FEATURES OF THE CLINICAL SIGNIFICANCE OF POLYMORPHIC VARIANTS OF ENOS AND AGTR2 GENES IN PATIENTS WITH CAD

Coronary heart disease (CHD) is a major cause of mortality. Morphological substrate of CHD in most cases is atherosclerosis, which is based on structural genes polymorphism eNOS and AGTR2. The aim of the study was to study the prevalence of eNOS and AGTR2 genes in patients with coronary artery disease and the association of these genes with coronary heart disease. The study involved 187 patients aged 36 to 86 years (62,2±11,2) with different forms of CHD: stable and unstable angina, myocardial infarction and 45 people without CHD. Determination of gene polymorphisms was performed by real-time PCR analyzer of nucleic acids IQ 5 Bio-Rad. Statistical analysis was performed using Statistica 10.0. The study revealed a significant difference between the incidence of homozygous AA allelic variant gene AGTR2 group of patients with myocardial infarction and the comparison group; polymorphic variant AA AGTR2 gene is associated with earlier onset of coronary artery disease; It found that carriers of the polymorphic variant gene GA AGTR2 beginning statistically CHD occurred significantly later than in carriers of alleles GG and AA; age CHD debut TT allele carriers of the eNOS gene is associated with an earlier onset of the disease and statistically significantly different from the age of first CHD in carriers of alleles of polymorphic variants of GG and GT; revealed a positive correlation between the polymorphic allele AGTR2 gene with the presence of arterial hypertension in patients with coronary artery disease; It determined that the T allele carriers of the polymorphic gene eNOS is associated more early onset of hypertension, found the association of the polymorphic allele gene AGTR2 the need to use higher doses of ACE inhibitor — perindopril

MSMEG_2731, an Uncharacterized Nucleic Acid Binding Protein from Mycobacterium smegmatis, Physically Interacts with RPS1

While the M. smegmatis genome has been sequenced, only a small portion of the genes have been characterized experimentally. Here, we purify and characterize MSMEG_2731, a conserved hypothetical alanine and arginine rich M. smegmatis protein. Using ultracentrifugation, we show that MSMEG_2731 is a monomer in vitro. MSMEG_2731 exists at a steady level throughout the M. smegmatis life-cycle. Combining results from pull-down techniques and LS-MS/MS, we show that MSMEG_2731 interacts with ribosomal protein S1. The existence of this interaction was confirmed by co-immunoprecipitation. We also show that MSMEG_2731 can bind ssDNA, dsDNA and RNA in vitro. Based on the interactions of MSMEG_2731 with RPS1 and RNA, we propose that MSMEG_2731 is involved in the transcription-translation process in vivo

Mycobacterium tuberculosis ribosomal protein S1 (RpsA) and variants with truncated C-terminal end show absence of interaction with pyrazinoic acid.

Pyrazinamide (PZA) is an antibiotic used in first- and second-line tuberculosis treatment regimens. Approximately 50% of multidrug-resistant tuberculosis and over 90% of extensively drug-resistant tuberculosis strains are also PZA resistant. Despite the key role played by PZA, its mechanisms of action are not yet fully understood. It has been postulated that pyrazinoic acid (POA), the hydrolyzed product of PZA, could inhibit trans-translation by binding to Ribosomal protein S1 (RpsA) and competing with tmRNA, the natural cofactor of RpsA. Subsequent data, however, indicate that these early findings resulted from experimental artifact. Hence, in this study we assess the capacity of POA to compete with tmRNA for RpsA. We evaluated RpsA wild type (WT), RpsA ∆A438, and RpsA ∆A438 variants with truncations towards the carboxy terminal end. Interactions were measured using Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy (NMR), Isothermal Titration Calorimetry (ITC), Microscale Thermophoresis (MST), and Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA). We found no measurable binding between POA and RpsA (WT or variants). This suggests that RpsA may not be involved in the mechanism of action of PZA in Mycobacterium tuberculosis, as previously thought. Interactions observed between tmRNA and RpsA WT, RpsA ∆A438, and each of the truncated variants of RpsA ∆A438, are reported

[Positional cloning of chromosomal regions controlling QTLs in chickens] Позиционное клонирование районов хромосом, контролирующих количественные признаки у кур

Сазанов А.А.; Царева В.А.; Смирнов А.Ф.; Вардецка Б.; Корчак М.; Ящак К.; Романов M.Н. Большинство хозяйственно ценных признаков домашних животных имеют сложный полигенный тип наследования и контролируются многими генами, расположенными в локусах QTL (quantitative trait loci). Изучение комплексной молекулярной архитектуры QTL представляет интерес с точки зрения общей генетики. Кроме того, данные о нуклеотидных последовательностях из районов QTL могут быть использованы в практическом животноводстве для селекции с помощью молекулярных маркеров (marker assisted selection, MAS). В настоящее время нами проведен ряд экспериментов по позиционному клонированию двух районов хромосомы 4 домашней курицы, содержащие QTL толщины скорлупы на 53 недели жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33). Указанные признаки различаются у двух линий кур (польская зеленоногая и род-айленд) на 3,3% и 7,5%, соответственно. Показано сцепление признака AW33 с микросателлитным маркером MCW170 (генетическое расстояние 1сМ) и практически полное сцепление QTL ST53 с микросателлитным маркером MCW114. С использованием баз данных компьютерной сети Интернет показана локализация количественного признака AW33 в пределах интервала, ограниченного микросателлитными локусами MCW0170 и LEI0081, и QTL ST53 внутри района с границами MCW0114 и ADL0241. Проведен скрининг гридированной геномной BAC-библиотеки курицы 031-JF256-BI (http://hbz.tamu.edu) с использованием в качестве ДНК-зондов меченых -32P-dCTP последовательностей микросателлитов MCW0170, LEI0081, MCW0114 и ADL0241. Графическая обработка результатов скрининга проведена при помощи сканера FX-scan и пакета компьютерных программ Quantity One. Определены координаты двадцати клонов, имеющих гомологию последовательностей ДНК вставки с микросателлитными локусами MCW0170, LEI0081, MCW0114 и ADL0241. Полученные данные позволят «заякорить» районы QTL на детально разработанных сравнительных генетических картах «человек-мышь» на основе гомологии и, возможно, выявить гены, ответственные за QTL толщины скорлупы и массы белка в яйце. ( Кандидатские проекты.

[Positional cloning of quantitative trait loci in the domestic fowl] Позиционное клонирование локусов количественных признаков у домашней курицы

Большинство хозяйственно ценных признаков домашних животных имеют сложный полигенный тип наследования и контролируются многими генами, расположенными в локусах QTL (quantitative trait loci). Проведен ряд экспериментов по позиционному клонированию двух районов хромосомы 4 домашней курицы, содержащие QTL толщины скорлупы на 53 недели жизни (ST53) и массы белка в яйце на 33 неделе (AW33). Указанные признаки различаются у двух линий кур (польская зеленоногая и род-айленд) на 3,3% и 7,5%, соответственно. Методом гибридологического анализа косегрегации микросателлитных ДНК-маркеров и количественных признаков определены маркеры интервалов генетической карты (районов хромосом), контролирующих QTL AW33 и ST53. С использованием баз данных компьютерной сети Интернет показана локализация количественного признака AW33 в пределах интервала, ограниченного микросателлитными локусами MCW0170 и LEI0081, и QTL ST53 внутри района с границами MCW0114 и ADL0241. Определены координаты двадцати клонов, имеющих гомологию последовательностей ДНК вставки с микросателлитными локусами MCW0170, LEI0081, MCW0114 и ADL0241. Верификация аутентичности клонов методом ПЦР с использованием праймеров для трех микросателлитных локусов (MCW0170, MCW0114 и ADL0241) позволила установить соответствие двух BAC-клонов локусу MCW0170 (QTL AW33), девяти — локусу MCW0114 (QTL ST53) и четырех BAC-клонов локусу ADL0241 (QTL ST53). Методом флуоресцентной гибридизации ДНК-ДНК in situ (FISH) установлена внутрихромосомная локализация 15-ти BAC-клонов, содержащих микросателлитные локусы. Исходя из среднего размера вставки — 150 т.п.н. — можно говорить о позиционном клонировании двух участков хромосомы 4 домашней курицы суммарной длиной 300 т.п.н. для QTL AW33 и 1950 т.п.н. для QTL ST53

Chromosomal localization of large insert clones of the chicken genome: expanding the comparative map

Fluorescent in situ hybridization (FISH) mapping provides a convenient method for aligning clone-based physical maps with the cytogenetic map of the chicken. This also provides framework marker locations for future cytogenetic mapping using dual label techniques. In the course of screening chicken BAC libraries with linkage map markers, several BACs were selected for FISH mapping. These clones derived from filter hybridization using conventional probes for chicken genes on chromosomes 1 (MGP, MGF, TYR), 4 (ALB, ANXA5, ENDRA) and Z (CTSL, NTRK2, TPM2, and UBAP2). Cytogenetic assignments were first done for seven genes (MGP, MGF, ANXA5, ENDRA, CTSL, TPM2, and UBAP2), and chromosome location was defined more precisely for three other genes (TYR, ALB, and NTRK2). These data provide new information for comparative mapping of conserved segments of orthologous genes between chicken and human chromosomes, including GGA1-HSA12, GGA1-HSA11, GGA4-HSA4 and GGAZ-HSA9. Acknowledgements: This work was supported by grants from the Russian Foundation for Basic Researches 03-04-48060-a, Russian Ministry of Education PD02-1.4-175 and INTAS 04-2163 and by the USDA/CSREES (Project numbers: 99-35205-8566 and 2001-52100-11225)

Chromosomal localization of three GGA4 genes using BAC-based FISH mapping: a region of conserved synteny between the chicken and human genomes

The chicken homologues of three genes spaced widely on HSA4q, ANXA5 (annexin A5), ALB (albumin) and EDNRA (endothelin receptor type-A) have been mapped to the GGA4 linkage map but with some uncertainty as to their relative location (SCHMID et al. 2000; SUCHYTA et al. 2001). A cytogenetic map assignment has been made only for the ALB gene (SUZUKI et al. 1999). Here we report the chromosomal localization of all three genes on GGA4 by fluorescence in situ hybridization (FISH) using BAC clones as probes..

[Chromosomal localization of continuous genomic clones in the chicken with a view of comparative mapping] Локализация на хромосомах протяженных геномных клонов домашней курицы в целях сравнительного картирования

Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) является наиболее адекватным методом совмещения физических карт контигов протяженных геномных клонов и цитогенетический карт хромосом. Кроме того, двуцветный вариант этого метода может позволить определять взаимную ориентацию клонов друг относительно друга. В рамках исследования по идентификации и анализу BAC-клонов, содержащих известные маркеры групп сцепления, несколько таких протяженных геномных клонов были выбраны для картирования методом FISH. BAC-клоны были идентифицированы путем гибридизации на репликах геномной библиотеки ДНК-зондов, представляющих гены хромосомы 1 (MGP, MGF, TYR), хромосомы 4 (ALB, ANXA5, ENDRA) и Z-хромосомы (CTSL, NTRK2, TPM2 и UBAP2). Цитогенетическая локализация была впервые определена для семи генов (MGP, MGF, ANXA5, ENDRA, CTSL, TPM2 и UBAP2). Известная из работ других авторов локализация трех генов (TYR, ALB и NTRK2) была установлена более точно. Полученные данные позволяют существенно углубить представления об эволюционном консерватизме хромосом человека и домашней курицы на примере четырех ортологичных пар GGA1—HSA12, GGA1—HSA11, GGA4—HSA4 и GGAZ—HSA9. Данная работа частично финансировалась грантами Российского Фонда Фундаментальных Исследований (03-04-48060-a), Министерства Образования РФ (PD02-1.4-175), INTAS (04-2163) и USDA/CSREES (99-35205-8566 и 2001-52100-11225). Адрес для переписки: Факс: +7 812 428 77 33; E.mail: [email protected]

GTP-independent tRNA Delivery to the Ribosomal P-site by a Novel Eukaryotic Translation Factor*

During translation, aminoacyl-tRNAs are delivered to the ribosome by specialized GTPases called translation factors. Here, we report the tRNA binding to the P-site of 40 S ribosomes by a novel GTP-independent factor eIF2D isolated from mammalian cells. The binding of tRNAiMet occurs after the AUG codon finds its position in the P-site of 40 S ribosomes, the situation that takes place during initiation complex formation on the hepatitis C virus internal ribosome entry site or on some other specific RNAs (leaderless mRNA and A-rich mRNAs with relaxed scanning dependence). Its activity in tRNA binding with 40 S subunits does not require the presence of the aminoacyl moiety. Moreover, the factor possesses the unique ability to deliver non-Met (elongator) tRNAs into the P-site of the 40 S subunit. The corresponding gene is found in all eukaryotes and includes an SUI1 domain present also in translation initiation factor eIF1. The versatility of translation initiation strategies in eukaryotes is discussed