencias de los Alimentos; Canadá.Fil: Lee, N Alice. Universidad de Nueva Gales del Sur. Escuela de Química e Ingeniería. Ciencia e ingeniería de los alimentos; Australia.Fil: López, María Cristina. Universidad Nacional de San Martín. Ingeniería de Alimentos; Argentina.Fil: Luccioli, Stefano. Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos. Centro de Seguridad Alimentaria y Nutrición Aplicada; Estados UnidosFil: O’Mahony, Patrick. Autoridad de Seguridad Alimentaria de Irlanda; Irlanda.Fil: O’Mahony, Patrick. Universidad College Dublin; Irlanda.Fil: Polenta, Gustavo Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Investigación Tecnología de Alimentos; Argentina.Fil: Polenta, Gustavo Alberto. Instituto de Ciencia y Tecnología de los Sistemas Alimentarios Sustentables (ICyTeSAS) UEDD INTA-CONICET; Argentina.Fil: Pöpping, Bert. Food Consulting Strategically (FOCO); Alemania.Fil: Pöpping, Bert. Comités de Normalización ISO - CEN. Grupo de trabajo CEN Alérgenos Alimentarios (CEN TC 275 WG 12).); Alemania.Fil: Remington, Benjamin C. Remington Consulting Group B.V.; Holanda.Fil: Remington, Benjamin C. Universidad de Nebraska–Lincoln. Programa de Recursos e Investigación de Alergias Alimentarias. Estados UnidosFil: Srikulnath, Sirinrat. Universidad de Kasetsart (UKaset). Instituto de Investigación y Desarrollo de Productos Alimentarios. Centro de Servicio de Aseguramiento de la Calidad de los Alimentos. Unidad de Alérgenos Alimentarios; Tailandia.Fil: Taylor, Stephen L. Universidad de Nebraska-Lincoln. Departamento de Ciencia y Tecnología de Alimentos; Estados UnidosFil: Turner, Paul J. Colegio Imperial de Ciencia, Tecnología y Medicina. Alergia e Inmunología Pediátricas; Inglaterra